Chy9G162610 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy9G162610
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
LocationchrH09: 5745853 .. 5783656 (+)
RNA-Seq ExpressionChy9G162610
SyntenyChy9G162610
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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mRNA sequence

ATAGACTAACGATGTTACGCCATTTTGTGCCACCTACTTAGGACCATTGCTGGACTAACATCGACGGAAGTCGTCAATGTTGAGGAGATAGTCACAATGTTCGTCCACATACTTGCACACGACGTGAAAAACTGTGTCATTCAATGAGAGTTCATGTAGTCGGGTGAGACAATTTCCCATTAATTCAACATGGTGTTGTTGGCAGTTATTCGACTGCATGACAAGCTCTTGAAAAAACCACAACTAAATTGTCTTGGTGCATTAGATGACATGTATATCAAAGTCAACGTTCCAACAAGTGAGTGCCCTAGGTATAGAACACGCAAGGGGGAGGTGGCCACAAATTTCCTTGGCGTGTGTGATACGAAAGGAGATTTTGTCTACGTACTTGCCAATTGAGAAGGATCAGCTGAGAACTCACGCATCCTTCGAGATGCTATTACTACCTATTCGATATCATGTACCCAAATGCATAGGATTTTCTAGCACCATACAGAGGCCAACGCTACCACCTGCAGGAATGGCGTGGCACTGAAAATGCACCTTTAACGTTCAAAGAGTTCTTCAATATGAAGCATTCATCTACACATAATGTTATTGAAAGAGCATTCGATGTCTTGCAGAGTCGATGGGCAATACTGTGTGGAAAGTCACACTACCCTGTTGAAGTCCAATGTCGCACAATACTCGTCTGCTGTCTATTGCACAACCTCATCAATAGGGAGATGGCGAACTTCGATATACCAGAAGACATAGATGAGGTCGATTCGACCCACACAACTACTGCTGGGGATGGCATACATTACGTAGAGACCTCCAACGAGTGGAGTTAGTGGAGGGACGAGCTTGCGATGAAATCATCAAAACTTCATCAAGACTGCATAAGCACAGTTGGACGAAAGCGGAAAAGACAACCCTCATAGAGTTAGTAAATGCTGGTGGATGGAGGTCTGACAATGGGACCTTTTGGCCTGGGTACCTAAATCTTCTCACACGAATGATGGCCTTCAAGATCTCAAGTTGTGACGTTCATGCTTTAACTATTGATAGCCGGATAAAATTATTGAACAGAATGTTCCATAGGCTAGCCGAGATGAGTGGCCCAAACTGCAGTAGGTTTAAGTGGAATGATGAAGAGAAGTGCATCGTCGTAGAGAAAGATGTGTTCGACGAGTGGGTGGAGAGTCATCCAGTGGCGAAGGGCCTCCTCAACAAATCGTTTCCCCACAATGACAAACTTTCATATGTCTTTAACAAAGATTGTGCGGCGGGAGGTTAGGCTGAGACTTTTGGCGATGTCGAATCTATGATCCTGCTGGTTACGAGGCATTTGCCGCTAACGCTACCACAAATCCATTCCAGCCAATGCATAGTTAGAGATTGGACATGTCGTGTGACGAAGGAATGAGAATAAGAACCGATCGGGCTAGTGATGGTACGCATGTTTCTAGCGGGTTTAAGCAGAAATGGAGAGAATAACCCGTAGATAGTGGGGACATAATTCGCACTGTCATTGAGTACGACAATGAACAACTCAACCGCATTGCTGACTGACCCATCCTACAATGTCAAGATGCAAGCACAACACGCTAAGAGGTCGTCTGACAGTTACATGCCATCCCCGAGTTGACATTGATGAATAGGTATATGTTGTGTCGACATAAATTTCATTTTGAAGTTCTACCGACAA

Coding sequence (CDS)

ATAGACTAACGATGTTACGCCATTTTGTGCCACCTACTTAGGACCATTGCTGGACTAACATCGACGGAAGTCGTCAATGTTGAGGAGATAGTCACAATGTTCGTCCACATACTTGCACACGACGTGAAAAACTGTGTCATTCAATGAGAGTTCATGTAGTCGGGTGAGACAATTTCCCATTAATTCAACATGGTGTTGTTGGCAGTTATTCGACTGCATGACAAGCTCTTGAAAAAACCACAACTAAATTGTCTTGGTGCATTAGATGACATGTATATCAAAGTCAACGTTCCAACAAGTGAGTGCCCTAGGTATAGAACACGCAAGGGGGAGGTGGCCACAAATTTCCTTGGCGTGTGTGATACGAAAGGAGATTTTGTCTACGTACTTGCCAATTGAGAAGGATCAGCTGAGAACTCACGCATCCTTCGAGATGCTATTACTACCTATTCGATATCATGTACCCAAATGCATAGGATTTTCTAGCACCATACAGAGGCCAACGCTACCACCTGCAGGAATGGCGTGGCACTGAAAATGCACCTTTAACGTTCAAAGAGTTCTTCAATATGAAGCATTCATCTACACATAATGTTATTGAAAGAGCATTCGATGTCTTGCAGAGTCGATGGGCAATACTGTGTGGAAAGTCACACTACCCTGTTGAAGTCCAATGTCGCACAATACTCGTCTGCTGTCTATTGCACAACCTCATCAATAGGGAGATGGCGAACTTCGATATACCAGAAGACATAGATGAGGTCGATTCGACCCACACAACTACTGCTGGGGATGGCATACATTACGTAGAGACCTCCAACGAGTGGAGTTAGTGGAGGGACGAGCTTGCGATGAAATCATCAAAACTTCATCAAGACTGCATAAGCACAGTTGGACGAAAGCGGAAAAGACAACCCTCATAGAGTTAGTAAATGCTGGTGGATGGAGGTCTGACAATGGGACCTTTTGGCCTGGGTACCTAAATCTTCTCACACGAATGATGGCCTTCAAGATCTCAAGTTGTGACGTTCATGCTTTAACTATTGATAGCCGGATAAAATTATTGAACAGAATGTTCCATAGGCTAGCCGAGATGAGTGGCCCAAACTGCAGTAGGTTTAAGTGGAATGATGAAGAGAAGTGCATCGTCGTAGAGAAAGATGTGTTCGACGAGTGGGTGGAGAGTCATCCAGTGGCGAAGGGCCTCCTCAACAAATCGTTTCCCCACAATGACAAACTTTCATATGTCTTTAACAAAGATTGTGCGGCGGGAGGTTAGGCTGAGACTTTTGGCGATGTCGAATCTATGATCCTGCTGGTTACGAGGCATTTGCCGCTAACGCTACCACAAATCCATTCCAGCCAATGCATAGTTAGAGATTGGACATGTCGTGTGACGAAGGAATGAGAATAAGAACCGATCGGGCTAGTGATGGTACGCATGTTTCTAGCGGGTTTAAGCAGAAATGGAGAGAATAACCCGTAGATAGTGGGGACATAATTCGCACTGTCATTGAGTACGACAATGAACAACTCAACCGCATTGCTGACTGACCCATCCTACAATGTCAAGATGCAAGCACAACACGCTAAGAGGTCGTCTGACAGTTACATGCCATCCCCGAGTTGACATTGATGAATAGGTATATGTTGTGTCGACATAAATTTCATTTTGAAGTTCTACCGACAA

Protein sequence

ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH*FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQLNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRTRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAITTYSISCTQMHRIF*HHTEANATTCRNGVALKMHL*RSKSSSI*SIHLHIMLLKEHSMSCRVDGQYCVESHTTLLKSNVAQYSSAVYCTTSSIGRWRTSIYQKT*MRSIRPTQLLLGMAYIT*RPPTSGVSGGTSLR*NHQNFIKTA*AQLDESGKDNPHRVSKCWWMEV*QWDLLAWVPKSSHTNDGLQDLKL*RSCFNY**PDKIIEQNVP*ASRDEWPKLQ*V*VE**REVHRRRERCVRRVGGESSSGEGPPQQIVSPQ*QTFICL*QRLCGGRLG*DFWRCRIYDPAGYEAFAANATTNPFQPMHS*RLDMSCDEGMRIRTDRASDGTHVSSGFKQKWRE*PVDSGDIIRTVIEYDNEQLNRIAD*PILQCQDASTTR*EVV*QLHAIPELTLMNRYMLCRHKFHFEVLPTX
Homology
[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SWD8 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold515G00010 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 300.1 bits (767), Expect = 2.0e-77
Identity = 223/582 (38.32%), Postives = 298/582 (51.20%), Query Frame = 0 

Query: 1   ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH 60
           +D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETIS 
Sbjct: 67  MDRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQREFMRSGETISR 126

Query: 61  *FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQ--------------LNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYR 120
            FNMVLLAVIRLHD+LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYR
Sbjct: 127 HFNMVLLAVIRLHDELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYR 186

Query: 121 TRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAITTYSISCTQMHRIF*HHTE 180
           TRKGEVATN LGV DTKGDFVYVL   EGSA +SRILRDA++    +  ++ + + +  +
Sbjct: 187 TRKGEVATNVLGVYDTKGDFVYVLTGWEGSAADSRILRDALS--RPNRLKVPKGYYYLVD 246

Query: 181 ANATTCRNGVA----LKMHL*RSKS-SSI*SIHLHIMLLKEHSMSCRVDGQYCVESHTTL 240
           A        +A     + HL   +   +  S       +K  S    ++  + V      
Sbjct: 247 AGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGPKNAPSTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGVLKGRWA 306

Query: 241 LKSNVAQYSSAVYCTTSSIGRWRTSIYQKT*MRSIRPTQLLLGMAYIT*RPPTSGVSGGT 300
           +    + +   V C T        ++  +  M +      ++ M        +S +   T
Sbjct: 307 ILRGKSYHPVEVQCHTILACCLLHNLINRE-MTNFDIEDNIVSMT------SSSRLPKHT 366

Query: 301 SLR*NHQNFIK--TA*AQLDESGKDNPHRVSKCWWMEV*QWDLLAWVPKSS-HTNDGLQD 360
             +      ++   A     ++G   P  +++   M      +   +P  + H +     
Sbjct: 367 WTKEEEAGLVELVNAGGWRSDNGTFRPGYLNQLARM------MAFKIPGCNIHASTIDSR 426

Query: 361 LKL*RSCFNY**PDKIIEQNVP*ASRDEWPKLQ*V*VE**REVHRRRERCVRRVGGESSS 420
           +KL +  F+      + E   P  S   W                  ++C+         
Sbjct: 427 IKLMKRMFH-----ALAEMRGPNCSGFGW---------------NDEKKCIVAEKEVFDD 486

Query: 421 GEGPP------QQIVSPQ*QTFICL*QRLCGGRLG*DFWRCRIYDPAGYEAFAANATTN- 480
              P       +  V     +++    R  GGR    F      +P GY+AFAA+A  + 
Sbjct: 487 WSHPAAKGLLNKSFVHYDELSYVFGKDRATGGRAE-SFADIGSNNPPGYDAFAADAVPDT 546

Query: 481 PFQPMHS*RLDMSCDEGMRIRTDRASDGTHVSSGFKQKWRE*PVDSGDIIRTVIEYDNEQ 540
            F PM+S  L+MS D+ M  RT R S+  +VSSG K+K      DSGDI+RT IEY NEQ
Sbjct: 547 DFSPMYSLGLNMSPDDLMETRTARVSERRNVSSGSKRKRPGHATDSGDIVRTAIEYGNEQ 606

Query: 541 LNRIAD*PILQCQDASTTR*EVV*QLHAIPELTLMNRYMLCR 554
           L+RIA+ PILQ QDA+ TR E+V QL AIPELTLM+R  L R
Sbjct: 607 LHRIAEWPILQRQDATQTRQEIVQQLEAIPELTLMDRCRLMR 612

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: E5GCB5 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo subsp. melo OX=412675 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 273.9 bits (699), Expect = 1.5e-69
Identity = 221/598 (36.96%), Postives = 294/598 (49.16%), Query Frame = 0 

Query: 15  TIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH*FNMVLLAVIRLHD 74
           TIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVK+ VI+ EFM SGETIS  FNMVLLAVIRLH+
Sbjct: 57  TIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKSRVIKREFMRSGETISRHFNMVLLAVIRLHE 116

Query: 75  KLLKKPQ--------------LNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRTRKGEVATNFLGVC 134
           +LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYRTRKGEVATN LGVC
Sbjct: 117 ELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYRTRKGEVATNVLGVC 176

Query: 135 DTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAITTYSISCTQMHRIF*HHTEANATTCRNGVA--- 194
           DTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++    +  ++ + + +  +         +A   
Sbjct: 177 DTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS--RPNRLKVPKGYYYLVDVGYPNAEGFLAPYR 236

Query: 195 -LKMHL*RSKS-SSI*SIHLHIMLLKEHSMSCRVDGQYCVESHTTLLKSNVAQYSSAVYC 254
             + HL   +   +  S       +K +S    ++  + V      +    + Y   V C
Sbjct: 237 GQRYHLQEWRGPENAPSTSKEFFNMKHYSARNVIERAFGVLKGRWAILRGKSYYPVEVQC 296

Query: 255 TT--------SSIGRWRTSIYQKT*MRSIRPTQLLLG---MAYIT*RPPTSGVSGGTSLR 314
            T        + I R  T+   +  +  +  T        + YI     TS  +  +  R
Sbjct: 297 RTILACCLLHNLINREMTNFDIEDNIDEVDSTHATTAADDIHYI----ETS--NEWSQWR 356

Query: 315 *NHQNFIKTA*AQLDES--GKDNPHRVSKCWWMEV*QWDLLAWVPKSSHTNDGLQDLKL* 374
            N    I T+ ++L +    K+    + +C    V   +   W   +     G  +    
Sbjct: 357 DNLAEEIMTSSSRLPKHTWTKEEEAGLVECLVELV---NAGGWRSDNGTFRPGYLNQLAR 416

Query: 375 RSCFNY**PDKIIEQNVP*ASRDEWPKLQ*V*VE**REVHRRRERCVRRVGGESSSGEG- 434
              F      KI   N+  ++ D   KL            +R    +  + G + SG G 
Sbjct: 417 MMAF------KIPGSNIHASTIDSRIKLM-----------KRMFHALAEMRGPNCSGFGW 476

Query: 435 -------------------------PPQQIVSPQ*QTFICL*QRLCGGRLG*DFWRCRIY 494
                                      +  V     +++    R  GGR    F      
Sbjct: 477 NDEKKCIVAEKEVFDDWSHPAAKGLLNKSFVHYDELSYVFGKDRATGGRAE-SFADIGSN 536

Query: 495 DPAGYEAFAANATTN-PFQPMHS*RLDMSCDEGMRIRTDRASDGTHVSSGFKQKWRE*PV 554
           DP GY+A AA+A  +  F PM+S  L+MS D+ M  RT R S+  +VSSG K+K      
Sbjct: 537 DPPGYDAGAADAMPDTDFPPMYSPGLNMSPDDLMETRTARVSERRNVSSGSKRKRPGHAT 596

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TXW1 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold298G00370 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 229.2 bits (583), Expect = 4.3e-56
Identity = 121/162 (74.69%), Postives = 131/162 (80.86%), Query Frame = 0 

Query: 1   ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH 60
           +D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETIS 
Sbjct: 67  MDRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQREFMRSGETISR 126

Query: 61  *FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQ--------------LNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYR 120
            FNMVLLAVIRLHD+LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYR
Sbjct: 127 HFNMVLLAVIRLHDELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYR 186

Query: 121 TRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 149
           TRKGEVATN LGVCDTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++
Sbjct: 187 TRKGEVATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS 228

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SNV3 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold19G00570 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 228.4 bits (581), Expect = 7.4e-56
Identity = 119/162 (73.46%), Postives = 130/162 (80.25%), Query Frame = 0 

Query: 1   ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH 60
           +D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKNCVIQ EFM SGETIS 
Sbjct: 67  MDRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNCVIQREFMRSGETISR 126

Query: 61  *FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQ--------------LNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYR 120
             NMVLLAVIRLH++LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYR
Sbjct: 127 HINMVLLAVIRLHEELLKKPQPVPNECTDQRWRCFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYR 186

Query: 121 TRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 149
           TRKGEV TN LGVCDTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++
Sbjct: 187 TRKGEVTTNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS 228

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BDX0 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1112G00360 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 227.6 bits (579), Expect = 1.3e-55
Identity = 120/162 (74.07%), Postives = 131/162 (80.86%), Query Frame = 0 

Query: 1   ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH 60
           +D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETIS 
Sbjct: 67  MDRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQREFMRSGETISR 126

Query: 61  *FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQ--------------LNCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYR 120
            FNMVLLAVIRLH++LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYR
Sbjct: 127 HFNMVLLAVIRLHEELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYR 186

Query: 121 TRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 149
           TRKGEVATN LGVCDTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++
Sbjct: 187 TRKGEVATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS 228

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match: KAA0034843.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 296 bits (757), Expect = 3.36e-88
Identity = 223/581 (38.38%), Postives = 297/581 (51.12%), Query Frame = 0 

Query: 2   D*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH* 61
           D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETIS  
Sbjct: 68  DRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQREFMRSGETISRH 127

Query: 62  FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQL--------------NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRT 121
           FNMVLLAVIRLHD+LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYRT
Sbjct: 128 FNMVLLAVIRLHDELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYRT 187

Query: 122 RKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAITTYSISCTQMHRIF*HHTEA 181
           RKGEVATN LGV DTKGDFVYVL   EGSA +SRILRDA++  +    ++ + + +  +A
Sbjct: 188 RKGEVATNVLGVYDTKGDFVYVLTGWEGSAADSRILRDALSRPNR--LKVPKGYYYLVDA 247

Query: 182 NATTCRNGVA----LKMHL*RSKS-SSI*SIHLHIMLLKEHSMSCRVDGQYCVESHTTLL 241
                   +A     + HL   +   +  S       +K  S    ++  + V      +
Sbjct: 248 GYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGPKNAPSTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGVLKGRWAI 307

Query: 242 KSNVAQYSSAVYCTTSSIGRWRTSIYQKT*MRSIRPTQLLLGMAYIT*RPPTSGVSGGTS 301
               + +   V C T        ++  +  M +      ++ M        +S +   T 
Sbjct: 308 LRGKSYHPVEVQCHTILACCLLHNLINRE-MTNFDIEDNIVSMT------SSSRLPKHTW 367

Query: 302 LR*NHQNFIK--TA*AQLDESGKDNPHRVSKCWWMEV*QWDLLAWVPKSS-HTNDGLQDL 361
            +      ++   A     ++G   P  +++   M   +      +P  + H +     +
Sbjct: 368 TKEEEAGLVELVNAGGWRSDNGTFRPGYLNQLARMMAFK------IPGCNIHASTIDSRI 427

Query: 362 KL*RSCFNY**PDKIIEQNVP*ASRDEWPKLQ*V*VE**REVHRRRERCVRRVGGESSSG 421
           KL +  F+      + E   P  S   W                  ++C+          
Sbjct: 428 KLMKRMFHA-----LAEMRGPNCSGFGW---------------NDEKKCIVAEKEVFDDW 487

Query: 422 EGPP------QQIVSPQ*QTFICL*QRLCGGRLG*DFWRCRIYDPAGYEAFAANATTNP- 481
             P       +  V     +++    R  GGR    F      +P GY+AFAA+A  +  
Sbjct: 488 SHPAAKGLLNKSFVHYDELSYVFGKDRATGGRAE-SFADIGSNNPPGYDAFAADAVPDTD 547

Query: 482 FQPMHS*RLDMSCDEGMRIRTDRASDGTHVSSGFKQKWRE*PVDSGDIIRTVIEYDNEQL 541
           F PM+S  L+MS D+ M  RT R S+  +VSSG K+K      DSGDI+RT IEY NEQL
Sbjct: 548 FSPMYSLGLNMSPDDLMETRTARVSERRNVSSGSKRKRPGHATDSGDIVRTAIEYGNEQL 607

Query: 542 NRIAD*PILQCQDASTTR*EVV*QLHAIPELTLMNRYMLCR 553
           +RIA+ PILQ QDA+ TR E+V QL AIPELTLM+R  L R
Sbjct: 608 HRIAEWPILQRQDATQTRQEIVQQLEAIPELTLMDRCRLMR 612

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match: ADN34114.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo subsp. melo])

HSP 1 Score: 270 bits (690), Expect = 2.89e-78
Identity = 219/595 (36.81%), Postives = 293/595 (49.24%), Query Frame = 0 

Query: 15  TIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH*FNMVLLAVIRLHD 74
           TIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVK+ VI+ EFM SGETIS  FNMVLLAVIRLH+
Sbjct: 57  TIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKSRVIKREFMRSGETISRHFNMVLLAVIRLHE 116

Query: 75  KLLKKPQL--------------NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRTRKGEVATNFLGVC 134
           +LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYRTRKGEVATN LGVC
Sbjct: 117 ELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYRTRKGEVATNVLGVC 176

Query: 135 DTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAITTYSISCTQMHRIF*HHTEANATTCRNGVA--- 194
           DTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++  +    ++ + + +  +         +A   
Sbjct: 177 DTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALSRPNR--LKVPKGYYYLVDVGYPNAEGFLAPYR 236

Query: 195 -LKMHL*RSKS-SSI*SIHLHIMLLKEHSMSCRVDGQYCVESHTTLLKSNVAQYSSAVYC 254
             + HL   +   +  S       +K +S    ++  + V      +    + Y   V C
Sbjct: 237 GQRYHLQEWRGPENAPSTSKEFFNMKHYSARNVIERAFGVLKGRWAILRGKSYYPVEVQC 296

Query: 255 TT--------SSIGRWRTSIYQKT*MRSIRPTQLLLGMAYIT*RPPTSGVSGGTSLR*NH 314
            T        + I R  T+   +  +  +  T        I     ++  S     R N 
Sbjct: 297 RTILACCLLHNLINREMTNFDIEDNIDEVDSTHATTAADDIHYIETSNEWS---QWRDNL 356

Query: 315 QNFIKTA*AQLDESG--KDNPHRVSKCWWMEV*QWDLLAWVPKSSHTNDGLQDLKL*RSC 374
              I T+ ++L +    K+    + +C    V   +   W   +     G  +       
Sbjct: 357 AEEIMTSSSRLPKHTWTKEEEAGLVECLVELV---NAGGWRSDNGTFRPGYLNQLARMMA 416

Query: 375 FNY**PDKIIEQNVP*ASRDEWPKLQ*V*VE**REVHRRRERCVRRVGGESSSGEG--PP 434
           F      KI   N+  ++ D   KL            +R    +  + G + SG G    
Sbjct: 417 F------KIPGSNIHASTIDSRIKLM-----------KRMFHALAEMRGPNCSGFGWNDE 476

Query: 435 QQIVSPQ*QTF------------------------ICL*QRLCGGRLG*DFWRCRIYDPA 494
           ++ +  + + F                        +    R  GGR    F      DP 
Sbjct: 477 KKCIVAEKEVFDDWSHPAAKGLLNKSFVHYDELSYVFGKDRATGGRAE-SFADIGSNDPP 536

Query: 495 GYEAFAANATTNP-FQPMHS*RLDMSCDEGMRIRTDRASDGTHVSSGFKQKWRE*PVDSG 553
           GY+A AA+A  +  F PM+S  L+MS D+ M  RT R S+  +VSSG K+K      DSG
Sbjct: 537 GYDAGAADAMPDTDFPPMYSPGLNMSPDDLMETRTARVSERRNVSSGSKRKRPGHATDSG 596

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match: KAA0065688.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK08213.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 219 bits (559), Expect = 2.56e-64
Identity = 117/162 (72.22%), Postives = 128/162 (79.01%), Query Frame = 0 

Query: 1   ID*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH 60
           ID RC+AILCHLLRTI GLTSTEV++VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETI  
Sbjct: 45  IDRRCFAILCHLLRTIGGLTSTEVIDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQWEFMRSGETIFR 104

Query: 61  *FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQL--------------NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYR 120
            F+MVLLA+IRLHDKLLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYR
Sbjct: 105 HFHMVLLAIIRLHDKLLKKPQPVANDCTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPESDRARYR 164

Query: 121 TRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 148
           TRKGEVATN LGVCDTKGDF+YVLA  EGSA +S ILRDAI+
Sbjct: 165 TRKGEVATNVLGVCDTKGDFIYVLAGWEGSAADSHILRDAIS 206

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match: KAA0046727.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >KAA0052100.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >KAA0056032.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >KAA0059561.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >KAA0065497.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 225 bits (574), Expect = 3.42e-64
Identity = 121/161 (75.16%), Postives = 130/161 (80.75%), Query Frame = 0 

Query: 2   D*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH* 61
           D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKN VIQ EFM SGETIS  
Sbjct: 68  DRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNRVIQREFMRSGETISRH 127

Query: 62  FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQL--------------NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRT 121
           FNMVLLAVIRLHD+LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYRT
Sbjct: 128 FNMVLLAVIRLHDELLKKPQPVPNECTDQRWRWFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYRT 187

Query: 122 RKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 148
           RKGEVATN LGVCDTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++
Sbjct: 188 RKGEVATNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS 228

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match: KAA0026115.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 224 bits (572), Expect = 4.07e-64
Identity = 119/161 (73.91%), Postives = 129/161 (80.12%), Query Frame = 0 

Query: 2   D*RCYAILCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH* 61
           D RC+AILCHLLRTIAGLTSTEVV+VEE+V MF+HILAHDVKNCVIQ EFM SGETIS  
Sbjct: 68  DRRCFAILCHLLRTIAGLTSTEVVDVEEMVAMFLHILAHDVKNCVIQREFMRSGETISRH 127

Query: 62  FNMVLLAVIRLHDKLLKKPQL--------------NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRT 121
            NMVLLAVIRLH++LLKKPQ               NCLGALD  YIKVNVP S+  RYRT
Sbjct: 128 INMVLLAVIRLHEELLKKPQPVPNECTDQRWRCFENCLGALDGTYIKVNVPASDRARYRT 187

Query: 122 RKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 148
           RKGEV TN LGVCDTKGDFVYVLA  EGSA +SRILRDA++
Sbjct: 188 RKGEVTTNVLGVCDTKGDFVYVLAGWEGSAADSRILRDALS 228

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. TAIR 10
Match: AT5G41980.1 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G43722.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). )

HSP 1 Score: 76.6 bits (187), Expect = 6.9e-14
Identity = 52/153 (33.99%), Postives = 74/153 (48.37%), Query Frame = 0 

Query: 9   LCHLLRTIAGLTSTEVVNVEEIVTMFVHILAHDVKNCVIQ*EFM*SGETISH*FNMVLLA 68
           LC LL+T   L  T  + +E  + +F+ I+ H+++   +Q  F  SGETIS  FN VL A
Sbjct: 56  LCDLLQTRGLLRHTNRIKIEAQLAIFLFIIGHNLRTRAVQELFCYSGETISRHFNNVLNA 115

Query: 69  VIRLHDKLLKKPQLN-------------CLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRTRKGEVATN 128
           VI +  K   +P  N             C+G +D  +I V V   E   +R   G +  N
Sbjct: 116 VIAI-SKDFFQPNSNSDTLENDDPYFKDCVGVVDSFHIPVMVGVDEQGPFRNGNGLLTQN 175

Query: 129 FLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRILRDAIT 149
            L        F YVLA  EGSA + ++L  A+T
Sbjct: 176 VLAASSFDLRFNYVLAGWEGSASDQQVLNAALT 207

[Close]
BLAST of Chy9G162610 vs. TAIR 10
Match: AT5G28950.1 (unknown protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G41980.1); Has 448 Blast hits to 446 proteins in 74 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 31; Fungi - 21; Plants - 396; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). )

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.5e-12
Identity = 29/69 (42.03%), Postives = 46/69 (66.67%), Query Frame = 0 

Query: 83  NCLGALDDMYIKVNVPTSECPRYRTRKGEVATNFLGVCDTKGDFVYVLAN*EGSAENSRI 142
           +C+GA+DD +I   V   + P +R RKG+++ N L  C+   +F+YVL+  EGSA +S++
Sbjct: 24  DCVGAIDDTHIFAMVSQKKMPSFRNRKGDISQNMLAACNFDVEFMYVLSGWEGSAHDSKV 83

Query: 143 LRDAITTYS 152
           L DA+T  S
Sbjct: 84  LNDALTRNS 92

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy9G162610 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy9G162610 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7SWD82.0e-7738.32Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
E5GCB51.5e-6936.96Retrotransposon protein OS=Cucumis melo subsp. melo OX=412675 PE=3 SV=1[more]
A0A5A7TXW14.3e-5674.69Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
A0A5A7SNV37.4e-5673.46Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
A0A5D3BDX01.3e-5574.07Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
BLAST of Chy9G162610 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0034843.13.36e-8838.38retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
ADN34114.12.89e-7836.81retrotransposon protein [Cucumis melo subsp. melo][more]
KAA0065688.12.56e-6472.22retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK08213.1 retrotransposon p... [more]
KAA0046727.13.42e-6475.16retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >KAA0052100.1 retrotransposon... [more]
KAA0026115.14.07e-6473.91retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Chy9G162610 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT5G41980.16.9e-1433.99CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (Int... [more]
AT5G28950.18.5e-1242.03unknown protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TA... [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (hystrix) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR22930:SF216OS11G0577650 PROTEINcoord: 3..148
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR22930UNCHARACTERIZEDcoord: 3..148

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy9G162610.1Chy9G162610.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0046872 metal ion binding