Chy12G206740 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview


Name	Chy12G206740
Type	gene
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	SWIM-type domain-containing protein
Location	chrH12: 649830 .. 702799 (+)
RNA-Seq Expression	Chy12G206740
Synteny	Chy12G206740

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

ATGGCTATTGCATCATCAATTGAAGGTTGGAGATATTGTAGACCAAATATAGCAGTTGATGGGACATTTTTAAAGTGTAAATGATTTTGAGTTATATATGAGATGGATGGAGTCGATATACCCATCTATTAGAGGATATCTTATGAAAGTTGGTTTTGAGAGATGGTCACTCATATACTCTAGAAAAAGAAGATATCAAATAATGACAACATATATTTGTGAAAGCTTGAATTCTAAGTTGAAAATTGATAGAGACTTACCGGATGCATCCTTGCTTGAGGCCATTAGAGAGTTTCTTTAACATTGTGGTTTTATGAGAGAAGAAAAGCAGCCTCATGTTCAAAGAGTGTTTTGAGTTCTTGGGTCGA

Coding sequence (CDS)

ATGGCTATTGCATCATCAATTGAAGGTTGGAGATATTGTAGACCAAATATAGCAGTTGATGGGACATTTTTAAAGTGTAAATGATTTTGAGTTATATATGAGATGGATGGAGTCGATATACCCATCTATTAGAGGATATCTTATGAAAGTTGGTTTTGAGAGATGGTCACTCATATACTCTAGAAAAAGAAGATATCAAATAATGACAACATATATTTGTGAAAGCTTGAATTCTAAGTTGAAAATTGATAGAGACTTACCGGATGCATCCTTGCTTGAGGCCATTAGAGAGTTTCTTTAACATTGTGGTTTTATGAGAGAAGAAAAGCAGCCTCATGTTCAAAGAGTGTTTTGAGTTCTTGGGTCGA

Protein sequence

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Homology

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BD68 (SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1278G00090 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 82.4 bits (202), Expect = 1.4e-12
Identity = 62/151 (41.06%), Postives = 69/151 (45.70%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIY---EMDGVDIPIY*R------------ 60
           MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     MD  D  +Y R            
Sbjct: 320 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTAATMDD-DFELYMRWMESIYPSIRGY 379

Query: 61  ---ISYESW---------F*EMVTHI---L*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCI 120
              + +E W         +  M T+I   L  K   + D      LE             
Sbjct: 380 LMKVGFERWSRAYSRKRRYQIMTTNICESLNSKLKIDRDLPVASLLE------------- 439

Query: 121 LA*GH*RVSLTLWFYERRKAASCSKSVLSSW 122
                 R  L  WFYERRKAASC KSVLSSW
Sbjct: 440 ----AIREFLQRWFYERRKAASCLKSVLSSW 452

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V6N4 (SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold79G001490 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 1.6e-11
Identity = 62/174 (35.63%), Postives = 75/174 (43.10%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIY---EMDGVD--IPIY*RI------SYE 60
           MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     MDG     P+   I      +  
Sbjct: 319 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTATTMDGNSKIFPLAFSIVDSENDASW 378

Query: 61  SWF*EMVTHIL*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVS---------- 120
            WF E +      + I + + +Y+  +E    +   + G +L  G  R S          
Sbjct: 379 KWFFEQLKLSFGSRGIDDFE-LYMRWMESIYPS---IRGYLLKVGFERWSCAYSRKRRYQ 438

Query: 121 --------------------------------LTLWFYERRKAASCSKSVLSSW 122
                                           L  WFYERRKAASC KSVLSSW
Sbjct: 439 IMTTNICESLNSKLKIDRDLPVASLLEAIREFLQRWFYERRKAASCLKSVLSSW 488

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TVL2 (ZnF_PMZ domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold230G00860 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 77.0 bits (188), Expect = 6.0e-11
Identity = 50/122 (40.98%), Postives = 54/122 (44.26%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYEMDGV-DIPIY*RISYESWF*EMVTHI 60
           MAI SSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     + D+PI                 
Sbjct: 46  MAITSSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTAATMDDLPIA---------------- 105

Query: 61  L*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVSLTLWFYERRKAASCSKSVLS 120
                                     L G I      R  L  WFYERRKAA+C KSVLS
Sbjct: 106 -------------------------SLLGAI------REFLQRWFYERRKAAACLKSVLS 120

Query: 121 SW 122
            W
Sbjct: 166 YW 120

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CRP1 (SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold552G00250 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 3.0e-10
Identity = 44/122 (36.07%), Postives = 63/122 (51.64%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYEMDGVDIPIY*RISYESWF*EMVTHIL 60
           MAI + IEGW+YCRPNI+VD TFLK K    +     +D  +  ++S+E W     T  +
Sbjct: 294 MAIGACIEGWKYCRPNISVDDTFLKSKYGGTLLTASTIDDYLS-KVSFEKWARAYCTRKI 353

Query: 61  *KKKISN-NDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVSLTLWFYERRKAASCSKSVLS 120
            +   +N  +N+ +   EF   +   L   I      R  L  WFY+ RK A C + VL+
Sbjct: 354 YQMMTTNILENLNVILKEFRDLHVAALLDSI------RQILQNWFYDWRKVACCMRIVLT 408

Query: 121 SW 122
           SW
Sbjct: 414 SW 408

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TSM8 (SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold1096G00160 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 2.4e-07
Identity = 27/27 (100.00%), Postives = 27/27 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK 28
          MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK
Sbjct: 68 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK 94

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr
Match: TYJ96591.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold1278G00090 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 83.2 bits (204), Expect = 1.19e-15
Identity = 58/139 (41.73%), Postives = 69/139 (49.64%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYE---MDGVDIPIY*R------------ 60
           MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     MD  D  +Y R            
Sbjct: 320 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTAATMDD-DFELYMRWMESIYPSIRGY 379

Query: 61  ---ISYESWF*EMVTHIL*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVSLTL 120
              + +E W          +   +N       KL+  ++    +   + A    R  L  
Sbjct: 380 LMKVGFERWSRAYSRKRRYQIMTTNICESLNSKLK--IDRDLPVASLLEAI---REFLQR 439

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr
Match: KAA0062637.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold79G001490 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 78.2 bits (191), Expect = 6.77e-14
Identity = 62/174 (35.63%), Postives = 75/174 (43.10%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYE---MDGVD--IPIY*RI------SYE 60
           MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     MDG     P+   I      +  
Sbjct: 319 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTATTMDGNSKIFPLAFSIVDSENDASW 378

Query: 61  SWF*EMVTHIL*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVS---------- 120
            WF E +      + I + + +Y+  +E    +   + G +L  G  R S          
Sbjct: 379 KWFFEQLKLSFGSRGIDDFE-LYMRWMESIYPS---IRGYLLKVGFERWSCAYSRKRRYQ 438

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr
Match: KAA0046918.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold230G00860 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.08e-13
Identity = 50/122 (40.98%), Postives = 54/122 (44.26%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYEMDGVD-IPIY*RISYESWF*EMVTHI 60
           MAI SSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK    +     +D +PI                 
Sbjct: 46  MAITSSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCKYGGTLLTAATMDDLPIA---------------- 105

Query: 61  L*KKKISNNDNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVSLTLWFYERRKAASCSKSVLS 120
                                     L G I      R  L  WFYERRKAA+C KSVLS
Sbjct: 106 -------------------------SLLGAI------REFLQRWFYERRKAAACLKSVLS 120

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr
Match: TYK14543.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold552G00250 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 2.70e-12
Identity = 44/122 (36.07%), Postives = 63/122 (51.64%), Query Frame = 0


Query: 1   MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK*F*VIYEMDGVDIPIY*RISYESWF*EMVTHIL 60
           MAI + IEGW+YCRPNI+VD TFLK K    +     +D  +  ++S+E W     T  +
Sbjct: 294 MAIGACIEGWKYCRPNISVDDTFLKSKYGGTLLTASTIDDYLS-KVSFEKWARAYCTRKI 353

Query: 61  *KKKISNN-DNIYL*KLEF*VEN**RLTGCILA*GH*RVSLTLWFYERRKAASCSKSVLS 120
            +   +N  +N+ +   EF   +   L   I      R  L  WFY+ RK A C + VL+
Sbjct: 354 YQMMTTNILENLNVILKEFRDLHVAALLDSI------RQILQNWFYDWRKVACCMRIVLT 408

[Close]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr
Match: TYK19772.1 (protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3-like [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.06e-10
Identity = 27/27 (100.00%), Postives = 27/27 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK 27
          MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK
Sbjct: 67 MAIASSIEGWRYCRPNIAVDGTFLKCK 93

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Chy12G206740 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Chy12G206740 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5D3BD68	1.4e-12	41.06	SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5...	[more]
A0A5A7V6N4	1.6e-11	35.63	SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6...	[more]
A0A5A7TVL2	6.0e-11	40.98	ZnF_PMZ domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C2...	[more]
A0A5D3CRP1	3.0e-10	36.07	SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5...	[more]
A0A5A7TSM8	2.4e-07	100.00	SWIM-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6...	[more]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
TYJ96591.1	1.19e-15	41.73	uncharacterized protein E5676_scaffold1278G00090 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0062637.1	6.77e-14	35.63	uncharacterized protein E6C27_scaffold79G001490 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAA0046918.1	1.08e-13	40.98	uncharacterized protein E6C27_scaffold230G00860 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK14543.1	2.70e-12	36.07	uncharacterized protein E5676_scaffold552G00250 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
TYK19772.1	2.06e-10	100.00	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3-like [Cucumis melo var. makuwa]	[more]

BLAST of Chy12G206740 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Chy12G206740.1	Chy12G206740.1	mRNA