Chy7G136040 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy7G136040
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
LocationchrH07: 8879302 .. 8893378 (+)
RNA-Seq ExpressionChy7G136040
SyntenyChy7G136040
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GTGTGGCGCCACATTGTTCAAGCCCTGGAATCAGCCCTTAAGAGAGCAATTTCTCTACTTACTCTATCTATAGAGAAGGAGTGAATTCCTTCTTGTGTAATTGTGTCCCAGCTCCCTAATCAAACGAATCCCCAAAATGGTAGGTCTATTGAGTCGGCGATATAGGCCACTCTCACCCATGCAAATCAAAGGACTGCCTTCATAGGCAGGAGTTCACAACTCACTCAGGATTCAGGTCAAGTCACCTATGGTCATCTTGGTGAAATGTAGTCTCAACTAGTAACGGTGTTAATAAGAGAGACTATTCATTTCATGGTCCAATCTTATACAAACTCTTTGTATAGAATACCCCTGCTCTAATGTCTCGACATGAATGATTAGGATCAAATCATTTGTAGCACTTTAGAACAATTGTAACAACTACAAAGCAGGCCGTATTCGTAGTGTCATCAGGATAAGGTATCCAGCCTTATCCATCTACTACAGACCATTTAGGTTATCATTTAAACATTATCCACTTGTATGTCTCCACATACATGTTTAGGTTACATAAGATAACCTTGGATGTTAGTTTATGGGTTTTGTGGGTTAATGCAACTAAATGTCAAATAAAATAACACACTTTATTTTATTAGATAAATAAAATGTTTGTATAATATATACAATTACAAACTACAAGACCACAAGATTTTGGACATCAATTCCAACAGTTATAGGGTGTACTTATCGTTTAGGTGTTATGATGATGGAGTTAAAAGAATAATAAAATAACTAAAGTTACTTACTTACATCTAGAGACTCATGCATAGGAGAATAAATTATGGCAAGATGGAAGATTGAGCAAACAAACTTGCGTAAGGAAGATGGTGAAGGAAGGTCTCATGCTATCAGAAAAATAAGCTATATGACACTTAGATGTGATATATCTCACCAAGCTATCTTATGATTAAGGCGTACTCCTCTCGGAGTCATTGAACACCACACTTCGTTTCCTTTCGGAATTCAAATGACTAAGGTTGGCTAAGTGGTTTATATCTAGTAATACTTATTTATTTTACTTAGAGTGCTTCACGTTTAAGGACAATAACCTCTCAGTGTCTTAGTCAACACTTGTTTACCTTTTGGGATACAAATGAAGGAAGTCCTCTCGCAAGGTTGAGAAAACTCTTCCTTACTTGTGTTAGTCACGTCCTTGTTGCTTACCATCTCGGCCAGTTGGCGACATACATTGGCCAAGTGTAGAATGTAGCTTAGCTAACACACTAAGCGGTATAAAAAATTATTACTTATCGAGAACACATCATATGTCACAACCCAATCTACAAGACAACCAAAACACATGAACTAAAGCGGATAGAGTACAATTTAGTTTAAACTTTGCTATTGGTCCTATCGCTAATCTTATTCTCAACTCCTTTTAAACTACTAAGTGATAAAGATAATGTAACACAACGGAAGTCATAACTTAACTTTATTAATAACAGGCGTTTGATACATAAATACAACACCTTGAGCAAATAAATGTTGCTTAACTATTTCCAAAACACCTAGAGTCATCTCGCCGCAAATCCTTTAACCTTCTTCTCTACTTGGCCTAAATGCCTGATTCTGAAAGATGAAAATTTTAAAACGTCAGTCGAAAGACTCAATGACGTTTTATGAAAACATTTGGCAATACCTTTTCATAATCATTTTGCAAAATAATATCAAGTCATATAAACACACCAACAAATCATTTCATTTCGCCAAGGATCCAAAATCACTCTCTACGCTTGGTCACTTAACTTCGCGCTTAGACTACTGAATCACCAGCATCCGAGAGTATTATGATTCGTTCTTATTGCTCAGGCCACTAAGCATTATACGCTTCTTTCAATGCATAAGCCAACTTCATCCTAATATAGTCACGTACACTCATGGTGGCCTTTAACTTTTTATGTGCACATAAAAGTTTGCATCATCTCAAGGAAACAACTAATAGTTTGAAAACCATTTTATGGTATTGAAATCATAATCATCAAATCAAGCTTTAACATTATAAATCATGCTTGAAAACATATACATTTTTCATAGAAATCTCTTTTGAAACACTTCTCATTTGAATTCTTCTTTCAAATCAGTAAAGAGAAATCATAATAAAGTTTTTAACATAAATTCACTTGAGAGAAAACACTCACGAAACTTTGAAAGACAAGCACTCACCACACTTTACCAAAGACCCTCCTTTTCCTTCTCTTCTCACGGAACAAACTGCGACGCTTAACATTTAATTTTTCTTCTTCTCGTCAAAGGAAAAGAATATTTTAATTTTTTTTTTTGTGAAAAAATCTTTGTGCTTATTTAATGACTGAGTTCTCTATTTATAGAACCCTTAAACTAACTTAGTCATGCTTTAACTCTTTTCAAATCCCCAGCTCCTGCTTAAAACTTTACACTAGTAAATTTAATATTTAACCCAGCCATGCTTAAATTCTTAATCTTACACGTTAACACCTGTCAAATCAGATTGACATTTTCTTTGCCAGACCTTTCTTCTTGCATAACTCCATATCGCAAATAACTTCAACCACTCAACATTTCTCGCGAATAACCTTATCATGTAGTTACACTTTTACTCCAAGAAATCTTCCTCGCAAACTAACCAACCTTTCCTTGCATAGAACTCTTATCGCAAAATTAAACTTCAAGGCTTCCTGGTAGACTTCTTCTCTGCAAAACACTTGGTTCTTCTCGTTTAGAATATCCAAAATGCCTAGTCTAACACTTAATCAAAATTTTCACTTCTTAACTTACACAAAGACTACCCAAAAAAGCCTAGTCTAACACTTAGTCAAAACTTTCACTTCTTAACTTAAATTTCAGGTACGGGTCTTACATCATAAACCTAAACTATAAATAACACAAAGATAGATGAACAGTAGAGACATGGATGGATTGAAATGTGTATAAAGATACATTGTATTAAAGAATGAAGGCCTTCAGCCAATGTACAATATAACTAAATACAATGTAAAGAAATAGTAAAAATGGAAAAAGGAAGAAAATGAAATACAAGTTAGGATGAATGGGGGATGAACTCTTCTCCTCTCAAACTCTAAGTTTTCGCTTTACAATCTAGTAGGAGAAGAAGAAAGAGTGTGGTACAAACGGTGGTGAAGCTAATCCTTGCCACCAACTCTCTAGGTTTTGGTCCATTAAGACCTCAGCTTGCCCATGCAGGCTGCCCCTCTCTCTAGGTTAGTGTTTCTTCCTAGAACATGCTCATTACTAGATGCAAAATCATTATCTAGAACATGCTAATCATTTACACTAGTAACAAATTCAAGGAATATTGAGAGATCATCATAACTAGGGTCGTTCTTAGCAACTTCATTATCAACATTCTAAAGTTGCTTGATCAACAATCTCATTAAATTTATCATGCTTTTTTAGTGTCTCTAATGATTCTATGGATTTTAAGATATCAAATGCACACAATGAAACATGATCATTAGAGGGCTTTACATCATCATTTTTATTGAAAATTTTTCCACTTCCTAAAGTAATATCATCTACATTTGTATGGTCGGGTTGGATGGGAAGTTCACCATTCCCTTCCATTTCAAGAATGTGTATTGCCAATTGATCAAGTTTCTTTCCTATCTTAGAAATGGATGCTTTCATGGTTTCTATATCATTTTTTTCATGCCTCCAGTTGAACTAACGGTATATTCACTCAACTTAGTTAAATTCTTCTCAAAATCAGTTTTAAAATTACTTCAATGATAAGCAAACCCTGACATTATTTCATCGAGGTACGTATCTTGAGATGATGACGAGAAAAAAGAAGTGTATCCAGAGTTGTAGGTATTATAACCTTCCATGGCACTCACCTCTTTAAGCATTGGGCATTGATCATTGTGGTGGCCTTGAAAGCCACATATTCCACAAGAGACAACTTTAGAAACCTCCCCTTTCATATAAGAAATAAAAACTTTAGTTAGTAAATTCACTTGAAAATTTAAGAAATTCTCTCCCATTCTATTGTTCAAATGGTTCTCTAAGGTAGGCTCTAAAGGTTCCTCTTAAGATGGTTCAAAAGTGTAGATGTGAGATTTTAGTTGTGATGAACTAGCTTGTTTTTTCTTCTCTTTCCTTAGCCTAGTCATGCATTAAAGAAAGCAAAGAAAGAGAACATGGCATGCAACTTTATTTTATTTTTTTATATCAAAGAAAAAAATGTTTCTAAAAATTACTAACAAAAAAAATATGAAAGAATTCAAGAAAGATACTACACCGTGCCTCTCCCTAGCAACGATGCAATTTTGACAAGCGAATTTGAATGTGTAAAGAATTATGCAAAGGTAAGATCGTTACAATTAAGCACAAGTATGTTTGGAAATGAAATTTCTTGCAAAAGGGTACTTACCTAGATTCGTCCGACAAGAGTCATTTGTATTTTACCCTTACTCTTACCGTAGTTGGTGGAAGTACGGGTGTCAAACCCAAGAGAGTGAGGCTAAGTAATTTTCTTGAATAAAAGTTTCAAAGAAGTGATGTTAGAAACAAAAGAAAAGCATTAAAAAGAGTTTGGGGGAATCAAGTGGAATCAAGAATTAAGTGAAAATTTAATTTGCAAAGTCAATTCACAAGAAAAAGAAAGTAAAGATTGAAACTCCAATAAGAAAAATGAGGAAATGAGCTTCGAGCACTAATCAATCCTTATCATTGAATTAAAGATGATTAAGAAATTATTTTTTCTTAATTAAGAGGGGTTCTTGATCAAGATTCTTTGCAAAATCAACTTGCTTGATCTTGGAAGAATTTTGATCAACATTTCAAGAAAAAGGATGATCTCCATAAGGAATTAATTTGTATTCTTACAATATTAATTAAATTTTAATCTTGTTCTTTGAAGAAAAGTAAAATTTCCTTCACAAATTTACAATCAAAGATTTAATTGGAATTAATTGTGCACTACAAAAATAATGCAATTAAAATCAAAGAAATTGCCAAGAACA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mRNA sequence

GTGTGGCGCCACATTGTTCAAGCCCTGGAATCAGCCCTTAAGAGAGCAATTTCTCTACTTACTCTATCTATAGAGAAGGAGTGAATTCCTTCTTGTGTAATTGTGTCCCAGCTCCCTAATCAAACGAATCCCCAAAATGGTAGGTCTATTGAGTCGGCGATATAGGCCACTCTCACCCATGCAAATCAAAGGACTGCCTTCATAGGCAGGAGTTCACAACTCACTCAGGATTCAGGTCAAGTCACCTATGGTCATCTTGGTGAAATGTAGTCTCAACTAGTAACGGTGTTAATAAGAGAGACTATTCATTTCATGGTCCAATCTTATACAAACTCTTTGTATAGAATACCCCTGCTCTAATGTCTCGACATGAATGATTAGGATCAAATCATTTGTAGCACTTTAGAACAATTGTAACAACTACAAAGCAGGCCGTATTCGTAGTGTCATCAGGATAAGGTATCCAGCCTTATCCATCTACTACAGACCATTTAGGTTATCATTTAAACATTATCCACTTGTATGTCTCCACATACATGTTTAGGTTACATAAGATAACCTTGGATAGTGCTTCACGTTTAAGGACAATAACCTCTCAGTGTCTTAGCTTCCTGGTAGACTTCTTCTCTGCAAAACACTTGTCTAACACTTAAAAGAGTGTGAATCGAGTTTCGTTGTAGTTGCTAGTATGGAAATTCCAATATGCCTTCCGAGATTACGGTTAGTTTGAGGGGAGTGGACTTTGAGGTTGTAAGCGAGGTTTGTTCGACATCAGCTGGACTCATTAAACAGCTTAGGATTGATTGTCATACTAAATACACGACCCCATACTAAATACACG

Coding sequence (CDS)

GTGTGGCGCCACATTGTTCAAGCCCTGGAATCAGCCCTTAAGAGAGCAATTTCTCTACTTACTCTATCTATAGAGAAGGAGTGAATTCCTTCTTGTGTAATTGTGTCCCAGCTCCCTAATCAAACGAATCCCCAAAATGGTAGGTCTATTGAGTCGGCGATATAGGCCACTCTCACCCATGCAAATCAAAGGACTGCCTTCATAGGCAGGAGTTCACAACTCACTCAGGATTCAGGTCAAGTCACCTATGGTCATCTTGGTGAAATGTAGTCTCAACTAGTAACGGTGTTAATAAGAGAGACTATTCATTTCATGGTCCAATCTTATACAAACTCTTTGTATAGAATACCCCTGCTCTAATGTCTCGACATGAATGATTAGGATCAAATCATTTGTAGCACTTTAGAACAATTGTAACAACTACAAAGCAGGCCGTATTCGTAGTGTCATCAGGATAAGGTATCCAGCCTTATCCATCTACTACAGACCATTTAGGTTATCATTTAAACATTATCCACTTGTATGTCTCCACATACATGTTTAGGTTACATAAGATAACCTTGGATAGTGCTTCACGTTTAAGGACAATAACCTCTCAGTGTCTTAGCTTCCTGGTAGACTTCTTCTCTGCAAAACACTTGTCTAACACTTAAAAGAGTGTGAATCGAGTTTCGTTGTAGTTGCTAGTATGGAAATTCCAATATGCCTTCCGAGATTACGGTTAGTTTGAGGGGAGTGGACTTTGAGGTTGTAAGCGAGGTTTGTTCGACATCAGCTGGACTCATTAAACAGCTTAGGATTGATTGTCATACTAAATACACGACCCCATACTAAATACACG

Protein sequence

VWRHIVQALESALKRAISLLTLSIEKE*IPSCVIVSQLPNQTNPQNGRSIESAI*ATLTHANQRTAFIGRSSQLTQDSGQVTYGHLGEM*SQLVTVLIRETIHFMVQSYTNSLYRIPLL*CLDMND*DQIICSTLEQL*QLQSRPYS*CHQDKVSSLIHLLQTI*VII*TLSTCMSPHTCLGYIR*PWIVLHV*GQ*PLSVLASW*TSSLQNTCLTLKRV*IEFRCSC*YGNSNMPSEITVSLRGVDFEVVSEVCSTSAGLIKQLRIDCHTKYTTPY*IHX
Homology
[Close]
BLAST of Chy7G136040 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CB17 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold323G00790 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 90.9 bits (224), Expect = 9.2e-15
Identity = 45/52 (86.54%), Postives = 45/52 (86.54%), Query Frame = 0 

Query: 38  LPNQTNPQNGRSIESAI*ATLTHANQRTAFIGRSSQLTQDSGQVTYGHLGEM 90
           LPNQTNPQNGR IES   ATLTHANQR AFIGRSSQLTQDSGQVTY H GEM
Sbjct: 188 LPNQTNPQNGRHIESVTWATLTHANQRIAFIGRSSQLTQDSGQVTYSHPGEM 239

[Close]
BLAST of Chy7G136040 vs. NCBI nr
Match: TYK08540.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 90.9 bits (224), Expect = 1.30e-17
Identity = 45/52 (86.54%), Postives = 45/52 (86.54%), Query Frame = 0 

Query: 38  LPNQTNPQNGRSIESAI*ATLTHANQRTAFIGRSSQLTQDSGQVTYGHLGEM 89
           LPNQTNPQNGR IES   ATLTHANQR AFIGRSSQLTQDSGQVTY H GEM
Sbjct: 188 LPNQTNPQNGRHIESVTWATLTHANQRIAFIGRSSQLTQDSGQVTYSHPGEM 239

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy7G136040 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy7G136040 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3CB179.2e-1586.54Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
BLAST of Chy7G136040 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
TYK08540.11.30e-1786.54retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Chy7G136040 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy7G136040.1Chy7G136040.1mRNA