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Clc07G02080 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TATTAGTTTGATTTTGGATTCTAGGTTGTTTTGATTTTCGTTTACTTCATTTTGCTTTTGTTTCGACTTTTGAGCTCTGGAAGCTATCTAATTAGTCTGTTATTGGCTTGTTTGATTGTGCTACTTTTTTATTTTCTTTAGAACTGAGTAAATTTCACTAGAGGCTGGAGAAGTTTAGTTTGTGGAATGGATAGTGAAATTTGTTTGAAATTGATCTGGCGAGCGAAATAACGGAGTATGAACTCTCTTGGAATTGGTAGCTTATTATCTGGCCATCTGTTCGGTCTTCGTATTGCTTTTTTGATCGATGTTTGCTCTCGAATCTTCCAAGTTTTATGTACTCCAAGCGTACTTGTTACTTGTTAGTGGAAAAGAATGAAGCATGATTTAAGTAGATATTCTATTTTAGTGTCATGCAGATTTTAATTGATATTAATGATCAAAAAGCATTTCGACAGGCGAACTGTACTGTACCATTAACTTCTACGGAAAACTTCTTAGCCTAGTTTAATTACTTGCGTTTTAGATTCCTTAAGACTTTGGATTTACCTGATTTGAATTCAGTATATAGCTAGCGACAACAGGTTGATTTAAACTTTCTAGTACAATTATGTTCTTTTTCTTTAAGATTTTCAAGTGTAAATTAAACCTTCTTTTGGAATCTTCTTTTGAAAGGAACAACAGACATTTAACAACACTGCCTTTAGCAATATTTTTCTTGAATTAATTTTAGTGCATTCTTTTATCTTGGTGTAAATGTTACTACACTGCCTTTAGCAATTTTAGTCTCAATGATTTTAGGCCCTTCTTGTTGGTAATTTCTTTGGCCTGGAGTTTAGGTTTCCTCCCTTTTGTAATAATTCATACTTCCAATCTGTTTTCTCTGTGTGTGTATATTTATATAGAAAAAAAGAAAGAACCAGAAAAGAGTGCATATTTCAATCCTTCAAAAGCGCATGACTGACTTATCTTTATATATTTTAGATATTTTGGATCTGGCCTGGCTTACTGCTTATTCTATGCGATATTATTACCTTGGTTTAAAGTTTATGATCAAACTGTAGTGAATATCTTATTAGACGAATCCTATAGATTAAAAATTGTGCCCCTCATTCCTTGTGTTTTCCTTTCTCATTATTCAACTTCCAGAATATCCTTAATTGTTTGTTGCTAATGATTAAGTCAGCAGTTAAAGGGGAAATGATTTTATTATTGTGTTGAATGCTTCTCTACTTTTTGAATTAGGCTAGAGTATGGCTTTACTTTCCTCAATGTCTTATCCCAAAAATAATAATAACAGAATATATTCTGTATTTTTGGAATGCATTTCCTCGATTTGTAATAATTGCATTGTTATGTTAGAAACGAGCATTTTGTCGTCTCTGATAATGTTGTTTTTGATGTTTACTTCAGAAAAACTGAGGAGCAGAAGCCCAAAGAGCAGAGATTCAAGGCCAATGAGAACAAGCCTGTCATGACTGAGTAATAACAACATGAATATGTAGGTTCTAGGTCATATTGTAGTCAAGTTTAAATTTCTTCAATGGAACCAGTTTTCACATTCCTTGTATGACTTTATTGAACATTCTGCCGCTGGAGCCTTTGGGCTTGCAATGAGCAAGTTTATTTCCTTCTAACTGAAAAGTTCGACATTGAGTCAATCTGCCCAAAATCTTCTTTAATCCAAGCACTTCTCTCTTTTATGATTTTATCTGTTGGTGGCCAAGCCTTTAATACCAATTTATGAGTGTTTTTGTCTCTGCTAAATGCTTTGCTCGTACGGTTGATGGAATGATGAAGCAAAGGTTTAATGTCTTTAATGATTATTCAATGGGGTCGGTTGATGACTGGAGAAAGGAATGATAATTGGAGTGGATTCATCCTTTCCATTCCTTTTTGACTGTTGATTGAATGCAGGACAAGCAGGAATATAATTATGTAACATTCGCATTGGACAAATACAAATGGAGAAGAATCCCTTCTTTCTTGGGCGATGGGAACAATATCTAAACATTGTCAACCTTGATGGGCCCATTCCCGTAAAGCATCCGAAGCACCATTATTGCCATGACACAAAGCATTGTGAGTTACAATATTTAATTACTCAGAAACTTCCCTCGTGACTTCAGAACTTTTCTTTTCTTGTCTGTATTTTTCTTTGAATTAAATACATATGTCTACATATAAAGGGGGATGAAAAAAGCATTCATTAGCGGGTAAAAGGAAAAAAAGAACCCCCACCTTGTTCACTTTGTAGAATTTTTACCTCATTTTCCCATTCATGAAGAATTGCCATGGACTGTTAGGACATGTGTCTAATTTGCAGCTTCTGTTGCAAAGACATGCTTTCAAGTAGCCATAATTAGTAGTTGCATTATCATGATGTTGTTCCTTTTTTTATCCCTCAAAAGTCCTATTCCCACACTACAACAACCCTACGTCCACAAGGATTTGCTTTAGGATGTGAGTAACTGAGTTATAGTGGATGAATCCAATCCAATAATAAGAATTTTTCTTAGATTTAGCATTTAGGATATGACTTAAAAAGTTTTTTTTTCTTAATTGATTGCAGCTCATCCTAACAGTGTCCGCCTAACCCTACAACATTGTGTCAAGAAAACTTGTAAGAAATTAATTCCTAGGTAGGTGGCTACCATAGATTGAACCCTTAGCCTCTTAGTCATTTATTGAGACTATGTCTCTTTTTTACCACTATGCTAATTCATGATGGTTCCTAACATGTAGAATAAGTTTAATCTTTCAATTCGTTAATAGGTCTTTGAGCTTTCAATTGTGTATCTAATAGATTTTTGACATTTAAATTTTTATAATTAATTGATATATTATTTTTAATTTTATGCATGGTAGATATGTAAATTTTAAAATCACAAATATAAGCATCTATTAAATACAAAATTTATAGTGGAAGGACTTATTAGATACTTTTTAAAGCTCCAAATTTAGTTAGATCTATTAGATACTTTAGGAATTAAATAGATAGAAATTGAATATTTTAGACTAAATGTATAATTTGACCATATACTTAGATCCCATGACTATAAAGTTTTGTTTTGTTTTAGGTCTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTACCCAGTTTGACAATTCTTGTTGAAAATGAGAGATTTATCCCTTCTCTTTACCTTGTTTCTTCCACTTTTTATGTAATTTAGTTAGATAAGTTTCTTTTATGTGTGGATGTAATCTCTTTGCGAGCTCTGATGTCCACAAACGTGCCTCATTTTTGCCTTTACAAGTCTGACCTTTCTTTCCCTTCTGTTTTTTCTGTTGTTTTTTCTTAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTATTTTAATATTAAAAATTTCATTTTTGTTTTTAGAATTTAGCTAAGAATTTAACTATTATATCTTAGAAAGATGCAAATTATTGTAAGAAATAGGGAAAATAGGTTAACATTCAAAAACTAGAAATCAAAAATAAAATGGTTACCAAACGGGGCTTTAGTTTTTAGTTTTTAAAAACTAAGCCTATTTGCTTTCAATTTCTTGCAATAATTTTTTTGTCCTTCTTAAGTAAAAGAGTTGATTTTTTAGCTAAAAGTTTAATAACAAAAACAAGTTTTTAAAAATTATTTTTTTAGTTTTCAAGATTTGGTTTAGAAGTTTAGAGATGGAATGAATGTTTATAAGCTTAATTTTCAAAAACTAAATACAAAAGGCAAAATGGTTATCAATTGGACCTTTATTTTTAGGTTGTAATTTTGAAATTCATGTTTGTTTTCTTCCAAATTGGATACTATGATTTTTTACCTTTCTTATAGAAACATTTGAACTTTTAATCAAATTGTAAAAGCTAAAACAAGTTTTTGAAAAGTTTCAATTTGCAGAATTGGGTTGGTTTTAAAAATGTTGGAGTATGGGCATAATAAAGCAAGTAAACTTAGGGAGGAAAATAACATTTATAAGTTTAATTTTAAAAAATTAATAGGAGAAAGTCAAATTGTGTTTTCAAATAGAACCTAAATTTTTTCAAATGGTAGGAGGACGTATATCAAATGTGGCCTTGCTATTTTTCAAGTTGAGTCAATTGAAATTATAAACTTGGTAAGTTACGAAAACCGCATTACCACAATGTGTTCTTTCATCAAGGGAATAATTGTAAGGTTCCAATCATTATTTTCTCATACATTGGTTCATAAATTTTGTGAACAAATTTTTTTTGCTTAGAAAAGAAATCAAATAATTTTACATTATTTTGTATTGAAATTACTATGATTTAATAAATTATGTTTAAATAATATGGTAATTTTGGTCTGATTGGAGTTGTAAATCAATTTCATCTATCAATTAGTTAATATGTAATAATGAAAGGGCAAAAGTGTAGGGTTGGTGGTTATGGTAAGTATGCTAGAAAGCTAATTCAACAAACAAAGGCTAAAATTACTGCTAATTGACTGTTAATTTTTCCTTTTGCCTTAAGTTGATAATTATATTTTATCAACTTCAAAAGAGAGACAAAATTATGTTATGATATTGTTCCTAATTTATGGGTTTGTCATCTGAATAATCATCATGTCATTGCAATTATATTAATTCTTCTTAATTTAAACCCGTCAATTTTTCAATCATGGCACAATTTTAGCCTTTTATTCTAAAAAGGTAGAAATTTAAGTTGGTTGGCTAGAAAACATTTTTTTCCCTAATATATTTATTAGCAATTTGTAGGAAGTGAGTTCATTCTTCTTAATGTGGGTGTGTTTTTTCCATTTTTAAAATTTTCATTTATATTTTCAATCTTATAAGAAAGGTCTTAAAATACTATTTATTTACAATTTTTTAAATACTTTTTTTTCTTGTCTATGAGATTTCTTCCCTTACCCTTGCAATATCTAGATTTTTTTTTTTTTTTTAATTAAGTTGAACAACATACTAAACATTTAACCTCTTAGTCAATTACATATGTTTTAACCAATTTAGTTTTAAGTTGTAATAC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MEELEAYKVMFETYTFGSEQSPEVELEVEVEVEVDFQEPMEHFPEEIQILPEKPLPDEIEAKTEELKVAQLENRDESRDENRDSSKAMENEMTKDLRKITEESSISSRSESSPWSSPGSFSSREYNSLGSYGSMRKEKEWRRTLACKLFEERHNSEGTEGMDSLWETYENSESKKLQTKEKINGKSKKGKKIQNKEEEDEEEDGEGQLCCLQALKFSAGKMNLGMGRPNLLKMTKALKGFGWLSRNGTKKLNSHTNSLSSSRETYPRRRSRPQLCCRRHPPRIQPPSAGVVAVFRKISMEEAKEILENNRIEDISWLCSLSESELDMLISIKMLVLQRAKVIGHTDLAKKFDLKTLRAIGFVLMEHLKGELRASDVPDLSQSAALNGCNLLDSSLEEILSIDEIMASICSDRRKKPGKRPREKVDSRQKNDKL Homology
BLAST of Clc07G02080 vs. NCBI nr
Match: XP_038887002.1 (stress response protein NST1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 386.3 bits (991), Expect = 3.4e-103 Identity = 218/256 (85.16%), Postives = 230/256 (89.84%), Query Frame = 0
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Match: KAA0068077.1 (reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa] >TYK26061.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 337.0 bits (863), Expect = 2.3e-88 Identity = 192/260 (73.85%), Postives = 211/260 (81.15%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. NCBI nr
Match: XP_016902526.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103499217 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 337.0 bits (863), Expect = 2.3e-88 Identity = 192/260 (73.85%), Postives = 211/260 (81.15%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. NCBI nr
Match: XP_004144391.1 (uncharacterized protein LOC101214978 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 327.0 bits (837), Expect = 2.4e-85 Identity = 190/261 (72.80%), Postives = 210/261 (80.46%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. NCBI nr
Match: KAG7036245.1 (hypothetical protein SDJN02_03047, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 325.9 bits (834), Expect = 5.4e-85 Identity = 193/262 (73.66%), Postives = 218/262 (83.21%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DQW2 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1185G00160 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 337.0 bits (863), Expect = 1.1e-88 Identity = 192/260 (73.85%), Postives = 211/260 (81.15%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E2S0 (uncharacterized protein LOC103499217 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499217 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 337.0 bits (863), Expect = 1.1e-88 Identity = 192/260 (73.85%), Postives = 211/260 (81.15%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0L955 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G632280 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 327.0 bits (837), Expect = 1.2e-85 Identity = 190/261 (72.80%), Postives = 210/261 (80.46%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1ES68 (uncharacterized protein LOC111437254 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111437254 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 295.8 bits (756), Expect = 2.9e-76 Identity = 171/228 (75.00%), Postives = 193/228 (84.65%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1ERY4 (uncharacterized protein LOC111437254 isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111437254 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 295.8 bits (756), Expect = 2.9e-76 Identity = 171/228 (75.00%), Postives = 193/228 (84.65%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. TAIR 10
Match: AT3G25130.1 (unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; Has 3885 Blast hits to 2658 proteins in 280 species: Archae - 12; Bacteria - 208; Metazoa - 970; Fungi - 222; Plants - 148; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 2314 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 124.0 bits (310), Expect = 2.9e-28 Identity = 113/275 (41.09%), Postives = 153/275 (55.64%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. TAIR 10
Match: AT1G80245.1 (Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component ) HSP 1 Score: 119.0 bits (297), Expect = 9.4e-27 Identity = 61/126 (48.41%), Postives = 89/126 (70.63%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. TAIR 10
Match: AT1G80245.2 (Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component ) HSP 1 Score: 119.0 bits (297), Expect = 9.4e-27 Identity = 61/126 (48.41%), Postives = 89/126 (70.63%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. TAIR 10
Match: AT1G80245.3 (Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component ) HSP 1 Score: 119.0 bits (297), Expect = 9.4e-27 Identity = 61/126 (48.41%), Postives = 89/126 (70.63%), Query Frame = 0
BLAST of Clc07G02080 vs. TAIR 10
Match: AT4G00695.1 (FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: microtubule cytoskeleton organization; LOCATED IN: spindle pole, microtubule organizing center; EXPRESSED IN: cotyledon; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spc97/Spc98 (InterPro:IPR007259); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component (TAIR:AT1G80245.3); Has 27 Blast hits to 27 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 27; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 109.8 bits (273), Expect = 5.7e-24 Identity = 63/128 (49.22%), Postives = 91/128 (71.09%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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