Chy11G196570 (gene) Cucumber (hystrix) v1

Overview


Name	Chy11G196570
Type	gene
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
Location	chrH11: 15428241 .. 15464229 (-)
RNA-Seq Expression	Chy11G196570
Synteny	Chy11G196570

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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mRNA sequence

ATGCGCTCTTCGTCTTGGGGTGGATTCCTGGCCGTTGGATTGGAGAGTTCATCGCGCTCCGATTTATTGATAAAACTGGGGCCCGGAATTAGGCTTGATTCTTCTCCCCATCCACGGAACTTTTCTAGGGTTACCCTAGATTCTTGCTTTTTTGCTGCTCCCCACCATCCAATGCCGCCGCTCCTTGCCATCATTGCAGCTGCTCTTTGCCTTCCGACACCGCCAATTTTGGATGGGCTGAAGTATGCTTCTTTACATGAGTGGGTGAAGCACGAAAGCTCTGTTGCTACACTGACCATGCTCAGATATTGCCTAGCTCAGATTGATGAATTCAAGGCAATCATACAAGTGCTCGAAATGCAAAATGAAATTACTCAAACACAGATCCAGGCGTTGAATACTCTGATCAAGCGAGCGTTATTGCGAACTGATAGGCAATATAAGTCTTTAATGAATTACATTCATGCAGCCATTTGTAGCATAATACCCATACATGTCTTCCAGCCTGAATTTGAGGAACCTCTGACTGGACATGATCAAGAACCAAATGTTGTGGTCGAGACTTCTCAACCTGCGTCAACAATAAATTTGGGTTTGAAATTACAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGCGCTCTTCGTCTTGGGGTGGATTCCTGGCCGTTGGATTGGAGAGTTCATCGCGCTCCGATTTATTGATAAAACTGGGGCCCGGAATTAGGCTTGATTCTTCTCCCCATCCACGGAACTTTTCTAGGGTTACCCTAGATTCTTGCTTTTTTGCTGCTCCCCACCATCCAATGCCGCCGCTCCTTGCCATCATTGCAGCTGCTCTTTGCCTTCCGACACCGCCAATTTTGGATGGGCTGAAGTATGCTTCTTTACATGAGTGGGTGAAGCACGAAAGCTCTGTTGCTACACTGACCATGCTCAGATATTGCCTAGCTCAGATTGATGAATTCAAGGCAATCATACAAGTGCTCGAAATGCAAAATGAAATTACTCAAACACAGATCCAGGCGTTGAATACTCTGATCAAGCGAGCGTTATTGCGAACTGATAGGCAATATAAGTCTTTAATGAATTACATTCATGCAGCCATTTGTAGCATAATACCCATACATGTCTTCCAGCCTGAATTTGAGGAACCTCTGACTGGACATGATCAAGAACCAAATGTTGTGGTCGAGACTTCTCAACCTGCGTCAACAATAAATTTGGGTTTGAAATTACAATAA

Protein sequence

MRSSSWGGFLAVGLESSSRSDLLIKLGPGIRLDSSPHPRNFSRVTLDSCFFAAPHHPMPPLLAIIAAALCLPTPPILDGLKYASLHEWVKHESSVATLTMLRYCLAQIDEFKAIIQVLEMQNEITQTQIQALNTLIKRALLRTDRQYKSLMNYIHAAICSIIPIHVFQPEFEEPLTGHDQEPNVVVETSQPASTINLGLKLQ*

Homology

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P46485 (Glycine cleavage system H protein, mitochondrial OS=Flaveria trinervia OX=4227 GN=GDCSH PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 46.2 bits (108), Expect = 5.1e-04
Identity = 22/57 (38.60%), Postives = 35/57 (61.40%), Query Frame = 0


Query: 70  CLPTPPILDGLKYASLHEWVKHESSVATLTMLRYCLAQIDEFKAIIQVLEMQNEITQ 127
           C  +  +LDGLKYA+ HEWVKHE SVAT+ +  +    + E    +++ E+   +T+
Sbjct: 30  CFSSAAVLDGLKYANSHEWVKHEGSVATIGITDHAQDHLGEV-VFVELPEVGGSVTK 85

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P93255 (Glycine cleavage system H protein, mitochondrial OS=Mesembryanthemum crystallinum OX=3544 GN=GDCSH PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 45.4 bits (106), Expect = 8.7e-04
Identity = 23/42 (54.76%), Postives = 28/42 (66.67%), Query Frame = 0


Query: 57 PMPPLLAIIAAALCLPTPPILDGLKYASLHEWVKHESSVATL 99
          P   LL  ++ + C  T  +LDGLKYAS HEWVKH  SVAT+
Sbjct: 20 PKSHLLPALSLSRCFST--VLDGLKYASSHEWVKHGGSVATI 59

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VKU1 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold2484G00210 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 77.4 bits (189), Expect = 7.6e-11
Identity = 39/85 (45.88%), Postives = 56/85 (65.88%), Query Frame = 0


Query: 107 QIDEFKAIIQVLEMQNEITQTQIQALNTLIKRALLRTDRQYKSLMNYIHAAICSIIPIHV 166
           + ++ ++ I +L+ QNE  QTQIQ + T IK+A L T+ Q ++LMNYIH  I S++P  +
Sbjct: 128 KFEKIESDIAMLKTQNEAMQTQIQTMKTFIKQASLWTEMQCRTLMNYIHVTIVSLVPTPI 187

Query: 167 FQPEFEEPLTGHDQEPNVVVETSQP 192
           F PE EEPLT  +  P   VE S+P
Sbjct: 188 FPPELEEPLTEVEPGPCAAVEPSEP 212

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. NCBI nr
Match: KAA0067817.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold2484G00210 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 76.6 bits (187), Expect = 3.16e-13
Identity = 39/85 (45.88%), Postives = 56/85 (65.88%), Query Frame = 0


Query: 107 QIDEFKAIIQVLEMQNEITQTQIQALNTLIKRALLRTDRQYKSLMNYIHAAICSIIPIHV 166
           + ++ ++ I +L+ QNE  QTQIQ + T IK+A L T+ Q ++LMNYIH  I S++P  +
Sbjct: 128 KFEKIESDIAMLKTQNEAMQTQIQTMKTFIKQASLWTEMQCRTLMNYIHVTIVSLVPTPI 187

Query: 167 FQPEFEEPLTGHDQEPNVVVETSQP 191
           F PE EEPLT  +  P   VE S+P
Sbjct: 188 FPPELEEPLTEVEPGPCAAVEPSEP 212

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. NCBI nr
Match: KAE8648020.1 (hypothetical protein Csa_023963, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 48.9 bits (115), Expect = 6.33e-04
Identity = 30/86 (34.88%), Postives = 46/86 (53.49%), Query Frame = 0


Query: 108 IDEFKAIIQVLEMQNEITQTQIQALNTLIKRALLRTDRQYKSLMNYIHAAICSIIPIHVF 167
           + EF    Q L+ QN   + Q Q +  +I+++  R D Q++S +  +HA ICSIIP+   
Sbjct: 9   VQEFITQNQTLKSQNMGFKAQNQVIMGMIEQSDRRNDVQFRSTLKGLHATICSIIPVPKV 68

Query: 168 QPEFEEPLTGHDQEPNVVVETSQPAS 193
            PE   PLT +        E+S+P S
Sbjct: 69  PPEIATPLTQNYTAVRSEAESSRPPS 94

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. TAIR 10
Match: AT2G35370.1 (glycine decarboxylase complex H )

HSP 1 Score: 43.1 bits (100), Expect = 3.1e-04
Identity = 18/35 (51.43%), Postives = 25/35 (71.43%), Query Frame = 0


Query: 76  ILDGLKYASLHEWVKHESSVATLTMLRYCLAQIDE 111
           +L+GLKYA+ HEWVKHE SVAT+ +  +    + E
Sbjct: 37  VLEGLKYANSHEWVKHEGSVATIGITAHAQDHLGE 71

[Close]

BLAST of Chy11G196570 vs. TAIR 10
Match: AT1G32470.1 (Single hybrid motif superfamily protein )

HSP 1 Score: 42.7 bits (99), Expect = 4.0e-04
Identity = 20/38 (52.63%), Postives = 27/38 (71.05%), Query Frame = 0


Query: 61 LLAIIAAALCLPTPPILDGLKYASLHEWVKHESSVATL 99
          LL   + + C  +  +L+GLKYA+ HEWVKHE SVAT+
Sbjct: 25 LLPAFSISRCFSS--VLEGLKYANSHEWVKHEGSVATI 60

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Chy11G196570 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
P46485	5.1e-04	38.60	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial OS=Flaveria trinervia OX=4227 G...	[more]
P93255	8.7e-04	54.76	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial OS=Mesembryanthemum crystallinu...	[more]

BLAST of Chy11G196570 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7VKU1	7.6e-11	45.88	Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold...	[more]

BLAST of Chy11G196570 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAA0067817.1	3.16e-13	45.88	hypothetical protein E6C27_scaffold2484G00210 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
KAE8648020.1	6.33e-04	34.88	hypothetical protein Csa_023963, partial [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of Chy11G196570 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT2G35370.1	3.1e-04	51.43	glycine decarboxylase complex H	[more]
AT1G32470.1	4.0e-04	52.63	Single hybrid motif superfamily protein	[more]

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Chy11G196570.1	Chy11G196570.1	mRNA