Chy1G016480 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy1G016480
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationchrH01: 22427584 .. 22433806 (-)
RNA-Seq ExpressionChy1G016480
SyntenyChy1G016480
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGAAATTATTCGTTTCATTCCCTCTCTCGAATCTCAATCACTCAATTATACATTCACAATAATTCAAATGGAATCTCTCAACACAACCAGTGATATCATGATTCAGTATGAACCAATCTTCCTCTTCAAATCAATCCCTTACCGAAATCCCCTTAATTTTTCATCTGTTTTCTTGAATTTTCTCCGTTTTCTTGACGGATTCAACAAACCCAAGTCCTCAAGTTTTCGATTCATTTGCTGATTTTTACAGTGACTTCTTACACACTGCTCTTTCTTTAATCTTCAGATTCACGTTTTGCATCTCTATCCCATCTCCTTCATTCGTTGACATTCCTTCCCCCACCATTCTTGTAACAGTTGGAAGCTGACTTATCTATCTTTATATTATTCCTTGTATCAGGATGAGGATATGCGCAACCTGTGCGCGATGCATCCAGATTTTTGTATGAGATAGGCTTTGTTGTATCGTGGTGATTGGATTCAACACAATCAACTGCTAGCATTGTATGTCGGTCACTGACTTAGAAGATTTTGGCTGAGTTGAGAATATATGAAATCATCAAATTTATAAATAAATTGAAAATTCAGGTTCGGAGTTGACAATTAAGCTTTTGCTCAAATTCGTGGGTTGTCTTTTACTCCCTATTACAGTGTTTTTAATTGACTGTCTCGGGAATCAAGCTAATATCATATTCATATTAGAGGAGTTGTGTATTGTTGAAAATGTAGTAAATTAAATAAACATTAGAAGTTAGGAGTGCTTGAGAATGTATAAATGATTAGATTTGCTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGTGGATATAGCGATGGTTTAATGATGAAGACCAAAACACTTAATTAGTAGAACTATGCTTTCAAGGTCTTTCTCTATAATTTGGACATCTTTTCACTGAGAAGACTATTCTATTCTGATGGCGTGCCTTTCACTCTGAATTGATGTTTGTAAAATTGAAAGTCCATCCTTTATGTAGAGATACTTAATGTACTATTTTTTTGGTATTATTATTATTTGGAAACATGTTATACTTATTTAGAATATATGATGGAGATTTGTTTGAATGCTAACTGTAAAAATTGAGTCCACTAAGTAAGAGGTCTGGAGATCATCTTGTTTAATACTTAACTAATGAGCTTTGAGCACAGTGACATCTATGAATTCCCTACTTTAAATGATCGCAGCAAACAAGTAGAATATTCTCATCTTGGAATTTTCATGCATTTCAGATCATGTAGAACAAAGATGAAGTTGCATTGATATCTAAGATTCTGTAGGTGAAATCAAGAGGGTCTAAGAGGTGGGTGTAGGGGTTAATTGAATTGCTGGCCTTATCCTCAACTCATGACAAGAAAAAGGTTGCAGCAGAATCTTAATGAGGGAGAATCAATGGAAATGGTCTCTTGCTTTTAATATACCAGTGAGCATCGTGCATTTTATCTTCATATTTTACTAGAAATAAACATCTTAATGCCTCTAAAGTTAGTTTGATGGAGATATGTAAGAATCTGTTCGAGTTTCTTCATTTCAGTTTTATATTTTTTCATTTTCCTTTCCTTCCTGGAAGGGGTGGAGATAGTTGATGTCCTACTAAGGTGTTCTGATCCACATGTTTATAGGACCAATGAACACTGTGATGGAGATGAAGTAGCTAAACTCTTGTTAATTTCCACATCAGCTGCAGACGTAGAATTTACTGTATTGTTCAAGTTGCAGCCATGCCTCAATGTAAATTAATGCCACGTCATCGTAGATTTATTCCTTTCCTAAAAATTTCAAGTATGAATTGAATTGGGGTTGACATTGTTCTGAAATTAAGAGACCAAAATCTCACCCTTTTTTCCAAGTGTGAGACTTTCCATCAATGATGATTATATAAAATTTTTATTGATTTTTTCACTTAGCTTATAATTAATGGAATTCTATTTCCATAACTTGTGCTCAAGATTTCATTACTGCTAGTTATGAAATTATTGATATTCTTGATGGCTGATGGTATCACCCCAGTTGGCCAAATAAAAGTGCTTTCTGGTTATGTTTCTTGTGTGATGTATTTTATTTATTCCAACTATAATGTAGTTTTTCATAGATTGAAGGACACGTCTTTAGATTAACAATTACACATGAAGTGATGCCCTATGCAACTTACTTTGTGAAAAAGTGGGTCACTATCAAGCAAATCATCGATAAGGGCCATTTCCCTTATCCAAACAACTATCTGAAGGAACTTGCACTTTTCTATCCATTTATTTATGTCTTCCAAATTATTTAGATTAAACAATTCAATCCACCACCCCTGCACTTGCCTTTATAAATACGTTCGTTTATGCAAAGTCATCATGTCAAAGCCTAAGCAAACATACGACCTTACTCCCATTCTTTCAACTTCTTGTTGCTCCTCCACAAGCCTTTGTTTTTTTTTCTTTTCCTCCAGCTTTTGTTAGTATAAGTACAGCCATTTCACGTATCTTTGGATATTTGGTTATAAATATCTTTTGGAAGGAAGTAGGAAGATTGGATTATAATGGATAGATTGAGAAATTTGGCATCTCAGAAAGCAGTAGTGATTTTTTCCAAGAGCTCATGCTATATATGCCATAGCATCCAGACCCTCTTTTATGAGCTTGGTGCAAGCCCTGCAGTTCACGAGCTTGACCATGATGCAAATGGGCGAGAGATTGATTGGGCTCTTAGAGGTCTAGGGTGCAACCCCTCAGTTCCAGCTGTGTTCATAGGAGGAAAGTTTATAGGCTCAGCAAAAGATGTTATTTCTCTCCATGTTAATGGGGATCTGAAACAAATGCTGATAGATGCGAAGGCCATCTGGTTGTAATGCTACAAAAAGCAAAACTGCATGGTTTTTTCTTTTTTCGTTTTGTCTTTTTTTTTTTCAACCCACCTGCCTTTATTATGTCAAAAAGGCTCGTACAAAATGTTGTAAGAAGGCTCTGATAGTTTTCGAGTTTACAACTGAACTGTATAAAATGAAGCCATACTTACCCTGAGATATCTAAATGTTAGGATAACTTTTCCTAGAGTTTAGTATTACTTCCATCTTCATGCTATACGAAGGGATAGATTTAAAAATAAAAACAAAAAAGATTAAATGTGGACTCCAACATGCCTACTAGACTGTCTGCGTAGGATTTGTCTGTCTACTGAAGTAGAATAAAAACATTGACTAATTTTGTTCTAAAAAGTGAATAATAAGATAGGAGAGCAGCAGGAAACGTTTTTGTGCACATAACTGGTAACTCTTTTTTGTAAGTCTACCATTGATTAAAATAGGAAGATGCCCACTGAGGAATTATGCACTAAATTTGTTATTGCAAACTGAATTTTCTTTTGTTTGGAGTTATCATTGGCAAAAATATGTACTTGTTGACTGTTGTGCTTTTCATTAGGTCTTCATCTGCTGCCAGACTGATAATCTGCTTGACATCATGTTACTTAACTTCAAGGCAAGGCATGTTGATAAAGACATGCACATAGCAATTTTTTTTTTTTGTTTCGTTATAATAAATTTTTGGATTAGCTTGTAACCACTTTTGAGTAATTACATTCTTGTTCTCTCATAGTACAAATAAAATGATCATAAGATCAAGTCATTTAGGTTGGTAAATATATGTAAGACAACATTTACACAAACCTACGAGAGAATTCTAAAAGCTTCTACTTGGTTAAAACTTCTACTTGGTTATAGTTTGTCAGAGGTTAAAGTCGATCTCTCCCATTAATTAAAATAAATATCAACTTTAGTTCCATTACCCTCATACTATCTTCTTCTCCCTTAATTCTTACCTCTCTACTCTATAAAAATTTCACCTTCGTACATTGGAAGGTTAAGGTCCTAAACCTACTAAAAACTCACATTAGGGAAGCAAATAATTTCACCTCCATGCATTGGAAGGTTAAATGTGTTTGGTTGGGATAGTCTTGTAGAAAAGGAGGATATATCTTTAAATTTTTTTATCACTTTTATCATTTTAATTTTTTGGTTTCGATGAATATGTGCCTTCGATGTATGGGTTTTAAAAATAGTCTATTTTAGTTTATAGGTTTATAAGAATAAACTCATTTGATCCTTAATGTACCTTTTTAGTCCCTCAACTTTTAAAAATAGGTTTAAAAAGTTCCTTAAATAACTTTATTATTTTATTTTAAATAATTATAAGACATTAAAATGAGAATAATAAATCTAAAAATTATATTTTTTTAATTTTAAATATCATATCATTAATTTAAAAAAGCAAACATAAAATACTTATAAGACTTTATAAACCTATATTTTAAAATTCATAAACTACATTTTGAAAACTCGATGATCAAATGGATCTATTGTTATAAACTTAAAAATTAAAAAGATCTATTTTTAAAACTCATGGACCAAAAGCGCATATTCATCGAAACTTTGAAACTAAAAAGGTAGTTTTTTCCTATATTTTATTACTTGATTGTTATCCATTATATCCACCTTTTAATATATGTAAAAAAAAAACACTTTACTAGTCCCAATTAAGATATAAATAATAGCATTGTAAACATGTTTGATCAAAATACAACATTGTCAAAACTTGTTACTAAATTCTACTATCAAATTGACTAAGTAAATCTAAACCAATTTAAGTTATTTGCATGCAATTCAAAGTGTTGAATTGCAAAATTGCAAAAAGCTCTCTTGAAGAAGCAAAAGCTAAATTTGATTTATCATCATTTGAATAAAACAACCTAAATAGCAAAATTTAAATAGTCTCATAATAAAGCTCTAATTCATGGTAAAAAAAACTAAATTACTACTATTTAGATGTCATTAAAAAGTTTTAAATCGAAAAAAAAGTACTGAAATCACTTCATAATTATTAGATAAAATCTAATTAATAATTTGATATTTTGATTGATTCATGTCATGATATCTACAAGCCAACCAACACCTACAAGCATGACGTAACAAGACTTCTCATTCTCTTTGA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mRNA sequence

ATGGAAATTATTCGTTTCATTCCCTCTCTCGAATCTCAATCACTCAATTATACATTCACAATAATTCAAATGGAATCTCTCAACACAACCAGTGATATCATGATTCAGTATGAACCAATCTTCCTCTTCAAATCAATCCCTTACCGAAATCCCCTTAATTTTTCATCTGTTTTCTTGAGGATTCAACAAACCCAAGTCCTCAAGTTTTCGATTCATTTGCTGATTTTTACAGTGACTTCTTACACACTGCTCTTTCTTTAATCTTCAGATTCACGTTTTGCATCTCTATCCCATCTCCTTCATTCGTTGACATTCCTTCCCCCACCATTCTTGTAACAGTTGGAAGCTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGAAATTATTCGTTTCATTCCCTCTCTCGAATCTCAATCACTCAATTATACATTCACAATAATTCAAATGGAATCTCTCAACACAACCAGTGATATCATGATTCAGTATGAACCAATCTTCCTCTTCAAATCAATCCCTTACCGAAATCCCCTTAATTTTTCATCTGTTTTCTTGAGGATTCAACAAACCCAAGTCCTCAAGTTTTCGATTCATTTGCTGATTTTTACAGTGACTTCTTACACACTGCTCTTTCTTTAATCTTCAGATTCACGTTTTGCATCTCTATCCCATCTCCTTCATTCGTTGACATTCCTTCCCCCACCATTCTTGTAACAGTTGGAAGCTGA

Protein sequence

MEIIRFIPSLESQSLNYTFTIIQMESLNTTSDIMIQYEPIFLFKSIPYRNPLNFSSVFLRIQQTQVLKFSIHLLIFTVTSYTLLFL*SSDSRFASLSHLLHSLTFLPPPFL*QLEAX
Homology
[Close]
BLAST of Chy1G016480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K587 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G394590 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 67.4 bits (163), Expect = 4.5e-08
Identity = 33/36 (91.67%), Postives = 33/36 (91.67%), Query Frame = 0 

Query: 24 MESLNTTSDIMIQYEPIFLFKSIPYRNPLNFSSVFL 60
          MESLNTTSDIMIQYEPIF F SIPYRNPL FSSVFL
Sbjct: 1  MESLNTTSDIMIQYEPIFFFISIPYRNPLKFSSVFL 36

[Close]
BLAST of Chy1G016480 vs. NCBI nr
Match: KGN45446.2 (hypothetical protein Csa_016615 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 109 bits (272), Expect = 4.13e-28
Identity = 56/59 (94.92%), Postives = 56/59 (94.92%), Query Frame = 0 

Query: 1  MEIIRFIPSLESQSLNYTFTIIQMESLNTTSDIMIQYEPIFLFKSIPYRNPLNFSSVFL 59
          MEIIRFIPSLESQSLNYTFTIIQMESLNTTSDIMIQYEPIF F SIPYRNPL FSSVFL
Sbjct: 1  MEIIRFIPSLESQSLNYTFTIIQMESLNTTSDIMIQYEPIFFFISIPYRNPLKFSSVFL 59

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Chy1G016480 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Chy1G016480 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0K5874.5e-0891.67Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G394590 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Chy1G016480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN45446.24.13e-2894.92hypothetical protein Csa_016615 [Cucumis sativus][more]
BLAST of Chy1G016480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy1G016480.1Chy1G016480.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0003677 DNA binding
molecular_function GO:0046872 metal ion binding