Cla97C05G088880 (gene) Watermelon (97103) v2.5
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGTTGCTTCAACGGTTCTTATGGTGTGTATAAGCCTGCTACTCTTTTGAACTTCATTCAATTAATCTTGTCCACGCTTTTCCCGTCTCGGTTGTTTTTAATTGATTCTCATCACTGTTTCAGGTGGCAGAGAAGCCTAGCATTGCGCTCTCAATTGCTTCTGCACTCTCCCATGGCCAAGTAAGTTGTAAAAACACGTTCTTAACCTCGTAGGATTTTAAGATTATAGGTAGGTGATTACTGTGGGATTTTGAACCTATTTCTAAGTCTCTTTTGCTTTTTCACTTGCCTGAATGACTTAAGCAGTAGATTATACATGTTTTAGAAGACGAACAATGGTTCTCAGTTGGAAGAATTGATTAGCATTCATAGGATAGCTTGCAAAAGTCACTCTTAAAATGCATATTTCGATGTATATTAGCATGCTTGTATCATTTTGCTTATTTTAGGATATGCAATTTGAACATTACTCGGTATATGACTTTAGCAAGTAAATAGAAAGTCTAACATGGTGCTCTCACTGTCTGCACGTGTATACATTCTTTTAGCGAGTTTATTTAACACACAATCTCTTTGGTTTATACCATGTTTGTTATTTCCTTTTTTTAATTTATCCTTAGAATTTTCTACTGGTATAAGAGAGTTTTTGTAGTTGAGGATTAATTTCGGTGTTTGTAAAGAAGGCCTAAGCACGAAAAAAAGTTTTATGAAAAGGCCTCAAGTTGAGAGACAACAAGCATTTCACACATTGAGAGACAAGGGGAAATTCAAATGAGATTGCTTTGTAGAGATTTTTGAACATTTTGTGTGAATCACCACCATAGCCCTTTAGTGAGAACCATACTTAGTCACATAACCTTATGCTAGAGAGCAACTTCCAGGAACAGACCACAATCATTTATCCAACGAAGCCTCGTTGGAACATCTCAAGTTACCAACACCCAAGCCTCCAAGGTCTATTGGTCTAAACATGACTTCAAACTAACAATGTGGAGAACCTCCAACTTCATCAACCACAGGGCACTTGTAGTTTGTTTTAACTCGGAAAAGTTTAGGTTTTTATATTGAGGGTAGCTTCCTTTTTTATTTTTATTTATTTATTAATTATTATTATTCTAAAATATCTGCTCTGTAGAGAAATTGTGTATTTTTTGGTTCTTTGGGCTGTTTTTCACGTCTCCAAGTAGGAGTTTATACTTCATGATATTGATGAAAACTATCGCTTCCTTGTCAAGTGAAAAAAGAACAATTTAGGAAGTTATACTGACATATAAGCTCAACATATTAATGTTGCAGATGTCTACAAGAAAGGGTAGCACAGATGTACATGAATTTGATGGGAGATTTCTTGGGCATCATGCTCATTATAAAGTGACATCAGTTATCGGACATGTTTTCAGGTGCCCTTTCATTTAATTACATCAAGAGTGTGTGAATGTGATTTTGTTGCTTTAATAATTATATATATGCAAAGAACGTGAAGACTGAAGAAATTTTTATTGATTTTGCAACAACCAAAAAAGGGGTCTATACTAGATTCACATGCACTTGATGGAATTTAATGACTAAGATCTGATAGTTGCAATTGCAAGTTCTGCTATCCTTGGCTTCACCATGTATGTTACAAACTGGGCATGGTGTTTTTCGTTGATAACAATGCGATTTTACGAAAAACAGTTGATAACATAAGATTTTTTTATTTACATAATTTACGATAACAAGCAAGAAATAAAGGCTGAAAGAGAGCACTTGTTATATACATGGCACCCTTGAGCCCAAGGCTGAGCATGATTTATCAGGCATGTATTTCCCTGAATTTGTATATTCCCTTTCATGTCTCTCTGTATCTATCTGTCTATATAATTTTATATAACACGTTCCCTATTAATTCTTTATTTACCTAATTATGATAAAGGCTTGAGTATTATTATTTCTCAAATTATCCAATTGCGGAAGGAAAATTATCTAAGTGTTGTTCCAAGGATGCTAATTTAATATGGCTATAGTAAAAATTGGCAAACACTGTCTTTTTGTGCCTATTAGTTTTCAAGAATGCGTGGTTGTTTGTGGTTGCTTCATGATGTTGAACTAGTACTTTAATCTCTCGCCATTTTTATAGTGCATTTCTCTGTTGTCTTTTCGTGGGTTTAGTATAGATTTCCCTGCTGGATTTCAAGATTGGAAGACCACTGATCCTTTGGATCTTTTTCAAGCTTCAGTAATAAAGACAGTGTCAAACCCAAAGGTACCAGTGGTTACATTTTTTTATTTGTTTGTATGAATACTTCCTCACATTGTAGGAAATTGGGGATGGTTGAAAAATTAACTAGGAGAAACAGTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTAAATTATTATTATTATTATTCAATTACTTACTAAAAAAGATAAACTAAAATGAGTAAAAGGGTGCTTTGTTTCACACCAAAAATAAACAGTAGAAAAAACAAGTTCCATAAAACAAGGAAAAAAGGAAAAGAAATCAATAAAGAGCCGTCTATTCCGTTCACCCCATAAACTCCAAAAGAAAGCACGTATAAGGGGTAACAAAATCGTCTTTTTAGTATCACCAAAAGAATGACCCACCTGCAATGGTGCGAAAGTGTAAGAGATGCTATTAGGACAAGTATAGGACCACCAAAAAGTAGACCAAACAATATCATAAAAACTAGCAGCAAAGGAACCGTGCAAAAACAAATGAACCATCGTTTCAGCATTCCTGCAACATTATGCCAAGAGGGAGAAAAAGACATATAAGGCAAGCGGCGTTGGAAACGATCAACAGTATTAAGGGCAACCCAGCTAAGCTCCCAAAGAAAGATTTAAAAATTTTTGGGATATCTATCTTTCCCAATCATAGGATAAATATATTTTTCTTAACGATCAGGAGTATTAATGTCACCCAGTCTTGTTAGTTCTAATTCTTGTACATTGAGATTATATCTCACTTCATTAAATCAATGAAAGAGATTGTTTCCTTTTAAAAAAAAAATTAATGTCACCCATCAGTATTAACTAGGAGAAACAGTTTGCCTTAGTGAATTAACTAAATGGACTTTTTTTAAACTAAAGCAAACTATTTCTACTGATTTTTCTGATGTAGTTCTTATTCTTGGTTACCTTTTTATCTTAACAGTCCATAAAATGCATGTGCTTCTCATTTATATGTGCCACTCATTTATCGATCTCACTTTTTATATCCTTTGTTTAGTTTTCATATAAAAAAAGTATCCACATATTGTCCCTCTTTAGTGTATATAGTCATTTCTACACCCACACCCTTCTATCCATCTTTTCTTGTTCCAGATTGACCGTCTTCTGTTCTCTTTCTTATTTCCCTTTGTCTCAGAATTTGTTGGGAAAAACCCAACCCTTTGTTTTGTACCCGTAAAATTGTTTTCAGGTATACTCTTCATAAATTCTGTTTTTTGGATGCTAATCTTTTATACTAGGGTAGTGGCACATTAAGTAACATCACAACGTTACTTAATGGACATCCTAAGATGATCCCCTCCAAAAACAGAATTTATGAAGAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAATCGATTACAGCTGTTTTTGTTTTCAAGGGTTGTTTATAAGATTTTTGTAATTATCATTTCATTTGTGTCAAATTTTTATTTGTTGAAACTATATAGAGTAAGAGTAATTTTAAACTGCTGTACATTTGGGGAAAAAAAAAACTAGGTAGTTAAGAAAGAAAATGATACAAGGGTGTGATGATAATGTGTGTGTGTGTTTTGTGAGTCGCATGTGTCATAGATTCATAGTCACCTTGGGAAAAAATTCCAATCAAAATGGCTGCTCTTATCTAGGGTGCTAGTTGCTGGTGTTTGGGGTATAACTTAAATGTCACAAGGACGTTTAATAATTTACTTGAAGTTTGGCAAATATCCGGGACTTTTATCTTCTCTAAGTTCCTTTATCAAATAGCCAATTCACTTTATCAGACTTGCTGATTGACATATTTTGTAAAAGGTCAATTTTCTTTTCTCTTTTTTCTTTTTTATGTGCTTTGTTGGACAAGGGAGCATTAACACTCTCGGTACTATTGGGAGATTTATTCTCCATCTTTTCTTGGTGGGGTCTATCTTGTATAAATAGACACTAAAGGATCAAAATTGTACTTTGAGACACTGTATCGTGCACTGCTTTGTTTTTCTATAGATGATGGATATCCAGGATACAATGTGTTTGTTTTCAAACTTTTCTTGTTAAGAAAGTATTAACTATCTTTCTTGGTTTTAGGCGCACATACGTCAACATTTAAGTAGAGAAGCGCGTGGTTGTGATTGTTTGGTTTTATGGTTGGATTGTGATCGTGAAGGAGAAAATATATGTTTTGAAGGTACTTCCCCCACTGAAATCATGAATCCATTTTTTTTTTGTCTTATTGGTAAAGATGATCTTAACTATAAATTCCTAAAGTTTTTCCCCCTTTGAAATCATATTTTATCCATTTATCTATATTTTGGTTTGCCTTCATCTCCTCTGGTTATAAATTTTTTATGTCTAGAAAGACTTGGATTCTAGTTCTGTTTTCCCTTCCTCAGGAAGAGACCTAATATCAAATCAGAATCTATTCAAGGTGAGAATTAGATGAAGGGTTATCTTATGGTCCAAGACCAGGAGATGGGGAAAAAAAAATAATAAAATCGTCCTTGCAAATTTTTTATTGCTCTTCTTGAATTTAAAAGGTGTCCCCTAATTTGGTGTACACTGTTTGGCAATGAGTACAATTCACGATTCTCGAAGCTCCCTCTTGCTATCTATGTTGCCGAGAGTTTCTAAATTTTCCACTGATGATAGCCAACGCTTGCCCAAACATCCTATGATACCAAATTGGTGTAGCCTAAATGACAATAAACGTCTAAGAATCGAGCTTTAGACTCTTTATTATGAATCAATTGTGCCAAATACAAGAGTGAAGACTCTTATTT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BLAST of Cla97C05G088880 vs. NCBI nr
Match: XP_038891105.1 (DNA topoisomerase 3-beta isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1745.3 bits (4519), Expect = 0.0e+00 Identity = 843/869 (97.01%), Postives = 855/869 (98.39%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. NCBI nr
Match: XP_023528530.1 (DNA topoisomerase 3-beta isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1738.4 bits (4501), Expect = 0.0e+00 Identity = 835/869 (96.09%), Postives = 855/869 (98.39%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. NCBI nr
Match: KAG6582102.1 (DNA topoisomerase 3-beta, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia] >KAG7018517.1 DNA topoisomerase 3-beta, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 1736.9 bits (4497), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/869 (95.97%), Postives = 854/869 (98.27%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. NCBI nr
Match: XP_022955609.1 (DNA topoisomerase 3-beta isoform X1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1735.3 bits (4493), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/869 (95.86%), Postives = 854/869 (98.27%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. NCBI nr
Match: XP_022979706.1 (DNA topoisomerase 3-beta isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1733.8 bits (4489), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/869 (95.86%), Postives = 853/869 (98.16%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F4ISQ7 (DNA topoisomerase 3-beta OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At2g32000 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1400.2 bits (3623), Expect = 0.0e+00 Identity = 662/864 (76.62%), Postives = 752/864 (87.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0J0S6 (DNA topoisomerase 3-beta OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=TOP3B PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1349.0 bits (3490), Expect = 0.0e+00 Identity = 638/868 (73.50%), Postives = 741/868 (85.37%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9Z321 (DNA topoisomerase 3-beta-1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Top3b PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 915.2 bits (2364), Expect = 5.5e-265 Identity = 459/872 (52.64%), Postives = 591/872 (67.78%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O95985 (DNA topoisomerase 3-beta-1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TOP3B PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 911.0 bits (2353), Expect = 1.0e-263 Identity = 455/875 (52.00%), Postives = 592/875 (67.66%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O96651 (DNA topoisomerase 3-beta OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=Top3beta PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 830.5 bits (2144), Expect = 1.8e-239 Identity = 416/857 (48.54%), Postives = 561/857 (65.46%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GWS0 (DNA topoisomerase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111457562 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1735.3 bits (4493), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/869 (95.86%), Postives = 854/869 (98.27%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IRJ0 (DNA topoisomerase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111479340 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1733.8 bits (4489), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/869 (95.86%), Postives = 853/869 (98.16%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3AYH7 (DNA topoisomerase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103483959 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1729.5 bits (4478), Expect = 0.0e+00 Identity = 835/869 (96.09%), Postives = 849/869 (97.70%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0L9C7 (DNA topoisomerase OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G172970 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1726.8 bits (4471), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/869 (95.86%), Postives = 849/869 (97.70%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VKD3 (DNA topoisomerase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold70G00170 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1726.1 bits (4469), Expect = 0.0e+00 Identity = 837/871 (96.10%), Postives = 851/871 (97.70%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. TAIR 10
Match: AT2G32000.1 (DNA topoisomerase, type IA, core ) HSP 1 Score: 1400.2 bits (3623), Expect = 0.0e+00 Identity = 662/864 (76.62%), Postives = 752/864 (87.04%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. TAIR 10
Match: AT2G32000.2 (DNA topoisomerase, type IA, core ) HSP 1 Score: 1307.0 bits (3381), Expect = 0.0e+00 Identity = 615/814 (75.55%), Postives = 703/814 (86.36%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C05G088880 vs. TAIR 10
Match: AT5G63920.1 (topoisomerase 3alpha ) HSP 1 Score: 403.7 bits (1036), Expect = 3.8e-112 Identity = 235/640 (36.72%), Postives = 347/640 (54.22%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (97103) v2.5
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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