Clc04G08160 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview


Name	Clc04G08160
Type	gene
Organism	Citrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Description	Extensin
Location	ClcChr04: 21925569 .. 21926165 (-)
RNA-Seq Expression	Clc04G08160
Synteny	Clc04G08160

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGGCCTACCTAGTAGTAGCAATTTTGGTGGCAACTTTGAGTTTGAAATTAGTAATCGCTACCGATTATGTCTATTCTTCTCCACCACCTCCTTATTATGTTTACAAATATCCTCCTCCTCTTATCTATCAATCACCGCCACCATCAAAAGTAAAGTATGAGTACAAATCACCACCACCTCTAGTTTTATTACTCTCCTTCGTCTCCTATTTACCATTCTCCTCCTCCTCCAGTTTACCACTCTCCACCACCTCCTATTTACCATTCTCCTCCACCACCTGTTTATCACTCTCCACCACCTCTAGTTTATTACTCTCCACCCCCACCAAAGAAGCAGGAGTATAAATCACCACCACCTCCTATTTATTACTCTCCTCCTCCCCCAGTATATCACTCTCCTCCACCTCCAGTTTACCATTCTACTCTCCCACCTATTTATCACTCCCCACCACCTCCGGTTATCACTCTCTACCCCCACCAAAGAAGCAGGAGTATGAATCAACACCACCTCCTGTTTATTACTCTCCTCCTCCACCTGTGTATCACTCTCCTCCACTTCCAGTTTACCATTCTCCTCCTCCACCTGTTTATCAATAA

mRNA sequence

ATGGCCTACCTAGTAGTAGCAATTTTGGTGGCAACTTTGAGTTTGAAATTAGTAATCGCTACCGATTATGTCTATTCTTCTCCACCACCTCCTTATTATGTTTACAAATATCCTCCTCCTCTTATCTATCAATCACCGCCACCATCAAAATTTTATTACTCTCCTTCGTCTCCTATTTACCATTCTCCTCCTCCTCCAGTTTACCACTCTCCACCACCTCCTATTTACCATTCTCCTCCACCACCTGTTTATCACTCTCCACCACCTCTAGTTTATTACTCTCCACCCCCACCAAAGAAGCAGGAGTATAAATCACCACCACCTCCTATTTATTACTCTCCTCCTCCCCCAGTATATCACTCTCCTCCACCTCCAGTTTACCATTCTACTCTCCCACCTATTTATCACTCCCCACCACCTCCGGAGTATGAATCAACACCACCTCCTGTTTATTACTCTCCTCCTCCACCTGTGTATCACTCTCCTCCACTTCCAGTTTACCATTCTCCTCCTCCACCTGTTTATCAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGCCTACCTAGTAGTAGCAATTTTGGTGGCAACTTTGAGTTTGAAATTAGTAATCGCTACCGATTATGTCTATTCTTCTCCACCACCTCCTTATTATGTTTACAAATATCCTCCTCCTCTTATCTATCAATCACCGCCACCATCAAAATTTTATTACTCTCCTTCGTCTCCTATTTACCATTCTCCTCCTCCTCCAGTTTACCACTCTCCACCACCTCCTATTTACCATTCTCCTCCACCACCTGTTTATCACTCTCCACCACCTCTAGTTTATTACTCTCCACCCCCACCAAAGAAGCAGGAGTATAAATCACCACCACCTCCTATTTATTACTCTCCTCCTCCCCCAGTATATCACTCTCCTCCACCTCCAGTTTACCATTCTACTCTCCCACCTATTTATCACTCCCCACCACCTCCGGAGTATGAATCAACACCACCTCCTGTTTATTACTCTCCTCCTCCACCTGTGTATCACTCTCCTCCACTTCCAGTTTACCATTCTCCTCCTCCACCTGTTTATCAATAA

Protein sequence

MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVYQ

Homology

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr
Match: XP_038899768.1 (extensin-3-like [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 246.5 bits (628), Expect = 1.7e-61
Identity = 148/202 (73.27%), Postives = 158/202 (78.22%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKY------PPPLI---YQSPPPSKF 60
           M YLVVAILVATLS   VI  DYVYSSPPPPYYVYK       PPP +   Y+SPPPS +
Sbjct: 8   MTYLVVAILVATLSSTSVITADYVYSSPPPPYYVYKSPVYQSPPPPKVKYEYKSPPPSVY 67

Query: 61  -------YYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYK 120
                  Y+SPS P+YHSPPPPVYHSP PP+YHSPPPPVYHSPPP VYYSPPPPKKQEYK
Sbjct: 68  YAPPPPVYHSPSPPVYHSPPPPVYHSPSPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYYSPPPPKKQEYK 127

Query: 121 SPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPP-----------EYESTPPPVYYS 176
           SPPPP+YYSPPPPVYHSPPPPVYHS  PP+YHSPPPP           EY+S PPPVYYS
Sbjct: 128 SPPPPVYYSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYYSPPPPKKQEYKSPPPPVYYS 187

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr
Match: XP_022976067.1 (extensin-3-like [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 236.5 bits (602), Expect = 1.8e-58
Identity = 136/179 (75.98%), Postives = 147/179 (82.12%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKF---YYSPSS 60
           MAYLV  +LVA LS   VIA DY YSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K    Y SP  
Sbjct: 8   MAYLVATVLVALLSFTSVIAIDYSYSSPPPPYYVYKSPPPPVYHSPPPPKVKYEYKSPPP 67

Query: 61  PIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPP 120
           P+Y+SPPPPVYHSPPPP+YHSPPPPVYHS PP VYYSPPP  K+EYKSPPPP+YYSPPPP
Sbjct: 68  PVYYSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSSPPPVYYSPPP--KKEYKSPPPPVYYSPPPP 127

Query: 121 VYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVYQ 177
           VY SPPPPVYHS  PP+YHSPPPP Y S PPP+Y SPPP VYHSPP PVYHSPPPP+Y+
Sbjct: 128 VYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPIYKSPPPLVYHSPPPPVYHSPPPPIYK 184

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr
Match: XP_004139745.3 (extensin-3 [Cucumis sativus] >KAE8646192.1 hypothetical protein Csa_016078 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 231.1 bits (588), Expect = 7.4e-57
Identity = 137/185 (74.05%), Postives = 149/185 (80.54%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKF---YYSPSS 60
           MAYL+  ILVATLSL  V+A +YVYSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K    Y SP  
Sbjct: 9   MAYLLATILVATLSLPSVLAAEYVYSSPPPPYYVYKSPPPPVYSSPPPPKVKYEYKSPPP 68

Query: 61  PIYHSPPPPVYHSPPPPIYH-------SPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPI 120
           P+YHSPPPP+YHSPPPP+YH       SPPPPVY SPPP VY+SPPPP    YKSPPPP+
Sbjct: 69  PVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPPVYSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPP---VYKSPPPPV 128

Query: 121 YYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSP 176
           YYSPPPPVYHSPPPPVY S  PP+YHSPPPP Y+S PPPVY+SPPPPVYHSPP PVY SP
Sbjct: 129 YYSPPPPVYHSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYKSP 188

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr
Match: KAG6592187.1 (Extensin-3, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 226.9 bits (577), Expect = 1.4e-55
Identity = 138/197 (70.05%), Postives = 147/197 (74.62%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSK---------F 60
           MAYLV  +LVA LS   VIATDY YSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K          
Sbjct: 8   MAYLVATVLVAILSFTSVIATDYSYSSPPPPYYVYKSPPPPVYYSPPPPKKEYKSPPPPV 67

Query: 61  YYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQE-----YKSP 120
           YYSP  P+Y SPPPPVYHSPPPP+YHSPPPPVYHSPPP VY SPPPP         YKSP
Sbjct: 68  YYSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYKSP 127

Query: 121 PPPIYY--------SPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPV 176
           PPP+YY        SPPPPVY+SPPPPVY S  PP+YHSPPPP Y+S PPPVYYSPPPPV
Sbjct: 128 PPPVYYSPPPPVYKSPPPPVYYSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYKSPPPPVYYSPPPPV 187

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr
Match: XP_022143678.1 (extensin-1 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 223.4 bits (568), Expect = 1.5e-54
Identity = 138/182 (75.82%), Postives = 147/182 (80.77%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIY 60
           MAYLV AILVATLSL  V+ATDYVYSSPPPPYY Y  PPP IY SPPP   Y+SP  P Y
Sbjct: 8   MAYLVAAILVATLSLPSVMATDYVYSSPPPPYYAYNSPPPHIYYSPPP--VYHSPPPPAY 67

Query: 61  HSPPPPVYH--SPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPV 120
           +SPPPP Y   SPPPP+YHSPPPPVYHSPPP VYYS PPP K EYKSPPPP+YYSPPPPV
Sbjct: 68  YSPPPPKYEYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYYS-PPPAKYEYKSPPPPVYYSPPPPV 127

Query: 121 YHSPPPPVYHSTLPP----IYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPV 177
           Y+SPPPPVY S  PP     Y SPPPP Y S PPPVYYSPPPPVY+SPP P+YHSPPPPV
Sbjct: 128 YYSPPPPVYKSPPPPKKDYEYKSPPPPVYHSPPPPVYYSPPPPVYYSPPPPMYHSPPPPV 186

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q38913 (Extensin-1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT1 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 156.0 bits (393), Expect = 4.0e-37
Identity = 106/172 (61.63%), Postives = 124/172 (72.09%), Query Frame = 0


Query: 24  VYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPV 83
           VY SPPPP  V  Y PP +Y+SPPP   YYSP  P+Y SPPPPV++SPPP +YHSPPPPV
Sbjct: 206 VYKSPPPP--VKHYSPPPVYKSPPPPVKYYSP-PPVYKSPPPPVHYSPPPVVYHSPPPPV 265

Query: 84  YHSPPPLVYYSPPPPKKQE-----YKSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSP 143
           ++SPPP+VY+SPPPP         Y SPPPP++YSPPP VYHSPPPPV++S  P +YHSP
Sbjct: 266 HYSPPPVVYHSPPPPVHYSPPPVVYHSPPPPVHYSPPPVVYHSPPPPVHYSPPPVVYHSP 325

Query: 144 PPP----EYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYH-----------SPPPPVY 176
           PPP    EY+S PPPV+YS PP VYHSPP PV+H           SPPPP Y
Sbjct: 326 PPPKKHYEYKSPPPPVHYS-PPTVYHSPPPPVHHYSPPHQPYLYKSPPPPHY 373

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FS16 (Extensin-3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT3 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 146.0 bits (367), Expect = 4.1e-34
Identity = 118/209 (56.46%), Postives = 133/209 (63.64%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLV--IATDYVYSSPPPPYYVY-----KYPPPLIYQSPPPSKFYY 60
           MA LV  +LV T+SL  V     +Y YSSPPPP   Y      Y PP +Y SPPP K +Y
Sbjct: 5   MASLVATLLVLTISLTFVSQSTANYFYSSPPPPVKHYTPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHY 64

Query: 61  ---SPSSPIYHSPPPPVYHSPPPP----IYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQ-EYKS 120
              SP  P+ H  PPPVYHSPPPP    +Y SPPPPV H  PP VY+SPPPPKK   YKS
Sbjct: 65  EYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKS 124

Query: 121 P--------PPPIYYSPPPP----VYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPE----YESTPPP 175
           P        PPP+Y+SPPPP    VY SPPPPV H + PP+YHSPPPP+    Y+S PPP
Sbjct: 125 PPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPP 184

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9XIL9 (Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PEX3 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 117.5 bits (293), Expect = 1.6e-25
Identity = 99/158 (62.66%), Postives = 108/158 (68.35%), Query Frame = 0


Query: 24  VYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPV 83
           ++S PPPP Y    PPP +Y  PPP   Y  P  P  HSPPPPV HSPPPP+ HSPPPPV
Sbjct: 507 IHSPPPPPVY-SPPPPPPVYSPPPPPPVYSPPPPPPVHSPPPPV-HSPPPPV-HSPPPPV 566

Query: 84  YHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEY 143
            HSPPP V +SPPPP      SPPPP+ YSPPPP  HSPPPPV HS  PP+ HSPPPP Y
Sbjct: 567 -HSPPPPV-HSPPPP----VHSPPPPV-YSPPPPPVHSPPPPV-HSPPPPV-HSPPPPVY 626

Query: 144 ESTPPPVYYSPPPPVY------HSPPLPVYHSPPPPVY 176
              PPP  +SPPPPV+      HSPP PVY SPPPPVY
Sbjct: 627 SPPPPPPVHSPPPPVFSPPPPVHSPPPPVY-SPPPPVY 651

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9M1G9 (Extensin-2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT2 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 110.2 bits (274), Expect = 2.5e-23
Identity = 94/170 (55.29%), Postives = 106/170 (62.35%), Query Frame = 0


Query: 23  YVYSSPPPPYYV------YKY-PPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPI-YHSPPPPVYHSPPPP 82
           YVYSSPPPPYY       YK  PPP +Y SPPP    YSPS  + Y SPPPP  +S PPP
Sbjct: 325 YVYSSPPPPYYSPSPKVDYKSPPPPYVYSSPPPPT--YSPSPKVDYKSPPPPYVYSSPPP 384

Query: 83  IYHSPPPPVYHS--PPPLVYYSPPPP-----KKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVY 142
            Y+SP P V +   PPP VY SPPPP      K  YKSPPPP  YS PPP Y+SP P VY
Sbjct: 385 PYYSPSPKVEYKSPPPPYVYSSPPPPTYSPSPKVYYKSPPPPYVYSSPPPPYYSPSPKVY 444

Query: 143 HSTLPP--IYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVY 176
           + + PP  +Y SPPPP Y  +P   Y SPPPP  +S P P Y+SP P VY
Sbjct: 445 YKSPPPPYVYSSPPPPYYSPSPKVYYKSPPPPYVYSSPPPPYYSPSPKVY 492

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LJ64 (Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PEX1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 103.6 bits (257), Expect = 2.3e-21
Identity = 91/152 (59.87%), Postives = 102/152 (67.11%), Query Frame = 0


Query: 27  SPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHS 86
           SPPPP +    PPP +Y  PPP    +SP  P  HSPPPPV HSPPPP+ HSPPPPV HS
Sbjct: 662 SPPPPMH---SPPPPVYSPPPP---VHSPPPPPVHSPPPPV-HSPPPPV-HSPPPPV-HS 721

Query: 87  PPPLVYYSPPP---PKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEY 146
           PPP V+  PPP   P       PPPP++  PPP   +SPPPP  HS  PP+ HSPPPP  
Sbjct: 722 PPPPVHSPPPPVHSPPPPVQSPPPPPVFSPPPPAPIYSPPPPPVHSPPPPV-HSPPPPPV 781

Query: 147 ESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVY 176
            S PPPV +SPPPPV HSPP PV HSPPPPV+
Sbjct: 782 HSPPPPV-HSPPPPV-HSPPPPV-HSPPPPVH 800

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IER1 (extensin-3-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476580 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 236.5 bits (602), Expect = 8.5e-59
Identity = 136/179 (75.98%), Postives = 147/179 (82.12%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKF---YYSPSS 60
           MAYLV  +LVA LS   VIA DY YSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K    Y SP  
Sbjct: 8   MAYLVATVLVALLSFTSVIAIDYSYSSPPPPYYVYKSPPPPVYHSPPPPKVKYEYKSPPP 67

Query: 61  PIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPP 120
           P+Y+SPPPPVYHSPPPP+YHSPPPPVYHS PP VYYSPPP  K+EYKSPPPP+YYSPPPP
Sbjct: 68  PVYYSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSSPPPVYYSPPP--KKEYKSPPPPVYYSPPPP 127

Query: 121 VYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVYQ 177
           VY SPPPPVYHS  PP+YHSPPPP Y S PPP+Y SPPP VYHSPP PVYHSPPPP+Y+
Sbjct: 128 VYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPIYKSPPPLVYHSPPPPVYHSPPPPIYK 184

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CRA7 (extensin-1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111013522 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 223.4 bits (568), Expect = 7.4e-55
Identity = 138/182 (75.82%), Postives = 147/182 (80.77%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIY 60
           MAYLV AILVATLSL  V+ATDYVYSSPPPPYY Y  PPP IY SPPP   Y+SP  P Y
Sbjct: 8   MAYLVAAILVATLSLPSVMATDYVYSSPPPPYYAYNSPPPHIYYSPPP--VYHSPPPPAY 67

Query: 61  HSPPPPVYH--SPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPV 120
           +SPPPP Y   SPPPP+YHSPPPPVYHSPPP VYYS PPP K EYKSPPPP+YYSPPPPV
Sbjct: 68  YSPPPPKYEYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPPVYYS-PPPAKYEYKSPPPPVYYSPPPPV 127

Query: 121 YHSPPPPVYHSTLPP----IYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPV 177
           Y+SPPPPVY S  PP     Y SPPPP Y S PPPVYYSPPPPVY+SPP P+YHSPPPPV
Sbjct: 128 YYSPPPPVYKSPPPPKKDYEYKSPPPPVYHSPPPPVYYSPPPPVYYSPPPPMYHSPPPPV 186

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F6U4 (extensin-1-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111442872 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 222.6 bits (566), Expect = 1.3e-54
Identity = 135/192 (70.31%), Postives = 145/192 (75.52%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKF--------- 60
           MAYLV  +LVA LS   VIATDY YSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP  +         
Sbjct: 1   MAYLVATVLVAILSFTSVIATDYSYSSPPPPYYVYKSPPPPVYHSPPPPVYYSPPPPKKG 60

Query: 61  --------YYSPSSPIYHSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEY 120
                   YYSP  P+Y SPPPPVY+SPPPP+Y SPPPPVYHSPPP VY+SPPPP    Y
Sbjct: 61  YKSPPPPVYYSPPPPVYKSPPPPVYYSPPPPVYKSPPPPVYHSPPPPVYHSPPPP---VY 120

Query: 121 KSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPP 176
            SPPPPIY SPPPPVYHSPPPPVY S  PP+Y+SPPPP Y+S PPPVYYSPPPPVY SPP
Sbjct: 121 HSPPPPIYKSPPPPVYHSPPPPVYKSPPPPVYYSPPPPVYKSPPPPVYYSPPPPVYKSPP 180

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U062 (Extensin-3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold43G001090 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 208.0 bits (528), Expect = 3.2e-50
Identity = 127/176 (72.16%), Postives = 140/176 (79.55%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIY 60
           MAYLV  ILVATLSL  V A +YVYSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K  Y      Y
Sbjct: 8   MAYLVATILVATLSLPSVFAAEYVYSSPPPPYYVYKSPPPPVYYSPPPPKVKYE-----Y 67

Query: 61  HSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYH 120
            SPPPP+YHSPPPP+YHSPPPP+Y+SPPP VY+SPPPP    Y SPPPP+Y+SPPPPVYH
Sbjct: 68  KSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPP---VYHSPPPPVYHSPPPPVYH 127

Query: 121 SPPPPVYHSTLPPIYHSPPPP---EYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPP 174
           SPPPPVY S  PPIY+SPPPP   EY+S PPP+YYS PPP+YHSPP  VY SPPPP
Sbjct: 128 SPPPPVYQSPPPPIYYSPPPPKKYEYKSPPPPIYYS-PPPIYHSPPPQVYKSPPPP 174

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3E640 (Extensin-3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold172G00260 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 199.9 bits (507), Expect = 8.8e-48
Identity = 125/176 (71.02%), Postives = 138/176 (78.41%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLVIATDYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIY 60
           MAYLV  ILVATLSL  V A +YVYSSPPPPYYVYK PPP +Y SPPP K  Y      Y
Sbjct: 8   MAYLVATILVATLSLPSVFAAEYVYSSPPPPYYVYKSPPPPVYYSPPPPKVKYE-----Y 67

Query: 61  HSPPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYH 120
            SPPPP+YHSPPPP+YHSPPPP+Y+SPPP VY+SPPPP    Y SPPPP+Y+SPPPPVYH
Sbjct: 68  KSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPPIYYSPPPPVYHSPPPP---VYHSPPPPVYHSPPPPVYH 127

Query: 121 SPPPPVYHSTLPPIYHSPPPP---EYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPP 174
           SPPPPVY S  PPIY+SPPPP   EY+S PPP+YYS PPP+YHSPP     SPPPP
Sbjct: 128 SPPPPVYQSPPPPIYYSPPPPKKYEYKSPPPPIYYS-PPPIYHSPP---PQSPPPP 171

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10
Match: AT1G21310.1 (extensin 3 )

HSP 1 Score: 146.0 bits (367), Expect = 2.9e-35
Identity = 118/209 (56.46%), Postives = 133/209 (63.64%), Query Frame = 0


Query: 1   MAYLVVAILVATLSLKLV--IATDYVYSSPPPPYYVY-----KYPPPLIYQSPPPSKFYY 60
           MA LV  +LV T+SL  V     +Y YSSPPPP   Y      Y PP +Y SPPP K +Y
Sbjct: 5   MASLVATLLVLTISLTFVSQSTANYFYSSPPPPVKHYTPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHY 64

Query: 61  ---SPSSPIYHSPPPPVYHSPPPP----IYHSPPPPVYHSPPPLVYYSPPPPKKQ-EYKS 120
              SP  P+ H  PPPVYHSPPPP    +Y SPPPPV H  PP VY+SPPPPKK   YKS
Sbjct: 65  EYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKS 124

Query: 121 P--------PPPIYYSPPPP----VYHSPPPPVYHSTLPPIYHSPPPPE----YESTPPP 175
           P        PPP+Y+SPPPP    VY SPPPPV H + PP+YHSPPPP+    Y+S PPP
Sbjct: 125 PPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPPVKHYSPPPVYHSPPPPKKHYVYKSPPPP 184

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10
Match: AT1G76930.1 (extensin 4 )

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 6.3e-30
Identity = 100/174 (57.47%), Postives = 111/174 (63.79%), Query Frame = 0


Query: 5   VVAILVATLSLKLVIAT--DYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHS 64
           + + LV   SL  V  T  +Y YSSPPPP  V  Y PP +Y+SPPP         P+ H 
Sbjct: 5   MASFLVLAFSLAFVSQTTANYFYSSPPPP--VKHYSPPPVYKSPPP---------PVKHY 64

Query: 65  PPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLV-YYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHS 124
            PPPVY SPPPP+ H  PPPVY SPPP V YYSPPP     YKSPPPP+Y SPPPPV H 
Sbjct: 65  SPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKYYSPPP----VYKSPPPPVYKSPPPPVKHY 124

Query: 125 PPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVY 176
            PPPVY S  PP+ H  PPP Y+S PPPV +  PPPVY SPP PV H  PPP Y
Sbjct: 125 SPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKHYSPPPSY 163

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10
Match: AT1G76930.2 (extensin 4 )

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 6.3e-30
Identity = 100/174 (57.47%), Postives = 111/174 (63.79%), Query Frame = 0


Query: 5   VVAILVATLSLKLVIAT--DYVYSSPPPPYYVYKYPPPLIYQSPPPSKFYYSPSSPIYHS 64
           + + LV   SL  V  T  +Y YSSPPPP  V  Y PP +Y+SPPP         P+ H 
Sbjct: 5   MASFLVLAFSLAFVSQTTANYFYSSPPPP--VKHYSPPPVYKSPPP---------PVKHY 64

Query: 65  PPPPVYHSPPPPIYHSPPPPVYHSPPPLV-YYSPPPPKKQEYKSPPPPIYYSPPPPVYHS 124
            PPPVY SPPPP+ H  PPPVY SPPP V YYSPPP     YKSPPPP+Y SPPPPV H 
Sbjct: 65  SPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKYYSPPP----VYKSPPPPVYKSPPPPVKHY 124

Query: 125 PPPPVYHSTLPPIYHSPPPPEYESTPPPVYYSPPPPVYHSPPLPVYHSPPPPVY 176
            PPPVY S  PP+ H  PPP Y+S PPPV +  PPPVY SPP PV H  PPP Y
Sbjct: 125 SPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKHYSPPPVYKSPPPPVKHYSPPPSY 163

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10
Match: AT1G26250.1 (Proline-rich extensin-like family protein )

HSP 1 Score: 119.8 bits (299), Expect = 2.2e-27
Identity = 111/181 (61.33%), Postives = 117/181 (64.64%), Query Frame = 0


Query: 23  YVYSSPPPPYYVYKY--PPPLIYQSPPPSKFYYSPSSP---IYHSPPPP--VYHSPPPP- 82
           Y+YSSPPPP YVY    PPP +Y SPPP  + YS   P   +Y SPPPP  VY SPPPP 
Sbjct: 65  YIYSSPPPPPYVYSSPPPPPYVYNSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPP 124

Query: 83  -IYHSPPPP--VYHSPPPLVY-YSPPPPKKQEYKSPPPPIY-YSPPPP---VYHSPPPP- 142
            +Y SPPPP  VY SPPP  Y YS PPP    YKSPPPP Y YSPPPP   VY SPPPP 
Sbjct: 125 YVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSPPPPPPYVYQSPPPPP 184

Query: 143 -VYHSTLPP--IYHSPPPPE--YESTPPP--VYYSPPPP--VYHSPPLP--VYHSPPPPV 176
            VY S  PP  +Y SPPPP   Y S PPP  VY SPPPP  VY SPP P  VY SPPPP 
Sbjct: 185 YVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPP 244

[Close]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10
Match: AT1G26240.1 (Proline-rich extensin-like family protein )

HSP 1 Score: 119.4 bits (298), Expect = 2.9e-27
Identity = 111/181 (61.33%), Postives = 118/181 (65.19%), Query Frame = 0


Query: 23  YVYSSPPPPYYVYKY--PPPLIYQSPPPSKFYY-SPSSP--IYHSPPPP--VYHSPPPP- 82
           YVYSSPPPP YVYK   PPP +Y SPPP  + Y SP  P  +Y SPPPP  VY SPPPP 
Sbjct: 235 YVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPP 294

Query: 83  -IYHSPPPP--VYHSPPPLVY-YSPPPPKKQEYKSPPPP--IYYSPPPP--VYHSPPPPV 142
            +Y SPPPP  VY SPPP  Y YS PPP    YKSPPPP  +Y SPPPP  VY SPPPP 
Sbjct: 295 YVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYNSPPPPPYVYKSPPPPP 354

Query: 143 YHSTLPP----IYHSPPPPE--YESTPPP--VYYSPPPP--VYHSPPLP--VYHSPPPPV 176
           Y  + PP    +Y SPPPP   Y S PPP  VY SPPPP  VY SPP P  VY SPPPP 
Sbjct: 355 YVYSSPPPSPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPPYVYSSPPPPPYVYKSPPPPP 414

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Clc04G08160 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_038899768.1	1.7e-61	73.27	extensin-3-like [Benincasa hispida]	[more]
XP_022976067.1	1.8e-58	75.98	extensin-3-like [Cucurbita maxima]	[more]
XP_004139745.3	7.4e-57	74.05	extensin-3 [Cucumis sativus] >KAE8646192.1 hypothetical protein Csa_016078 [Cucu...	[more]
KAG6592187.1	1.4e-55	70.05	Extensin-3, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]	[more]
XP_022143678.1	1.5e-54	75.82	extensin-1 [Momordica charantia]	[more]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
Q38913	4.0e-37	61.63	Extensin-1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT1 PE=2 SV=2	[more]
Q9FS16	4.1e-34	56.46	Extensin-3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT3 PE=1 SV=3	[more]
Q9XIL9	1.6e-25	62.66	Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 3 OS=Arabidopsis thali...	[more]
Q9M1G9	2.5e-23	55.29	Extensin-2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EXT2 PE=2 SV=1	[more]
Q9LJ64	2.3e-21	59.87	Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 OS=Arabidopsis thali...	[more]

BLAST of Clc04G08160 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1IER1	8.5e-59	75.98	extensin-3-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476580 PE=4 SV=1	[more]
A0A6J1CRA7	7.4e-55	75.82	extensin-1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111013522 PE=4 SV=1	[more]
A0A6J1F6U4	1.3e-54	70.31	extensin-1-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111442872 PE=4 SV=1	[more]
A0A5A7U062	3.2e-50	72.16	Extensin-3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold43G00109...	[more]
A0A5D3E640	8.8e-48	71.02	Extensin-3-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold172G0026...	[more]

BLAST of Clc04G08160 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT1G21310.1	2.9e-35	56.46	extensin 3	[more]
AT1G76930.1	6.3e-30	57.47	extensin 4	[more]
AT1G76930.2	6.3e-30	57.47	extensin 4	[more]
AT1G26250.1	2.2e-27	61.33	Proline-rich extensin-like family protein	[more]
AT1G26240.1	2.9e-27	61.33	Proline-rich extensin-like family protein	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	PRINTS	PR01217	PRICHEXTENSN	coord: 23..39 score: 29.41 coord: 61..82 score: 39.09 coord: 105..122 score: 38.89 coord: 82..98 score: 40.0 coord: 46..58 score: 36.92
None	No IPR available	PANTHER	PTHR36586	PROLINE-RICH EXTENSIN-LIKE	coord: 6..175
IPR006706	Extensin domain	PFAM	PF04554	Extensin_2	coord: 60..109 e-value: 1.5E-4 score: 21.7

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Clc04G08160.1	Clc04G08160.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0009664	plant-type cell wall organization
molecular_function	GO:0005199	structural constituent of cell wall