Clc08G03370 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc08G03370
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionReverse transcriptase domain-containing protein
LocationClcChr08: 8426542 .. 8437601 (-)
RNA-Seq ExpressionClc08G03370
SyntenyClc08G03370
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGCACTTTCCATTGTCTACCGTGGTACTCAAAATCAGGGAGGTATGCTCGTGGACTTAGCCGTGGGAATGGCTTCAAGCAAGTGGCTAGGCATGAAGCTTGAGAAGGAGGTTGTCAGATGCTATGTAGATGAGTAGCCGAGAGCTACTTTGACAAGAGTATGGTTGGCATTGAAGAGGGGAGAAGTGAGGAAAATTTTGGCTAAGTGTTGGTTTTGAGCATGGAGAACCATTGGGTGCCTAAGGCCTTAAGGGTGTATGATGCGAGCATAAAGTGTTGGAGTAGTAGGCCAAGGGATGCATTCTATGGTGCCCTTGTGTGGGTTGATGCGTTGGTGTTGATTGGTGCATGCTAAGGTAGACGAGAGGAAGGATGTGTCTTGGGTGTAAGGAAGGCATGAGGCGTCCAAGTGGGATGCATGCAAAAGAGTAGCCAAGAAAGGAAGCAAAAGAACCTCAAAGGGAGGCTTAGTCTTGTGTTGAAAAGCATACCATGAGGTGATGCATCCATCATTTCTTTGTACTTGGGCAAATTTGAGAATATATTAATTAAGTCTGATTAGGTTTCAAATTGAGGTTAATTGTGGTGTGGGCAAGCAGGAGGTGGCAATCTGAGATTTTGCATGAGTTCCCTGTAAAGGCTATAAATAGGAGAGCCAACGAAGAAGACTGGTTTGCACAATTTACTCAAGCTATTTTAGATATTCTTCGACCAAATTACTCCATATTGAATCTAATTTCAAAGAGAGGGTTGCAGGAAGGAAATTCCTTGAGGAAGAATTGGAATTCCATCGGAGATTCAAGATGATTCATGCTGTTGAATAATGGAGCAGGGTGGAAGAAATTCTTGTATTTGAAGGAATAAAAGGAGTTTGAAGCTGAAATTTGGAGGTAAGTTAATAAAAGTAAATTATCTACAAGTTTGTAAAAGGAAGTAAAGCTTAATTTTTGCTGAAAATATTATTTTTGGCAAATAGAAGTGAAGGTAGTGTCTTTGAGGTTGTCAGGTGAGATTGGGCTAAGGAGGAGGGTTGTGTGTGTATAGGCAAACTTGGGTAGTGGTCGAAGGTTTATTCCATTGAGATTATTTTTGGTGATTTTGAACGCTCAGTGTGTAGGCTGACATGTCACTGACACTATGGATGTGTAGGCTATTGAGCGAGACAAATCTCGCTAATTAGCAGGGAGTGACACTGTAGGCATGCAGGTGTTGGCGAGACAAGTCTCGTTAGTCTCTAATAGGCAGACAAGGCGAATGATGCAGACTGTCAACAAGGACACGATGCATGCATCGGGTAGGTTGGAGATCGACCCCCAATTGGCGTGCATAGCTGAAGACGCACACATGCCCTGCCTTTTGAGGTTCTTTGACTCCTGTTTGTGCTAGAGTTGTCGCCCACAAGTGTCAAAGCTGTGTGAGCAGTACCAGGGTGTGCGAGGCAGTGGAGCTGTGCGTGTTTTGCCACACATAAGAGGTTGGACAAGTTGTGTTGGCATGAGTTTAAATATGCTTTTACATGAGAATTAAGTGATGAAGCATGATGTTTTACTATGTTAAAGTGTTATGCAAACATGTTGTTGTTATATAGTTTGAAACTCTGAGGATTTGTAAACTTTGTTTATTAATGATTTGTTATCAAAAGCATGCTTTACATTCAAAAGGTTAATAGATGGACCCCAATACCGAATGACACGGAGAAGGGATATGGGCAGCCTAAACATTGTGATATGGGACCCCAATGGTAAAGGACATGAGAAGGTACACGAGCAGCCCAAGTTAATGATTCCTATGTGCACATAGAGGGAAATTCGATGTTGTTGTGTTGAGATTACTCCACACAGCTAAGGTTATTTGACGTTTGGTGTGTCGAGATTACTCCACCCCAACTAAGGTTGTTTTCGACGTTGAGTCGTGTTGAGCTTTGCTCCACCTCAACTAAGGGTATCTGAAATGCAAAAGCTTGTGTTTGTGAATTTTTTGTGATAAAATGCTTGTGGTTTGCTATTTGCTTATCAAGCATGATTTATGTTGAAAGCTTTTATGCTAAGTATGGTTTTCTAGCTTATTACTCACTGGACATCCTAGCTCATGATTTTCTTTGGTTTCCTGTCTTCCAAGTAATGAGCGAAATTGGGGTGCTTAACTTACATCAAACTTGTCTGCGCCTACTACTTACTTTATAAATATTGCAAATATTTGTACTTAAGTCTCAGCATTGTACACGAAGGGGTTTTTGAGGGGTGGAAGTCTGTAAAAATGTATCTATTTTATGCTAGGCTATTGTATGGAAGTTTATAAATTATGCTAGTTTATCATGGGATTTAAGCATGTTGTCTAGATGAGAATTATTAATTGTTTATCAGGCGTTTGGCAATGAATTGAGGATAGTACAAGTTGACAGTAGATGTCGTATAAGGGTCAATGTCTGTTGTCTTCACATCTTTTCCTAGGTTAAGAGGGTAACTTAGGAGGGGGTGCGACAGTTTCACTATGGGAATGTTTCTTGGTGGGGCAATTGGTCGATGGTAGATTACCTTTTCAAGTAATCACTCGCTTGGTTGAAAAGGTGTAGGATCGAATAGAAGTACCACTTATTATAATTATGGATAATAGTTTGATCCTATTTCAATTATGTCGTCCTAAGGCACGTGATTAGATTTTGGCCAATAGTCCATGGCACCTTGAAGGAAAACCATTCTTACTTCGACGCTGGACCCTAGGTATGGTACCAGTGTGGATTAAATTATTCAATGTTCCTTTTGAGTTGTAGACTCCAAGCTTGTAAGGGCTTAACTACTCACACACTATTGTTGTCAAAGGTCGTGTGGTTAGGAATGGTATATCCTCATTGATTGATGGTTCTAGTCAGAGGATTTCCTCTAGTATTGATATTTTCTCCACTATTGTCGACTATTTTACTACTCTGTAAGGTTCCCAACCTGCCTTGTATCATGACCTCATTGTCGAAATTTCTAATATTGTAAATTTTTCTTGGCTTGAGGGTTGTAGTGAGGTGTTATGTCAGCCTGTTACTCATGATGAAGTTCATACTATGTTATTTTCGATGGGCAGTGGTAAGGCGCTGGGTCCAGACAGGTACTCAGTGGCTTTTTTTAAATATGCTTGGAGTATGCTGGGTTAGGATTTTGGTGGTGCAAACTTGCATTTTTTTTAATACTTTCTTCCTTCTTCCTAGTGTAAATGCAACGTCTATCACCTTGGTTCCTAAAACGTTTGGATCTTGGAAGCCTTGGAGACTTTCGACCGATCTCTTGTTGTAACGTTCTATATAAGTGTATCTTAAAGATTATTGCCAATCACCTTTGTGTATGGCTCCCCCACTTCATCAATTTGAATCAGTCTGCTTTTGTGAAAGGTCGTAGTATTGTGGATAATATTCTTCTTTGTAAAGAGCTGGTGAGGGGTTACCATAGGATTGTTAGTAAGAGTCGGTGCTTGCTGAAGGTGGATTTCCAGAAGGCCTATGACTCTATCCATTGGGATTTCCTTTTTGGCCTACGATTTTGTCCATCAATTCGAATCAGGGTTGATGTTTTTCTTTCATTTTGTGAGGGTGGTTTGAGTATTCGCTACATTCCTTCTTGGAACGTTGTTGCTATTGGGAAGCTTTTGTGGCTTATTCTAATTAGTTATGGATCCATGTGAGTTGTTTGGATGGAGGCGTATAGTTTATGGGGTCGAAGTAGTTGGGCTGTTAGGGCATCTTCGTCTTCGTCTTGGTGTTGGAAGGTTATTCTAAGAGTTCATGATAGTTTGAGGCCCTTGGTTCGTTTTTCTATTGGGAATGGGCGTAGCTGTTTGGTTTGGTATAACCTTTGGTTAGTTGGGGCCCTATTCTTCAACAGTTTAGTACTGGTGTTATCTTGGATGTTGACAGCTCCCTTCATTCTAAGGTGGGAGATTTCCTTTGTCCTGATGGGACTTAGAACTGACCTTCCACCTTTAGGGATCCAATTGACCTTTTCACGCAAGCCTATTCTTCAACAGCTAGGATTGTGTTACCTAGCTCCCTTGTAAGTCTGGCGTGTTTTCAGTTGATAGTGTTTGAGAATCTTTACGTCTTAAGCATTGGCTCACCTTCTTTGGTTTGGGGGTAATATTCCTAGGCATGTCTTCATTGCTTGGCTTGCTATTCGGAATCGGTTGCGGATGCGTGATCGTGTTAAGTGGTGGTGTTATGATGTCCCTAGTGATTTGTGTTATGTGTATAGTTGGTGTTGAATCTAGGCATCATTTATTTTTATAGTATTCTTTTAGTAAGGCTATCTAGGAGGACATGCTTTTGTGAGGTCGTTGTTCCCATAGAATGTCGTTTTAGGATACTAAGCTTGCTTGGATTTGCCATCTTAGCAAAGGGACTTGGATGAGGCACAACGTTTGGAGAGTTGCTTAGTGGGCTGTTGTTTATCATATTTGGCGTGATCGTATAAGCGTGCTCATGGTGTTCTGTTGTGGCCTCTCAGGTGATTAGTTTGGATATTTGGTCTGAGATTCTGATTTGTTGTTCTAAGTGGCTAGGTGATTCTTCTTTGGGGCTACAAGTGGATTGTTCTCCTTGGAACCTTTTTCCTTAGGTTGTATGTGACTTTGTTTTCCTTTTGGGTTTAGTTGGTTGTTTGTGTTGTTGTTTGGTTTGGTGTTTTGTTTGTGCCTTGACCTCGGGCTGTGAAGTCTCCTTCTCTTTTTAGCAATTCAATACATTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGTGTTTACGTAAATGTTGATACGAGAGCAGAAATTTAAAAAAGAAATGGAAAAATAATTACAAAAGAATATAAAGTTTAGAAATATTTTGATGTGAAATGATGTGAAAATTATGGAAGTTTTGGATGGTAAAAGGAAAAAAAACTCACATAAATTCAATTTTGAGGTGAAATGATGTGAAAATTTAATGGAAAAAGTTTGAATGAGGTTAAAAATAAATATAATTTTTTTTTTTG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CAATCTGATCTTTTGCTGTGGATTATTAGTTTTAGGTTGCTGGATTTTCAACCCAATCTACAGATTCCCCTAATTTCTTCATTTTCAGGCTTGGATTTTGCTCATCTTCAATCGGTAGGTTTCTTAGCTTCTATCTTCTTTTGGGTTTTCTTTCTTTTCTCTTTTTCCCTATATTATGGTTCTTTGTGTCTGTTTTTTGAAGCTCCCTAATTTCTTAGCTACTGGCTCTACTGTCTAGGGCTACTTTCTATATCTACAATGGTTTTCTCTTCCCTTCTACTTTTAGGTTTTGTAACATTTCCTTACTTTTTGGCTTGTGTTAGCTATTTCTTACTTTTGTGTATGTATGTCTCAAATTTCCATCTAATTCTGTGTTTGGGGTTTCTTGTGGAAACACACTTGGTGAGGAAATGGATCGTTGACCTCTGTGACCAATTGGGTTCTTTGTGTTTGTGGACCGTTCTACTTCTTTGTTCTCCTTTTGGTTTGTTTTGTTTTTCAGGGTGCGATTCAGTTGTCACTTGCTTTTGAATTTGATTCTGCTGTTTCATTTTTTGTGTTTTTTAATCTATTGATCAGCTGATTCATAGCTTTGTAACCCATGTTCTGTATGCTTGAATGATTTGTGGGTGTCTGAAATTGTGTTTAAGATTGTTTCTGAAACTCACTTATGACCAGAAGAGACACCTAATCTTCAGAAATGTCACAAACTCAAAATTTTGCATAGTTTGGTTTGTCTGACCTGTTGGGTTTTGCAAGAGAAGCTCTTTGCTTACTAAGTTCATCAAATCAAATGCTTCAAACTGATAAATTGTATTCAAACAAACGAAAACTTCGGCTCACATCAGGTCTAAAATCCATCATTTGTATCTTTGAGGAATCTAGTATTTAGGCTGGTTTGTTTCGTCATAGAGTTTTCATAATAGAATGTCTTTTACATGTTTTTGTGTTCCCTTTTTCATTGTTTTTAAAGCATGATGAATGACTGAATGTTGTCCCTTGATATGCAGTTGATGGTGGTGTACGTTGTGGTCTTGGTTATCTTTTAAGTGGCATCTAG

mRNA sequence

ATGGCACTTTCCATTGTCTACCGTGGTACTCAAAATCAGGGAGGTATGCTCGTGGACTTAGCCGTGGGAATGGCTTCAAGCAAGTGGCTAGGCATGAAGCTTGAGAAGGAGGTGTTGGCGAGACAAGTCTCGTTAGTCTCTAATAGGCAGACAAGGCGAATGATGCAGACTGTCAACAAGGACACGATGCATGCATCGGGTAGGTTGGAGATCGACCCCCAATTGGCGTGCATAGCTGAAGACGCACACATGCCCTGCCTTTTGAGGTTAATAGATGGACCCCAATACCGAATGACACGGAGAAGGGATATGGGCAGCCTAAACATTGTGATATGGGACCCCAATGGTAAAGGACATGAGAAGCTAAGGTTATTTGACGTTTGGTGTGTCGAGATTACTCCACCCCAACTAAGGTTGTTTTCGACGTTGAGTCGTGTTGAGCTTTGCTCCACCTCAACTAAGGGTCGTGTGGTTAGGAATGGTATATCCTCATTGATTGATGGTTCTAGTCAGAGGATTTCCTCTAGTATTGATATTTTCTCCACTATTGTCGACTATTTTACTACTCTTGAGGTGTTATGTCAGCCTGTTACTCATGATGAAGTTCATACTATGTTATTTTCGATGGGCAGTGGTAAGGCGCTGGGTCCAGACAGTATTGTGGATAATATTCTTCTTTGTAAAGAGCTGGTGAGGGGTTACCATAGGATTGTTAGTAAGAGTCGGTGCTTGCTGAAGGTGGATTTCCAGAAGGCCTATGACTCTATCCATTGGGATTTCCTTTTTGGCCTACGATTTTGTCCATCAATTCGAATCAGGGTTGATGTTTTTCTTTCATTTTGTGAGGGTGGTTTGAGTATTCGCTACATTCCTTCTTGGAACGTTGTTGCTATTGGGAAGCTTTTGTGGCTTATTCTAATTAGTTATGGATCCATGGATCCAATTGACCTTTTCACGCAAGCCTATTCTTCAACAGCTAGGATTGTGTTACCTAGCTCCCTTGTTGCTGGATTTTCAACCCAATCTACAGATTCCCCTAATTTCTTCATTTTCAGGCTTGGATTTTGCTCATCTTCAATCGTTGATGGTGGTGTACGTTGTGGTCTTGGTTATCTTTTAAGTGGCATCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGCACTTTCCATTGTCTACCGTGGTACTCAAAATCAGGGAGGTATGCTCGTGGACTTAGCCGTGGGAATGGCTTCAAGCAAGTGGCTAGGCATGAAGCTTGAGAAGGAGGTGTTGGCGAGACAAGTCTCGTTAGTCTCTAATAGGCAGACAAGGCGAATGATGCAGACTGTCAACAAGGACACGATGCATGCATCGGGTAGGTTGGAGATCGACCCCCAATTGGCGTGCATAGCTGAAGACGCACACATGCCCTGCCTTTTGAGGTTAATAGATGGACCCCAATACCGAATGACACGGAGAAGGGATATGGGCAGCCTAAACATTGTGATATGGGACCCCAATGGTAAAGGACATGAGAAGCTAAGGTTATTTGACGTTTGGTGTGTCGAGATTACTCCACCCCAACTAAGGTTGTTTTCGACGTTGAGTCGTGTTGAGCTTTGCTCCACCTCAACTAAGGGTCGTGTGGTTAGGAATGGTATATCCTCATTGATTGATGGTTCTAGTCAGAGGATTTCCTCTAGTATTGATATTTTCTCCACTATTGTCGACTATTTTACTACTCTTGAGGTGTTATGTCAGCCTGTTACTCATGATGAAGTTCATACTATGTTATTTTCGATGGGCAGTGGTAAGGCGCTGGGTCCAGACAGTATTGTGGATAATATTCTTCTTTGTAAAGAGCTGGTGAGGGGTTACCATAGGATTGTTAGTAAGAGTCGGTGCTTGCTGAAGGTGGATTTCCAGAAGGCCTATGACTCTATCCATTGGGATTTCCTTTTTGGCCTACGATTTTGTCCATCAATTCGAATCAGGGTTGATGTTTTTCTTTCATTTTGTGAGGGTGGTTTGAGTATTCGCTACATTCCTTCTTGGAACGTTGTTGCTATTGGGAAGCTTTTGTGGCTTATTCTAATTAGTTATGGATCCATGGATCCAATTGACCTTTTCACGCAAGCCTATTCTTCAACAGCTAGGATTGTGTTACCTAGCTCCCTTGTTGCTGGATTTTCAACCCAATCTACAGATTCCCCTAATTTCTTCATTTTCAGGCTTGGATTTTGCTCATCTTCAATCGTTGATGGTGGTGTACGTTGTGGTCTTGGTTATCTTTTAAGTGGCATCTAG

Protein sequence

MALSIVYRGTQNQGGMLVDLAVGMASSKWLGMKLEKEVLARQVSLVSNRQTRRMMQTVNKDTMHASGRLEIDPQLACIAEDAHMPCLLRLIDGPQYRMTRRRDMGSLNIVIWDPNGKGHEKLRLFDVWCVEITPPQLRLFSTLSRVELCSTSTKGRVVRNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVDYFTTLEVLCQPVTHDEVHTMLFSMGSGKALGPDSIVDNILLCKELVRGYHRIVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFLSFCEGGLSIRYIPSWNVVAIGKLLWLILISYGSMDPIDLFTQAYSSTARIVLPSSLVAGFSTQSTDSPNFFIFRLGFCSSSIVDGGVRCGLGYLLSGI
Homology
[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match: TYK26658.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold313G003080 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 83.6 bits (205), Expect = 4.1e-12
Identity = 61/184 (33.15%), Postives = 76/184 (41.30%), Query Frame = 0 

Query: 152 STKGRVVRNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVD--YFTTLEVLCQ----PVTHDEVHTM 211
           S + R+ RN + SL+D    R     ++   I D   F   E  CQ    P++ +EV  +
Sbjct: 176 SVRSRMSRNTLRSLVDSDGTREIGYRELSPVIDDIVQFQWSEKCCQALQLPISREEVRRV 235

Query: 212 LFSMGSGKALGPD----------------------------------------------- 265
           LFSM SGKA GPD                                               
Sbjct: 236 LFSMDSGKAPGPDGFSAVGVNATAITLIPNGAERLEDFRPISCCNALYKCISKILADRLR 295

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match: KAA0062318.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold154G00690 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 82.8 bits (203), Expect = 6.9e-12
Identity = 61/186 (32.80%), Postives = 76/186 (40.86%), Query Frame = 0 

Query: 152 STKGRVVRNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVD--YFTTLEVLCQ----PVTHDEVHTM 211
           S + R+ RN + SL+D    R     ++   I D   F   E  CQ    P++ +EV  +
Sbjct: 176 SVRSRMSRNTLRSLVDSDGTREIGYRELSPVIDDIVQFQWSEECCQALQLPISREEVRRV 235

Query: 212 LFSMGSGKALGPD----------------------------------------------- 265
           LFSM SGKA GPD                                               
Sbjct: 236 LFSMDSGKAPGPDGFSAVGVNATAITLIPKHNGAERLEDFRPISCCNALYKCISKILADR 295

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match: XP_039057772.1 (uncharacterized protein LOC120201183 [Hibiscus syriacus])

HSP 1 Score: 80.5 bits (197), Expect = 3.4e-11
Identity = 57/184 (30.98%), Postives = 84/184 (45.65%), Query Frame = 0 

Query: 159 RNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVDYFTTL---------------------------- 218
           R  I  L++    R+ S  D+   ++DYFT L                            
Sbjct: 156 RQTIRVLVNHQGDRLDSFEDMSVELIDYFTKLLGTQDPNTRVCPPSILKDLVHPISSLED 215

Query: 219 -EVLCQPVTHDEVHTMLFSMGSGKALGPD--------------SIVDNILLCKELVRGYH 278
            E+L + VT++E+   +FS G+ KALGPD              SIV N LL +E+V+GY 
Sbjct: 216 KEMLAKEVTNEEIKKAIFSQGNDKALGPDGIIAPNQSAFVKGRSIVYNTLLAQEIVKGYG 275

Query: 279 RIVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFLSFCEGGLSIRYIPSWNV 300
           R     RC LK+D QKA+DSI+WDF+  +        +V  ++  C    + RY  ++N 
Sbjct: 276 RKSLSPRCALKIDLQKAFDSINWDFISAVLNSMEFPSKVIDWIIACYS--NARYSIAFNG 335

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match: KAE8726370.1 (Kinesin-13A [Hibiscus syriacus])

HSP 1 Score: 79.3 bits (194), Expect = 7.7e-11
Identity = 46/123 (37.40%), Postives = 67/123 (54.47%), Query Frame = 0 

Query: 191  EVLCQPVTHDEVHTMLFSMGSGKALGPD--------------SIVDNILLCKELVRGYHR 250
            E+L + VT++E+   +FS G+ KALGPD              SIV N LL +E+V+GY R
Sbjct: 1310 EMLAKEVTNEEIKKAIFSQGNDKALGPDGIIAPNQSAFVKGRSIVYNTLLAQEIVKGYGR 1369

Query: 251  IVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFLSFCEGGLSIRYIPSWNVV 300
                 RC LK+D QKA+DSI+WDF+  +        +V  ++  C    + RY  ++N  
Sbjct: 1370 KSLSPRCALKIDLQKAFDSINWDFISAVLNSMEFPSKVIDWIIACYS--NARYSIAFNGT 1429

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match: KAA0057642.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 1.0e-10
Identity = 36/63 (57.14%), Postives = 46/63 (73.02%), Query Frame = 0 

Query: 219 SIVDNILLCKELVRGYHRIVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFL 278
           SI++NILLC+ELV GYH    K RC LKVD QKAYDS++WDFLFGL+   S  ++   ++
Sbjct: 480 SIIENILLCQELVGGYHLNSGKPRCTLKVDLQKAYDSVNWDFLFGLQISISTPLKFVSWI 539

Query: 279 SFC 282
           S C
Sbjct: 540 SAC 542

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DT20 (Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold313G003080 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 83.6 bits (205), Expect = 2.0e-12
Identity = 61/184 (33.15%), Postives = 76/184 (41.30%), Query Frame = 0 

Query: 152 STKGRVVRNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVD--YFTTLEVLCQ----PVTHDEVHTM 211
           S + R+ RN + SL+D    R     ++   I D   F   E  CQ    P++ +EV  +
Sbjct: 176 SVRSRMSRNTLRSLVDSDGTREIGYRELSPVIDDIVQFQWSEKCCQALQLPISREEVRRV 235

Query: 212 LFSMGSGKALGPD----------------------------------------------- 265
           LFSM SGKA GPD                                               
Sbjct: 236 LFSMDSGKAPGPDGFSAVGVNATAITLIPNGAERLEDFRPISCCNALYKCISKILADRLR 295

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V3Z0 (Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold154G00690 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 82.8 bits (203), Expect = 3.4e-12
Identity = 61/186 (32.80%), Postives = 76/186 (40.86%), Query Frame = 0 

Query: 152 STKGRVVRNGISSLIDGSSQRISSSIDIFSTIVD--YFTTLEVLCQ----PVTHDEVHTM 211
           S + R+ RN + SL+D    R     ++   I D   F   E  CQ    P++ +EV  +
Sbjct: 176 SVRSRMSRNTLRSLVDSDGTREIGYRELSPVIDDIVQFQWSEECCQALQLPISREEVRRV 235

Query: 212 LFSMGSGKALGPD----------------------------------------------- 265
           LFSM SGKA GPD                                               
Sbjct: 236 LFSMDSGKAPGPDGFSAVGVNATAITLIPKHNGAERLEDFRPISCCNALYKCISKILADR 295

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6A3CAX5 (Kinesin-13A OS=Hibiscus syriacus OX=106335 GN=F3Y22_tig00007043pilonHSYRG00083 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 79.3 bits (194), Expect = 3.7e-11
Identity = 46/123 (37.40%), Postives = 67/123 (54.47%), Query Frame = 0 

Query: 191  EVLCQPVTHDEVHTMLFSMGSGKALGPD--------------SIVDNILLCKELVRGYHR 250
            E+L + VT++E+   +FS G+ KALGPD              SIV N LL +E+V+GY R
Sbjct: 1310 EMLAKEVTNEEIKKAIFSQGNDKALGPDGIIAPNQSAFVKGRSIVYNTLLAQEIVKGYGR 1369

Query: 251  IVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFLSFCEGGLSIRYIPSWNVV 300
                 RC LK+D QKA+DSI+WDF+  +        +V  ++  C    + RY  ++N  
Sbjct: 1370 KSLSPRCALKIDLQKAFDSINWDFISAVLNSMEFPSKVIDWIIACYS--NARYSIAFNGT 1429

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UP65 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold43054G00070 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 4.8e-11
Identity = 36/63 (57.14%), Postives = 46/63 (73.02%), Query Frame = 0 

Query: 219 SIVDNILLCKELVRGYHRIVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFL 278
           SI++NILLC+ELV GYH    K RC LKVD QKAYDS++WDFLFGL+   S  ++   ++
Sbjct: 480 SIIENILLCQELVGGYHLNSGKPRCTLKVDLQKAYDSVNWDFLFGLQISISTPLKFVSWI 539

Query: 279 SFC 282
           S C
Sbjct: 540 SAC 542

[Close]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3D7P6 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold416G00080 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 4.8e-11
Identity = 36/63 (57.14%), Postives = 46/63 (73.02%), Query Frame = 0 

Query: 219 SIVDNILLCKELVRGYHRIVSKSRCLLKVDFQKAYDSIHWDFLFGLRFCPSIRIRVDVFL 278
           SI++NILLC+ELV GYH    K RC LKVD QKAYDS++WDFLFGL+   S  ++   ++
Sbjct: 461 SIIENILLCQELVGGYHLNSGKPRCTLKVDLQKAYDSVNWDFLFGLQISISTPLKFVSWI 520

Query: 279 SFC 282
           S C
Sbjct: 521 SAC 523

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
TYK26658.14.1e-1233.15uncharacterized protein E5676_scaffold313G003080 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0062318.16.9e-1232.80uncharacterized protein E6C27_scaffold154G00690 [Cucumis melo var. makuwa][more]
XP_039057772.13.4e-1130.98uncharacterized protein LOC120201183 [Hibiscus syriacus][more]
KAE8726370.17.7e-1137.40Kinesin-13A [Hibiscus syriacus][more]
KAA0057642.11.0e-1057.14reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Clc08G03370 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3DT202.0e-1233.15Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1... [more]
A0A5A7V3Z03.4e-1232.80Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1... [more]
A0A6A3CAX53.7e-1137.40Kinesin-13A OS=Hibiscus syriacus OX=106335 GN=F3Y22_tig00007043pilonHSYRG00083 P... [more]
A0A5A7UP654.8e-1157.14Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold43... [more]
A0A5D3D7P64.8e-1157.14Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold41... [more]
BLAST of Clc08G03370 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc08G03370.1Clc08G03370.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006278 RNA-dependent DNA biosynthetic process
molecular_function GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity