CcUC06G122120 (gene) Watermelon (PI 537277) v1

Overview
NameCcUC06G122120
Typegene
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCicolChr06: 24496418 .. 24500867 (+)
RNA-Seq ExpressionCcUC06G122120
SyntenyCcUC06G122120
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGCAACAAGCTCTCGTTTTGGATGCCTGAAGGGCCTGCTATTTTCAAGTCCCAGATATGGAGTTTCCAAACCGGAAAATTTCCCCATTCAGGTCACTAATTTATTTGATGAGAAGATATTCCTGGATTTTTGTTCTCCTGTTCCCTTTTCCAAAATCATCACCATCTTCTTCTCTCTGGTTATTTATTTAAGTGGTAGCTAATTAGGGCTTGAATATTGCTTTTCTCAGCACTTGTTTGACGTTGGGAGGCAACAACCTGCTTATTTTTCTCTTCACTTCAGATTAACTATCACCACCATCACCCCCATTGTCCGGTTAAGAGGTAAGAACTTTTCTATTGTTATTCTTCCTCTTGATTTAACTAGTAGCATTTATAAAACTGCACTCTTGTGATTTTTGTCCGTTTTGTTACTTGGCCTTGTTCATTGAAGCCAGACAATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCTCTTTAACATGGGCTTATACATGGGTTAATTTTTCTGTGTGGATGTACATTTGATGCTCTTTTAGTTCCTGTGATTGTAGTTGGCTCTTTGTTTAATGCTTCTAAACTTCATTATGATACTTTACGTTTTTAGATGTGGGAAATTTTGTGGCGTTTGCTTAGGGGTTTCCGTTTGACATGAAAATGCTGAAATTCCTAAATCAATTGGTTTCTGAGAGGTTTTAAGAAAATTAATAGCTAAGAAAAGTGTTCCACCTTGTGAAGTTTGGCTTTTTAATTATACCCAACAGCGAAAAGAAGAAATTCTTTAGTTGACAATCATCTGTGGTTTAGCAAATGGGAATATTACAAATATTTTTCATTTGATTAAAGCAACCCAAGGCTGTCCGTTTCTTCTTGAATTTGTTACAAAATTTCCGCATGGTTGAAGATTTAATAATGATCATAATCAAATTTGTTAAAACTCTTAGTGGAAGTGCATGGTTCCAGTGTCAACTTATGTAGAGATGAAATTTATGCAAATAGGCGACAGCCGACTAAAAACATTATACATGGACCAACGAGTCTAAAACTGTGAAGTTCTATTATTTTTTATTTTTGTTTTAAATTGTTTCTGAAAGAAAGAAATTCTCATTGGCTTGCATCCTTTTGACCATTTCTTATTGACGCACTGATTTGTTTTCTAAAGGAAATGGCAAATTTTGAACATTCATGTCTTATATTTTGTTATTTATTCTTATCTTTTCTGAGGTTGTGATTAAAATAAAATCATATGCTACAATATGTCACTTTTTTAGGTGTAGACGTGTTAAAAATAATGTGACAAAATATGAAGTTTTGAACTGTTCATCGTCCCATTCTTTATATCAGCGCATGAGCTGAAATCTGTAAGAAGTGCTTGCCACTAGAGTTAAAACCTCTGGTCCTGAGAATGCTTGTTACTATACGAGATTTAACCACTTGGGCTTACACATGAAATGACACCAGAAATACTTTAAGCTTTTGAGGCCTGCAGCTCTATGGATTCTGAACAGTGATTGAAACATTATTCTCTCTCTTTTTAGGGATTTTTTTTCCTCAGTACTTTTGAATGAAGTATGGCAGGCATTCATTTCTCTTTGTTATCCAGCATTTTTTGCTGTAAGGATAAAGATTTTTGTCATATAAAGATGTGTTGACAGCATTACTTCCAGTGTACTTAAACTTGACTTTTCAGTGCTACACTTGTTTGTTCGTTAATTTCATGATTGTGATATCATTTCGTATATAGAAATTGTTTATTTAAGAAGACTAGCTAATGTAACTTGGAAGATAGTTATTGTCCTGTCTAGCTTTTAAATTCTAATGACAATCAATACGCCACTAACATAGGAAACATTGTATTTTTTAGGTCTTTGACATCATTCGTTTCAACTAGTACAGCGTCATTTTTCTTATGCATTTAAGTTCTTCCACAAAAACATGATTGTACTTATTCATGAGCTTGCTTTGGCACAATGGTCTATTGCTCAAGTTTGATGAACAAAATATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTATATTGAGATCGAGTACATTTTGCGATCATGACTCGAGTAGTAGGATTAGAAGTCGTGCATCATATTTGAAGCTTTCATTTTAAATTTTGGTAGATAACATCATGGAAAGTATTTTTATGCAAGTTTTTTAGTACATTGTCCTCAAAAGACTAAATTTAGGGGGTGTTTGGAGCATTGACTTGGGTTGAGAGCTGAGTTGGGCGTTTAACCTAACTTAGTTTTTAGCCTACCAACTTCACAAATTGGTGTTAAATAACTCAACTTCACAAACTTCAACAATGTTCACAATTGAAGTTTGCACATTTATTGAGGAACTCCATTGCCCGCTCTTCCTCTCTTCTTCTTCTCAATGTTTCCAATGACTCCATTTGTTGGTCACTATTGGTGACCAACTCAAATGAGAATCATCGTCGGCGACATGCTCCAAGCATTGTCTTTGGTTGCCTACTCCAACGGCCACCTCTGGCAATCAACTCCGATGCCCAACTCCATTAACAATCATCGTTGGTGACTAATTTCACCTCCCTTTGACGACATGCTCTGACGATCACCTCTAACAACAAAATGTTGACAACAATCTCCGATGTCCAACTCCGTGCGACTATCACCTCTGATGGCCAACTCTAGTGACCACCCGTAATCAACTTGATGTGCAACTTCGACAACATCCATTGTCAATGACTATTGTCACCTTACTTCAATGACATGTTCTGACTACTACCTCCAACAACCAAACGTTGGCAACCACCTCCGACAATCATGTCCAGAGACCACCTCCAATGTCCAACTCTGCGCGACTACCACCTTCGACGAACAACTTTGACGATCACCTTCGGTGACCAACTTCAACCACCAACTGCATCGATCATCTCCAACAATTAACTTTAACGACCAGCTCAGTCGATCATATACTCAAAAATAAAACAAAAACAAAAAAAGACTTGTCCAGTGAAAGTGTTTTTAATACAAAATTGAAATTGTAAGTCATAGTGTTTAATAGTTGTTTTATATAGTAATTTAATATTAATAAAAACACTTTGAGCTAATAGCCAAACCAAACAAACTTGTGTATAACAACACTTTTAAGAAAAATGTAATCAAACACATTTGTATTTTAAACAATTTTTTTAATAAAAAGTGTTCAAATGCAAATGACGTTTTAAAACACATTTCACTGCTTGTCTAAAAGCTCAACCATAGATGGATAGCACCATATGGTTGCATCTTCTTAGGCTCTCCACTTCTTTATTTGATGGCCAAGGATTCTTCCGACACGGCTAAGTTAGGGCCTGACACTCTGATATGACTTGTTAGGGACAATGAACCTCCATATATCTCCACGATGGTATGATATTATCCACTTTGGCAGAAACCTTTGCAGCTTTACATTTGGTTTCACCAAAAAGGCCTCATACCATTTGGAATAGTTGTCCTCCCTTGTATATATACCTATGATCGGATCTTATCTAGCAAATGTGGGACTTTGACCGCATTCCCAACACTGACACATGTGCATAATAAACACTAACCTACAACTTGTCATAAAATGCCATTATGATGACCTACATTTTCTATTGTGCATATTACATTCATACATTCCATTAATGTGAAAGCCGATTTTAATTCTATTGTTTGTATGAAACTAGAGTATTTTGTCTATCTTAAGTACAATGATTACATGTAAAAAATTGTAAAACATATGTGAAACTTTAAGTTGACATCTCAATTGAATGATGAAAGTTTGGGAAAATATGCGTGCAATTGAGATGTTAAACAAAAAGTTAAGCATAAAAAAATAATCGTTAGAAAATTATACTTTTTTAGATTACAAAAAACTACAGCAAATACCCTTGACTTAATAACTCTACACCTTGTTCATAGGCCTTCTAAACTCAAACTAAACAAATGTACACAACCTAGACATAGACTTCCTAACTCCATAAACATTTTAACTCTAAATTTAAGAACCCAACCCAATGCCCCAAAATAGCCCCTTAGGTGTTTAGATGCATGACCTCTTGATCAATGATTTGAAAGGCTTAAGGCCACCTTGAGACATTTTATCATGGAGAGGTGAGGTGTAAATCTTGGACTGGTATGAGGCGTTAGCCTCATTTTAAATTAACAACATATTTAAAACATACAAAATAAGATCTTATATATACATAAAGACAAATTGTATTGTTGAACTGACTATATGTAAAATTCAATGACTAATATCTCGTTATTTCATTTTTAGTTTTTAGTTTTGAAAATTGTGCTTGTGGCCTCACAATTTCTTTACTATGGTTTTCACATTTCTTATAAAAATATTTGAATTCTTAGCCCAATCCCAATCCCAAAAATAATTTTTTAAGGTTTCATTTGATAATCATTTGGCCTCTGTTTTTGTAATTATTTTGTTTTTAGTTTTTGAAATTTTGTTTATTTTTTCC

mRNA sequence

ATGGCAACAAGCTCTCGTTTTGGATGCCTGAAGGGCCTGCTATTTTCAAGTCCCAGATATGGAGTTTCCAAACCGGAAAATTTCCCCATTCAGCACTTGTTTGACGTTGGGAGGCAACAACCTGCTTATTTTTCTCTTCACTTCAGATTAACTATCACCACCATCACCCCCATTGTCCGGTTAAGAGGTAAGAACTTTTCTATTGTTATTCTTCCTCTTGATTTAACTAGTAGCATTTATAAAACTGCACTCTTGTGATTTTTGTCCGTTTTGTTACTTGGCCTTGTTCATTGAAGCCAGACAATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCTCTTTAACATGGGCTTATACATGGGTTAATTTTTCTGTGTGGATGTACATTTGATGCTCTTTTAGTTCCTGTGATTGTAGTTGGCTCTTTGTTTAATGCTTCTAAACTTCATTATGATACTTTACGTTTTTAGATGTGGGAAATTTTGTGGCGTTTGCTTAGGGGTTTCCGTTTGACATGAAAATGCTGAAATTCCTAAATCAATTGGTTTCTGAGAGGTTTTAAGAAAATTAATAGCTAAGAAAAGTGTTCCACCTTGTGAAGTTTGGCTTTTTAATTATACCCAACAGCGAAAAGAAGAAATTCTTTAGTTGACAATCATCTGTGGTTTAGCAAATGGGAATATTACAAATATTTTTCATTTGATTAAAGCAACCCAAGGCTGTCCGTTTCTTCTTGAATTTGTTACAAAATTTCCGCATGGTTGAAGATTTAATAATGATCATAATCAAATTTGTTAAAACTCTTAGTGGAAGTGCATGGTTCCAGTGTCAACTTATGTAGAGATGAAATTTATGCAAATAGGCGACAGCCGACTAAAAACATTATACATGGACCAACGAGTCTAAAACTGTGAAGTTCTATTATTTTTTATTTTTGTTTTAAATTGTTTCTGAAAGAAAGAAATTCTCATTGGCTTGCATCCTTTTGACCATTTCTTATTGACGCACTGATTTGTTTTCTAAAGGAAATGGCAAATTTTGAACATTCATGTCTTATATTTTGTTATTTATTCTTATCTTTTCTGAGGTTGTGATTAAAATAAAATCATATGCTACAATATGTCACTTTTTTAGGTGTAGACGTGTTAAAAATAATGTGACAAAATATGAAGTTTTGAACTGTTCATCGTCCCATTCTTTATATCAGCGCATGAGCTGAAATCTGTAAGAAGTGCTTGCCACTAGAGTTAAAACCTCTGGTCCTGAGAATGCTTGTTACTATACGAGATTTAACCACTTGGGCTTACACATGAAATGACACCAGAAATACTTTAAGCTTTTGAGGCCTGCAGCTCTATGGATTCTGAACAGTGATTGAAACATTATTCTCTCTCTTTTTAGGGATTTTTTTTCCTCAGTACTTTTGAATGAAGTATGGCAGGCATTCATTTCTCTTTGTTATCCAGCATTTTTTGCTGTAAGGATAAAGATTTTTGTCATATAAAGATGTGTTGACAGCATTACTTCCAGTGTACTTAAACTTGACTTTTCAGTGCTACACTTGTTTGTTCGTTAATTTCATGATTGTGATATCATTTCGTATATAGAAATTGTTTATTTAAGAAGACTAGCTAATGTAACTTGGAAGATAGTTATTGTCCTGTCTAGCTTTTAAATTCTAATGACAATCAATACGCCACTAACATAGGAAACATTGTATTTTTTAGGTCTTTGACATCATTCGTTTCAACTAGTACAGCGTCATTTTTCTTATGCATTTAAGTTCTTCCACAAAAACATGATTGTACTTATTCATGAGCTTGCTTTGGCACAATGGTCTATTGCTCAAGTTTGATGAACAAAATATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTATATTGAGATCGAGTACATTTTGCGATCATGACTCGAGTAGTAGGATTAGAAGTCGTGCATCATATTTGAAGCTTTCATTTTAAATTTTGGTAGATAACATCATGGAAAGTATTTTTATGCAAGTTTTTTAGTACATTGTCCTCAAAAGACTAAATTTAGGGGGTGTTTGGAGCATTGACTTGGGTTGAGAGCTGAGTTGGGCGTTTAACCTAACTTAGTTTTTAGCCTACCAACTTCACAAATTGGTGTTAAATAACTCAACTTCACAAACTTCAACAATGTTCACAATTGAAGTTTGCACATTTATTGAGGAACTCCATTGCCCGCTCTTCCTCTCTTCTTCTTCTCAATGTTTCCAATGACTCCATTTGTTGGTCACTATTGGTGACCAACTCAAATGAGAATCATCGTCGGCGACATGCTCCAAGCATTGTCTTTGGTTGCCTACTCCAACGGCCACCTCTGGCAATCAACTCCGATGCCCAACTCCATTAACAATCATCGTTGGTGACTAATTTCACCTCCCTTTGACGACATGCTCTGACGATCACCTCTAACAACAAAATGTTGACAACAATCTCCGATGTCCAACTCCGTGCGACTATCACCTCTGATGGCCAACTCTAGTGACCACCCGTAATCAACTTGATGTGCAACTTCGACAACATCCATTGTCAATGACTATTGTCACCTTACTTCAATGACATGTTCTGACTACTACCTCCAACAACCAAACGTTGGCAACCACCTCCGACAATCATGTCCAGAGACCACCTCCAATGTCCAACTCTGCGCGACTACCACCTTCGACGAACAACTTTGACGATCACCTTCGGTGACCAACTTCAACCACCAACTGCATCGATCATCTCCAACAATTAACTTTAACGACCAGCTCAGTCGATCATATACTCAAAAATAAAACAAAAACAAAAAAAGACTTGTCCAGTGAAAGTGTTTTTAATACAAAATTGAAATTGTAAGTCATAGTGTTTAATAGTTGTTTTATATAGTAATTTAATATTAATAAAAACACTTTGAGCTAATAGCCAAACCAAACAAACTTGTGTATAACAACACTTTTAAGAAAAATGTAATCAAACACATTTGTATTTTAAACAATTTTTTTAATAAAAAGTGTTCAAATGCAAATGACGTTTTAAAACACATTTCACTGCTTGTCTAAAAGCTCAACCATAGATGGATAGCACCATATGGTTGCATCTTCTTAGGCTCTCCACTTCTTTATTTGATGGCCAAGGATTCTTCCGACACGGCTAAGTTAGGGCCTGACACTCTGATATGACTTGTTAGGGACAATGAACCTCCATATATCTCCACGATGGTATGATATTATCCACTTTGGCAGAAACCTTTGCAGCTTTACATTTGGTTTCACCAAAAAGGCCTCATACCATTTGGAATAGTTGTCCTCCCTTGTATATATACCTATGATCGGATCTTATCTAGCAAATGTGGGACTTTGACCGCATTCCCAACACTGACACATGTGCATAATAAACACTAACCTACAACTTGTCATAAAATGCCATTATGATGACCTACATTTTCTATTGTGCATATTACATTCATACATTCCATTAATGTGAAAGCCGATTTTAATTCTATTGTTTGTATGAAACTAGAGTATTTTGTCTATCTTAAGTACAATGATTACATGTAAAAAATTGTAAAACATATGTGAAACTTTAAGTTGACATCTCAATTGAATGATGAAAGTTTGGGAAAATATGCGTGCAATTGAGATGTTAAACAAAAAGTTAAGCATAAAAAAATAATCGTTAGAAAATTATACTTTTTTAGATTACAAAAAACTACAGCAAATACCCTTGACTTAATAACTCTACACCTTGTTCATAGGCCTTCTAAACTCAAACTAAACAAATGTACACAACCTAGACATAGACTTCCTAACTCCATAAACATTTTAACTCTAAATTTAAGAACCCAACCCAATGCCCCAAAATAGCCCCTTAGGTGTTTAGATGCATGACCTCTTGATCAATGATTTGAAAGGCTTAAGGCCACCTTGAGACATTTTATCATGGAGAGGTGAGGTGTAAATCTTGGACTGGTATGAGGCGTTAGCCTCATTTTAAATTAACAACATATTTAAAACATACAAAATAAGATCTTATATATACATAAAGACAAATTGTATTGTTGAACTGACTATATGTAAAATTCAATGACTAATATCTCGTTATTTCATTTTTAGTTTTTAGTTTTGAAAATTGTGCTTGTGGCCTCACAATTTCTTTACTATGGTTTTCACATTTCTTATAAAAATATTTGAATTCTTAGCCCAATCCCAATCCCAAAAATAATTTTTTAAGGTTTCATTTGATAATCATTTGGCCTCTGTTTTTGTAATTATTTTGTTTTTAGTTTTTGAAATTTTGTTTATTTTTTCC

Coding sequence (CDS)

ATGGCAACAAGCTCTCGTTTTGGATGCCTGAAGGGCCTGCTATTTTCAAGTCCCAGATATGGAGTTTCCAAACCGGAAAATTTCCCCATTCAGCACTTGTTTGACGTTGGGAGGCAACAACCTGCTTATTTTTCTCTTCACTTCAGATTAACTATCACCACCATCACCCCCATTGTCCGGTTAAGAGGTAAGAACTTTTCTATTGTTATTCTTCCTCTTGATTTAACTAGTAGCATTTATAAAACTGCACTCTTGTGA

Protein sequence

MATSSRFGCLKGLLFSSPRYGVSKPENFPIQHLFDVGRQQPAYFSLHFRLTITTITPIVRLRGKNFSIVILPLDLTSSIYKTALL
Homology
[Close]
BLAST of CcUC06G122120 vs. NCBI nr
Match: KAE8653049.1 (hypothetical protein Csa_020128 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 121.3 bits (303), Expect = 4.0e-24
Identity = 62/88 (70.45%), Postives = 67/88 (76.14%), Query Frame = 0 

Query: 1  MATSSRFGCLKGLLFSSPRYGVSKPENFPIQHLFDVGRQQPAYFSLHFRLTITTITPIVR 60
          MAT SRFGCLKGLLFSSPRYGVS PENFPIQHLFDVGRQQ AY SLHFRLTIT  TPIVR
Sbjct: 1  MATISRFGCLKGLLFSSPRYGVSNPENFPIQHLFDVGRQQIAYVSLHFRLTITIATPIVR 60

Query: 61 LRGKNFSIV---ILPLDLTSSIYKTALL 86
           RG N  ++   +  +D     YKT+ L
Sbjct: 61 YRGNNIFLLFFSLFSIDYNLQNYKTSFL 88

[Close]
BLAST of CcUC06G122120 vs. NCBI nr
Match: KAG7035673.1 (AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 107.8 bits (268), Expect = 4.5e-20
Identity = 56/77 (72.73%), Postives = 60/77 (77.92%), Query Frame = 0 

Query: 1  MATSSRFGCLKGLLFSSPRYGVSKPENFPIQHLFDVGRQQPAYFSLHFRLTITTITPIVR 60
          MAT SRFGCLK L FSSPRYG SKPENFPIQHL DVGRQQPAYFSLHFR  I T TP VR
Sbjct: 1  MATISRFGCLKVLPFSSPRYGASKPENFPIQHLLDVGRQQPAYFSLHFRFAIITTTPTVR 60

Query: 61 LRGKNFSIVILPLDLTS 78
          LR  +  I+ L + LT+
Sbjct: 61 LRVIHL-ILFLNMGLTT 76

[Close]
BLAST of CcUC06G122120 vs. NCBI nr
Match: KAG6587833.1 (hypothetical protein SDJN03_16398, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 107.1 bits (266), Expect = 7.8e-20
Identity = 56/80 (70.00%), Postives = 59/80 (73.75%), Query Frame = 0 

Query: 1  MATSSRFGCLKGLLFSSPRYGVSKPENFPIQHLFDVGRQQPAYFSLHFRLTITTITPIVR 60
          MAT SRFGCLK L FSSPRYG SKPENFPIQHL DVGRQQPAYFSLHFR  I T TP VR
Sbjct: 1  MATISRFGCLKVLPFSSPRYGASKPENFPIQHLLDVGRQQPAYFSLHFRFAIITTTPTVR 60

Query: 61 LRGKNFSIVILPLDLTSSIY 81
          LR     ++ L L L   +Y
Sbjct: 61 LR-----VIHLILFLNMGLY 75

[Close]
BLAST of CcUC06G122120 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LW76 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_1G269860 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 115.9 bits (289), Expect = 8.1e-23
Identity = 56/63 (88.89%), Postives = 56/63 (88.89%), Query Frame = 0 

Query: 1   MATSSRFGCLKGLLFSSPRYGVSKPENFPIQHLFDVGRQQPAYFSLHFRLTITTITPIVR 60
           MAT SRFGCLKGLLFSSPRYGVS PENFPIQHLFDVGRQQ AY SLHFRLTIT  TPIVR
Sbjct: 122 MATISRFGCLKGLLFSSPRYGVSNPENFPIQHLFDVGRQQIAYVSLHFRLTITIATPIVR 181

Query: 61  LRG 64
            RG
Sbjct: 182 YRG 184

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CcUC06G122120 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8653049.14.0e-2470.45hypothetical protein Csa_020128 [Cucumis sativus][more]
KAG7035673.14.5e-2072.73AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor [Cucurbita argyrosperma su... [more]
KAG6587833.17.8e-2070.00hypothetical protein SDJN03_16398, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CcUC06G122120 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CcUC06G122120 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0LW768.1e-2388.89Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_1G269860 PE=4 SV=1[more]
BLAST of CcUC06G122120 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CcUC06G122120.1CcUC06G122120.1mRNA