Chy2G038500 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy2G038500
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionDUF4216 domain-containing protein
LocationchrH02: 14301493 .. 14335358 (-)
RNA-Seq ExpressionChy2G038500
SyntenyChy2G038500
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

AGTAGCCACAATATTTGATGATAACAATGACTGTCCCAATGTTAAAGTCTTGGTGGATTTGCTTACGGGAGGAGATTTTAGTATACCTATTTCGGTAAAGGGCGGGATAGAGACTTTAAATCAAGCATTAGGTAACATTACTGAATGGCCTCGTCGACTTGTTTCTGTGATTCATGACAAACTAGAGCATTCAACCCCGAAGGATGTTGTGTATTCTTCAAAGTACACAAATGTTAATGGAGCTATTAAGCTCTTATATGGACATGCCGTGAACAGTATGAAGGATGTAGATATGGTTCGCATCCCAATGAACGAGCTAATATTTGGTAAAAACAAATTCGTTTATTTAGCTCGTGAGGATTTGCTCCATTACTGCGGCATGGTAGAAATAGGTTATATGTGCATACTAGCATACATTAGATATCTTTGAGATGAATGTGACTGTGGAAGAAAGTTTTTTGTTATCGACCAAGCAAAAATCACGTCACATATCAAGGATCGTGATCTCCGATCTAGAAATTTAGCCAACCAGTTAGAAGCGGCTACCTTGGAACAAATAGTTCTAATTCTGTATAATACTGGTTTTCATTGGATGTTGCATGTCATCGATCTTCGAGAGAATTGTGTTTATGTCTTGGACACTCTTCGAAGTAAAGTTAACGAAGACATTCATGGAGTCATAAATATAGGATTAAAAACATGGCAAGCAAAGCATGATTTACAACATTATCGGTCAACTCCAAATTGGAAACCTATAAAGTGCCCTCGTCAATTGGATTTTGTAGGGTGTGGGTATTATGTCCAAAAGTATACACACGAAATAGTGCATAATTTTAGCACTCCAATCACTAGCCTTGCATTTAATAACGCGAGCATAGATGTCGGTTCCAAACTAACAGTAAAGATTTCTTTTGGTCATTGTAAAACTACCCTTTCTTGGCGGAGCCCCCCTACATATGATTTATGGATCT

Coding sequence (CDS)

AGTAGCCACAATATTTGATGATAACAATGACTGTCCCAATGTTAAAGTCTTGGTGGATTTGCTTACGGGAGGAGATTTTAGTATACCTATTTCGGTAAAGGGCGGGATAGAGACTTTAAATCAAGCATTAGGTAACATTACTGAATGGCCTCGTCGACTTGTTTCTGTGATTCATGACAAACTAGAGCATTCAACCCCGAAGGATGTTGTGTATTCTTCAAAGTACACAAATGTTAATGGAGCTATTAAGCTCTTATATGGACATGCCGTGAACAGTATGAAGGATGTAGATATGGTTCGCATCCCAATGAACGAGCTAATATTTGGTAAAAACAAATTCGTTTATTTAGCTCGTGAGGATTTGCTCCATTACTGCGGCATGGTAGAAATAGGTTATATGTGCATACTAGCATACATTAGATATCTTTGAGATGAATGTGACTGTGGAAGAAAGTTTTTTGTTATCGACCAAGCAAAAATCACGTCACATATCAAGGATCGTGATCTCCGATCTAGAAATTTAGCCAACCAGTTAGAAGCGGCTACCTTGGAACAAATAGTTCTAATTCTGTATAATACTGGTTTTCATTGGATGTTGCATGTCATCGATCTTCGAGAGAATTGTGTTTATGTCTTGGACACTCTTCGAAGTAAAGTTAACGAAGACATTCATGGAGTCATAAATATAGGATTAAAAACATGGCAAGCAAAGCATGATTTACAACATTATCGGTCAACTCCAAATTGGAAACCTATAAAGTGCCCTCGTCAATTGGATTTTGTAGGGTGTGGGTATTATGTCCAAAAGTATACACACGAAATAGTGCATAATTTTAGCACTCCAATCACTAGCCTTGCATTTAATAACGCGAGCATAGATGTCGGTTCCAAACTAACAGTAAAGATTTCTTTTGGTCATTGTAAAACTACCCTTTCTTGGCGGAGCCCCCCTACATATGATTTATGGATCT

Protein sequence

SSHNI***Q*LSQC*SLGGFAYGRRF*YTYFGKGRDRDFKSSIR*HY*MASSTCFCDS*QTRAFNPEGCCVFFKVHKC*WSY*ALIWTCREQYEGCRYGSHPNERANIW*KQIRLFSS*GFAPLLRHGRNRLYVHTSIH*ISLR*M*LWKKVFCYRPSKNHVTYQGS*SPI*KFSQPVRSGYLGTNSSNSV*YWFSLDVACHRSSRELCLCLGHSSK*S*RRHSWSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNSA*F*HSNH*PCI**REHRCRFQTNSKDFFWSL*NYPFLAEPPYI*FMDX
Homology
BLAST of Chy2G038500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U2C7 (DUF4216 domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold133G00670 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 73.9 bits (180), Expect = 1.3e-09
Identity = 33/51 (64.71%), Postives = 41/51 (80.39%), Query Frame = 0

Query: 225 WSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 276
           WSHK R+++MAS+   TT S+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K  T+N+
Sbjct: 396 WSHKCRVEDMASETRSTTPSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAKFNTKNA 446

BLAST of Chy2G038500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V7U5 (DUF4216 domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold468G001730 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 70.1 bits (170), Expect = 1.9e-08
Identity = 40/75 (53.33%), Postives = 50/75 (66.67%), Query Frame = 0

Query: 195 FSLDVACHRSSRELCLCLGHSSK*S*RRHSWSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKV 254
           FSLDVAC+R SRE C+ +  S +             +++MAS+   TTLS+NSK+ET KV
Sbjct: 689 FSLDVACYR-SRENCVYVLDSLRSKVNEDIHGVINVVEDMASETRSTTLSINSKMETCKV 748

Query: 255 PSSIGFCRVWVLCPK 270
           PSSIGFCRVWVL  K
Sbjct: 749 PSSIGFCRVWVLRAK 762

BLAST of Chy2G038500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C8X3 (Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1737G00800 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.8 bits (151), Expect = 3.1e-06
Identity = 29/42 (69.05%), Postives = 34/42 (80.95%), Query Frame = 0

Query: 234 MASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 276
           MAS+   TTLS+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K  T+N+
Sbjct: 1   MASETRSTTLSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAKFNTKNA 42

BLAST of Chy2G038500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CWP3 (Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold21G00660 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 4.0e-06
Identity = 29/45 (64.44%), Postives = 36/45 (80.00%), Query Frame = 0

Query: 225 WSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPK 270
           W+   R+++MAS+   TTLS+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K
Sbjct: 734 WTLFGRVEDMASETRSTTLSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAK 778

BLAST of Chy2G038500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VFM4 (Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold38G002650 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 57.8 bits (138), Expect = 1.0e-04
Identity = 27/45 (60.00%), Postives = 36/45 (80.00%), Query Frame = 0

Query: 231 IKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 276
           +++MAS+   TTLS+NSK++T KVPSSIGFCRV VL  K  T+N+
Sbjct: 742 VEDMASETRSTTLSINSKMKTCKVPSSIGFCRVRVLRAKFNTKNA 786

BLAST of Chy2G038500 vs. NCBI nr
Match: KAA0047815.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold133G00670 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 2.25e-10
Identity = 33/51 (64.71%), Postives = 41/51 (80.39%), Query Frame = 0

Query: 225 WSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 275
           WSHK R+++MAS+   TT S+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K  T+N+
Sbjct: 396 WSHKCRVEDMASETRSTTPSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAKFNTKNA 446

BLAST of Chy2G038500 vs. NCBI nr
Match: KAA0063057.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold468G001730 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 71.2 bits (173), Expect = 1.81e-09
Identity = 40/75 (53.33%), Postives = 50/75 (66.67%), Query Frame = 0

Query: 195 FSLDVACHRSSRELCLCLGHSSK*S*RRHSWSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKV 254
           FSLDVAC+RS RE C+ +  S +             +++MAS+   TTLS+NSK+ET KV
Sbjct: 689 FSLDVACYRS-RENCVYVLDSLRSKVNEDIHGVINVVEDMASETRSTTLSINSKMETCKV 748

Query: 255 PSSIGFCRVWVLCPK 269
           PSSIGFCRVWVL  K
Sbjct: 749 PSSIGFCRVWVLRAK 762

BLAST of Chy2G038500 vs. NCBI nr
Match: TYK07790.1 (gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 1.94e-07
Identity = 29/42 (69.05%), Postives = 34/42 (80.95%), Query Frame = 0

Query: 234 MASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 275
           MAS+   TTLS+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K  T+N+
Sbjct: 1   MASETRSTTLSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAKFNTKNA 42

BLAST of Chy2G038500 vs. NCBI nr
Match: TYK16293.1 (transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 1.92e-06
Identity = 29/45 (64.44%), Postives = 36/45 (80.00%), Query Frame = 0

Query: 225 WSHKYRIKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPK 269
           W+   R+++MAS+   TTLS+NSK+ET KVPSSIGFCRVWVL  K
Sbjct: 734 WTLFGRVEDMASETRSTTLSINSKMETCKVPSSIGFCRVWVLRAK 778

BLAST of Chy2G038500 vs. NCBI nr
Match: KAA0067182.1 (transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 57.4 bits (137), Expect = 5.98e-05
Identity = 27/45 (60.00%), Postives = 36/45 (80.00%), Query Frame = 0

Query: 231 IKNMASKA*FTTLSVNSKLETYKVPSSIGFCRVWVLCPKVYTRNS 275
           +++MAS+   TTLS+NSK++T KVPSSIGFCRV VL  K  T+N+
Sbjct: 742 VEDMASETRSTTLSINSKMKTCKVPSSIGFCRVRVLRAKFNTKNA 786

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7U2C71.3e-0964.71DUF4216 domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C2... [more]
A0A5A7V7U51.9e-0853.33DUF4216 domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C2... [more]
A0A5D3C8X33.1e-0669.05Gag protease polyprotein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffol... [more]
A0A5D3CWP34.0e-0664.44Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold21G00660 PE=... [more]
A0A5A7VFM41.0e-0460.00Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold38G002650 PE... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0047815.12.25e-1064.71hypothetical protein E6C27_scaffold133G00670 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0063057.11.81e-0953.33uncharacterized protein E6C27_scaffold468G001730 [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK07790.11.94e-0769.05gag protease polyprotein [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK16293.11.92e-0664.44transposase [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0067182.15.98e-0560.00transposase [Cucumis melo var. makuwa][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy2G038500.1Chy2G038500.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006508 proteolysis
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
molecular_function GO:0008234 cysteine-type peptidase activity