ClCG04G000180 (gene) Watermelon (Charleston Gray) v2.5

Overview
NameClCG04G000180
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
DescriptionUnknown protein
LocationCG_Chr04: 570226 .. 583800 (-)
RNA-Seq ExpressionClCG04G000180
SyntenyClCG04G000180
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATGTTTTGTTTTCATGTTGTGTTTGCGCATATAGTTGATTCCAACATATCATTGTGTTTTGGATTCGGAACAGACCATCTGATCGATCCTTTGGGCATGCAATTTAGAAAGGTTGAGGCAGGGGTTGGTGCCCTTGCACCTATTCCACTAACATCAAAAGTAGTAAACCCGTAAGAGCTTGGAGGAAGGGAGATTGATGACTCAGGTACTTCGACAATAGATTCTCTAAAAGTAGGACCTGTAGCTTCCAAAGTTGCTGGAGCAGGTACTAGTACTGAATCGAGCATGATTCTAGAAGTTGCCATGAGCGTGGATGGAGAAGACAAGGCAAGGAGAAAGAAGAATGTTGTGATAAATAAAGTATCATATTGAATTGCCATTGAACAAAACTAAAAATTTGGAACGCAAAGTAAAAAGTGAAGGATAGTTCAAGTTTTTTAGATGTTTGGTGCGTAAGGGATGTGTTATAGTGTTGGTGGGAGGGATTAAAATAGGATAGTAGAGAGAGAGAAATGATGGTATAAACATGGAAAATGCAGTTGTCATATTGGTGTTTTTGTTAATAAACTACCTTGTTAAACTACTCTTCCAACCAGGAGTTATACATATTCCTCATAAAACGTTCTTAACAGAGCCTTCTTTCAGGTTAAAGAGGTTAATCTGGAGGGGGGTGATAGTAATGGCCTAGGTATACGAATACCACGTCACCTTAGGTATAAGGGACACCATAGGATAAAGAATAAGAGTAAGAATTAATCTAAGTAGCAACTAACCATAGGCATATAAGCTTAGCTCCTTAGGCACCTAATGGAATTTGATACAAGACTGAATCGGTAGAAATTCTGTTCATGAGTTAGGCAATGTGCTAGTATGAAGCAGCCGCATCACTTTCATTACTTAGGCAAAAACATAATTGAAACCCTACTTCCATCATTCATTCATATCAACTCACAACAATTTTCATTGTTTTAAAACAAACCTAATTAGATAGCTAATCTTGTGGGATTTGACTCTTGGAATACTCTGAGATTATTACTTCATCAATGGTATATGCTTGTACGATACCATATTTATTTCTATTCTCAACTCTTATTCACAGTTGGTCGATCAATTTTATTTATCAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAAGTTTCTTAGTTAATATATAAAAAAGTACCACATGCTTTTACATTCATTATGGCAATAATTCCTCTTTGTTCAAATGTCACTTGTTCTTGCAAATTGCATCCTCTTTTACCATTTATCTTTTGTTGATAATATATATGCCATGATCACTGCCTCTACTATCCATTATGCAATAATCCATTGTTGCCCTTTTATTTCAAATTTTCAACTAAGTTAAAGCATTATGTAGAGAAATTTTAAATTTTGAATTTCTCTGTTTTAAAATATATAGAGAGAGAGAAATTTTAAGTCCATGCCTCCACATTTAAGCTTTCACGGTAGCCCCTTTTTCTAGCATTGAAACTAGGCAACCATCTCTCATTCAAAACATATAACATTAGTTTTCTTTTTTTTCTTTCATCAATTAAAATACCATTTTGGTCCTATAATATAATATTTGTTCAATTTTAGTCTCTATACTTTTAAGAAATCTTAAATTTAATCTCTACGTTTTGTTCATTGTTGATCTTTTCAAAAAAGAAAAAACAAATTGTTATTTATTAGCATTGTTATTTTGAATTTTGAAAACATATTCACATATTATATTTTCTTGCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCAACCAATTTTGATAAAAATTAATTTTAAGGGACTAAATTTAAGATGTATTAAAAGTTTAGAGACTAAAATTAAACAAACCTTAAAGTATAGAGACCGAAATGGGATTTTAACATATTCTATTTCATATAATCTCTCATAGCTCTTGAAAGGTGTTATCTTACTACGCTTAATAAGTGCTCATTCCTTGGTTTTATTGGTTTATTTTTTGATTTTGTAGGTCTTGAGTATTAAGAAGGTAGAACGGATCATCGGGGTTGATTCGGGGCTAAAACATGTACAAACGAACGAAGAAGAGATGCAATTTTCGGATGGCACAGTTGCGCCTGCGCTACGCTTGCCATGGCACTCCAAACTTTGACGGAACCACACTCAAAAGCGTGTGCAAGGCCATTGTCACACCCCCTCCCTGATTACCTACTCAACCTAAAAGGAGATGTGAAGACAATAAACATCACCCCTCTTGTGACGCATATTGTCCCATCTTACATAACTTCCTGTATAAACATTCCATACATATACATTCATAGAGTCCAGCCATACTAACACATGATCATAATATAACAATCTTTCTTGTACAGGGTACACTTATATAACATACTCTCTCATAACCCACTTGTAAACAACTAAAACTACATGCCACCAGTGTTAAGTTATCTACACGTACAACAACGAGAAAATAAACTATTTTTGGAAACTCGAAGCTTAAGCAGGGCGAGCTGGAGTAGGCTAAGCACCGGGAACGTCCTTGCTACCTGGGAGGGAAAGAAAATATTGAAAACATAAGCTAATAGCCCAGTGAGTGACTAATTTAACAAACTATTTTAGTTCGAAAATCATCAGGAATAAAACTAAGTTCAACGTCATGTTTAAAACATGAAATCACTTCATATACATTAGTTAAAACATACTTAATTGCCCTTATCAAATCATACATGATTTTCAGCAAATCATAAGAAAACAATTTAGTTGCAATACTTCTCCTTAGTTGAAGTGGAGCAAAACTCAACACCCCAACGTCGAAAATAAATAAGGCTCGATGCGGAGCAAGACTCAAAGCACCAGCATATAACCTCTATGTGCACATAGGAATATGGCGGGTTGCCCAAGTACCTTCTCATGTCCCTCAGTACTGGGTCCCGGGGAAACTCACGTGCCTTCTCAAGTCCATCAACACCGAGCCTCCTCTTAAACATTTTTCTTTAAAGAAGCAACACTTTATACAAACAAATCGTATGCAAATCATTCATAAGAACACAGGGCAACTATTATATCAATAACATTTCATAAACATACTTTTCAATAACTCTAAGAACATGAAGTATGCTTCATAAATCATTTGATCACAAAATCATATTCCATTGGAAAACCGAACTATCATGTACAACAAAATTGTTTTAAAGTAAGAAAAGGGTCACTCACAACTCTTTCTAGGCCTTGAGTGGATTATACGTCTTCCCTATCTCCTCTTGGCCTGAAATAAATACTTTTCCTTGTTATACTTCTTTTCCATTCACTTTAACATAAACAACAACTCATCATATGCACAATGTTTATAGTTCATCATGCGGTTAGGCTTTCGTTGGTTTATTCTCAAGCCTTAAACACTAAAGCTATTACTACAAGTTGTTCCTTACCCTTCTGTTATAACTTAATTTCAAGTTGAAATTTCAACTCACTTCTTCTACTACACCAACGTTTTGAGCCTTATCTTCTCCTTAACAAAGCCGACTGCTGCAGCTTTGGTGTCTCTGATTCATCCCTGCTAAAAACACATTTCCAGTCCAAACTAAGATTTCTTCCCTTCTACAAACTTGTAAAGAATTGAGTTCCACAGCTTACCTCAAAGTTTCAAGGCTTAACTCTTTTTCGTTCTCAAGTTATTTCAAAATTACTCCGCGTTGCTCCAGATTGCTTAACAATCCTGTAATCGTTGCTTTTACCTAACGATTCACATGATTAGCTTCAATTTCAGCCTTACCATCCTTCACAAGAATTGTTAAGGATTATGTTAACTTACTGACCTTAAAATTTAAGCCCTAAACTCGGCTTCCTTGATTCGTTCTACTCCAAACATCAACCACTGTTCAGTCTGTGCGACTAAAATCAATCTTCAGTTCCAACTCTGTTTTCAGCACTAAGACGAGTAGAATTTCGCCCAAAATCTACAAGAACATCTTCCTCTACCTTCTCTTGTGGTTTGTCTGAAAAATGGAACCGACTTAAGCTCTCAAAAGTGTCTAAAAATGATTAAACATTTAATTAATTCACCTATATATACTACCGACTTAACCCTCACAAGCACCAAGATTTATGTTGCCGACTTACCCCTCACCCGCAGGCTGGCGCGAGGTTCTCTCTTCGACGCAAGGCACTCATGTCAAAATTCTCCTCCAACGCCTTCAGCAACTATCCACACCCAACACATGGTGCCCTCAACGCCTCCTACTTTCGACGCATGCAACACAGTCATTCACACCACTATCTTCGTCGCGTCAAGACCCCTCTGTCTTCGACGTAGAGTGACTTCAGCGCATGGTTCAAGCACATTTATTCCCCCGCCAATGATCATTTATCCTTCGACGCGGGCAGCTACTTCAGCTCACAACCCTTCGTGATTCAATCAACAACGCATGGTTTCTCAAATAGTTCAACTTTCCTTTTCATTCACCAACGCATAGTCTTGGCCAACACTTAGCCAAAATTTTACTTTCCTCTTCATTCACCAACGCATAAATTTTTGCTCTCATTCTCGGCTACGTTTTCTCTAGCAACGCATAGCCACAATCTCACTTGCCTCTTCCCAACACTTGATATTACAAGTCAGTGCTTACAGCCATTCAATGAGTACCACTGCTGCGGAGGCGCTACACTACGGGAGGTCTTCAACGTCGTGGCACTAGCGTGAATTTTATAAATAGGGCACGTTTTTCTAGGGCAAATAACAATTCGATTTCTCTAGCCACCATAGTGTTCTTTACTATTCTTCATCCCCTATTTCCCTCTTTCAATCTTCCCTCACTTCCTAGTTATTATCAACACATTTTATTGAAGATTTCAAGACTATGCGTAGCTAAGGGAACAACATTCAACTTGAGGGTAGGATTTAGATTAGTTTTTTCTTTGAGGATTTGATTTTGTTTTGGTATATTTTGTTGGACTCTTTCAGTTTTTTAGCATATCTTGATGGAATTA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mRNA sequence

ATGATGTTTTGTTTTCATGTTGTGTTTGCGCATATAGTTGATTCCAACATATCATTGTGTTTTGGATTCGGAACAGACCATCTGATCGATCCTTTGGGCATGCAATTTAGAAAGGTTGAGGCAGGGGTTGGTGCCCTTGCACCTATTCCACTAACATCAAAAGTAGTAAACCCGGAGATTGATGACTCAGGTACTTCGACAATAGATTCTCTAAAAGTAGGACCTGTAGCTTCCAAAGTTGCTGGAGCAGGTACTAGTACTGAATCGAGCATGATTCTAGAAGTTGCCATGAGCGTGGATGGAGAAGACAAGGCAAGGAGAAAGAAGAATGTTGTGATAAATAAAGTCTTGAGTATTAAGAAGGTAGAACGGATCATCGGGGTTGATTCGGGGCTAAAACATGATTTCTCTTTATCTTGTAACCCCATAAGAAAGACTGCTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGATGTTTTGTTTTCATGTTGTGTTTGCGCATATAGTTGATTCCAACATATCATTGTGTTTTGGATTCGGAACAGACCATCTGATCGATCCTTTGGGCATGCAATTTAGAAAGGTTGAGGCAGGGGTTGGTGCCCTTGCACCTATTCCACTAACATCAAAAGTAGTAAACCCGGAGATTGATGACTCAGGTACTTCGACAATAGATTCTCTAAAAGTAGGACCTGTAGCTTCCAAAGTTGCTGGAGCAGGTACTAGTACTGAATCGAGCATGATTCTAGAAGTTGCCATGAGCGTGGATGGAGAAGACAAGGCAAGGAGAAAGAAGAATGTTGTGATAAATAAAGTCTTGAGTATTAAGAAGGTAGAACGGATCATCGGGGTTGATTCGGGGCTAAAACATGATTTCTCTTTATCTTGTAACCCCATAAGAAAGACTGCTTAA

Protein sequence

MMFCFHVVFAHIVDSNISLCFGFGTDHLIDPLGMQFRKVEAGVGALAPIPLTSKVVNPEIDDSGTSTIDSLKVGPVASKVAGAGTSTESSMILEVAMSVDGEDKARRKKNVVINKVLSIKKVERIIGVDSGLKHDFSLSCNPIRKTA
Homology
[Close]
BLAST of ClCG04G000180 vs. NCBI nr
Match: KAE8649712.1 (hypothetical protein Csa_012861, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 84.7 bits (208), Expect = 7.1e-13
Identity = 56/102 (54.90%), Postives = 66/102 (64.71%), Query Frame = 0 

Query: 19  LCFGFGTDHLIDPLGMQFRKVEAGVGALAPIPLTSKVVNP--------EIDDSGTSTIDS 78
           LC G G DH I PLG+Q    +AG GALAPIPL SK++N         + DDSGTS IDS
Sbjct: 2   LCLGLGADHAIGPLGLQSNN-DAGNGALAPIPLGSKLINSSEVGGREIDDDDSGTSAIDS 61

Query: 79  LKVGPV-ASKVAGAGTSTESSMILEVAMSVDGEDKARRKKNV 112
           LK+  V +S+V G     +SSM L VAM +DGED A RKKNV
Sbjct: 62  LKLRMVDSSRVVGG--CAKSSMPLVVAMILDGEDMAMRKKNV 100

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of ClCG04G000180 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8649712.17.1e-1354.90hypothetical protein Csa_012861, partial [Cucumis sativus][more]
BLAST of ClCG04G000180 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of ClCG04G000180 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of ClCG04G000180 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
ClCG04G000180.1ClCG04G000180.1mRNA