Chy8G149250 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy8G149250
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
LocationchrH08: 7533956 .. 7568327 (+)
RNA-Seq ExpressionChy8G149250
SyntenyChy8G149250
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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mRNA sequence

ATAACTTCTAACATTTCGTTGTTAACCTCACCTATTCCGGTTCAATCCCTTCCCCCAATTCATTCTGCTGATGGTAATCACGTGTCTATCTCTCACATTGGCACTGTTAATACACCCACCATAAATCTGTCAAACACATATCATGTTCCAAATCTTACATTCAATCTAGCCTCTGTTGGTCAATTATGTGATCTCGGACTAACCATTATCTTTTCTTCTCATGGGTGTCAGGTGGATTCTCAGACGGGACAAGTGATTGGTACGGAACGGAAGGCCTTACCAT

Coding sequence (CDS)

ATAACTTCTAACATTTCGTTGTTAACCTCACCTATTCCGGTTCAATCCCTTCCCCCAATTCATTCTGCTGATGGTAATCACGTGTCTATCTCTCACATTGGCACTGTTAATACACCCACCATAAATCTGTCAAACACATATCATGTTCCAAATCTTACATTCAATCTAGCCTCTGTTGGTCAATTATGTGATCTCGGACTAACCATTATCTTTTCTTCTCATGGGTGTCAGGTGGATTCTCAGACGGGACAAGTGATTGGTACGGAACGGAAGGCCTTACCAT

Protein sequence

ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQLCDLGLTIIFSSHGCQVDSQTGQVIGTERKALPX
Homology
[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DG18 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold195G00850 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 161.4 bits (407), Expect = 1.9e-36
Identity = 83/92 (90.22%), Postives = 87/92 (94.57%), Query Frame = 0 

Query: 1   ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVG 60
           +TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVG
Sbjct: 335 MTSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVG 394

Query: 61  QLCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 92
           QLCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 395 QLCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 426

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SZ66 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold191G00840 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 161.4 bits (407), Expect = 1.9e-36
Identity = 83/92 (90.22%), Postives = 87/92 (94.57%), Query Frame = 0 

Query: 1   ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVG 60
           +TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVG
Sbjct: 335 MTSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVG 394

Query: 61  QLCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 92
           QLCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 395 QLCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 426

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VDW0 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold17G00430 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 161.4 bits (407), Expect = 1.9e-36
Identity = 83/92 (90.22%), Postives = 87/92 (94.57%), Query Frame = 0 

Query: 1   ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVG 60
           +TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVG
Sbjct: 303 MTSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVG 362

Query: 61  QLCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 92
           QLCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 363 QLCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 394

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SI05 (Putative mitochondrial protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold541G001160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 160.2 bits (404), Expect = 4.2e-36
Identity = 80/92 (86.96%), Postives = 85/92 (92.39%), Query Frame = 0 

Query: 1   ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVG 60
           +TSNISLL S IP+ SLPPIHS DGNH+SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTF LASVG
Sbjct: 243 MTSNISLLFSHIPIHSLPPIHSIDGNHMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFKLASVG 302

Query: 61  QLCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 92
           QLCD+GLTI+FSSHGCQV DSQTGQVIGTERK
Sbjct: 303 QLCDVGLTIVFSSHGCQVQDSQTGQVIGTERK 334

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C669 (Putative mitochondrial protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold202G001270 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 160.2 bits (404), Expect = 4.2e-36
Identity = 80/92 (86.96%), Postives = 85/92 (92.39%), Query Frame = 0 

Query: 1   ITSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVG 60
           +TSNISLL S IP+ SLPPIHS DGNH+SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTF LASVG
Sbjct: 243 MTSNISLLFSHIPIHSLPPIHSIDGNHMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFKLASVG 302

Query: 61  QLCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 92
           QLCD+GLTI+FSSHGCQV DSQTGQVIGTERK
Sbjct: 303 QLCDVGLTIVFSSHGCQVQDSQTGQVIGTERK 334

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match: KAA0025264.1 (putative mitochondrial protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 161 bits (408), Expect = 3.84e-44
Identity = 80/91 (87.91%), Postives = 84/91 (92.31%), Query Frame = 0 

Query: 2   TSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 61
           TSNISLL S IP+ SLPPIHS DGNH+SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTF LASVGQ
Sbjct: 244 TSNISLLFSHIPIHSLPPIHSIDGNHMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFKLASVGQ 303

Query: 62  LCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 91
           LCD+GLTI+FSSHGCQV DSQTGQVIGTERK
Sbjct: 304 LCDVGLTIVFSSHGCQVQDSQTGQVIGTERK 334

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match: KAA0065380.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 162 bits (411), Expect = 5.02e-44
Identity = 83/91 (91.21%), Postives = 86/91 (94.51%), Query Frame = 0 

Query: 2   TSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 61
           TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVGQ
Sbjct: 304 TSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 363

Query: 62  LCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 91
           LCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 364 LCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 394

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match: KAA0043149.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK22647.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 162 bits (411), Expect = 5.02e-44
Identity = 83/91 (91.21%), Postives = 86/91 (94.51%), Query Frame = 0 

Query: 2   TSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 61
           TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVGQ
Sbjct: 336 TSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 395

Query: 62  LCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 91
           LCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 396 LCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 426

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match: KAA0036574.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 162 bits (411), Expect = 5.02e-44
Identity = 83/91 (91.21%), Postives = 86/91 (94.51%), Query Frame = 0 

Query: 2   TSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 61
           TS+ISLL+S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGTVNTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVGQ
Sbjct: 336 TSDISLLSSHIPVQSLPPIHSADGNSMSISHIGTVNTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 395

Query: 62  LCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 91
           LCDLGLTIIFSSHGCQV DSQTGQVIGT RK
Sbjct: 396 LCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQTGQVIGTGRK 426

[Close]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match: KAA0052024.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK04536.1 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 158 bits (400), Expect = 7.18e-44
Identity = 80/91 (87.91%), Postives = 84/91 (92.31%), Query Frame = 0 

Query: 2   TSNISLLTSPIPVQSLPPIHSADGNHVSISHIGTVNTPTINLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 61
           TS+ISL +S IPVQSLPPIHSADGN +SISHIGT+NTPTI LSNTYHVPNLTFNLASVGQ
Sbjct: 173 TSDISLSSSHIPVQSLPPIHSADGNFMSISHIGTINTPTIKLSNTYHVPNLTFNLASVGQ 232

Query: 62  LCDLGLTIIFSSHGCQV-DSQTGQVIGTERK 91
           LCDLGLTIIFSSHGCQV DSQ GQVIGT RK
Sbjct: 233 LCDLGLTIIFSSHGCQVQDSQMGQVIGTRRK 263

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy8G149250 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy8G149250 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3DG181.9e-3690.22Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var.... [more]
A0A5A7SZ661.9e-3690.22Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var.... [more]
A0A5A7VDW01.9e-3690.22Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var.... [more]
A0A5A7SI054.2e-3686.96Putative mitochondrial protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_s... [more]
A0A5D3C6694.2e-3686.96Putative mitochondrial protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_s... [more]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0025264.13.84e-4487.91putative mitochondrial protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0065380.15.02e-4491.21Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
KAA0043149.15.02e-4491.21Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
KAA0036574.15.02e-4491.21Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
KAA0052024.17.18e-4487.91Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
BLAST of Chy8G149250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy8G149250.1Chy8G149250.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0015074 DNA integration
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0008270 zinc ion binding