CcUC07G142480 (gene) Watermelon (PI 537277) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCAACCATGGACGGGGTGGTGCAGAATCAGCCTCAGCAGCAACAGCCTCTCCCGGCGCAGCAGGTGGTTGTCGCGGAAAGGCTTAACCAGGCAGTACAGCAACAGTTGAACCTAGAGGCTCTGAAGAATCGAGCTACTACTCTATTTAAAGCCATCTCTCGTATCCTCGAAGATTTTGATGTCTACGGTCGCACCAATACCACACCTAAATGGTCTACTTTCATCTTTCGCATTGTTTCCTTTTGTGATATTTTCCCAATTTGCTTGAATTTAAAATTCCTGATCGCCTTTCGATTGATAGAAAAACTAACTTTGTGTTGTTAGAACGCTTACAATCGTTATCTTTTTTCTTGAGGTTTTGTACGGATGACCTCTTCAAGAGGGCCTTTATGACTAATGACACACTCCTTATAAATGTATGAAATCTTACTTCAGATCCGACCACCGCATTTTTATAACATTTTACAACATATCGCTTTAGTGATGACAATATTTAGATGACCATATTTATCATAACCCTAACGTGATCGCGATCAACTTACATTTTTATCACGGATTTCCCATAAATATAAGTGAGATGTTCATGAGCGCAGTCTTTATAACGTATCGCGTTAGGGATGGTCATGTGTAGTTCTAACGCGATTATCGCAATATCATTTTTAACGATTTACCCCTTGAATATAGGGTGAGGAAAACTCAATCACAATCTCGTTACGGCCACAATAAATATGTTATCCCTAATGTGATAAGTTATAAAAAAGCGATAGTGCAGTCTGACATGATCAAAAGGTTATATTTCATACATTTGTGTGGGTGGGTTATCAATCATAAAAGCTCTTGTGAGAGGGTCACCCATACAAAAAACTCTTTTTTCTTTTTGCCGGGTAATAACAGACAATATAATAGGGGGAGGAGGAGGGCTCGAGAGTGTAGCATTTTTTATTTTGCTTTGTCTACACTTCCTATAATAGCCTGTTAGGTGTTAGAAAGTAATTTTCCCCCTATCTTGTGGACTTACATGTACGGATTATTTTTTCTAAACATCAAAGCGTCTTAATATCTATCTATCAATCTATCTCTATATATTTCACAATTTTCCTCATCTGGCTGACTGTATAGTTGATTTTTACACCAGGCAAGACATACTGGGGCAATATTCTATGGTGAATCTCGAGCTTTTCAATATTGTTGATGAAATTAAGAAAGTTTCAAAGGCTTTTGTTGTACATCCAAAGAATGTTAATGCAGAGAATTCTACAAGTATGCCCCTGCATCCTTTCCAAGTATTTGATTAAGTAAAAGGAAAAATGATAAGTTTCTGTTCCGCTTGAAATTACTTCATAAAGACATTGGGATAACGTTTGGTTGTTTATTATGAACTCCTTCCTTGAGCGAAGGCAATTAGTTTTTAATTTTTTTTCTTTTTTTTTGTGAGTTGGGAGGTAGTTGTTAAGTCTATCAGCAGAGAGGTATTTGGAGCTTGGAAACTTGAGACTTCGTAATAAAGCCCTGTTGGCCAAGTGGTTGTGGCACTTTCCTCATGAGCTTGAAGCTTTATGGAGTAGGATTATCGGTAGTAAGTATGGCCCACATCCCTTTGAATGGTTTTTGAGCGGGGTTAAAGGCACACATCGGAATCTATGGAATTGGAATTTCCTTGGAGCATCTTTCTTTTTCTCCTCTCGTCTATTGCGTGGTGGGTGATGGAAAGGAATCGTATTTCTGAGAAGACTAGTGGGTGGGGGATAGATCCCCATGTTGTAGATTTCCTTGGTTATACTGTTTATATTCTCTTAAAATTCATTTTGTGTCTATTTTTTTCGGTGTGGTCGACAAGCTTTGTTTTGTTTTCCTTTGGGATTTGACGAGCGTTGTCTGTTAGGGAAACTGTTGAGATTGTCCTTGATTGGAGAGGTCTCCTTTGGTAGCAAAAGGAGGGATGTTCGTTTATGGAGTCTTGACCCTTTGGAGGGTTTCTCTTATAAGTCCTTATTATTATTAGACCTGTCTCCCCTTAGTGAGTCTGTCTTTGATTTCTTGTGGAGGATTAGGATTCCAAAGAAAGTCATGTTCTTTGTTTGGCAAGTCTGCTTGGCCATGTGAAAATCTTGGATTGGTTGTCGAGGATGTTGTCTTCGTTAGTGGGTTCTTTTTGTTGTATTCTTTGACAGAAGGCGGAGGAAGACTTGAATCACCTTCTCTTGAGCTGTGAGTTTTCTAGATAAGGTTCGAACTACTTATTTTAGGAGTTTGATTTTGTCTATGCTCGTTAGAGTAGTATTAGATACTTGATCGGGCAGTTCCCTCTCAATCCACCTTTGTTTGGGTAGGGTCACTTGTGGCTCGCTGGAGTGTGCTCTCTTTTATGGGATATTTGGGGGGAGAGAAATAACAAAGTGTTTAGGAGGGTTAAAAAGGAATTGAGTGATCTCTAGTCTTTGTTGAAGTTTCATATTTCTTCATTTAATTTGTTGGAAAATGGTTTCTCAAGCTCAAAATTCTGGAGATCTTGGTCTTGGAGCTTTAAAACATAGAAATCTTGCCCTTATAGCTAAATGGGGGTGGCGTTTTATTCATGATCCAAATTCTTTATGGAGACAAGTGATAGTGAGTATTCATGGTTCTCAAGACTTCCAATGGCACTCACTTGGGAGAAATAATTTGAGTTTTAGAAGCCCTTGGATGAGCATCTCTAGAACATTGAAAAAAAAGTGGAACATTTGGCCGTTTTTATCTCAGGAAATGGTCAACGAATCGACTTTTGGATAGACCTTTGGGCTAATAATTCTTCACTCAAGGTGCTTTTTCCTCATTTATTTGCATTATCTCGCAGTCAAGATGGTTTGGTGTCCTCCTTTTAGGACTTCTCTACCTCTTTCATAGAGTTTCCATTTCGGTGTTCCTTCAAAGATGACGAGATAGTTAATTTCCAGAATTTAATGCACCTTACTTCCAAGTTTATTGTTTCTATTAATGATGATTCTAAAAAATGGTCCATTGAATCCTCTGGAAATTTCTCACTTACATCATTGACAGGGTTTTTGGATTCTTCCTCTCCTATGGATAAGGCTTTAGTTGGTGCATTATGAAGGTCCAAAAGGTCAAAGTGTATTAATATTTTGATTTGGATTATGCTCAATGGTAATCTGAATATGGTGGAATTTTACGGAGAAAATCTGCTTACAAGTGCTTACTTCCTTCCATATGCTTCTTGTGTTACAAGGCAGGGGAATCTCTCAAGCATCTACTTTTTGAGTGTGTTTATGCTTCTTCATGTTGGTTCAAGCCTTTTCATATCTTCTATATTCATTGGGTCTTCTCAAATATTTTTAAGGACAATGTTCTTCAAGTTCTTACTAGAATTTGGTTAGAACTCTACCTTCTCTCATTTTGATTGTTTTGGTTCAGCCTCTTATAAACCGTCATCTTCGTGTTGTTTATCATTCCACTGTTACTTAATTGAAGACATTTCGCATTGTTGGGCTCTTCTATCTTTTCTCATTTTTAAAATGTTTTATTTTGTTCTTGTTCTTAATAGGATTTTGGTGTTCCGCCTTGTTCTATCTTCTCAATTTGTTCTTTTGGTTCTTTTGGCTTTTGTCCTATTCTTCATTAGTCTCTTCTCATTTTCATTTGCTTAATGGAAATCCCGAATCTTTTTCAAAAAAGTGTTAGGTACTTATGTACCTTGGAGAACTACACCCCAAAAGCTAGCTATTGAGGTGGGGAGCCAAGTAACTTAAGTACCATATTGGTCATCCCACTCTAACCAATGTGGGACAAAGCTGGCCCATACTACCTTGGTTCCTAACAATCCCCATCCTCGGAAAGCCGACATTTCGGCGGCTACTCTCACGGTATTCCACTCGACCACACCTGGTCAGAACCCTCCGTCAGTTCCATTCCGGAACATCAACAACCAGCTTTGATGCCATGGTTAGGTACTAAGTACCTTGGAGAACCACACTCCAAAAACTAGCATTGAGGTGGGAGAGCCAAGCCACTTAAGTACCACATTGGTCATCCCATTCTAACCAATGTGGGACAAAGGTAACCCATACTACCTTGGTTCCTAATAAAAAAGTAGAGCTTTGTTCTTACTCTCAAGGCTTTGTAATCCTAGCCTTCTGTTCTCCAACGGAGGAATAATAATATTTTCTCATTGAATAAGATGTATACCTGTTCTCTCACAATTTCCTTTTCAAAGAAACTTTTAAGAAATGCTCTCCAAGGACTGAATCACCTTGAAAGGCATGACATGAGGAAAACGAGAGATTTAATAGTTTGGCTTATAGCAAGTCTCCCTCCTCATAAAATAGAAAAGTTGTTCCACCTGTTTCTGTAATGCTTGAAAAGGTTTTTGTTGTCTAAAATCAGCCTGCTAAATATTGCATATGATCCCTCAACTAGTATTTCAAGAGAAAGGAAAATGGAACAATCATTCATTGATTTGTAAAATTTTGATTTCCACTAATTTTTCTTCCTTTTTGTGAGCCCAGTACTACCAGTTATGTTGTCCTCAAAACTATTGCCTGAGATGGAGGTAGAAGACAATTCAAAACGAGAGCAGTTGCTTCTTGGGATGCAAAACATGCCAGTGTCTACACAGATTGAGAAATTAAAGGTACTAGAAATTCGTTAAATAACTATAGGCCATAGAACTCCTTGAGTTCTAAAGAAATTCATTAAATCACATACTTTCTTATGTATCTGGCATTTAGGTTTACTTTTCTTACAGACTAGAATCGAAATGATTGGAGCAGCCTGTGAAAGTGCTGAAAAAATATTAGCTGAAACTCGGAAAGCATATTGTTTCGGGATGCGTCAAGGGCCAACGATAGCTCCAACTTTAGATAAGGCTCAAGCTGCAAAAATTCAGGAGCAAGAGAATTTACTCCGGGCTGCTGTTAACTTTGGCGAAGGTAATATTTTATTACTTTTATAGTTGTTGATTGATATCTTAGTTTAAATTAGTTGTAGTTCATATATTG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BLAST of CcUC07G142480 vs. NCBI nr
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BLAST of CcUC07G142480 vs. NCBI nr
Match: XP_038906890.1 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038906961.1 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 913.7 bits (2360), Expect = 9.3e-262 Identity = 504/526 (95.82%), Postives = 511/526 (97.15%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. NCBI nr
Match: XP_038907099.1 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X3 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 899.8 bits (2324), Expect = 1.4e-257 Identity = 500/526 (95.06%), Postives = 507/526 (96.39%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. NCBI nr
Match: XP_038907177.1 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X4 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 894.8 bits (2311), Expect = 4.5e-256 Identity = 498/526 (94.68%), Postives = 505/526 (96.01%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. NCBI nr
Match: XP_008465098.1 (PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 885.9 bits (2288), Expect = 2.1e-253 Identity = 488/525 (92.95%), Postives = 501/525 (95.43%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q4V3C1 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=MED8 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 538.9 bits (1387), Expect = 8.2e-152 Identity = 333/547 (60.88%), Postives = 402/547 (73.49%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: B0JZ89 (Protein FAM32A OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=fam32a PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 2.4e-10 Identity = 52/136 (38.24%), Postives = 75/136 (55.15%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CN44 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103502790 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 885.9 bits (2288), Expect = 1.0e-253 Identity = 488/525 (92.95%), Postives = 501/525 (95.43%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CPL4 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103502790 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 881.3 bits (2276), Expect = 2.5e-252 Identity = 488/526 (92.78%), Postives = 501/526 (95.25%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GVL6 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X2 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111457835 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 868.6 bits (2243), Expect = 1.7e-248 Identity = 484/530 (91.32%), Postives = 498/530 (93.96%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IWU9 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X2 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111479910 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 865.1 bits (2234), Expect = 1.8e-247 Identity = 483/532 (90.79%), Postives = 496/532 (93.23%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GV67 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111457835 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 864.0 bits (2231), Expect = 4.1e-247 Identity = 484/531 (91.15%), Postives = 498/531 (93.79%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. TAIR 10
Match: AT2G03070.1 (mediator subunit 8 ) HSP 1 Score: 538.9 bits (1387), Expect = 5.8e-153 Identity = 333/547 (60.88%), Postives = 402/547 (73.49%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. TAIR 10
Match: AT1G16810.1 (unknown protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1754, eukaryotic (InterPro:IPR013865); Has 395 Blast hits to 394 proteins in 162 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 181; Fungi - 91; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 161.0 bits (406), Expect = 3.3e-39 Identity = 90/144 (62.50%), Postives = 115/144 (79.86%), Query Frame = 0
BLAST of CcUC07G142480 vs. TAIR 10
Match: AT1G16810.2 (unknown protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1754, eukaryotic (InterPro:IPR013865); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 161.0 bits (406), Expect = 3.3e-39 Identity = 90/144 (62.50%), Postives = 115/144 (79.86%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (PI 537277) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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