Chy3G049920 (gene) Cucumber (hystrix) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGCCGTTCCCGTCCTTCCTCTTTCTTGTTAACTTACCTCATATGTCTGAGTCCTTTGACCTTTCTCTCCCATCCCATTTTCAGGACTTCGACTGGGAAGCAGCCGTCAAAGAAATTGACGTGGCCAGCCTATCAGGAATTCACTCTGCTTCATCACATTCACTTCATCCTTCCCTAACGGAATCCTCCGACGCCGCTGCAGAAACTCCAGCTTCATTTCCACTTTCCGAGGAGAATGAAAAACGCGGAACTTCTCGCCAGTCTACACTTCACAGATTTATCGTGAATGCCAAGTTTCGAAAGAAAACAATGGACGTCGAAAAACCGGTTCAAGATCCCGGCCTTGTTGAAGACTCGGTTGGTCTTGTTGTCATAGATGAGGAGGCAGCTAAGACCTGGATATATCCAGGTCGTATTTGAATTCCGGACTAATTTTGATTTCCATTGTTTTGGGATTGTTATCTACGGACTCAATTTCTTCTATTCTCACCATGATCTTCTGTGAAACGTACTCCTCACTTACCCCAAGTAACTAGAACATGTAAAATACAAAAGATAACCTAAATTTGTCAACTGACTGTTTAGATCAACTACAAGCTTCTTCAGGCGGCATATGTTTTACTGCAAGAGTTGTGCTCCTATTTTGGAATGCAACGAATCTAATTTACTTCCTCAAACCATATAGTTTTTGGTAGCCTTTCTTTTGTTTCAACTCTAAGTTTGTTTAACATGCCAACATATTCCTTGGAATTTCTAGAGTTCACTGTTTGATATGTAGGTTATAAATTTCATGAAGTCAGTAGATAAGGAGATTTGTTTCGTATTATGATACAATATTTTGCATCATTGACTGCTTGATGGATTATTCCTATTCTTAGAAGTTAGGTGTTAATAGAAATTATAATCTGATGTGATGTCAGTTAAATCATGTAGTTAATGTTCCTCTTCGGGATTATCAGCTGGCTATTTCAAAGACAGCACTATTTTCAAATACATTGGTGGCTTTGCCTACAGGACTTGGAAAGACTCTCATTGCTGCAGTTGTTATGTATAACTACTTCAGATGGTTTCCTGAGGGTAAGGGAAAAATTTTGCTATCTTATTGAGTGTTAAAGTTATATTATATCAGCGGAATGTCCAGTGGCCTAATTGAACATAGTTTCAGTAAGGTATAGGTTCAACTAAAGGTTTATAGTGTAATACCAAAAGCTGAATTTGAATGAAATGATTCTCTTCCTCAATTGAAGGGAGATGAGGTTTATTTATAGGGTAAACAGAATATAGATTATGTTTTTATAACTGAATTACAAACAAAACTAACAAGTTTTAAACAACAAACAATTCTTAACAAACACCTAAGTAAGAAACTAACTATCCTCAATGATGAAGCTTCTCATTGTATCATATTCCATCCCCAAAATCAAACTCGGCCTTGAGGATAATCATTTAGGATGCCAATTGTGTAAAACTTTTTTTTTTTTTAAAGAAAAGAAAATAACCATTCTTTTCTATTGAGAAAAAAATGAAAGAATACATGGACATACAAACAACCAAACCCACAAAAAGGAGACAATCCTCTACAAGAACGGGCTTCAACTATACAGTATCAATCCTAAAGCATAATTACAAAAGGTTTTTGAAATTGAAGCCCAGAGAAACGTGAAAACGAAAAAGGGACCAAGGCTCACTAGGATCCCTCTCAAGACCCCTAAAACACCCTTATGTTTCTCTCATCCCACAGAACCCATTACACATCACACATGCCGGCAAGCCAAAGAAACCACCCTTTCTCCAAAAAAAAGCGGATTAGGAAGGGACTCCATACTTATCGGACAAACATCTTGGTGACGAGCACCTGGCATCCCAAAAGATTGGAAGAAAGAATCCCAAACAACGACTGCAACATCACAACTCCAAAGGATGTGATCTAAGTCTCCCTCTGCCTTCCGACAAAGAATACAACAAAAAGGCCCAAACAACGTAGGCAACTTCCAACCAAGCTTGTCCAATATGTTAGCTTGGTTGTGGAGAACCTGCCAAGTAAAGAACCTAACCTTCCTAGGGATCTTAATCCTACAAACCATTGCAAAGACCGACTCACCTAAAGGAGAGGGATCAACTAAGCAATTGAAAAAGGATTTGCACGAGAACTAGACTCTAACATCTCTCCTCCCTAACCTGAAAGGGTGACCATCAAGCAAAGAAGGGAGGATAGGCACATTAGAAGTTTCCCAGTCGAAAAGAGAACGACAAAACCCAAAGGAGAAAGAAAAAATAAATCTCGGACCACACAAGAAAATCTGCCATGAAATTATTTTAAAGGAAGATAGATGATATAAGCAAGGGGACAAGGCACAAAGATGACTCTCCCCCACCTAATGATCTTCCCAAAAGTGTCTCTCCCGTCCCCCACGACACAATGAACCGTGGAACAAAAGAAGGGTTTAAGGCAAGGAGATTCTTTGTTCCCTTTCTTGTTCTTCTTGTCTTTGATGTCCTAAGTCGTCTCATTCTTAAGGAAGTGGAAGGAGGCATAAGGTTAGTTGGGAAAAATCAGCTCTTAGTGGTGTAAATGTGAGTGAGGATGACTTGTTCCAAACGGCAGTCCCCAGATCAACCTTCTGCTCCAATCAATTTTTGCTTAATCAAGGATTATTATTTTTGTTATGTATTCGGCTTGCTGACTTGCTTTATCATCTTTTTTGGCCTTGTATTGTGGCCTTTAATTGGATATTGTTTTGCTGTATTGCTTTTATTAATCTGATATGTGGGTTTTTATTTTTGCTTTTGGATGTGATGAGGGTGTTAAGGGGGTGTCAACCTAGTTGAGATGCCTGGGTGCGCTTGCTGATCTGCCCCCTCCCCCTATTGCTCTTTGTATACCCCTTATGTACATTGAGTTTTGTCTCTCTATTTTCAATATTAATAATAGTGAGTCTCGTATCCTTTTTTAAAAAACAGCAGCCCAGCTTGGTGGCAAGGCAGAAAAATTATCATCTTATACTTAGGTCTCCCCATAGGAGGCTTCCCTAGACGAAGGGAGTTTTGGCAACCAGTCATAGATAGAGTTCACAAGAAATTAGATAGATGGAGGCGCTTTAACATCTCTAGAGGAGGTAGACAAACCTTTTGCAATGCTGTTTTGGCTAGCCTTCCTACATACTATCTATCTTTGTTCTCTATCCCCGGGAATGTGGCAACTTCTTTGGAATAAATCATGAGGAACTTCTTTTGGGAAGGCTTTGCTGGTGGAAAGATCAACCATCTTGTGAAATGGAGTTTGGTTTCCCTTCCATTAAAGGATGGGGGCCTCGGCCTAGGGGGCATTGAAATTCACAATTCAAGTTTGCTTGCCAAGTGAGAATGGAGATATTCAAAGGAGGAAACAACCTTTTGGAGGAAAATTATTCGTAACATCCGTGGCAAAGAGGCTTTCGATTGGTTTACTTTTGGGAAAGTCTGGAAATAGCCTAAGGAGTCCTTGGGTTAGTATCACTAGGGTGTGGAGGTCCGTGGAACCACTAGCTTTTTTTAAACTCGGCAATGGCAGCAGAATTGGTTTTTGGACAGACTTTTGGGTTGGCTCCTCTACTTTTAAGGACCTTTTTTTATTACTTTACAGAATTTCCTTATTACCCCATGGCTCAGTTGCTGATCATTGGAACTTTGATACCCTATCTTGGTCCCTCTCCTTTAGAAGAAGCTTTAAAGAAAAGGAAATTGTAAAAAACTGCATATGATTTTGTGACTCAAGAAGTTCTCTCTCCCTTTCTCTCTTCCCTCTCTCCTACTTTCTTTCTCCTCCTCCTTCCCTTCAATTTTTTGCCGGTCGATTACCTTATCCGGTAGACACTGCTAGTCGTCGCCTTGTTCTTGGACATTACCCTAGCTACCATTCTTACTTTCTCAAAGATGGAAGTAAAAAGCTGCAAAATCGAAAACCTATTTTTCTGTATCTGGCATGAAGATAAAGCTTTTCACATTGAAGATGTTGAAGCTAATATTTCTATGTCTTTATCAATCCTTCAACTTAGTTGGTTCATTGAAACGGTGAAAGATTTGAATAAGAAATCTGAAGAAGATTATTTCTATAAGAAAGAAAAAGTTGAGTGTGGAAGGGTTGAAGCTTCTAAATTCAGATCCAAAAGTGGGTGGGTTCTAAGATGCATTGCATGGCCTCGTTCTGGAGGGAGATCATTTATTCATATCCCCATTGGTGAAGATAAACAAGCGTGGAAAAGTTTTGGAAAAATGTTGGGAGACTTCAAGGACATCCACGACTACAATTTCTGGTTCTCCACCCAATCCATGTTCAACTCCTTTATGAAGCAACCGAACAGAAATACGAAAGGAAGCTATGCAGAGATAGCAAAATCAAAAGAGTCACCCAAGACCTCTTTCTTCTATACCACAAAACAAAGTACAAGCAAATATTGGGTGATTAAAAATCCGGTAGTCTTCAAAGCCGATTTTGATAATCTTTGGGTTGTTACAAAACTTTTTGAATTTGATAGTTGGGTAAAAATTAATGAGGCATTAGAACTCTTTTCCGACTCAAAAGTTATCATCAATCCATTATTTGCAGACAATGCTTTGATTGAATTGGATCGTGGTCCTTTGAAGGAGTTCATTGAAAATCCAGGCAAATGGCAATCTTTTGGTGTCTTTCATTTAAAGTTTGAAAAGTGGAACAATCTAATTCATAGAAGACCATTATATTCGAAAGGCTATGGAGGGTGGATCTCAATATAAAATCTACCCCTTGATTATTGGTGTAATAAAACTTTTGAAGTGTTTGAGCTCATTTTGGAAGTCTAAAAAATATTGCAGCTGAAACTATCAACTTCATTAATGTCTCAGAAGCCAAGATTCAAGTGAAGGAAAATCTGTGTGGTTTCATTCCGGCAACCATTGAGATTTCTGATGAAAGAAGAGGAAATATTTTTTTGAATTTTGGGGATATCTCTGTATCCAATCCACCCAGCAAATTTCAA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MPFPSFLFLVNLPHMSESFDLSLPSHFQDFDWEAAVKEIDVASLSGIHSASSHSLHPSLTESSDAAAETPASFPLSEENEKRGTSRQSTLHRFIVNAKFRKKTMDVEKPVQDPGLVEDSVGLVVIDEEAAKTWIYPVNVPLRDYQLAISKTALFSNTLVALPTGLGKTLIAAVVMYNYFRWFPEGKIVFTAPSRPLVLQQIEACHNIVGIPQEWTIDMTGMINPAKRASFWRSKRVFFVTPQVLEKDIQSGTCLMKYLVCLVIDEAHRALGNYSYCVAVRELTKIPVPLRILALTATPGSKHQGIQQIIDNLHISTLQYRDESDPDVSPYVHDRKIELIQVAMGEDAVEIDNKLLEVMRPFVAKLRSIGILQNRDYRTLSPCDLLNSRDKFRQAPPPVHPHIKYHDVEGFFGVLITLYHIRKLLSSHGIRPASEMLEEKLQQGSFARFMSKNHHIREVRLIMEKSLTHGAPSPKLSKMIEVLTDHFKTKDPQDSRVIIFSNFRGSVRDIMSALSKIEDIVRATEFIGQSSGKSLKGQSQKVQQAVLEKFRAGGFNVIVATCIGEEGLDIMEVDLVICFDANISPIRMIQRMGRTGRKHDGRIPHAIRPEVQFVKLSIKQFVRPGKKVKDDHAVQISFKNKLTDTETQLLLKYFHPCDDAWRPSLIAFPHFQTFPSRTHGVLHSCRTMVLIDTMQHLQGLHFSRESESFSVAQSINEVNASKAELEVPLVYPEVSLPQNSAENNCISGCCSPKHSTIDLIGSGSKLLSFSEPGSYCVRTAQDLIVPTEAVNKQTTSQTKILPDEFFPSPETDCVPVLEDKAMNLIETNHQNTLLKRIFFNKDTVDEKLVVLEIEPQFTPADEFSITETQLSPRLTNLIESGFVPDSPIDDCGYSRQQISESAKSQFILPAQVDGLQLLNSSSSGINEMINCNAGFCAGNDIFLASSEGQSSALKDNESVGIKSHAPTSPMADEIKTPLATIASSCDNEVWDSVNGENFSSVPKPHKFKRLRKVGDMKKNENIESMAKTSISPLGNMVGTFSSTRQFKKKKRDGERRFDDNVKAFFEEEAEVSSDATISGDEDDKIKSSFDSFIDDRVNASASSTQDGTSKPDMMAIYRRSLLSQSPFGRLTSPLSTRVTESETSPDKTLNIFQSTVTGDVNQSHTLHSKHVKMNCSPEVVIATIGVCPRTTDVESMNRNSTFCTSEPVPVLNLDKQFELVVAGRESISEVDSNRNVFIDDDEFYEGLDLDAVEAHAKLLLQKKVELPQIMVTQQQKNIPIDTSPSFDLGI* Homology
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: I3XHK1 (DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=FANCM PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 992.3 bits (2564), Expect = 5.2e-288 Identity = 640/1393 (45.94%), Postives = 821/1393 (58.94%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8IYD8 (Fanconi anemia group M protein OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FANCM PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 444.1 bits (1141), Expect = 5.3e-123 Identity = 232/507 (45.76%), Postives = 313/507 (61.74%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8BGE5 (Fanconi anemia group M protein homolog OS=Mus musculus OX=10090 GN=Fancm PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 435.3 bits (1118), Expect = 2.5e-120 Identity = 225/504 (44.64%), Postives = 312/504 (61.90%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: A0A1D5PRR9 (Fanconi anemia group M protein OS=Gallus gallus OX=9031 GN=FANCM PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 426.8 bits (1096), Expect = 8.8e-118 Identity = 216/513 (42.11%), Postives = 316/513 (61.60%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9UT23 (ATP-dependent DNA helicase fml1 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=fml1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 378.6 bits (971), Expect = 2.7e-103 Identity = 199/487 (40.86%), Postives = 295/487 (60.57%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B3E0 (Fanconi anemia group M protein isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485372 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2335.8 bits (6052), Expect = 0.0e+00 Identity = 1201/1306 (91.96%), Postives = 1226/1306 (93.87%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B3H7 (Fanconi anemia group M protein isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485372 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2298.5 bits (5955), Expect = 0.0e+00 Identity = 1187/1306 (90.89%), Postives = 1212/1306 (92.80%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DUR1 (Fanconi anemia group M protein isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485372 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2027.7 bits (5252), Expect = 0.0e+00 Identity = 1044/1143 (91.34%), Postives = 1067/1143 (93.35%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B2A7 (Fanconi anemia group M protein isoform X4 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485372 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2027.3 bits (5251), Expect = 0.0e+00 Identity = 1042/1138 (91.56%), Postives = 1064/1138 (93.50%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DTZ2 (Fanconi anemia group M protein isoform X5 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485372 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2023.4 bits (5241), Expect = 0.0e+00 Identity = 1039/1133 (91.70%), Postives = 1061/1133 (93.65%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. NCBI nr
Match: XP_011649875.1 (DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 2418 bits (6266), Expect = 0.0 Identity = 1242/1305 (95.17%), Postives = 1251/1305 (95.86%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. NCBI nr
Match: XP_031736807.1 (DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 2348 bits (6085), Expect = 0.0 Identity = 1213/1305 (92.95%), Postives = 1222/1305 (93.64%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. NCBI nr
Match: XP_008441145.1 (PREDICTED: Fanconi anemia group M protein isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 2337 bits (6056), Expect = 0.0 Identity = 1201/1306 (91.96%), Postives = 1226/1306 (93.87%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. NCBI nr
Match: XP_031736808.1 (DEAD-box ATP-dependent RNA helicase FANCM isoform X3 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 2312 bits (5992), Expect = 0.0 Identity = 1196/1305 (91.65%), Postives = 1205/1305 (92.34%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. NCBI nr
Match: XP_008441146.1 (PREDICTED: Fanconi anemia group M protein isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 2300 bits (5961), Expect = 0.0 Identity = 1187/1306 (90.89%), Postives = 1212/1306 (92.80%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. TAIR 10
Match: AT1G35530.1 (DEAD/DEAH box RNA helicase family protein ) HSP 1 Score: 998.0 bits (2579), Expect = 6.8e-291 Identity = 638/1373 (46.47%), Postives = 819/1373 (59.65%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. TAIR 10
Match: AT1G35530.2 (DEAD/DEAH box RNA helicase family protein ) HSP 1 Score: 970.7 bits (2508), Expect = 1.2e-282 Identity = 642/1437 (44.68%), Postives = 827/1437 (57.55%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. TAIR 10
Match: AT5G20320.1 (dicer-like 4 ) HSP 1 Score: 89.7 bits (221), Expect = 1.8e-17 Identity = 121/487 (24.85%), Postives = 217/487 (44.56%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. TAIR 10
Match: AT1G01040.1 (dicer-like 1 ) HSP 1 Score: 82.0 bits (201), Expect = 3.8e-15 Identity = 118/537 (21.97%), Postives = 204/537 (37.99%), Query Frame = 0
BLAST of Chy3G049920 vs. TAIR 10
Match: AT1G01040.2 (dicer-like 1 ) HSP 1 Score: 82.0 bits (201), Expect = 3.8e-15 Identity = 118/537 (21.97%), Postives = 204/537 (37.99%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (hystrix) v1
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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