Chy9G162530 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy9G162530
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationchrH09: 5730830 .. 5746471 (+)
RNA-Seq ExpressionChy9G162530
SyntenyChy9G162530
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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TTATTTAAATTTTTCTCAACTTATAAATTAATTTTCCTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAACTATACTTATTTAAATAGTAATAACCTCAACCTTCTAGTAAAGTTGGGTTTTTACACTGTACTATATGTTATTTCCTTAAACACAATCTACTTGTGTTACTGTTCAAAAGACATTATATAACTGGATCTTTGTTGATTGAAGGACCTTTGTTGATTGAATTTGAGTTATGTAAATAATAACACTTTATTTATTAGAAAATAAATAACACCTAAATTATTGAATAATTTGTTTACAATTTCCAAACCCAACCCCAACAATAGATTGGTGGCCACTACAATTTAATTTTTGTCAATTTCCTCCAAGTCCTTTATTCTTTGCAAGGACCTTATAGTCAGTGACGCCAATCCACAGAGGTCTCTTAATATTTGATTCCATTAACCATGCATCATAACTTCATAAGATAATTTGGGATTAGGGACTGAATTTACATGGCGATAAATACCGTAGCTGCTAAAACCATGGATACAACTTGATTTTGATGTCCTGTAGGACCTACTTTAGAAAGAAAACATACCATTTTGTTTACATGTGAGTTATAGACGGTACAAGACAAATGAATCCTGTAAAGACATTTTAGGTCAACAGCAAAGAACAAATCAGCACTTAAATTGGATTCATCGTTTTGTACAGTTTTTGCCATGCCATGAAACCTAAATAGACTCGTGTATTACCATAGCAATGAGAGGATAATTTTGGGCGGAAGAACTAATTTATATGAACGATGACAATGCAAGGTAGCATTTTAAAGTACAAAACCAATTTCTCTAGAGAACAAAAAGTAGCACTACAATTTTTCAATCTTAAACCACACCAACCTCAATATTGAGAATTATCAAACAACCATGGTTGGTGCAAGAAAAGCTCTCGCCCATTCATTTGCACCGCTCCTAAGGCAATATCTTCCGCACGTTTCCTTGCTGTTTCATCGCTTTTAGCGGATGCCTCAGCATCCTGCAAATAAGAAAAAATGGTTAGGAATAGGATGTCAAACATCAACTACTCATTAACTTTACTGACACAAATCACTCTTAAAAGACTGGTGGAATGGCTTAGGTTTGTTTTAGTGGTTAATTAACTTTAACAAAAATGAAGCTGCAGTTCATGTGGTCTATCAATTGTTGAAACATGTGATTTAGAACGTTAATAGCCACCAAATTCAAAGATAGCCACTTACATACAGAAGGTATTTTCTATAGAATTTCACTGATCTTCTTTAACAATTTCGTTAAAATTTCCATGGAAAATGGAACGCATGTCTGATTCTCGGTGGACTTAGGAACGGTAATAGTTCTTCCCAAGTTCTTACCTAACTCTTTATTTTGACTTGGAAATGAGGTGCTTGTCAATTCTGTCTTAATCCTCTCAATTATAGTTCTTCTACATCGACCATCCATAATGATCATGACTTTTCATTTTGGAAGACTACTAATGATCATGAATCTCATATTAGGCCAATCTCCTTTCTGCTACAAGGGATGTGCCTATGTCAAACTTCCAATGGACTCTTGATCCTTCAGGAGTGTGATAGTAGAACACTGATATAGTGTTTACATTTTATTGATATCTCAAACAGAAATTACAATATAAAAGAACAAACAAGTAAAAGAACCCTAACCCTCTGCCCTTCCTTTCTTTCAAAGAATGTTGCAGCCCATTATCTTCACCAAATTCTTCATGCCTTTCTTCCCTCCCCAACTTCCTATAACCATCTAACTGTCTATATAACTAACTACCCTTAGCCCTATCTAAATCTAGGTATCTAACAGAGTGTTCTCTACTAATTCTCTTGTTGCCCATTAGGTGTCTGAATCCAATCCTTCTGTCTCCTCTTTCTTCACCATAATTTGGAAAAATCCAAAGGTTAGGTTCTTCGCTTTATCGGTTTCTTTGGGAAGGTTAAACATTGTAACTTCATTCAAAGATCTCCATCCATGGTTTTATGTCCCATTGAGAGTGGCGTGTGGGATATGATGTATGAAAAAGATCTACAGAGGAAATTATTCATCTGATTTGAAGTTGCCGCTTTGCATTGGTTGATATTTGACACTATGGAGAAATTTCTTGAATAAGTTTGGAGTCACTGTTCCTCCCAGAAATTATAGGGGTATTGAGGAGGTATTGGTGAATTCCTCCTTCGGTAAGAAAAAGATTTATTATCTGGCCGTGGGATGCTAGATTCTTCATTAAATTGTGAAATTTATGGCTTGAGAGAATCAAGGGAATCTTTCAGCAGTCAACAAGAATTTTGGGAAGAGATTTAGAATGCAGCAAATTTCAATGTAACTATCCTCATTTTTTTATTCTTAATAGTTGAGTGTAGACGCAATCTCTAGTAATCTTGTTCTATTATAATTTTTTTCTTCTCTTCTACTTTGCTCCGTTAATAGTTGTTCTTTTTTTATGGGCCCTAAAGCTGGTTTCTTAATAAAAAAAAAATGAAAACAAAACAAAATAATCCTAGTCCCTCACAGAAGGCTAGGATTATCTCTGTATTTTATACATTCAAACATTTCTTTTCTTTTTCTGATATCTGTAAGTGTCCGAGTCAGCTTACATGCACTTCGAGTAATCTCACCAACAATTTACCTTACCCTACAACATTTGGGTGTCAAGAAAACTCATAAGAAATTAATTTAGGTAGGTGGCTACTATGAATTGGACTCATGTCCATTTAGTTAGTTATTGAGAGTTATTGAGACTGTTTCCATTTTTTCTACTAGGTCAAACAAACCCACACGATAGTTTCTCATCGCCGAATTCCTTTTCCTCACCTAATATATCCTAGTTGAATCTCACTGTTTTGAGATTGTTTAACTCCAAAATGATGATTTGGTCGACATTTCAGAAGTCTCTTTTTTATTGATAAGGCATAAGTTTGTAATGATGGTGAATTAAGAATTGTCTCTTACTCAGATATTTGCCACAACCAAAAATACACTAGCGCACCCTTTAGTACATAAAATTTGGAGGTGTATCTTGTTTGTGTCTAGTAATGTGATATCGTAGTTTCTTCGAGTTTGTTGCCTGTTTGGTTGTTTATTCTAAATTTGTTTTTCTCTTAAATCCCTTTCCAAAACTTAAGCCGAATTGAGTTTAGACAAAATTTAGACCCATTATTCTGCAAAGAACAGAGGAATTTATTCCTAATTACCTCTCAAAATTGAATGAATCCTAGAGGTTTCCAAATTCCCAAAAGTGATTCAACGCAACCCTAAATTCACTAATTTTTCAGGGTATGGCATGGAAATACGATTGATTGGCACCTTAAAGAACTCAAGCAGAGCAATGACACATTAAAGAGCAGCAATTAAAAAAAACAATAAATTTAGAGCCTGAGAGAGATTGATGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGGGAAAATACCTTCTGGCGCTTCCAGGATAGGAATTGAGCCTCTGTGATGGGAACCGTCCTTGGATTATGAGATGAGAGCTTCTTCTCTTGTTCCATAGCTGCTTCTTCTGCTCCCATTTTGTTGACCGTATATCAAATTCTTGAATTTGAGAGAGATCCTATACAAATCGTTGTTCTATTCGAATGGGAATTCGATAAATAGCGAAAACAAGCTGGAAAAAAAATATTACAAAAATTTGAAAATATTTACAAAATATTGAAAAATCTAAGCATAGATTTGTACATCTGCTTGTCATGTTACTATTAATAAAATTTAAAATTTTACTATATTCAAGAATATTTTGTTTCATTTTGTTATTTTAAAAAATACCATTTATTTATTTATTAGTTTAAAATATTATTTTAATTCAAAGTTTTAATTTTAATTCTCATACTTTTAATTATTCAATTTTAGTTTAGGTATCTAACTCTGGTTTTAATTTTAATCCTCATACTTTTAGTTGTAAAGTTGTTTGTACCTAATCCAAAATGTCAATGACCCACTTTTTTCTTTTTTTTTTAAACGTCAATTGACCCTCTCCTGACGTCATATGCATAAAGATTACAAAATTCCCCCGTTATAAGTGTTGCTCTCGCTATGTGTTTAGTGTTGCTCTCACTCACAATGTACAACTGATGTGATTATTTGTCAGATTACAAACAATTTGACAATCTCTCTTAAATGAAAATAAATAATAACATAAACCCTAAACAAACAACTTAGTTGTGTTTTCTTTGAAATTGAACTTCATTTGACCGGTGAATACTTTGTTGACGGTGTTTTTCAGAATGGAACGAGCTTTTACACCACAACCTTTCACAAGGGTCTTTCGTTCTTTAACAGTTGTGTCTAAAAAAGGGTCTAAAACAAGGGAAACTATATGTAAGGGAAATATGAGAGTGAGAGAGATCATGAAGTGAGATCGAAACGAATCATGAAACATAGACACATCGAGACAAGAGAGAGCATGATATAGCGAGAGCGATACGAAACAATACTTAGTGAGAGCGATATTAGCGATGGAAATACCTAGCAATACACTACGAGAGACAAATGTTCATATTGATACCCAATGACATATTTTGTATTGGATTTATGTTCAATTTCTTGTACTACGTAATGACAAATGCTATCTTGAGATTTGCAAATGACAGAAAAGTGTCTCCTTGTTCAATATGAAGGCGATTGGGATGGGAACCAAAGTAATTTGTATGTAGGATGTGAGCTAACCGGAATAGTTATGCCTATTACACTAACGCCACCCTTTCTTCGACCTTCAAGACACGTCGTGAGTTTTTTTCCCCTCGAAGTCTATGCAGTGTCATAAATTGATGAATATTTGGCCTTTTGATGATCCGTTTTAGGCAAATTTGGTATCACTTTTTTTTTAGAAAAACGCCTTGAATCCAAATTTCTAAATTCAAATTCCAAATCACAAGATCAACAAAATAAAATGATAAAAAACGTAGGGCCCTTTACATCAAAATACAGTAAATCTATGGTCATTTTTACTATAAACATTCAATTG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mRNA sequence

TTAGTTAGCTTATTTTCAAATGATTCATGCGTAAGACCTAATGTGTCGACAAAGTACAAGAATAGACTAACGATGTTACGCCATTTTGTGCCACCTACTTAGGACCATTGCTGGACTAACATCGACGGAAGTCGTCAATGTTGAGGAGATAGTCACAATGTTCGTCCACATACTTGCACACGACGTGAAAAACTGTGTCATTCAATGAGAGTTCATGTAGTCGGGTGAGACAATTTCCCATTAATTCAACATGGTGTTGTTGGCAGTTATTCGACTGCATGACAAGCTCTTGAAAAAACCACAACTAGTGTCAAACGGTTGTACAGATCAAAGATGGAGGTGGTTCGAGAATTGTCTTGGTGCATTAGATGACATGTATATCAAAGTCAACGTTCCAACAAGTGAGTGCCCTAGGTATAGAACACGCAAGGGGGAGGTGGCCACAAATTTCCTTGGCGTGTGTGATACGAAAGGAGATTTTTATAATTTTTCAA

Coding sequence (CDS)

TTAGTTAGCTTATTTTCAAATGATTCATGCGTAAGACCTAATGTGTCGACAAAGTACAAGAATAGACTAACGATGTTACGCCATTTTGTGCCACCTACTTAGGACCATTGCTGGACTAACATCGACGGAAGTCGTCAATGTTGAGGAGATAGTCACAATGTTCGTCCACATACTTGCACACGACGTGAAAAACTGTGTCATTCAATGAGAGTTCATGTAGTCGGGTGAGACAATTTCCCATTAATTCAACATGGTGTTGTTGGCAGTTATTCGACTGCATGACAAGCTCTTGAAAAAACCACAACTAGTGTCAAACGGTTGTACAGATCAAAGATGGAGGTGGTTCGAGAATTGTCTTGGTGCATTAGATGACATGTATATCAAAGTCAACGTTCCAACAAGTGAGTGCCCTAGGTATAGAACACGCAAGGGGGAGGTGGCCACAAATTTCCTTGGCGTGTGTGATACGAAAGGAGATTTTTATAATTTTTCAA

Protein sequence

LVSLFSNDSCVRPNVSTKYKNRLTMLRHFVPPT*DHCWTNIDGSRQC*GDSHNVRPHTCTRREKLCHSMRVHVVG*DNFPLIQHGVVGSYSTA*QALEKTTTSVKRLYRSKMEVVRELSWCIR*HVYQSQRSNK*VP*V*NTQGGGGHKFPWRV*YERRFL*FFX
Homology
[Close]
BLAST of Chy9G162530 vs. NCBI nr
Match: KAA0038322.1 (putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 52.8 bits (125), Expect = 1.29e-04
Identity = 26/50 (52.00%), Postives = 30/50 (60.00%), Query Frame = 0 

Query: 25 MLRHFVPPT*DHCWTNIDGSRQC*GDSHNVRPHTCTRREKLCHSMRVHVV 74
          M RHF PPT DH WTNID SR+C GD  NV PH       L H ++  V+
Sbjct: 1  MFRHFEPPTEDHFWTNIDESRRCRGDGSNV-PHV------LVHDVKNRVI 43

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy9G162530 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy9G162530 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy9G162530 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0038322.11.29e-0452.00putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Chy9G162530 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy9G162530.1Chy9G162530.1mRNA