Clc06G05760 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc06G05760
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr06: 5891430 .. 5903450 (+)
RNA-Seq ExpressionClc06G05760
SyntenyClc06G05760
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATCTTGAAGATTGGACCTCGAAACAATTACTGATTGAAGCTCAAAGAGTAAGGTTTTTCTCCTCTTTGCTGCGATTTATTATGAGATCTAGATTGTTTAGCATTATCTTTGGTGAATTTGATGGAAATGCGTGGGGAAAAAAAGACACGCAGAGTTCAAACAAAAAGTGTGAACAAGTTTATAGTTTATTGAAGAGTTCTCAATGCAAGTGAATTTTTTCTTCTCACAAAAGTTCTGTTTGATTATTTCATTACGGAGTGTCCATCACACAGTTGAATCGAGCAGATAATTTAGTAGCACATTTTTTCTGCTTAATGGAAATATTAAAATATCTTTATCAGAAAGCGGAGAAGAGTTGTAATAGTACCTAACGCTGTAGGCTTGAATCCTATTTGCTCATGAGACTCCATAAAAGTACCCCAATAGGACCAAACCTGATCAAATATTTGACGACAAATTCCTCCCTGGAAAGCAAAACTCAGAATTATCTAACATGTCCAAGTGAAGGACTAGGAAGCCAGAGTTGAAGAAAATGAAGAATTCCTAGCTAGTTCGAAAGATTTTAGATGCTCCGGCAGCAGAAAATGTAGAATAGAAAATCTTGGAAGTAAACAAAATTTAGCTCAATCTAGTTATCTAAGGGATCAAGAACCTAACCAGCGGTCAGTGAAGGATAAGCATACAGCTAGTTCGTGAAGCACACCTGTTCCCGCAGAAACCTAAATCCCGTCCATATTCCAGCTTAGATACAATACAACGCAAAATCAAAAGTTCAACTAGTCAGAGATTAAACAGATGCGCAACTCACTTCTTCGAGTTTTGAAAAAACGACTTGGAGCAAAAACCAGCTGAGAATTCCTTCTTTGTACAATAAGTGACTCCGATTGATTTGCTTCATCCAGAACACTGATCGTCAGCTATACATCAACGCGCTTAATCATCGATTACTCGATCGTCGTCTTCCTTCCATTATATATAATCTACAAGAGCACAGTTTAGAATATCAAACCTACAGCCGCAATTGACTGCACAAGTAGCAGACTACAACCGAGAAATTTGCGGATTGACTTGAAATAAAGCGCAAAAAACGTTGCCGAGAAGTTTCCTCCACCTACGGAAGTCCCGGAGATGTGATACTAGCTTAACATTGCCTCTGTTCGCTTTGCCAAGGTTCAGAATGGAGCGGCCGAAGGAAGAAGAGTGAAAAACTTCACAAACCGTGATTCAGATAAACAGAAGCGATAGAAGATGAATGAAAATCTTCATAAATTATGATTCGAGGTTCAACGTGAGAGAATGTTGGCGATTGGCCATGGATCGGAGGAGGGAGAACTGAAGAACGAGTGAGTGAGCGGGAACAGAAAAGCGAGGATTGAAATTATAAATTCAATGGCGGTTTCGTCCCTTATATATGATCCACTGTTCAGTGCTCGCTTCATGTAAAATAATGGTTCTTTTTACCATATGTGTTCGTTCAATTGGAGAAAAAGAATAATTAACTAATCTACATTGTATCTCATAATTAAGATTGAAAAAAATGCTACACGAAGAAAAACTAAATATAAACTATCTACCAACCCCCAATTTCAACTAAACAAAAAACTTCAAACAATATTATGAGTTATATCTCCATTGTTTAGGGTTCACCTGACCCTAGTTAAGCATGTATACTATGTCAATGAAGACTTGGTGTGAAGCCTTGAGTTTACTATAGAAGAGCAAAAGGCATGGACTAGGGTAAGTTTGGGGAACAGAGTAAGTGAGCAAATGTGTTAAAGCCAAGTTAAAGATGATGACTTGGTGTGAAGCCTTGGAGCTTACTATAGGAGAGCAAAAGGCCTCAGCTAGAGTAAGTTCAGGCAAACAGAGTAAGTGAGCAAATATGTTTACAGTCAAAGTCAAAGATGATTGTTCTAGGCAGGGCGGGCCGTTTTCAAATGAATTAGGATAATTTTTTTATGTGACAAAACTACTAGAAATATTTTCAAATGTAGCAAAATATTATTGTCTATTATAGATACAATAATAAATATCATTGTCTATCACGGATAGACAGTGATGGACAATAGTAGTTTATTAATGTATATTTTTATATTTGTAAATAAATTGGCTCATATTTGTTAGGTTTTATGTCCTAAAACCCGTAGTTTGTAAACTTTGAACATATTCTCAATAAAGTTTCTAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAAAAAAAAAAACATATTCTCAATGAAGTTGTTATCGAAGTTTATTCAGTAAAAATGTTATTGAATATATGAATTGCATTTATTAAATCCAATAAGCTAAGAACCCCTGACTATAGTCTGAATACTTAGACTCTGTGTAGACATAAATTGGATTAAGTTTAGGTAATAGCCAAAACAGCCTTTAGTATAGGGATAAGGTTAGGTAGATTCAACCCATTTTGTATTTGATACAAACGATGTGATCCTATATCGTTCATGTAGAGACATGAGAGTGGGGCATCATATGCAATGAGTTTTCCTAAGATCGACCCATGAAATAATCATTTTTACTTTATAACGTCGTTTATTGTTAAGATCGATTATTTCAACATGACGACCTAGGTAACTCGATCTTAGGATGTTTATTGTTAAGATCGATTATTTCAACATGACGACCTAGGTAACTCGATCTTAATCCTAAGTTAACTATGAACTCTTGTTTATTTGGGATTATCTTTTAATCTGCATGAGTGAGAGTGGCTAGAGTTCGCTGACTCAGTAAGCCTACCATTTTAGGGATTAAACCAGGTAGATAGCTGCGGATATAGTCTTGCGTGATGGAATTCACTCATACCTAATTTTAGGTTAGTAGAGAAGTTGTTCCCTTAAGTGTTGACCCCGGGTCTTAAAAAATGCCCCACACCCTCTCATTGGCCCAAGTGGGACTTGGTTTGATGGTTAGACCACAAACTAATTGTTCATTAGAGGATCAGTGGGACTTAAGGAACAAGATGTAATTACAGGGGTTAAACAATAATTTTGACCTAGCTATAATTACAAACAACTTGTGAATGATCAACCTACTAATCATGGCTATATCAAGTGGATATGAATATATCTAGAGTGCAACTACAGCGCATGTTAATTAACTAGGTTAAATAGTTTAACTGGTTAATTTTGGATCGTTGGAGCTCATGATCTGTAGGTCCATTAGGCCTCCTTATTAGCTCTTGCACTAATCTTTAGAACAGTGTGATGAAAGAATTTGAAAATGTTCAAATTCATTTAAGAAGCAAGTTTTATGACTTGTTCATTTTAATTATGAATTAAACGGAATTGGAGTGTTGAGAATATTTATAGTTAAATATTAATCGGATGAATAGAGATTCATCGAGTTGGAAATTGACAGGATAAGTGAAAAATATATTAATTTAATATAAATCATTATTATTGAAACCAATTTTATATTAAATTAATTATTATAATTAATTTTAAAAGAAATAAAATTGAAAATTCAATTATTTATTTTTTAGAAAATCAAAATTTCAATTTCTTTGGATTTCTCCACTAATGCATGGTTGAAGGAGAAGTGTTCTTACGGAAGGAATCAAATTCCCAGCAGAAGTGAATGATCGTCTTGTGTCATCGCCTTGTGCCATTAAATTTAGTTTTGGAAAACCAAAATTACATAGAACATGCATATGGATAAACAAAGTAATTAACATACCTTTTTTAGAAGAGTTAAGAGAAATGATGCTTCCTACCTTTGAAAATCGTCTTCAATGTGGAATTCTTCTTCTACAAACTACTAACAAAAAATTCTCCAACAAAATCACGAGAATAACTTTTATTCTCTTGGGAACACCACCACAACGTTACTTTGCTATTCTCGAGGTAGAATCAAAGGGGAGTTTGTGGGCTCTCTTTGTTTCTAGTAAGAGAAATATTTGAGAGGATGAAGAGAATTTGGGAGGGAATAAGAATTTTTACACAACACTTATGCAAAAAACTCACAACCATCACTTTTCTCTTTCCTTTTTACGTAGAAACTGTGAGAGAGAGCAAAATAACTCCCGTAGAGGGGGAGTTATTTTTAATTAATAATATAATATTAATTAAGATTAGTATTAATTTAATTATAATTTATTAAATCATATTTAATAAATATAGTTAAATAAAAGTAATTAATTAACAATTAATCAATCAATTAATTAATTAATTAAATATCTCATATTTAATTTGAATGATATTCAGATGACCTCTCACATAACCTATAGTTTTAATATGAATCTCATTCATATAATTTATTAAATCTCGTTTAAATATATTCTTTTTAAAAAATCATTTAAATATTAATCTCTCTTATAATATAAAGTATAAATTTTGAATCCCATCCAAAATAAAATTTATATTATAACGTATTTATATACATTATGCTAATTGTATCACATACAATTAACTCCCTTTTTAATTTGAAAATTTCAAATTAAATCAAAATTTTTAATTATTATACTAATCGTTTATGAGCTAGCAAGGGGAACTTATGGACCTATAGTTAGAAGTTTAAATGATATGAGATTAATCAATTAAACTATTTAATTAGATTAATCAATATTCATTAACTGTAGGTCACTCCACTAAAGATTTACAATTGCACTCTTCGCATTATAGATATATTTATGTGTCCACGAAATTTATTAATCAACAGTAGGTCGACCTTTCCCGAATTACTCGTAACTACAACTTGGTCAAATTACCGTTTTACCCTTGTAGTTATATCTAACTCCTTAAGTACCACTGATCCCTCTAAAGAACAAGCTGTTTGTAGTCCAACTATAAACTAACCCTTCTCATGCCAGTGAGAAGGTGAGATCTCGTTGTTCAAGACCTAGAATCAGCCCTTAAGGGAGTAATTTATCTATTTATCATAGATACAGAAAGAAGTGAATTCCATCTTGTGAATATATGTTCCCAACTCCCTAATCAGACAAATCCTCAAAATGTTAGGCTTATTGAGTCAGCGATTTGGCCACTC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GACAAGGCAAGTGCATTGAGTGAGTCAAATAAGGAAGGAGCTAGGGGTGTACACGGGTTGGGTTGAAAGCATTTTACGGACCAACCTGAAATTGCAGGATGTTTGCTTCTCCAAGTGAAGGATTCTAACATCCAACCTAATATATGTTCGAGTTGGGTTAGATTGGGTTGTCAGGTTGCTAAGATTTTGATAAATCAAGCATGCAATAGAGATGACTGAATGAACGAAAATGGAGGTGCCAAAAAGGAGATATTGAGGGTCAGAGATGTAGATTTGCCGTGTTGAGGAGACAATGAAGACACCAAATGCAATACACAACGAAGAGAGATTTGGAGAGACAAGTCGAGATACCCACATCAACAATGAAAAATTTGAAGTGAAAATGTTGAGAAGTTTTAAATCTAGAGTGTGTATGTTAGAGAGGAACATTGGAGAGTGAAGACTAAAAAATGAAACTTGAGAACAACGAAGAAACGAGCTAGAGATAAGAGAGAGGTTATGTGTGAGAAGCATTGGGAGGAAGATTCACACAGAAAGAGATTGTCAGACACAAGTCTGAATGATAAGTTTGAAGTGAGAGAAGAGAGATCATTGGAGAAGAGTGTGATATATATATATATTTTTAGGAGTGTGTGATGATTAATGAACTCAGCTTTTATTATTCTAATTTTTTCTTTATTTTAAACTATTACACACATACACAAACTTTTGTAGTTTTTAAGGAGTAAAATTGGAAAGACATGTCGATAAAAGCAATTTATTTTTGTAGTGTTATCACGGATAGGGTGGTTTTGGTGGGTTTGGGCCACCATAAACCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAATGAACTCCTTTAAAGAAAGGGCCTCCAATCTTGTAAAATAACACCTGTCGAATGATTGAAATAAAAACTTTGTAATTGAAGCCCAAAGAGAAACATGAAATATAGTGCGGGACCACAAATTACTTTGGTCCCTATCCAAATCTCTTAACACTACATTGTTCCTCTTTTCCCAAATATCCCATAATAGTGCACACACCCTGGCTAACCACAAGAATTGACCCTTCTGACTAACAGGTGGATGATGTACTCCTCGATTATCTTAACAAATCTCTATGTCGAGCTTTGTTGAAAGGCTATCCACATTGTGATAGGAGAACAGTGTAAAGGGTTATCATTAATCATTTGAAATGGTGGTTTCTCCCCTACCGGATCTCTCATATGAAATGTTGGGAAGAAGCTCCTTGAATGGGTTGAAAACGACTTAAGGATAATGGTGAGGAGAAAGAGAATGTGGAGAGAGTGATGAAATAGTGGGGCAGTCACTTAACTTGATTGTTGAAATTCAGCCTCAGTCCGTGCACAGTAGTCAATACATGACTCCAAGCTATTCCATTTGGTGCTGGCCTCACTGGTCGGATTGATGGCTAGGGCAATTATGTACATCTTGATTTATTTGAGCGCTCCTATGTAGTTTTGGAAGAGCTTGTGCTCGAAAGGAACAATGAAAATCTTTAACAAGGAGAAATTCTGCAATCGTTTCTTCAGTTCTCTTTCTTTCGTAGCTCGGTCTTGATGTAGTTGAAGTACATTTTTCTTCTTTTGGAAGAGCCTTTCGGCTTCTGTATTCTTAATTGGCTCGAGGCTTTGATTTCCTCATCTTTTTTAATTTCATATCATTTTTGAAATTGTTTTTCATCTTTGTTTTGTCAGACTACCATTTTGATCTTATAACTTCAAATTAGACGACTTCTAGAAAAGTGAAGGTCCAAATTTTTTCTTGATGGTTTGGTGAATACTCAGAATAATTTGTGCCTCAAATTGATTTGCATGCTTATAAAGAATTTAACATCTGTCTGCTCACCAGGCATTATTTCTTTAATAGACTTCTCTTCCATCTGCTTAAAATTTATTTTAATTGATTTAACTCGTTTCAAACTGTAGCAACCAACTTGATTTGAGGTCTGTGTGCTTTGGGGCATGGTTTGGAAGTACCGGTGGTTTATTCAGAGTTGCAGTGTAA

mRNA sequence

ATGGATCTTGAAGATTGGACCTCGAAACAATTACTGATTGAAGCTCAAAGAGTAAGGACCAAACCTGATCAAATATTTGACGACAAATTCCTCCCTGGAAAGCAAAACTCAGAATTATCTAACATGTCCAACGGGCGTAGAAAGAGAAGAATCGCGAACGAAAGCAATCGATACCGTAGAATTTGCATCGTATCTCTCAGGCGAAGAACCCTCACTTTAAACGTTATTACATTAACAATTTTCAAAAATTCACCAGAGAAATTCATTCACTGCAAAATCCCTTTGATTTTCTTCCGATGCCCAAACTTTGCGTTCCCCTCAAACTTTTCTTCTCCTTCAACTCTATGTTTTTGTTGCTCTTCAACTGACAAAAAAGCACAACTCGGTCTTGATGTAGTTGAAGTACATTTTTCTTCTTTTGGAAGAGCCTTTCGGCTTCTCAACCAACTTGATTTGAGGTCTGTGTGCTTTGGGGCATGGTTTGGAAGTACCGGTGGTTTATTCAGAGTTGCAGTGTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGATCTTGAAGATTGGACCTCGAAACAATTACTGATTGAAGCTCAAAGAGTAAGGACCAAACCTGATCAAATATTTGACGACAAATTCCTCCCTGGAAAGCAAAACTCAGAATTATCTAACATGTCCAACGGGCGTAGAAAGAGAAGAATCGCGAACGAAAGCAATCGATACCGTAGAATTTGCATCGTATCTCTCAGGCGAAGAACCCTCACTTTAAACGTTATTACATTAACAATTTTCAAAAATTCACCAGAGAAATTCATTCACTGCAAAATCCCTTTGATTTTCTTCCGATGCCCAAACTTTGCGTTCCCCTCAAACTTTTCTTCTCCTTCAACTCTATGTTTTTGTTGCTCTTCAACTGACAAAAAAGCACAACTCGGTCTTGATGTAGTTGAAGTACATTTTTCTTCTTTTGGAAGAGCCTTTCGGCTTCTCAACCAACTTGATTTGAGGTCTGTGTGCTTTGGGGCATGGTTTGGAAGTACCGGTGGTTTATTCAGAGTTGCAGTGTAA

Protein sequence

MDLEDWTSKQLLIEAQRVRTKPDQIFDDKFLPGKQNSELSNMSNGRRKRRIANESNRYRRICIVSLRRRTLTLNVITLTIFKNSPEKFIHCKIPLIFFRCPNFAFPSNFSSPSTLCFCCSSTDKKAQLGLDVVEVHFSSFGRAFRLLNQLDLRSVCFGAWFGSTGGLFRVAV
Homology
[Close]
BLAST of Clc06G05760 vs. NCBI nr
Match: KAG7013620.1 (hypothetical protein SDJN02_23787, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 114.4 bits (285), Expect = 9.8e-22
Identity = 60/82 (73.17%), Postives = 64/82 (78.05%), Query Frame = 0 

Query: 46  RRKRRIANESNRYRRICIVSLRRRTLTLNVITLTIFKN-SPEKFIHCKIPLIFFRCPNFA 105
           RR+RRIANESNRYRR CI SLRRR LT+NVITL+  KN     FIHCKIPL  FRCPN A
Sbjct: 2   RRRRRIANESNRYRRNCIESLRRRALTVNVITLSTSKNYQRNSFIHCKIPLFIFRCPNSA 61

Query: 106 FPSNFSSPSTLCFCCSSTDKKA 127
             S FS+PS LCFCC STDKKA
Sbjct: 62  LRSKFSAPSALCFCCYSTDKKA 83

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc06G05760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7013620.19.8e-2273.17hypothetical protein SDJN02_23787, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Clc06G05760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc06G05760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc06G05760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc06G05760.2Clc06G05760.2mRNA