Clc08G03290 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc08G03290
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr08: 8137657 .. 8142087 (-)
RNA-Seq ExpressionClc08G03290
SyntenyClc08G03290
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAATTTGGCCTTTAGTTGTATGTTACGATGCTTGGGCTTCTCAACAGATTTCAGCACCGCCTGCCTCGCAGTTCATGGTGAAATCATCCATACCGGATCCTGGACTTTAGAGGTCTCTATAAAATCCTCGGTATGCTTCTGTGCCCTGATTCTTCTTCCTTCGCCGTCTTCTTCCTCTTTTGGCTGTGAATTCTTAGGCTTTTCTTGTCTTGATTGATATCAATAACTTCAATTTTGCCCAATGATGGAAAATCACTATGAATTGAACGGTTGCAGATGGCTTTGCTTTGTTTGTCATTAGCCTTTTCTTATCTCTACCTCCACCATCACCTCCTCTTTCATTCAATCCATACATGTAATCACACACACATCACTGTTTGTAAAGGCTTTTGATGAACGAACACCGTTTGCTTTATACCGTGAATGATTCTATTAAAGCTATGAGATCTGAGGGCTTTGCTTCTTTAGTTATTTTGTTGTAGGTTTTGTTGTTCTTTGTTTGTGTATTGCTTGTTTTCTTGGATTTGGGGCAGTTTCTAACTGTAATTCTTATGAAAATGCAGCCTATGAAGCAGATAATTCCACCCGTTTGACTACTTGTTGTTATTGGGTTGTGTGTATTTGTTGGAATTTGATACGTTAGTGTCTATTGTCTCTTTGACTTTGACAGGAGGCACTTTAGTAATTAGTATTATTATTTAATAATTGTTTTGTAATACGTAGTTTTTAAAATTTCATGGTTAAGTCATTTATTGAGTTGATTCCTTTCAATTGTAGTTCGAGAAAAAATTAATGATTGTCATGGTATTTGGTCATTTTGTTTGAAAATTCATGCTTTGCTTTGAAAATTACATCTGCCCGATGATGGAATACTCTGATTAGAGCAGTTACTAATGATCTTTATTACAAGCCTTTGCCATTAACCAACTCACACATGATCTCTCTGTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTATTTATATAGCCATCTGATAATCCATCCATCTGCTTTCTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTAATGAGTGGTTAAGGATGTGTAGAGGCTAGTAATGAAAATCACCTGTCTATCTAGCAATGATAAATTATGTTAATGAGATCTGAGGGCATCTTGAAAATGGTTAATTTTTCATGAAACTGCAACTGCTGTCCTTGTTAGATCTTACAATGGTGTGTTTGTGAATTGTGTTTATCAAGTAGAAATCTGTTTTGAAAAGTATTCTAAATGACTTCGTAATGTTTGCATTTTAAATTTGATCTTAAAACTTAAAGACAACTTTTAATTTATCAAAGTAATCAATTTTATTCAAAAGGGCCATACCTGTTGACCTTGTTAGATCTTAATTGAAACATGTGACGTTTGTTTCAATTTCTTGTATTATGGAGAAGAAAGCTATTTCATTGATAGGATGTTGTTAAAGTGTTATTAGGATTTAAGGGTATAGTAGTAATTATGGAAGGGAGTTGTTGAACTTTGTTATAAATAGAGAGAATGAGGAAGGAGGCTTTAGACATTATTTTGGTGAGTTGAATTAGGATTTGAGTGTAATCTCGATAAGGGAGGATCAAAGTACCTTGAAACACTTGGTTTATTTCGTAGTTTTGATACTCTTATATTCCAATACATATGAGTTCTCTCATTGATTTAAAAATGTTTCAATACTGTTGTAATCATCCATGGTTCAGGTAAATGAACAAAAAAAGGAGTGAAAGTCTTTCCTTCTGTGGGATAGTTTTTAAACAATTATTGGGATTACAATGTTTCTTTTTATGCATTGCATAGATAATAAATTAGAAGGATGACAATGATTAATATTGAAAATGATAAAGGGAAAGATTAATTATATTATTTAGAGTTAATATTAAAAACAATACTTGAAATGTGCATAGTAACATTATTTATAGTTTACGTTTTAATTATACATGGACAAAGTTTATTCACAAGTTTCCTCTAGCATCCTAAAATTACCCTTGCCCAATGATGGAAAAACTCATGCTGTAGAGCGATTGCATTGATTTCTAATACTAGCTTTTGCCCTCAACCACAACAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAAACACACACATACATACATATATATATATATAACCCTTTTTCATTTCCCATCTCTTCTATTATTGTGGTTAGAGATGAGTAGAGGCTAGTATCCGAATCTAATGCAAATATTGTCAATGAGGAACTAAGCTATGAGATCTGAGGGTACTGTGCAAAACTGTCATCATTTTTCCTTCTTAAGGATGCATGTGAATTTTGATACCATTTTCACCTTGAAGTAATTAATCTAGCTTTGGATTAGTGTTTGGTTTAAATGTATTACATGTTATACTAATTGTAGACGCAGCTGTTTTGCTTAGTGCTCTCCTGAAAAGGAACATGTGAATTGTATAGTGCCCATTTGATAAATGAGGTATGCGTCAATGCCCTTATTTTGTGTTCTATGCCCTCTGGAGCCCTTGCCTGGTCTTGCTACGATGCTTGGGGTTCTCAACAGATTTCAGTGCCACCTATCTCACGGTTCATGGCGAAATCCACACCAGATCCTGGACTCCAGAGCTCTCTTTAAAATCCTCGGTATGCTTCTGTGCCCTAATTCTTCTTGCTTCATTGTCTTCTTCCCCTTCTGGCTGTGAATTCTTAGGCTTTTCTTTTCTTTTTACTCTTGATTGATTGATAGCAGTAGCTTCAATTTTGCCCAATGATGGAAAATCATTATGTATTGAATGGTTGCAGATGGCTTTGTTCGTCATTAGTTAGCCTTTACTTATCTCCACCTCCACCTCCACGTCCACCATCACCTCCTCTTTCATTCGGTCCATACAGCAATCACACACATCACTGTTGGTAAAGGCCTTTTGATGAACGGGCATCATTTGCTTTATACCACGTATGATTCTCTTAAAGCTATGAGATCTGAGGGCTTGGCTTCTATACTGTTTTGTTCTACTTCTATTGCTTGTTTCCTTGGTCCAGTTGTAGAGTGTGATGATAGTTTCGCTGAATTTGGGGCAGTTTGTCACTGCAATTCTTATGAAAATGAAGCCTAGGAAGTAGATAATTCCACCCGCTCGAACTCCTTGTTATTGGGTTGTGTGTAGTTGTTAAAATTAATACATTAGTGTCTTTGTTGTGTTTAATTGATATCTTTGTTTCCTTGTTTGGTTCTTTTTGTTCTTCCAGGCTTTGCTTCCATTACTTTTGTTTGAACCTGCAACTACAACAAAACTTTATTTTTTTATTTTTATTATTTTTTTTCTCGGATTGTGATCTCAAGTTGTATAAGAAAATTTATTTTACCAAATTCATCTTTAAGAACCTTTTCCTTTTGTCTTAATCCTCTAGGCTCTTTGTTTCAGTCAGATCTCATTCAGATATGTGTTTTACAGAATAAAGAACATTTAGACCTCATTACTAGAGGTGTTTAAACCATTTGATGGCTTGAAAAACCCGATCAACCTAATCCATATGGTTTGGGTTGGGTTATCAACTCATTTGAGTTGGGTTCGATTCAAATAAATGAATATTTCATGGTTGGGTTGGTTCATGGGTTCACCTAAAATAACCTAAACTAACCCAAAGGTCCCAAACCAACCACAATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAAACACACACATACTTACATATATATATAACCCTTTTTCATTTCCGGTTTCCCATCTATGCTATTATTGTGGTTAGAGATGAGTAGAGGCTAGTATCTAAATCCAATGGGAATATTGTCAATGAGGAACTAAGCTATGTAATTGAGGGTATTGTGACAGTTTTACAACCTATAAAACAGATCTTGTTCAAGCAAGGTCGCTCATTTTTGCTTCTTAAGGATGCACATGAATTTTAAACCATTTTCACCCTGAAGTAATTAATTTAGCTTTGAATTAGTGTTTAGTTTAAATGTATTACGTTGTTATTCTAACTATAGATGCAGTTTGCTTAGTGCTCTCCTGAAAAGGAACGTTCTATGCCCTTTGGAGCCCTTGCCGGGTCTTGCTACAATGCTTAGGCTTCTCAACAGATTTCAGTGACCTATCTTGTGGTTCATGGCGAAATCCACACCAGATCCTGGACTTCAGAGCTCTCTATGAAATCCTTGGTATGCTTATGTGCCCTAATTTTTCTTGCTTCATCGTCTTCTTCCCCTTCTGGCCATGAATTCTTGAGCTTTTCTTGTCTTTTCTTTTGTATTCTTGATTGATTGATATCGATAGCTTCAATTTTGCCCAATGATGGAAAATCATTATGCATTGAATGGTTGCAGATGGCTTTGTTTGTCATTGATTAGCCTTTACTTATCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCATCATCTCCTCTTTCATTCCGTCCATACATCTAA

mRNA sequence

ATGAATTTGGCCTTTAGTTGTATGTTACGATGCTTGGGCTTCTCAACAGATTTCAGCACCGCCTGCCTCGCAGTTCATGGTGAAATCATCCATACCGGATCCTGGACTTTAGAGGTCTCTATAAAATCCTCGGTTTTGTTGTTCTTTGTTTGTGTATTGCTTGTTTTCTTGGATTTGGGGCAGTTTCTAACTGTAATTCTTATGAAAATGCAGCCTATGAAGCAGATAATTCCACCCCCCTTGCCTGGTCTTGCTACGATGCTTGGGGTTCTCAACAGATTTCAGTGCCACCTATCTCACGGTTCATGGCGAAATCCACACCAGATCCTGGACTCCAGAGCTCTCTTTAAAATCCTCGCAATCACACACATCACTGTTGGTAAAGGCCTTTTGATGAACGGGCATCATTTGCTTTATACCACGTATGATTCTCTTAAAGCTATGAGATCTGAGGGCTTGGCTTCTATACTGTTTTGTTCTACTTCTATTGCTTGTTTCCTTGGTCCAAGTGTGATGATAGTTTCGCTGAATTTGGGGCAGTTTGTCACTGCAATTCTTATGAAAATGAAGCCTAGGAAATGGCTTTGTTTGTCATTGATTAGCCTTTACTTATCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCATCATCTCCTCTTTCATTCCGTCCATACATCTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAATTTGGCCTTTAGTTGTATGTTACGATGCTTGGGCTTCTCAACAGATTTCAGCACCGCCTGCCTCGCAGTTCATGGTGAAATCATCCATACCGGATCCTGGACTTTAGAGGTCTCTATAAAATCCTCGGTTTTGTTGTTCTTTGTTTGTGTATTGCTTGTTTTCTTGGATTTGGGGCAGTTTCTAACTGTAATTCTTATGAAAATGCAGCCTATGAAGCAGATAATTCCACCCCCCTTGCCTGGTCTTGCTACGATGCTTGGGGTTCTCAACAGATTTCAGTGCCACCTATCTCACGGTTCATGGCGAAATCCACACCAGATCCTGGACTCCAGAGCTCTCTTTAAAATCCTCGCAATCACACACATCACTGTTGGTAAAGGCCTTTTGATGAACGGGCATCATTTGCTTTATACCACGTATGATTCTCTTAAAGCTATGAGATCTGAGGGCTTGGCTTCTATACTGTTTTGTTCTACTTCTATTGCTTGTTTCCTTGGTCCAAGTGTGATGATAGTTTCGCTGAATTTGGGGCAGTTTGTCACTGCAATTCTTATGAAAATGAAGCCTAGGAAATGGCTTTGTTTGTCATTGATTAGCCTTTACTTATCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCATCATCTCCTCTTTCATTCCGTCCATACATCTAA

Protein sequence

MNLAFSCMLRCLGFSTDFSTACLAVHGEIIHTGSWTLEVSIKSSVLLFFVCVLLVFLDLGQFLTVILMKMQPMKQIIPPPLPGLATMLGVLNRFQCHLSHGSWRNPHQILDSRALFKILAITHITVGKGLLMNGHHLLYTTYDSLKAMRSEGLASILFCSTSIACFLGPSVMIVSLNLGQFVTAILMKMKPRKWLCLSLISLYLSPPPPPPPPPPSSPLSFRPYI
Homology
[Close]
BLAST of Clc08G03290 vs. NCBI nr
Match: KGN46021.1 (hypothetical protein Csa_004954 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 9.9e-06
Identity = 36/65 (55.38%), Postives = 46/65 (70.77%), Query Frame = 0 

Query: 132 MNGHHLLYTTYDSLKAMRSEGLASILFCS---TSIACFLGPSVMIVSLNLGQFVTAILMK 191
           MN H LL T YDS+KAMRSEG AS+LF S    S+ C     +++V L+LGQF+ A+LMK
Sbjct: 1   MNEHRLLCTAYDSIKAMRSEGFASVLFYSRFCCSLVC-----LVLVFLDLGQFLNAVLMK 60

Query: 192 MKPRK 194
           M+ RK
Sbjct: 61  MQHRK 60

[Close]
BLAST of Clc08G03290 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KE55 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G044020 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 4.8e-06
Identity = 36/65 (55.38%), Postives = 46/65 (70.77%), Query Frame = 0 

Query: 132 MNGHHLLYTTYDSLKAMRSEGLASILFCS---TSIACFLGPSVMIVSLNLGQFVTAILMK 191
           MN H LL T YDS+KAMRSEG AS+LF S    S+ C     +++V L+LGQF+ A+LMK
Sbjct: 1   MNEHRLLCTAYDSIKAMRSEGFASVLFYSRFCCSLVC-----LVLVFLDLGQFLNAVLMK 60

Query: 192 MKPRK 194
           M+ RK
Sbjct: 61  MQHRK 60

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc08G03290 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN46021.19.9e-0655.38hypothetical protein Csa_004954 [Cucumis sativus][more]
BLAST of Clc08G03290 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc08G03290 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0KE554.8e-0655.38Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G044020 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Clc08G03290 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc08G03290.2Clc08G03290.2mRNA