ClCG09G002220 (gene) Watermelon (Charleston Gray) v2.5

Overview
NameClCG09G002220
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
Descriptionthionin-like protein 2
LocationCG_Chr09: 2038141 .. 2054317 (-)
RNA-Seq ExpressionClCG09G002220
SyntenyClCG09G002220
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS
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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGAAGTCAATTTTGGTATTTTGCTTGGTCGTGAGCTTAGTAGTTGTAGTGAAGTCGGAAGGCGCCGGAAACGGCAACGGCAACGGCGGCGGAAGTTGCTATTTAAGCTGCATACTGAATGACTGCCGAAAGGGTGTGTTCCAATGTGCAGTTTGCATCGGAAAATGTGCAATAAACTTGGAGTCTTACTCAATGAAGGATAGACAAATGGACAATCGTGACTTCTGCAAGATTGGCTGTTCCACTTCTGTCTGCTCCAAGTTCGCCATCTCCGACAACCAATACTCAGATGAGAGGGAAGTGAAAGCTTGTCTGAATTCGTGCAATCAAAGATGCACGGACAGTATGGTCCAGTGTGCAGTTTGCCTTCCACAATGTGCAATACAATCCTCCTCAATGCAAATGAACCAAATGGACAATCACTACTTCTGCAACCTTGGCTGTTCCAAGTTCATCAACATCCAAAACCCACCTCACTTCTCCCTCTTCATCTTCTTTGACGGTTGGAATGAGCGGGCCGAAGACTCGGGCTTCTCCGGCGTCGGTAAGGGCGGCGACTCCACCGTGTCGGGCGGCATAGATTGCCTTGTCATGTGCGGCTTGATCTGCTTAACTGGTCCTGTCAAATGTGCACTTTGTATTGGAAAATGTTTAATATTTCCGGTGGGCTCCAACCAAGGGGACAATCTCTCCTTCTGCAAGCTTGGCTGTGCTACTTCTCGCTGCACCAAATTCCTCACCAATGGTCACCCAGTTGCTGGAAGATCCACAGCCTCATTTGGGAAGTGCTATGCGAAGTGCTTTGTAGTGTGTGCTATCACACCAGGCATTCCCATTGGCACTTGTGGCGCAAAGTGCTTGGCTGATTGCCTCTTCATTGCATCTTCCCCTATGGATTTCAACCATATGGACACTCATTATTTCTGCAAACTTGGTTGTGCCACCTCTCTCTGCACCAAATTCAGCACAAAGAAAGACCCTGTTGCTGGAAGATCCATAGCAGCATTTAGGGATTGCTATTCCAAGTGCTTTGATGAGTGTGCTGCCAAGACACCATTCATTGCCTTACACATTTGTGCTGCAAAGTGTATGGGTGAATGCCTCATTAATCCACCTTCCCCAATGGCTTCCAACCATATGGACACTCATTACTTCTGCAAACTTGGTTGTGCCACTTCTCTTTGCACCAAATTCAGTACCAAGGAAAACTCGGGTTAG

Protein sequence

MKSILVFCLVVSLVVVVKSEGAGNGNGNGGGSCYLSCILNDCRKGVFQCAVCIGKCAINLESYSMKDRQMDNRDFCKIGCSTSVCSKFAISDNQYSDEREVKACLNSCNQRCTDSMVQCAVCLPQCAIQSSSMQMNQMDNHYFCNLGCSKFINIQNPPHFSLFIFFDGWNERAEDSGFSGVGKGGDSTVSGGIDCLVMCGLICLTGPVKCALCIGKCLIFPVGSNQGDNLSFCKLGCATSRCTKFLTNGHPVAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCKLGCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKCFDECAAKTPFIALHICAAKCMGECLINPPSPMASNHMDTHYFCKLGCATSLCTKFSTKENSG
Homology
BLAST of ClCG09G002220 vs. NCBI nr
Match: KAG6575552.1 (Thionin-like protein 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 214.5 bits (545), Expect = 1.6e-51
Identity = 101/158 (63.92%), Postives = 116/158 (73.42%), Query Frame = 0

Query: 195 CLVMCGLICLTGPVKCALCIGKCLI----FPVGSNQGDNLSFCKLGCATSRCTKFLTNGH 254
           C  +CGL CL+GP++CALCIG C+I     P+  N  +N  FCKLGCATSRCT+ L+N  
Sbjct: 23  CYALCGLACLSGPIECALCIGSCMISAQDSPMDINHLNNAYFCKLGCATSRCTRLLSNAR 82

Query: 255 PVAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCK 314
              GRSTASF KCYAKCF+ CAITPGI +GTCGA CLA CLFIAS+PMDFNHMDTHYFCK
Sbjct: 83  --TGRSTASFRKCYAKCFIACAITPGITLGTCGATCLAKCLFIASAPMDFNHMDTHYFCK 142

Query: 315 LGCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKCFDECA 349
           LGCATS+CTKFSTK DP   +          +C D CA
Sbjct: 143 LGCATSMCTKFSTKNDPSEKK--------VERCVDSCA 170

BLAST of ClCG09G002220 vs. NCBI nr
Match: XP_008461038.1 (PREDICTED: beta-hordothionin-like [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 169.9 bits (429), Expect = 4.6e-38
Identity = 80/127 (62.99%), Postives = 100/127 (78.74%), Query Frame = 0

Query: 1   MKSILVFCLVVSLVVVVKSE---------GAGNGNGNGGGSCYLSCILNDCRKGVFQCAV 60
           MKSI V CL++SL+VV KSE         G+GNGN NG   CY+SC+LNDCRKGVFQCAV
Sbjct: 1   MKSIFVLCLILSLLVVGKSEPENDVGSGSGSGNGNDNGSSGCYISCLLNDCRKGVFQCAV 60

Query: 61  CIGKCAI--NLESYSMKDRQMDNRDFCKIGCSTSVCSKFAISDNQYSDEREVKACLNSCN 117
           C+GKCA+     SYS +  +MDN DFCKIGC+TS+C+KFA+ +NQ+SDE+EVK C++SC+
Sbjct: 61  CLGKCAVVGAESSYSSRSNRMDNHDFCKIGCTTSLCTKFALPNNQHSDEKEVKGCVSSCS 120

BLAST of ClCG09G002220 vs. NCBI nr
Match: XP_038899787.1 (thionin-like protein 2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 165.2 bits (417), Expect = 1.1e-36
Identity = 74/92 (80.43%), Postives = 78/92 (84.78%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCKL 311
           V GRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCL DCLFIASSP+DFNH+DTHYFCKL
Sbjct: 14  VVGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLGDCLFIASSPLDFNHLDTHYFCKL 73

Query: 312 GCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKC 344
           GCATSLCTKFSTKKDP   +  +    C   C
Sbjct: 74  GCATSLCTKFSTKKDPAEKKVESCVNSCGQTC 105

BLAST of ClCG09G002220 vs. NCBI nr
Match: KAG6575557.1 (Thionin-like protein 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 164.9 bits (416), Expect = 1.5e-36
Identity = 82/158 (51.90%), Postives = 96/158 (60.76%), Query Frame = 0

Query: 195 CLVMCGLICLTGPVKCALCIGKCLI----FPVGSNQGDNLSFCKLGCATSRCTKFLTNGH 254
           C  +CGL CL+GP++CALCIG C+I     P+  N  +N  FCKLGCATSRCT+ L+N  
Sbjct: 23  CYALCGLACLSGPIECALCIGSCMISAQDSPMDINHLNNAYFCKLGCATSRCTRLLSNAR 82

Query: 255 PVAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCK 314
                                    GI +GTCGA CLA CLFIAS+PMDFNHMDTHYFCK
Sbjct: 83  ------------------------TGITLGTCGATCLAKCLFIASAPMDFNHMDTHYFCK 142

Query: 315 LGCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKCFDECA 349
           LGCATS+CTKFSTK DP   +          +C D CA
Sbjct: 143 LGCATSMCTKFSTKNDPSEKK--------VERCVDSCA 148

BLAST of ClCG09G002220 vs. NCBI nr
Match: XP_023000407.1 (thionin-like protein 2 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 158.3 bits (399), Expect = 1.4e-34
Identity = 69/92 (75.00%), Postives = 76/92 (82.61%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCKL 311
           VAGRSTASFGKCYAKCF+VCAITPG+PIGTCG KCLADCLF+AS+P D NH+DTHYFCKL
Sbjct: 49  VAGRSTASFGKCYAKCFIVCAITPGVPIGTCGGKCLADCLFLASAPRDLNHLDTHYFCKL 108

Query: 312 GCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKC 344
           GCATSLCTKFSTK DP   +  +    C   C
Sbjct: 109 GCATSLCTKFSTKTDPAEKKVESCVNSCSRTC 140

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: A8MRP4 (Thionin-like protein 2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g12663 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 52.8 bits (125), Expect = 1.1e-05
Identity = 32/87 (36.78%), Postives = 42/87 (48.28%), Query Frame = 0

Query: 260 FGKCYAKCFVVCAITPGIP-IGTCGAKCLADCLFIASSP-MDFNHMD-THYFCKLGCATS 319
           F +CY  C V C      P    C   C  +CL   S P +  N++D + YFCKLGCAT 
Sbjct: 25  FKECYPACLVECKAGSKFPKYLKCPFTCTKECLQQPSPPSVSSNNIDESDYFCKLGCATY 84

Query: 320 LCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKC 344
            C   S+ ++P   R  A    C +KC
Sbjct: 85  HCVSLSSIQNPNVERVSACVDSCSNKC 111

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CDB8 (beta-hordothionin-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499744 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 169.9 bits (429), Expect = 2.2e-38
Identity = 80/127 (62.99%), Postives = 100/127 (78.74%), Query Frame = 0

Query: 1   MKSILVFCLVVSLVVVVKSE---------GAGNGNGNGGGSCYLSCILNDCRKGVFQCAV 60
           MKSI V CL++SL+VV KSE         G+GNGN NG   CY+SC+LNDCRKGVFQCAV
Sbjct: 1   MKSIFVLCLILSLLVVGKSEPENDVGSGSGSGNGNDNGSSGCYISCLLNDCRKGVFQCAV 60

Query: 61  CIGKCAI--NLESYSMKDRQMDNRDFCKIGCSTSVCSKFAISDNQYSDEREVKACLNSCN 117
           C+GKCA+     SYS +  +MDN DFCKIGC+TS+C+KFA+ +NQ+SDE+EVK C++SC+
Sbjct: 61  CLGKCAVVGAESSYSSRSNRMDNHDFCKIGCTTSLCTKFALPNNQHSDEKEVKGCVSSCS 120

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KC18 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G446640 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 160.2 bits (404), Expect = 1.8e-35
Identity = 71/76 (93.42%), Postives = 74/76 (97.37%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCKL 311
           VAGRSTASFGKCYAKCF+VCAITPGIP+GTCGAKCLADCLFIASSPMD N+MDTHYFCKL
Sbjct: 14  VAGRSTASFGKCYAKCFIVCAITPGIPVGTCGAKCLADCLFIASSPMDLNYMDTHYFCKL 73

Query: 312 GCATSLCTKFSTKKDP 328
           GCATS CTKFSTKKDP
Sbjct: 74  GCATSRCTKFSTKKDP 89

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KDK0 (thionin-like protein 2 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111494667 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 158.3 bits (399), Expect = 6.8e-35
Identity = 69/92 (75.00%), Postives = 76/92 (82.61%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCKL 311
           VAGRSTASFGKCYAKCF+VCAITPG+PIGTCG KCLADCLF+AS+P D NH+DTHYFCKL
Sbjct: 49  VAGRSTASFGKCYAKCFIVCAITPGVPIGTCGGKCLADCLFLASAPRDLNHLDTHYFCKL 108

Query: 312 GCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKC 344
           GCATSLCTKFSTK DP   +  +    C   C
Sbjct: 109 GCATSLCTKFSTKTDPAEKKVESCVNSCSRTC 140

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DDL8 (thionin-like protein 2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111019402 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 141.7 bits (356), Expect = 6.6e-30
Identity = 68/96 (70.83%), Postives = 75/96 (78.12%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLF-IASSPMDFN-HMDTHYFC 311
           VAG+STASFGKCYAKCFVVCAITPGIP+GTC AKCL DCLF  AS+  DFN  +DT YFC
Sbjct: 16  VAGKSTASFGKCYAKCFVVCAITPGIPVGTCAAKCLTDCLFRAASTTADFNDQIDTRYFC 75

Query: 312 KLGCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKCFD 346
           KLGCATSLCTKFSTKKDP   +  +    C  KC +
Sbjct: 76  KLGCATSLCTKFSTKKDPAEKKVGSCVDSCSQKCIN 111

BLAST of ClCG09G002220 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A061GC54 (To encode a PR protein, Belongs to the plant thionin family with the following members:, putative OS=Theobroma cacao OX=3641 GN=TCM_028663 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 124.4 bits (311), Expect = 1.1e-24
Identity = 71/157 (45.22%), Postives = 86/157 (54.78%), Query Frame = 0

Query: 252 VAGRSTASFG-KCYAKCFVVCAITPGIPIGTCGAKCLADCLFIASSPMDFNHMDTHYFCK 311
           + G+STA     CYA CF+ C          C AKCL DC+   S+       DT YFCK
Sbjct: 19  LVGQSTAQGTILCYAACFIPCMADSTTTTFYCAAKCLKDCILPKSTVGGIK--DTQYFCK 78

Query: 312 LGCATSLCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRD--CYSKCFDECAAKTPFIALHICAAKCMGECL 371
           LGCAT+LCT  STK+DP  G+S A   +  CY+ CF  C A  P      C  KC+  C+
Sbjct: 79  LGCATALCTNISTKEDP--GQSTAQGTNVLCYAACFIPCMA-DPNTTTFYCTIKCLKNCI 138

Query: 372 INPPSPMASNHMDTHYFCKLGCATSLCTKFSTKENSG 406
           +  P        DT YFCKLGCAT+LCT  STKE+ G
Sbjct: 139 L--PKSTVGGIKDTQYFCKLGCATALCTNISTKEDPG 168

BLAST of ClCG09G002220 vs. TAIR 10
Match: AT1G12663.1 (Predicted to encode a PR (pathogenesis-related) protein. Belongs to the plant thionin (PR-13) family with the following members: At1g66100, At5g36910, At1g72260, At2g15010, At1g12663, At1g12660. )

HSP 1 Score: 52.8 bits (125), Expect = 7.7e-07
Identity = 32/87 (36.78%), Postives = 42/87 (48.28%), Query Frame = 0

Query: 260 FGKCYAKCFVVCAITPGIP-IGTCGAKCLADCLFIASSP-MDFNHMD-THYFCKLGCATS 319
           F +CY  C V C      P    C   C  +CL   S P +  N++D + YFCKLGCAT 
Sbjct: 25  FKECYPACLVECKAGSKFPKYLKCPFTCTKECLQQPSPPSVSSNNIDESDYFCKLGCATY 84

Query: 320 LCTKFSTKKDPVAGRSIAAFRDCYSKC 344
            C   S+ ++P   R  A    C +KC
Sbjct: 85  HCVSLSSIQNPNVERVSACVDSCSNKC 111

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6575552.11.6e-5163.92Thionin-like protein 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
XP_008461038.14.6e-3862.99PREDICTED: beta-hordothionin-like [Cucumis melo][more]
XP_038899787.11.1e-3680.43thionin-like protein 2 [Benincasa hispida][more]
KAG6575557.11.5e-3651.90Thionin-like protein 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
XP_023000407.11.4e-3475.00thionin-like protein 2 [Cucurbita maxima][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
A8MRP41.1e-0536.78Thionin-like protein 2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g12663 PE=3 SV=1[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A1S3CDB82.2e-3862.99beta-hordothionin-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499744 PE=4 SV=1[more]
A0A0A0KC181.8e-3593.42Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G446640 PE=4 SV=1[more]
A0A6J1KDK06.8e-3575.00thionin-like protein 2 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111494667 PE=4 SV=1[more]
A0A6J1DDL86.6e-3070.83thionin-like protein 2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111019402 PE=4 SV=1[more]
A0A061GC541.1e-2445.22To encode a PR protein, Belongs to the plant thionin family with the following m... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
AT1G12663.17.7e-0736.78Predicted to encode a PR (pathogenesis-related) protein. Belongs to the plant t... [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (Charleston Gray) v2.5
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR36312:SF1THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 253..328
coord: 330..404
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR36312:SF1THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 2..114
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR36312:SF1THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 194..251
NoneNo IPR availablePROSITEPS51257PROKAR_LIPOPROTEINcoord: 1..33
score: 5.0
IPR038975Thionin-like proteinPANTHERPTHR36312THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 330..404
IPR038975Thionin-like proteinPANTHERPTHR36312THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 253..328
coord: 194..251
IPR038975Thionin-like proteinPANTHERPTHR36312THIONIN-LIKE PROTEIN 1coord: 2..114

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
ClCG09G002220.1ClCG09G002220.1mRNA