Chy12G215080 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview
NameChy12G215080
Typegene
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationchrH12: 14470965 .. 14489790 (-)
RNA-Seq ExpressionChy12G215080
SyntenyChy12G215080
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

ATGATTCGTCTTGTTCCATTTATCTCCTTATATCTAGACATTTTTGTAGCCTTGTAGGTAGCCTTTGGTGTAAAGCCACGCGGATTACCACTTGCATTCACCATGCATGAACTAATTCTCATTACCTGGACATCTCTATCATGCATTAAACTTATGCGGATTGACTTTCCATGCATACAGAAATACTCATTAGCATTTTGGAAAGAAAGTAAGGCGGTGTGCTATAGCATATACTTTATAGAAGTGGCTAACAATAGAATCATTGATCGTACTCTAGATTCTATTTGTGGACAAAAAGCCTAGAACAATGTTTTGTCAACGAAAAACTCAAATGTTACCAACAAAGACTTGGACTTTGTTGTTGAAATAATCTTGAATGCATTCAAGTAAGTTTTAAGAGAATCGTCAAATCCATTTCAACTTATAAAGAAGATTAGTTGAGGAGTTGTGGAGGCAGAAACAGAGGCAGAGGAATCTATCAGTCACTTACACCTCAAGGTCTTTTCTCAAACACACACCTCCAAAACATTTTTAGTACTCAATAGGAGCTTACCTGCTCTGCCAACAACAAAGGAGCTATTAATGATTGTAAAAAATGTTTTACGGAAGAGTAAAGAAACAGGCGTTGAAAAAGTGTGTTTTGGAAAAAGGCAAAAGCAGGAGTATAAATGAATCTTAAGTTAATCCACCACATGAATAATAACATATGTCACTGATCTTTAGTAGAGTTAACCATTTCTTCTTTCCTGATAACAAAATCAAAATTGTTAAACTATCTTACTCCTACCACAATCGGCATATGCACCATTGTTACACATCCTATAAAACTAGGGAAAGGATTGAGTCTCCACCATGATCCCTTATTTGCCAATTTCACCCTTATGCGAATTGTGCCATTAGGAATATTTTGAAAACAAAATTTCACTTTAATGGCATTGGACATAGTAATAATCTTTTCCATAGTTCCACGACTGACTTGATATTAGATGCAATCCCTTGACTTGTGTAAACAACGAAACTCCAA

Coding sequence (CDS)

ATGATTCGTCTTGTTCCATTTATCTCCTTATATCTAGACATTTTTGTAGCCTTGTAGGTAGCCTTTGGTGTAAAGCCACGCGGATTACCACTTGCATTCACCATGCATGAACTAATTCTCATTACCTGGACATCTCTATCATGCATTAAACTTATGCGGATTGACTTTCCATGCATACAGAAATACTCATTAGCATTTTGGAAAGAAAGTAAGGCGGTGTGCTATAGCATATACTTTATAGAAGTGGCTAACAATAGAATCATTGATCGTACTCTAGATTCTATTTGTGGACAAAAAGCCTAGAACAATGTTTTGTCAACGAAAAACTCAAATGTTACCAACAAAGACTTGGACTTTGTTGTTGAAATAATCTTGAATGCATTCAAGTAAGTTTTAAGAGAATCGTCAAATCCATTTCAACTTATAAAGAAGATTAGTTGAGGAGTTGTGGAGGCAGAAACAGAGGCAGAGGAATCTATCAGTCACTTACACCTCAAGGTCTTTTCTCAAACACACACCTCCAAAACATTTTTAGTACTCAATAGGAGCTTACCTGCTCTGCCAACAACAAAGGAGCTATTAATGATTGTAAAAAATGTTTTACGGAAGAGTAAAGAAACAGGCGTTGAAAAAGTGTGTTTTGGAAAAAGGCAAAAGCAGGAGTATAAATGAATCTTAAGTTAATCCACCACATGAATAATAACATATGTCACTGATCTTTAGTAGAGTTAACCATTTCTTCTTTCCTGATAACAAAATCAAAATTGTTAAACTATCTTACTCCTACCACAATCGGCATATGCACCATTGTTACACATCCTATAAAACTAGGGAAAGGATTGAGTCTCCACCATGATCCCTTATTTGCCAATTTCACCCTTATGCGAATTGTGCCATTAGGAATATTTTGAAAACAAAATTTCACTTTAATGGCATTGGACATAGTAATAATCTTTTCCATAGTTCCACGACTGACTTGATATTAGATGCAATCCCTTGACTTGTGTAAACAACGAAACTCCAA

Protein sequence

MIRLVPFISLYLDIFVAL*VAFGVKPRGLPLAFTMHELILITWTSLSCIKLMRIDFPCIQKYSLAFWKESKAVCYSIYFIEVANNRIIDRTLDSICGQKA*NNVLSTKNSNVTNKDLDFVVEIILNAFK*VLRESSNPFQLIKKIS*GVVEAETEAEESISHLHLKVFSQTHTSKTFLVLNRSLPALPTTKELLMIVKNVLRKSKETGVEKVCFGKRQKQEYK*ILS*STT*IITYVTDL**S*PFLLS**QNQNC*TILLLPQSAYAPLLHIL*N*GKD*VSTMIPYLPISPLCELCH*EYFENKISL*WHWT***SFP*FHD*LDIRCNPLTCVNNETPX
Homology
BLAST of Chy12G215080 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LRZ4 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_1G075590 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.3 bits (168), Expect = 3.5e-08
Identity = 35/36 (97.22%), Postives = 35/36 (97.22%), Query Frame = 0

Query: 1   MIRLVPFISLYLDIFVAL*VAFGVKPRGLPLAFTMH 37
           MIRLVPFISLYLDIFVAL VAFGVKPRGLPLAFTMH
Sbjct: 569 MIRLVPFISLYLDIFVALQVAFGVKPRGLPLAFTMH 604

BLAST of Chy12G215080 vs. NCBI nr
Match: KGN64709.2 (hypothetical protein Csa_013551 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 277 bits (708), Expect = 1.18e-87
Identity = 159/224 (70.98%), Postives = 181/224 (80.80%), Query Frame = 0

Query: 1   MIRLVPFISLYLDIFVAL*VAFGVKPRGLPLAFTMHELILITWTSLSCIKLMRIDFPCIQ 60
           MIRLVPFISLYLDIFVAL VAFGVKPRGLPLAFTMHELILITWTSLSCIKLMRIDF CIQ
Sbjct: 1   MIRLVPFISLYLDIFVALQVAFGVKPRGLPLAFTMHELILITWTSLSCIKLMRIDFRCIQ 60

Query: 61  KYSLAFWKESKAVCYSIYFIEVANNRIIDRTLDSICGQKA*NNVLSTKNSNVTNKDLDFV 120
           KYSLAFWKESKAVCYSIY IEVANNRII RTLD ICG+KA NNVLSTKN NVTNK LDFV
Sbjct: 61  KYSLAFWKESKAVCYSIYVIEVANNRIIGRTLDFICGRKAKNNVLSTKNPNVTNKGLDFV 120

Query: 121 VEIILNAFK*VLRESSNPFQLIKKIS*GVVEAETEAEESISHLHLKVFSQTHTSKTFLVL 180
           V+I + +F+ +++  S   +L+  +     + + +   S+++   + FSQ HT KTFLVL
Sbjct: 121 VDIQI-SFRRMVKSVSTYKRLVDVLW---RQKQRQRNPSVTYTS-RSFSQKHTRKTFLVL 180

Query: 181 NRSLPALPTTKELLMIVKNVLRKSKETGVEKVCFGKRQKQ-EYK 223
           NRS PALPTTK   MIVKN+LRKSKETGVEKV   +R+K  +YK
Sbjct: 181 NRSSPALPTTKR--MIVKNILRKSKETGVEKVYLEEREKNLKYK 217

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0LRZ43.5e-0897.22Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_1G075590 PE=4 SV=1[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN64709.21.18e-8770.98hypothetical protein Csa_013551 [Cucumis sativus][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Chy12G215080.1Chy12G215080.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006974 cellular response to DNA damage stimulus
biological_process GO:0002215 defense response to nematode
biological_process GO:0043966 histone H3 acetylation
biological_process GO:0051572 negative regulation of histone H3-K4 methylation
biological_process GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance
biological_process GO:0045892 negative regulation of transcription, DNA-templated
biological_process GO:0016444 somatic cell DNA recombination
cellular_component GO:0005634 nucleus
cellular_component GO:0030915 Smc5-Smc6 complex
molecular_function GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding