Clc07G08667 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc07G08667
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr07: 22701464 .. 22706018 (-)
RNA-Seq ExpressionClc07G08667
SyntenyClc07G08667
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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ATGGCCTCCTATAAGGTGTTTTTGAACAAAGACATCATAACAGAATCTTCAAGTGATCTTCAGATGACTCCACTTTGGGATAAGATCTGGAAGCTAAAAGTTCCCGGTAAAATCAAGCATTTCCTTTGGAAAGCCTTGAATAATTCTCTCCCAACAAAATTAAACATCATTAAAAAAGGAATTGATGCAATACCTCTTTACCCCAACTGCCACAAATGTGTTGAATCAGTTGACCACACTCTTTTCTCCTGTTCCCATGCTTCTGAAATTTGGGATCTTGTTTGACCTCACCGACTGGTGTGTGCAAACTTCAACCATAGTTTCATTGACCATTGGTTCTCTCTCTTAGATTGTCCAGAAGGTTCACCTGACTTAATAGCTATCACCTATTGGGAAATTTGGTCTAATAGAAACAAATTTATCCACGATCAAATCATCCCCCCAAGCCCTTTCCGAAGTGATTGGATCTAGAAATATTTTTAGATACTCCTAAAGAAAGCCAGCAGCCCCCCTTCTTAGGTATGCTCAATTCGCACTACGCAATGGGCCTCCCTCCCCTGAATTTTAACAAGGTCAATGTTGATGCGGCCTAGGATCCTAAATCTAACCGAACGAGCTTTGGCATTGTCTGTCGTGATTCTCAAGGCTCAGCAAAAGCTATAAAAGGTATCTCCCTCGACTCTCACTTTCCCCCGCCCATTGCAGAAGCTCTTGCGATCCCTAAAGGTCTCTTATTAGCCTTAAAGGAAGGTTTTTCGAGAATTTAAGTAGAATCTGATTGCTTGACTGCCATCAACTTAATAAATAGATCGAGGCACTATTTAAGCGAGGTCTCCAACTGTATTCACAAGATATGGGGTTTGTCCCCCAATTTTGCCTCTATTTGCTTTTCGTACATCCCTTGGCGTTGTAATTCAGTTGCTAATTGTGCTGCTAAATATGCTAGGTTAGAAAATTTCACTAATGAATGGTTCCTCCAATTAGCCCTCGTGGCGTAGATAAAATCTTCTCCATTTCCTAAAAAAATAGATAAATTTATGTTTTAAATTAAAAATATAAAAAAAATATTATAACCCAACAACCAATTCGGGTTGGGTTGGGTAGGGTTGCAGACTTTATTTGAGTCTTTTGGGTTGCAAAAAACATATTCAACCCAATATAACCCAACTCATGTATACTGCAACTTAGTAACTCTCTAAAATACAAAATAAAATCAAATAAATACAAAATTGAAACATTTGTCCAATTTAACTCAATTGAGTTGTTACTTGACAAATGTCAAACATAACTCATTCAAATTTAAAAAGAAAAAAAAAATTTAAAAGAAACTACAAATTTAACTTTCATATGTGTTAAATTTGTACATGAAAATATTTCTTTCACAAAACTTTTTGCATCTCAAATTTTGGTCCCTATACTTTTGACTATGGTTCATTTTGGTCCCTATGCTTTCAACTTTGGTTCATTTTGGTCCCTATGCTTTCAACTTTGGTTCATTTTGGTCCCTATGCTTTCAACTTTAGTTCATTTTGGTCTCTATACTTACAAAAGGTTCAATTTGGTCCTTCTACTTTTAATTTCCGTTCAATTTGGTCCTTATACTTTTAAAAAGTGACTATTTTGGTAATTTCATTTTTAAGGGATCAAAATAGCCACTTTTTAAAAATTGAAGGACCAAGATGAACTAAAGTTAAAAGTAAAGGACCAAAATGAACAAATTGGAAGTATAAGAACCAAAATGAACTAAAGTTGAAATTATATGGACCAAAATGAATATTTTGAAAGTACATTGACCAAAATGGACTAACACCAAGAGTAGAGGGACCAAAGTAGTATTTAAACCTAGTTTTTATTCCAATTTTATATTTGTAATATATTAATATGCTATTTATAATTGATCAAAAATTTGTGAGCCATAGAGTTACATAGAGTTTCTACTTAACAAAAGTAACATAAGCTTGTAATTAATCAATAAACTTTTGTTTTTTCAATCAACATTTTAAGTAAAATAATAATAAACTAATTTAAAAGAACAAAAAATATATCAAGACCTTAACTAAACACATTTTTTAAGATGGATTTGCTCACACTTACTAGATGGACACTAATATTCAACTACATCAATGTGGAATCTAACATCTTGATTCGACACCTACATCTCTTACAACTTAAATATAACCTCCAACCACTTGAGATGCTTCAAAAATCGAAAAGACTTTGACATCAATCAATTGAGAGAATAAAAATAGAAAAAGAATAGAACTCCCTTTTATAATTTTTTGGTGGAAAAATGTTTAAGAAAACTCCCTTTTCTTATAGTTGGAAGGTGAAAGTTAAAAAAATAAAAATAAAATAATAATAATAATAATAATAATAAAACCTCTTCTAAGCAGCTTAATTCCTCATCTATATTTTTATCATCTTAGTTTATCACCAACTAGTATTAACCTTTACTTAAAAAGATAATACAATTGAAAGCAATAAAAAAGTAAAAGACCAAATTGAAACATTTTAAACAATATGTACTAAATTTTTAGTAATCATAAAATTCATCTCTTCTTTTTCTATTGAGAAAGATAAAAAGTAATCATAAATCTAACACAATACCGTACCTATTAACAAGTGACACCAACCAGGCTAGAAAACTCGTCCATATTAGTTTGTTGCTAATTTTATAAAACATTTAGGCCCTGTTTGGTTCCCGTCCGAATTCTGTTTTATGTTTTTAAATTAAGTTCAGTAAATATGTGTTTAGCAGACAACCCGAATTCTATTTCTAATAATTGTTTTCGGATTTTGTGATTCAAACAATGTTAATTATGAAAATAATATTTTTATGTTTTCATTGTATCCAAAATTTGAATTTTAAAATTTAAAATGTTGAATTATATTAAATAAAGATAAAAACATTTAGAAAGATAATATGTCATGTTATAAACTCAATTCAATTTGTTTAATTAAAATATGTATTATGTAATTATTATAAGTTAGGTTAAATTCCAATTTGGTCTCTATAGTTGAGATAAAGTTACAAGTTAGTTCATATGGTATTAAAATTTAGAACTTAGTTTCTATCGTTTGATACAACTTCATATATTATCTCAATGGTTTGTTAAATCCTCTTAAATAATCTATGTCATAAGGATTATCTAGGAAGCTTTTATCAAACCATATGAGTTAAATTCTAATTATAAACCGTAAGACCTAAATTTTAACTTACAAAAATTTCAGTTTATCTCATAAATTATGTAATACTACAAAATAATAATTATAATTATATACTTTTTTTAACATAAAACCATGTTCATAAGTAAATTAATAATAGTTTATTGTCAACTGATATTTTGTTTAAATTAGAATCTACTTTCTGAATTTTACTACCAAACACATATCTAAAAACATGAAACAAACACATAACTGAAAACATGAAAAAGAACTTCATTTTCATTTAATACCTTGTTATCAAATTCAAATTTCTATTTCAAATTCTCGACCAAACAAGCCCTTAATTCTACTATTCCCTCCATAAATTGGAAAACCTTAATCTCTACAATTCCCTTTATGAATTGTGAATATTTTCCCAGTCTTTTCTTGCTTTAAAATTGTCATTGTTATTAAATCAATTTCAATAAAAACCTATCCATTAAGAGACTACATTTAAATTTTTAAATTTTATTGAAAGTAGAACGAGTAAAAGTGAACCATTAAAAGTAATAAACTAAAAGAAAACCCCAAAGTATAAAGAGCTAAATCATCTTTTCTTTTATTTTCAAAAAAAAATAAAATGATTTTTCCTTTTGACTTTAGCCAGAAACTTTTCCATTCATTTTTCTTTTCTATTGACTTAAGCGAGTTTCGTTTCTTCGAAGAAAAAACTGTTTGCAAATAAAGAAATACTTGATTTTATCACATCATCACAGTAAAGTCAGGATCCTTTTGCTCCTTCATTCATGCTGGACTTCCAATACTTTACAGCAAAATAGATATACATATAAAAGGTAGAATCTCATAACCCTCGTATAAATACAAACCTCACATATTTCACCCAACTGACAAAACAAAAATTATGACAAATAAATACACCCAAAAAGCCAATTCAATTAATGACACAAATAAACACCCCTCCAGGCCCGTTTTCAAGTTTTCGACACATGCAGTAGTTTCCTTGTTATGGATTCACCTGAGTTTGTTAGTTTTCTTTTCCCTGTTAGAGCTTTCAATTTTGTGTTTGATACCTAAATATGGAGAAGCCATCGCATTGATTATGTACGCCTCCTTATGGGTGAATCCTTGGACACAGCCTTCATGTTCTGTGAGTCTCTAAAGCACACAAAGTGCACAAGTGTTTTCCCGTTCGGATAGACAGCAAAAACGCTCGTCCCTATTTTCTTCTTGCAAAGGGAGCACATGCTATCACTGGTTATTTTTATAGCAGGCTTCCTATGGTTATATAGTTCATCTCTCACCTGTTCCACATCAAAATTACCATAGTAAACACGAGATGATATCATGGTTTCACACGAAGTATCATAAGAATAGATATGAGAAACTATAA

mRNA sequence

ATGGCCTCCTATAAGGTGTTTTTGAACAAAGACATCATAACAGAATCTTCAAGTGATCTTCAGATGACTCCACTTTGGGATAAGATCTGGAAGCTAAAAGTTCCCGATACTCCTAAAGAAAGCCAGCAGCCCCCCTTCTTAGGTATGCTCAATTCGCACTACGCAATGGGCCTCCCTCCCCTGAATTTTAACAAGGATCCTAAATCTAACCGAACGAGCTTTGGCATTGTCTGTCGTGATTCTCAAGGCTCAGCAAAAGCTATAAAAGGTATCTCCCTCGACTCTCACTTTCCCCCGCCCATTGCAGAAGCTCTTGCGATCCCTAAAGGTCTCTTATTAGCCTTAAAGGAAGAGCTTTCAATTTTGTGTTTGATACCTAAATATGGAGAAGCCATCGCATTGATTATGTACGCCTCCTTATGGGCTTCCTATGGTTATATAGTTCATCTCTCACCTGTTCCACATCAAAATTACCATAGTAAACACGAGATGATATCATGGTTTCACACGAAGTATCATAAGAATAGATATGAGAAACTATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGCCTCCTATAAGGTGTTTTTGAACAAAGACATCATAACAGAATCTTCAAGTGATCTTCAGATGACTCCACTTTGGGATAAGATCTGGAAGCTAAAAGTTCCCGATACTCCTAAAGAAAGCCAGCAGCCCCCCTTCTTAGGTATGCTCAATTCGCACTACGCAATGGGCCTCCCTCCCCTGAATTTTAACAAGGATCCTAAATCTAACCGAACGAGCTTTGGCATTGTCTGTCGTGATTCTCAAGGCTCAGCAAAAGCTATAAAAGGTATCTCCCTCGACTCTCACTTTCCCCCGCCCATTGCAGAAGCTCTTGCGATCCCTAAAGGTCTCTTATTAGCCTTAAAGGAAGAGCTTTCAATTTTGTGTTTGATACCTAAATATGGAGAAGCCATCGCATTGATTATGTACGCCTCCTTATGGGCTTCCTATGGTTATATAGTTCATCTCTCACCTGTTCCACATCAAAATTACCATAGTAAACACGAGATGATATCATGGTTTCACACGAAGTATCATAAGAATAGATATGAGAAACTATAA

Protein sequence

MASYKVFLNKDIITESSSDLQMTPLWDKIWKLKVPDTPKESQQPPFLGMLNSHYAMGLPPLNFNKDPKSNRTSFGIVCRDSQGSAKAIKGISLDSHFPPPIAEALAIPKGLLLALKEELSILCLIPKYGEAIALIMYASLWASYGYIVHLSPVPHQNYHSKHEMISWFHTKYHKNRYEKL
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR002156Ribonuclease H domainPFAMPF13456RVT_3coord: 68..119
e-value: 1.2E-5
score: 25.2

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc07G08667.1Clc07G08667.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity