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Clc01G08720 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATTTTCTCTTTTTTCTCACTCTTAAAACACTTAACTTACCATTTTTCTCTCTCACAGACACTCCCTTGACCGTGCTTTCTCTCTCCTCTGTCTCTGTCTTTTCTTTCTCTCTCATCTTTCAGTTGTTTGAAGAGAAGCCCCTTTTGAAATCACTTCTTCTCTTTTACTCTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTCTCTGTATGTATCTGTACTGACTGACATTCTCAGTCAGTCCGATTGTGGTACCGGCTTACTCTAAAATTGTTTGTCAGTGGTTGTTTTTTTGGGGGTTTAATTTATCTCATCTTTTCTCAGTTTCCCCACTTGATTGTTGTTCGCTTTCGTTGGTTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTCTCTATAGAGGGATCTAGTCCGGATTGCCTTTTGATGTGTAGATTGAGGTTTGAATTTGTTTGGTTTGATTTTGAGGGGTTGGAGGGGAGGGAGGGGGTTTGATTTTGGGGGATTTTGTGCTTAAACCCTAAAAACACTCTGTATTTGAGAAGATGGATATTGGGTTGGTTTGATTTGAGGCAGGGGAGATGGGAGAGCGCGGTGGGGTTGTGAGTGATTGCGTTGGGTTTAGGCAGCGGAGGAATCTTCTTAATGTTATCGGTTGAGAGTTATGAGTTTCAGGCAGGGTTCTTGTCCTGTCGATTAGGGTTTTACTATTCTTTTTATTTTGAAATTTTGTGTGTCTGTGTGTGTGTTTTGAGTCTTCTTTTAAGTATTGGGGAAAGCTTGATATGAAGCTTTCAACATCAGGGTTTGGTCAGCAGGATCACGAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGCTTTTTTATGTTGGTTTTGTTTTGGTTTACTGTTTCAATTTGGGACGATGGAACTCCTGTTTTGAATTGTTATTGTTATTATTATTATGTGCCTTTTTTCATTTTGTTGTTTGTTTTTCCTCCCTATATTAAATGCTATGGTTCCCTCGTCTCCCGCCATAAATTTTGATCTTCTGTGCTGCACTTTAATTATGGCGTTGTAATGATGGTGATGATTATAGGAGGGGAAAAGAAATGCTTGAATTCAGAGCTATGGCATGCATGCGCGGGGCCCCTTGTGTCCCTCCCAACTGCTGGGACTCGGGTTGTCTACTTCCCTCAGGGTCACAGCGAACAGGTTCCATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTTGAAAATATAACTTTCCATTTTTGCGGCTATCTTTTTCTTTGTATGGGGAAAAGTTGAGAAATACCTTAATTAACTTAGTTGCCATTGCATAAGCCTGTGAAATTGAAAGGACTTCTCTGTCAATTTGTTTGTCTGTAGGTTGCTGCCACGACCAATAAAGAAGTTGATGGGCACATACCCAATTACCCGAACCTACCTCCCCAGTTGATATGTCAACTTCACAACGTTACAATGCATGTGAGTTCTCTTTTTCTCATGTAATTTGAGTGTGTTTAGCCTTCATTGTGTGATTAATGTTTCTAATGCGTAAATCTTTCATTAATCTCTTATTAATGATTAATGAGGAAATTAGATTATTAAAGTAAGGAGAACTCTTAAGCAGGATTTGTGTATATGACATTTCAGGCAGATGTGGAAACGGATGAAGTATATGCCCAGATGACATTACAGCCTCTGACTGCAGTAAACTATCTTTACAACTCTGTTTCTCTTTCAGTTCTTCTTGCCACATTTTTTAATACCTTAGCTCAATTTATTTTATACATACAGCAAGAGCAAAAGGATACATTTCTACCCATGGAATTGGGGATTCCTAGTAGACAGCCAACAAATTACTTTTGCAAAACGTTGACAGCAAGTGATACAAGCACCCATGGAGGATTTTCTGTACCTCGTCGTGCTGCTGAGAAAGTTTTTCCTCCACTGGTACATACATATATTCTGTTATATGATTTTGTTGGATCTGATGGATGAATTTTGGCATCTTTCTCTGGTATGGTGCTGCAGGATTTTTCACAACAGCCACCAGCACAAGAGCTGATTGCAAGGGACCTTCATGATGTCGAATGGAAGTTTAGGCATATTTTTCGAGGTAAGTCCCTTGATGTTCTGTCCATTTGTGGAAATAAGTGTGATGGTTTTCTTTGTTAATGGTTTCTAGTTTATCAACCAATTTTTTTGTATTGTTGGTTAAGCACTCAGATTTAGGTGGCATTTGAAATGAAACTGTTAAGAATCATTTTTTGCTTTCGCTACAAAGTGATAGTGATATCAAGTTTATCAAATGTAAGGCACTTTGTTTTGTAAAAAAAAAAAGTAACTCACTTCCAAGAGAGTTTGGTTCGTACTATGAGTACGAACATTGAATTACATTTTGTCTCTGAATCAGAGCAAAGGTTAACGATTAATTGGTTCCTGAGTAATGAAATTAAACTTAAGTAGTAGGAAAAATGCAGATGACGAGAACTGAATTACCTCATTAATTATTGGGAAGTAAAGAACCAAACCGTTGATGAAAAGGAAATTCAGAGCACTTCAGTTTCAAGAATATTTCTTGGAATTTAAGAGGTTCTGTTACAGGACACTTGGTCAGTCCAATTTGATAGATCTCTTGTCAGAGAGTTATGAACCTCTAGATTCATTGGGTGGTCTTCTTAGAAGTTGACGGTGTTGCTGGGGGTATCCAAGTGATATGGCTAGAGAGATTGATGAAAGTTGCCGATTTTGTTCAATGTTCATGGTTCCATTTGCTTCTTTGAAGGGCATTTTCAAGATAGGATCTCAGGTGTTAATGGGCCTACCTCTCACCATTCCAGAATTGATTTTTGGCTTGAACTTAAAGACCTTTTCTCTAGTCTTTATCAGTTTTTTGTTTCCTGAGATAGGATCAGAGTTATGAAATAACCACCAATGGTGGATTACCAAGAATGAATTCCTATTGTTTAGTAAAGAAGAAAGACTATAATCTTTGAAATAGTGTGAACTTTACACCAATATAAAAGCCTTAAAAAGAACTAAATCAGGGAAACCCTCAAAAGAAGCATAAGTGTTGTTCAAGATCTTCCCCTTCCTTCTGCACCAAAAGACCAAAAAAAGGATCGATTAAAAGCCAACCAAAGTGTATTTGCATCTCCTTTGGAAGGGTGACCCACAAAAATCATAGATAGAAGATAAAATCATTTCCAAGCAAAACCTGACGCGGACCAAAAGCTTATGGAAAAAAGTTCTAATATTGTCTTGAAAAGGAACAGTATCCACGGAGTTGGCATCGCACATAATACACCTATAGGGGGTGAGGATGAAATAAGCATCCTACAAAAAGAAGCCACATCAAGAGACTTTCTGCTCAGAGAACAAATGAATCTTTAATGAAGTTGGTTTTCAAAGTAATTCCTTTGCACCATCCTTCACTTTAGGAATCTTGTACGATTGATCTAGCTAGATTAGATCATGAGAGCTGTTTCTTTGGGAGGGGCTGAAAAGGGTGATGGATATCATTTAGTGAATTGGAATGTTGTATCATAATCTGAACTAGGGATAGGAAATTTTTAATGCAAAAGTGTACCCCTCTTGAAGTTGCTGTGGCAGTTTCCTTTAGAACCTTCAGGCTTTGTGGCATAAGTTCATTGCGAGTAAGTATGAGTTACATTCCAATGGATAGGGTTCTAGTACAGATTCCAAAAGCACCTTTAGGAACTGTTGGGAAGCAGTCTTTCTCTTTATGGTTCTCGCTTATTTCTTATCTAGCTACTTCTATATACTTTATGGTATCTACTATCTTTTGTTCGCAGGTTGGAACATTGTTCTATCATTTCTAATTTTATAAAACTCTCCTTGATCATGAGATTAAGGAGTTAGCTTCTTTTTATTGTTTTTGAAACATAATCACTCAAATATTCATCCATTATATTGAATGATGAACACTAGCCACGGAGAGCCCAACAAAATGCCGAAAGGGAACTAAGGAATAAGATTATCAAATTTCTAAGGCACAAATTTCATTACGTTGTATTGAACCAATTTACCAAGATAAAACAATGTGAATTATTTTCTCATAAAAAAAAAAAGAAGATAAGACAACGTGAATTATTTACAGAATATATATGGCAAATTTCAATTGAATACAAAGAGATCTATAGCCAGATTTCCATTCTAGGGGATGATTGTTTAGAAGACAATTGTACCAATCAACAAACAGAGATTAATCTCATGGATTATTTTCCCCTTTCTGAGTTCCTAATTGCCTTAGCTGTAAATCTAACTACCTTCTTGAATGCAAAATGAACACAATTTTAAAGCGAAATTCAACAAACCACCTTGTAAATGAAATAATAAAGGAGATTAGAAGAGGATGATGATTCATCCAAATCGTTCCTCCCAAATCTATTGAAATTCCTACCACTATTGCCCATGTCATCTCCACCATATGGTTCGTATAATATCAATGCTTCGTGCATTGCTTTCTATGGCAAAACGTTCGAGAGGCTAATTGGTTTGAACCTGATTTACTGGAAGCAGAGCAATGGTTGCAACGGGGAAAAGTGCGGTTGATAATTGAAGAGGGCGGCAGAAGATGGTGGGATCTAGTCAGTGATTGAATTAGTGACAAAGATACAATAATGGGAACGAAATTGAGGAATTTATTGAAGTCGATGCCAATGTTGGCGACCATTGAAAGCGTTTCAATGATTGAAGAGGATTCCAATGGTAGGATTCCAAATTGGAAAAAGAATTGGAATTTCGTAGATGGGAGAGCGAGGGATTTAAGAAATTTGGGAAATTGAGAAAAATCAAAGAAAAATGAGATGGTATTTGAGTCACTCTACGAGAAATTAGCTTCTTTTTATTGTCTTTGCTTAACCTATTTAGGGGTGGATGTAGGGGCATGTGCCCCCTCCAACTTGGAAGTTCCTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATATATATCAAAATAACAATTTTCATTGATTAAGA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BLAST of Clc01G08720 vs. NCBI nr
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BLAST of Clc01G08720 vs. NCBI nr
Match: TYK08647.1 (auxin response factor 8 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1637.9 bits (4240), Expect = 0.0e+00 Identity = 832/924 (90.04%), Postives = 843/924 (91.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. NCBI nr
Match: XP_011655128.2 (auxin response factor 8 [Cucumis sativus] >KAE8648341.1 hypothetical protein Csa_023113 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1631.7 bits (4224), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/925 (90.05%), Postives = 843/925 (91.14%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. NCBI nr
Match: XP_038877058.1 (auxin response factor 8 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1622.4 bits (4200), Expect = 0.0e+00 Identity = 827/912 (90.68%), Postives = 835/912 (91.56%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. NCBI nr
Match: APD15608.1 (auxin response factor 8 protein [Siraitia grosvenorii]) HSP 1 Score: 1621.7 bits (4198), Expect = 0.0e+00 Identity = 825/924 (89.29%), Postives = 835/924 (90.37%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FGV1 (Auxin response factor 8 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=ARF8 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 1068.5 bits (2762), Expect = 4.1e-311 Identity = 578/900 (64.22%), Postives = 665/900 (73.89%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q258Y5 (Auxin response factor 12 OS=Oryza sativa subsp. indica OX=39946 GN=ARF12 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 945.7 bits (2443), Expect = 4.0e-274 Identity = 532/883 (60.25%), Postives = 611/883 (69.20%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0J951 (Auxin response factor 12 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=ARF12 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 942.6 bits (2435), Expect = 3.4e-273 Identity = 532/885 (60.11%), Postives = 610/885 (68.93%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZTX8 (Auxin response factor 6 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=ARF6 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 919.8 bits (2376), Expect = 2.4e-266 Identity = 545/997 (54.66%), Postives = 634/997 (63.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: A2X1A1 (Auxin response factor 6 OS=Oryza sativa subsp. indica OX=39946 GN=ARF6 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 852.0 bits (2200), Expect = 6.1e-246 Identity = 521/1005 (51.84%), Postives = 615/1005 (61.19%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CIX2 (Auxin response factor OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103501352 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1638.2 bits (4241), Expect = 0.0e+00 Identity = 832/924 (90.04%), Postives = 843/924 (91.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C9K7 (Auxin response factor OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold871G00080 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1637.9 bits (4240), Expect = 0.0e+00 Identity = 832/924 (90.04%), Postives = 843/924 (91.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1J0M5G8 (Auxin response factor OS=Siraitia grosvenorii OX=190515 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1621.7 bits (4198), Expect = 0.0e+00 Identity = 825/924 (89.29%), Postives = 835/924 (90.37%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CJP9 (Auxin response factor OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111011795 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1609.0 bits (4165), Expect = 0.0e+00 Identity = 821/925 (88.76%), Postives = 837/925 (90.49%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GZ34 (Auxin response factor OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111458805 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1579.3 bits (4088), Expect = 0.0e+00 Identity = 803/924 (86.90%), Postives = 821/924 (88.85%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. TAIR 10
Match: AT5G37020.1 (auxin response factor 8 ) HSP 1 Score: 1068.5 bits (2762), Expect = 2.9e-312 Identity = 578/900 (64.22%), Postives = 665/900 (73.89%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. TAIR 10
Match: AT5G37020.2 (auxin response factor 8 ) HSP 1 Score: 1038.1 bits (2683), Expect = 4.2e-303 Identity = 564/878 (64.24%), Postives = 647/878 (73.69%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. TAIR 10
Match: AT1G30330.1 (auxin response factor 6 ) HSP 1 Score: 920.6 bits (2378), Expect = 9.9e-268 Identity = 545/996 (54.72%), Postives = 634/996 (63.65%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. TAIR 10
Match: AT1G30330.2 (auxin response factor 6 ) HSP 1 Score: 919.8 bits (2376), Expect = 1.7e-267 Identity = 545/997 (54.66%), Postives = 634/997 (63.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G08720 vs. TAIR 10
Match: AT1G19220.1 (auxin response factor 19 ) HSP 1 Score: 566.6 bits (1459), Expect = 3.6e-161 Identity = 417/1123 (37.13%), Postives = 542/1123 (48.26%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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