Chy3G053900 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview


Name	Chy3G053900
Type	gene
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	Reverse transcriptase
Location	chrH03: 6096829 .. 6115260 (-)
RNA-Seq Expression	Chy3G053900
Synteny	Chy3G053900

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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mRNA sequence

CAATCTATAGGGGAATCTAGTACCCCAACAATTCCACTTGGGGCAGGAAACGAACGGTTTGCGAGAACTGCACAGGAAATAGGAAGGCCAAAGAGAGCAGAGTCTAGTGATCTAGAAAAGGCATATGGAATTGAACGGCTGAAGAAGTTAGGGGCTACAGTGTTTGAGGGTTCCACAGATCCAGCTGATGCAGAGAATTGGTTGAATATGCTCGAAAAATGCTTTGACGTGATGAATTGTCCTGAGGAGCGAAAGGTTAGATTGGCCACATTTTTGTTGCAAAAGGAGGCTGAAGGATGGTGGAAATCTATATTAGCTACGCGCAGCCAAGACGGATGAAGACCTGTGACACTGTTCTAACATTGGATCTTTTTTCAA

Coding sequence (CDS)

CAATCTATAGGGGAATCTAGTACCCCAACAATTCCACTTGGGGCAGGAAACGAACGGTTTGCGAGAACTGCACAGGAAATAGGAAGGCCAAAGAGAGCAGAGTCTAGTGATCTAGAAAAGGCATATGGAATTGAACGGCTGAAGAAGTTAGGGGCTACAGTGTTTGAGGGTTCCACAGATCCAGCTGATGCAGAGAATTGGTTGAATATGCTCGAAAAATGCTTTGACGTGATGAATTGTCCTGAGGAGCGAAAGGTTAGATTGGCCACATTTTTGTTGCAAAAGGAGGCTGAAGGATGGTGGAAATCTATATTAGCTACGCGCAGCCAAGACGGATGAAGACCTGTGACACTGTTCTAACATTGGATCTTTTTTCAA

Protein sequence

QSIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDPADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRSQDG*RPVTLF*HWIFFQ

Homology

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TQE9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold1639G00390 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 195.7 bits (496), Expect = 1.2e-46
Identity = 94/109 (86.24%), Postives = 100/109 (91.74%), Query Frame = 0


Query: 1   QSIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTD 60
           QS+GESSTP + +GAGNERFART QEIGRP+RAE SD EKAY IE+LKKLGATVFEG TD
Sbjct: 23  QSVGESSTPRVQVGAGNERFARTGQEIGRPERAEPSDPEKAYIIEQLKKLGATVFEGFTD 82

Query: 61  PADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 110
           PADAENWLNMLEKCFDVMNCPE+RKVRLATFLLQ EAEGWWKSILA RS
Sbjct: 83  PADAENWLNMLEKCFDVMNCPEKRKVRLATFLLQNEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TLX3 (Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold477G00470 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 193.7 bits (491), Expect = 4.5e-46
Identity = 95/108 (87.96%), Postives = 98/108 (90.74%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+FART QEIGRP RAE SDLEKAY IERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 9   SVGESSTLRVRGGAGNEQFARTTQEIGRPDRAEPSDLEKAYEIERLKKLGATVFEGSTDP 68

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 110
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWK ILA RS
Sbjct: 69  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKYILARRS 116

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TIK0 (Gag protease polyprotein-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold332G00290 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 193.4 bits (490), Expect = 5.9e-46
Identity = 94/108 (87.04%), Postives = 98/108 (90.74%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+F RT QEIGRP R+E SD EKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 24  SVGESSTLGVRGGAGNEQFVRTTQEIGRPDRSEPSDPEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 83

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 110
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILA RS
Sbjct: 84  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U2V7 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold374G00630 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 193.0 bits (489), Expect = 7.7e-46
Identity = 95/108 (87.96%), Postives = 98/108 (90.74%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+FART QEIGR  RAE SD EKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 24  SVGESSTLGVRGGAGNEQFARTTQEIGRTDRAEPSDPEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 83

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 110
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILA RS
Sbjct: 84  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BS67 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold509G00050 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 193.0 bits (489), Expect = 7.7e-46
Identity = 95/108 (87.96%), Postives = 98/108 (90.74%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+FART QEIGR  RAE SD EKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 62  SVGESSTLGVRGGAGNEQFARTTQEIGRTDRAEPSDPEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 121

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 110
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILA RS
Sbjct: 122 ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILARRS 169

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr
Match: KAA0051018.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold2606G00480 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 194 bits (492), Expect = 3.05e-60
Identity = 94/108 (87.04%), Postives = 97/108 (89.81%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  G GNE+FART QEIGRP RAE SD EKAYGIERLKKLGAT FEGSTDP
Sbjct: 24  SVGESSTLGVRGGVGNEQFARTTQEIGRPDRAEPSDPEKAYGIERLKKLGATAFEGSTDP 83

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 109
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILA RS
Sbjct: 84  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr
Match: KAA0043429.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold1639G00390 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 196 bits (499), Expect = 6.45e-60
Identity = 94/109 (86.24%), Postives = 100/109 (91.74%), Query Frame = 0


Query: 1   QSIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTD 60
           QS+GESSTP + +GAGNERFART QEIGRP+RAE SD EKAY IE+LKKLGATVFEG TD
Sbjct: 23  QSVGESSTPRVQVGAGNERFARTGQEIGRPERAEPSDPEKAYIIEQLKKLGATVFEGFTD 82

Query: 61  PADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 109
           PADAENWLNMLEKCFDVMNCPE+RKVRLATFLLQ EAEGWWKSILA RS
Sbjct: 83  PADAENWLNMLEKCFDVMNCPEKRKVRLATFLLQNEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr
Match: KAA0060867.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold7015G00050 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 189 bits (479), Expect = 3.72e-59
Identity = 92/107 (85.98%), Postives = 97/107 (90.65%), Query Frame = 0


Query: 3   IGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDPA 62
           IGESST  +  GAGNE+F RTAQE GRP+RAE SD +KAYGIERLKKLGATVFEGSTDPA
Sbjct: 25  IGESSTLRVRGGAGNEQFVRTAQEKGRPERAEPSDPKKAYGIERLKKLGATVFEGSTDPA 84

Query: 63  DAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 109
           DAENWLNMLEKCFDVMNCP+ERKVRLATFLLQKEAEGWWKS LA RS
Sbjct: 85  DAENWLNMLEKCFDVMNCPQERKVRLATFLLQKEAEGWWKSKLARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr
Match: KAA0037547.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold277G001660 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 192 bits (488), Expect = 8.53e-59
Identity = 94/108 (87.04%), Postives = 97/108 (89.81%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+FART QEIGR  RAE SD EKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 24  SVGESSTLGVRGGAGNEQFARTTQEIGRTDRAEPSDPEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 83

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 109
           AD ENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILA RS
Sbjct: 84  ADVENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILARRS 131

[Close]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr
Match: KAA0042349.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold795G00510 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK15472.1 uncharacterized protein E5676_scaffold477G00470 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 194 bits (494), Expect = 1.37e-58
Identity = 95/108 (87.96%), Postives = 98/108 (90.74%), Query Frame = 0


Query: 2   SIGESSTPTIPLGAGNERFARTAQEIGRPKRAESSDLEKAYGIERLKKLGATVFEGSTDP 61
           S+GESST  +  GAGNE+FART QEIGRP RAE SDLEKAY IERLKKLGATVFEGSTDP
Sbjct: 9   SVGESSTLRVRGGAGNEQFARTTQEIGRPDRAEPSDLEKAYEIERLKKLGATVFEGSTDP 68

Query: 62  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKSILATRS 109
           ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWK ILA RS
Sbjct: 69  ADAENWLNMLEKCFDVMNCPEERKVRLATFLLQKEAEGWWKYILARRS 116

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Chy3G053900 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Chy3G053900 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7TQE9	1.2e-46	86.24	Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold...	[more]
A0A5A7TLX3	4.5e-46	87.96	Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 ...	[more]
A0A5A7TIK0	5.9e-46	87.04	Gag protease polyprotein-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=...	[more]
A0A5A7U2V7	7.7e-46	87.96	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold37...	[more]
A0A5D3BS67	7.7e-46	87.96	Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold50...	[more]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAA0051018.1	3.05e-60	87.04	uncharacterized protein E6C27_scaffold2606G00480 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0043429.1	6.45e-60	86.24	uncharacterized protein E6C27_scaffold1639G00390 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0060867.1	3.72e-59	85.98	uncharacterized protein E6C27_scaffold7015G00050 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0037547.1	8.53e-59	87.04	uncharacterized protein E6C27_scaffold277G001660 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0042349.1	1.37e-58	87.96	uncharacterized protein E6C27_scaffold795G00510 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK1...	[more]

BLAST of Chy3G053900 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Chy3G053900.1	Chy3G053900.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006508	proteolysis
molecular_function	GO:0003676	nucleic acid binding
molecular_function	GO:0008233	peptidase activity
molecular_function	GO:0008270	zinc ion binding