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Clc01G06220 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGGAGATTTTGAGAGGACGGGGAATGTCATAGGGAGTGGAGATGGGGATGGGGAAGCCATAAAAGTACAGGGGTTGTTTGAGACATTTAGTTGGTTATTATAATATGTGGTTATTATAGTTTGTGAGTCATAATAGTCGGTGGATTATTATAGTATGTGATTGATTATTTTGTGAAGTTCACTTATATCCTAACCTTTGCACCATTAAGACTCTGTTGACATGCTAATTTAAACGATTGGTTTAACTTAACAAGATAACATTCAATCAACAACATAAATAGAAAGGAGGATGCAATACCATATGGTTGCATCGACTCAAATCATATTATCTTAGAGATATCTACGTGACCGAATCCCTTAGAAAATTAGCCGACGAGTAGAAGAATACAAATAGACTTCAGTAATTCAAATAACATGGATTACAATTGTCAATTTCAAGTACTAAAATATAAGGAAAAAACCTAATAACAACAGACAATGAATAAAAGACAACTGGAAAACAATAAAATAATTTACTCGATTAAAAAACCTCACTCTAAAGAACTCTTTAGGATAGATTCAACCTTTTTCAAGGGTGAATCCTCACTATACACATGTTCTCACATGTAAGAGTGACAACTTATCTTCATATGAACTTGCTTTCTTAAAGAGTTTATAGATGTACCTTCTGGGTTTTTCTCCCAATGAATGAAGATTCTTGATTTTTGAGGATTCCTTCTCATTATATAGTTTAGGGAGGTTGGAGGATGGCTAAATCTTATGCATTGAATGACCCTAGGTAATTTTGGAGCTATAAAATGGTTGAAGACCGCAAAACAAATAAGTTTGAACAATTGAAGTGCACTTTGACTTGGTCTAGAGCATGATGCAGTCACATAAGTGGTTTTCCTTGCAAAATTGATAAAAACAACTATAAAAGCTCATGAAATTGGTTCAAAATAGCCTAAACTAACTTAAATTGTTAAATGACACACATTTACTCCTTTTGCTCATTCTAGGCCATATTGGGTCAAAACATCATACGGAGTTGCTCTTTTGCTAAAGAAAAGTAGTAAAATGGATGGTAAAAATATACACATTTTGACGTTCACCAATGGGTTGGGTTAGTTATTTTTGGTAGGCCTAACATTTGAGAAAAACGTTGCAATGAGCATAAATTCAAATATGGACAAATTGATCCATTAGGAACACACATGCAGAATAAGAGAGGACAACTCTAACTACAAATCATTATCCTAAATTGATTTCCAGATGTCCATCTGATAACAATTAAAAGAAAAACCACACTCCAACTTGGGACTAAAGGTGACTATTATAGGTAAAATTTGACCTAGAAAAGCATACTTAAGCCCGAGAGAAGATTAAGAGGAAAAGTTTTCAAAGTGAAGGTGTACTTCAAGTTGAAGAACTTAGAGCCGATTAATACTTGAGCCCCAATCAACCATAACTAGGGCCCAACAAGGAAGCCAAATCAAAAGTCAAAAGCCCAATAGACCACCATTGCCAAAGTTGAGAGGTTAGGGGAGAGGTGTCCCAAGCACATCCCCTAACACATATTGAATGCATACTTAACAACTCCCATAGGTTTGGTTCAACTTCTTTCGATCCTATTCAAAAGGAAAAATCGGAAACCTTACCTCTAGGTCAATATGTGAATAAATAGAACATCAAATCTTTAATGGAGGCAACGTTCAACTGGGTTGTCCTTTAAAACTCTATTACTACACTCATTTTATTTTGTTTTTCGATTTAAACATTTAAACATGTGTGATATGCACCACATTATAGAGTTTCCTTACCCCAAACTTTTCTATAACATTGCCTACCTAACAGACAAAATAAAACTAAGTTTACTACAACTTGTATGTGGCTAACATGAACATGACTCGACTAAGACTTAAATTATCCATGATGAGGTCGAATTTCAATTCCCTACCATCTAAATGTTGTTAAAAGATAAGAAAAAGAGAAAAAAGAAAGAAAAAAAAATTTGCATTATATTCTCTCCTTCCCTCTCCGCACGCAGGACTCAGCCGTCCTTTCCTTCTTTTTCCTTTATTTTTTCCCAACCATTCCCTTATAATTTCTCTAAACCCTATTTCAAGGGCAGCCACCACCTCTGCCTCCCTTACAATCCACTGCACCGCCGCTCGCCGGACGCCGCTCCTACCCGACAGTCTCAGCGGCTGCCACCGCACGCTGCACTTTCAGCTGCGCAGTCTCAGCCTCCCGACGAACTCGCTGCCGCTCCCTGTCCCCCGCACGCTCTCGCCTCTCCGAGCAACCAGAGTTGCTTATCTCTGTTGTTCTTGCTGTTGGCGAGGTCGCACCGCCACTCACTTTTCATATACCTAAGGTTTTGATTTTTTCGATTTTGTTTCGTTAATTTATGTTGATTTCTTGTCAGAAATTCATTTAGAGTATATTTTGTTGATTTCTTCATCAACCAATCCAAATGAAAACTATGTCACTAAAAATGCATACATCGCTGATTAGGATATAAAGAAATTGAATAAAAAATAAAAAGGAAATGAAAACATATTATTCTTATCCGAATTAATAAATAGATTGAAAAAAATGGTTTAAAAAGATGAAGGAAGCAAAAAAAGGGAAAGCTTACCTGTATGTAGTGTTTGCTCAGCTATAAAAAACTTGTTGGAATTGGGAAGCTGTATTGAAAGAATTGAAATTATTGGTATTAGTTTTAGAAAACAGAAAAATACAATGTACAAACCAAATAGAACACTGGTGTAGAGTTTGCTTGAATATAGAAGAAACCATCGATGCATTTCACAAATGATTTCAACTTCCTTGTTTTTTTTCCACCCGGACACATGGACTAATTTGAAATCCTTCCAATATCAGGGATTCAGGGTCCTCAATAGCGGTAAGGTGGAATTCGACTTCGAAATCCAAAATCTTCCATTTATTATTGTTTCATTATATTCTTCTTTTTGTCGGTTACTAACAATAGCATTAGAATTAGAGGTTAGAAGTAGCTTTTACCTCACCTATATAACTACATTTAAATAAAAAATTGTGGTTACATGGAGAAATTTTCTTTTAGTTCAGAACTTGTAATACCTTTAGTTTCCTTTAACATTACAAAATTTCCTCAAATCTTGAATCGTGCATTAAATTTTTACTTCATTCATGAAATATAGATCCGCATGATACCAATTAGATTGTGTTAATTATTGTTTTATAAGAAAGAGTTTTTGTGCAGAGTCGCAGTGACTAAATCTTAATGGCTGGCAGAAAATTAGTTCGGGATATATTACTCTCAAGACAAAGCATTTTTTATCATCTTACTTCCCATGAGGTATTTTTTTTCCCCTTTGCTTTATCCTTATCCCATCATTCTCCGCTGTAATCTTCATAGGATGGATTTCTGTGGTGTAAAGTTATTCAATATCAAGTTTGTTTTAATTTATGGTTGCATTTTGGTATGGTAGAGCTCCTGCACGAGATCACAATTGCTATTACCAAATGGTTATTCCATCAATCGTAGATTCAGTGTATTCAATGAGTTCTCAAAGAAAGTGAAAGGAGAAGCTGACAAGTATATTCCTCTCCTTTAAGATTATAATATTCTTGCATGTATATTTGTTTTAGCTTTTCTGCAAGTGTTTCTTTATCCAACAAAGCAAGTAAAATGCATGTGAATTGTTTTCCATTTTGTATGTAATTTATTAAGGCTGTATGACTGATGGAAGATCCATGAAGACATGAATCTATTGATGTATCACATATTTTTCAATATAAAGTGCAGGTTAGTTTAGACCTTGCTCAAGGAATCTGCCTGCTCTTGAAGCTAAAACCAAGCAGCTTAGGCCAACTAAAGCAAGTAAATTATCCATTTGGTTGATTAAAACATAAATATCTACCAATATAATGTTTCCTCCTACAACGGATAATCAGTTTTTTTAAGAAGAAACTTGAATTTCATTGACTTTTCCTTATAGGAAACAAGAAATATAATGAGATAAAGGGAGGTAATATAAAAAGGATTAAATTTGAACCAAGATTATTGTTATGAAAGACATTGGAATGAATACACCAAGAAGAAGCATGCAATCTAACTCCCTTCCCAAGAATAGCTGAGCCTGATTCTTGACCTATAAAAATTCTGCAATAAGATATAACTGAAGAAACTACATAATTAGAAAAATTATCAAAAGATTTTCCTTTTCGTTTATAATCTGTTGGTTTTTCTTGATTCAAGTAGAAGTAGCTCAAAAAACAGCTCAAACTAGGTGCGTCCATAAAACTTTTTTTTTCCCATTCGAGAAAGCGTAGCTTATCAGGGTGTAGTGAATGAGACTATTTGGATTACATGGGAGAGTTGTCGAGCATTTGAAAGAGGAAAGAATCTCCCTTCCCGAGCTTGTCAGCATATAAGCATGTGAGAAAAGCAAAGAAGCACATATATGGATACAAGACACGGATACGACACAATATGATACTAACACGACCATGTGCCATTTTTTTAAAACAATATATGACATGCCAAGGACACATTAAAATATACATTTTTTAAGAGAGATTATTTTTATACAAGATGGAAATTCAAAGTCATTGAGTTTATGCATTTATGTGCTTAAAAATTTAGTTTGATGCATTTGCTCTCTAATTTTATTAGTGTTGTCATATATGTGTCTATTCAGTAATTAGTATACTTAACAAGTGTTTGATGCATGTCAAACAAATGTTGGACCTACTTTGGCTTTGTACAATTAGCGTGTAATACATCTATTGTACTAACAAGTGTCCAATACATGTACAGCAAATGTCGGGGTCTCTAAGTGTCTGACACAGGTTGAACATGGACATGCTGTCTAACTAAAGTGTTCGTGTTTCTTAGGAGAAGTATGCTTTTTGTGTTTTTATATCATTTCTGCAGAATGGTCGCTGTGAGTGGATAGGGATATGTGTGGCAATCAACACAGAAGTTTATCTAAAGTGTTAATGGCCCTATGACTAAGTTCCCAC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BLAST of Clc01G06220 vs. NCBI nr
Match: XP_038875259.1 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 840.5 bits (2170), Expect = 1.1e-239 Identity = 437/472 (92.58%), Postives = 452/472 (95.76%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. NCBI nr
Match: XP_022939357.1 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 831.2 bits (2146), Expect = 6.5e-237 Identity = 425/475 (89.47%), Postives = 448/475 (94.32%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. NCBI nr
Match: XP_023550271.1 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 828.9 bits (2140), Expect = 3.2e-236 Identity = 425/472 (90.04%), Postives = 446/472 (94.49%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. NCBI nr
Match: XP_022155929.1 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 isoform X1 [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 825.9 bits (2132), Expect = 2.7e-235 Identity = 423/472 (89.62%), Postives = 445/472 (94.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. NCBI nr
Match: XP_022994020.1 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2-like [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 824.3 bits (2128), Expect = 7.9e-235 Identity = 422/472 (89.41%), Postives = 445/472 (94.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5XF06 (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=TIM44-2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 548.9 bits (1413), Expect = 8.4e-155 Identity = 276/469 (58.85%), Postives = 363/469 (77.40%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q1PF33 (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=TIM44-1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 504.2 bits (1297), Expect = 2.4e-141 Identity = 266/471 (56.48%), Postives = 342/471 (72.61%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O35857 (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Timm44 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 102.4 bits (254), Expect = 2.1e-20 Identity = 111/470 (23.62%), Postives = 209/470 (44.47%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O35094 (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Timm44 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 8.7e-19 Identity = 108/468 (23.08%), Postives = 207/468 (44.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O43615 (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TIMM44 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 95.1 bits (235), Expect = 3.3e-18 Identity = 110/477 (23.06%), Postives = 202/477 (42.35%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FGJ9 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111445295 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 831.2 bits (2146), Expect = 3.1e-237 Identity = 425/475 (89.47%), Postives = 448/475 (94.32%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DRS2 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2 isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111022929 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 825.9 bits (2132), Expect = 1.3e-235 Identity = 423/472 (89.62%), Postives = 445/472 (94.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1K042 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111489836 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 824.3 bits (2128), Expect = 3.8e-235 Identity = 422/472 (89.41%), Postives = 445/472 (94.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CU85 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2-like isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103504598 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 822.8 bits (2124), Expect = 1.1e-234 Identity = 424/472 (89.83%), Postives = 445/472 (94.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CSY4 (mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2-like isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103504598 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 766.9 bits (1979), Expect = 7.2e-218 Identity = 401/472 (84.96%), Postives = 421/472 (89.19%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. TAIR 10
Match: AT2G36070.1 (translocase inner membrane subunit 44-2 ) HSP 1 Score: 548.9 bits (1413), Expect = 6.0e-156 Identity = 276/469 (58.85%), Postives = 363/469 (77.40%), Query Frame = 0
BLAST of Clc01G06220 vs. TAIR 10
Match: AT2G20510.1 (translocase inner membrane subunit 44-1 ) HSP 1 Score: 509.2 bits (1310), Expect = 5.2e-144 Identity = 266/469 (56.72%), Postives = 342/469 (72.92%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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