CcUC01G004130 (gene) Watermelon (PI 537277) v1

Overview


Name	CcUC01G004130
Type	gene
Organism	Citrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
Description	Transmembrane protein
Location	CicolChr01: 4272892 .. 4296262 (-)
RNA-Seq Expression	CcUC01G004130
Synteny	CcUC01G004130

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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mRNA sequence

ATGTTTAAAACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAGACTGCAGCTTCAAGATCAGCTAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCGATCGTAATGTCGATGAGGCCGCCGAGAAGCTTGGCACAAACGCCAATTTTAAGGGTGTCCCTAGGGCACTTTCCATATCCAGATGAAGGGCTTGGCTTTGTGGGAGGGCATGGCTTGGGCTTGGACATTAAGGAGCAAACTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAGACTGCAGCTTCAAGATCAGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACTGGGGGCTTGCCGATCGTAAGGTCGACGAGGCCGCCGAGAAGCTGGGCACAGACGCCGATTTTAAGGACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTTCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAAACAGCAGCTTCAAGATCTGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCGATCGTAAGGTCGACGAGGCCGCCGAGAAGCTTGGCACAAACGCCGATTTTAAGGACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGCTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAAACAGCAGCTTCAAGATCTGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCAATGGTAAGGTCGACAAGGCCGCCAAGAAGCTTGGCGCAGATGCCGATTTTAAGGGGAAGGAGATATTGAGTAATGAGTTCAACATGAAACTTTCGTAA

Coding sequence (CDS)

ATGTTTAAAACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAGACTGCAGCTTCAAGATCAGCTAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCGATCGTAATGTCGATGAGGCCGCCGAGAAGCTTGGCACAAACGCCAATTTTAAGGGTGTCCCTAGGGCACTTTCCATATCCAGATGAAGGGCTTGGCTTTGTGGGAGGGCATGGCTTGGGCTTGGACATTAAGGAGCAAACTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAGACTGCAGCTTCAAGATCAGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACTGGGGGCTTGCCGATCGTAAGGTCGACGAGGCCGCCGAGAAGCTGGGCACAGACGCCGATTTTAAGGACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGTTTCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAAACAGCAGCTTCAAGATCTGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCGATCGTAAGGTCGACGAGGCCGCCGAGAAGCTTGGCACAAACGCCGATTTTAAGGACATTAAGGAGCAAGCTGAGGTGGAGAGGGATGTTAAGCTTGCTGCCCAAAACGCTAGCCTTGATGGCAGTGCAAAGGCAAACAGCAGCTTCAAGATCTGCAAGGCCTTCAACCAAGGTGCAGCATGGGGTCACCGGGGGCTTGCCAATGGTAAGGTCGACAAGGCCGCCAAGAAGCTTGGCGCAGATGCCGATTTTAAGGGGAAGGAGATATTGAGTAATGAGTTCAACATGAAACTTTCGTAA

Protein sequence

MFKTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRSLAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGLDIKEQTEVERDVKLVAQNASLDGSAKADCSFKISKAFNQGAAWGHWGLADRKVDEAAEKLGTDADFKDIKEQAEVERDVKLVSQNASLDGSAKANSSFKICKAFNQGAAWGHRGLADRKVDEAAEKLGTNADFKDIKEQAEVERDVKLAAQNASLDGSAKANSSFKICKAFNQGAAWGHRGLANGKVDKAAKKLGADADFKGKEILSNEFNMKLS

Homology

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr
Match: KAF3492506.1 (hypothetical protein DY000_02054766, partial [Brassica cretica])

HSP 1 Score: 105.5 bits (262), Expect = 8.2e-19
Identity = 58/93 (62.37%), Postives = 68/93 (73.12%), Query Frame = 0


Query: 1   MFKTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPP 60
           + +TLR +LR  G   L+P+TLAL AVQRQTAAS SA P  ++QHG+TGGLP V S RP 
Sbjct: 9   LLQTLRRRLREIGRFKLIPRTLALRAVQRQTAASTSASPWMRLQHGLTGGLPRVKSRRPL 68

Query: 61  RSLAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGL 94
            +LAQTP LRVSLGHFP P+ GLG   G G GL
Sbjct: 69  STLAQTPSLRVSLGHFPLPELGLGVGLGVGFGL 101

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr
Match: KAA3475848.1 (transmembrane protein [Gossypium australe])

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 3.8e-16
Identity = 61/105 (58.10%), Postives = 72/105 (68.57%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PKTLAL+AVQRQTAASRS RPS + QHG+TGG P+   +  P +
Sbjct: 17  QTLRSKLRETGMLRLMPKTLALIAVQRQTAASRSTRPSRREQHGITGGEPMT-GLTKPST 76

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPDE--GLGFVGGHGLGLDIKEQTEVERDV 106
           LA TP LR SLGH P  D   GLGF G     L ++ + EV  DV
Sbjct: 77  LAHTPNLRASLGHLPCEDGVLGLGF-GFVACFLRLELKVEVFGDV 119

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr
Match: KAA3475847.1 (transmembrane protein [Gossypium australe])

HSP 1 Score: 94.0 bits (232), Expect = 2.5e-15
Identity = 58/100 (58.00%), Postives = 68/100 (68.00%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PK LAL+AVQR  AASRS RP  + QHG+TGG P V   R   +
Sbjct: 107 QTLRSKLRETGMLRLMPKMLALIAVQRHAAASRSTRPLRREQHGITGGEPTVTLTR-LST 166

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPD-EGLGFVG-GHGLGLDIKEQTE 101
           LA TP LR SLGH P  D  G+G +G G GLGL + E+ E
Sbjct: 167 LAHTPNLRASLGHLPRADGVGVGVLGFGFGLGLGVGEEQE 205

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr
Match: CAG7887306.1 (unnamed protein product, partial [Brassica rapa])

HSP 1 Score: 92.0 bits (227), Expect = 9.4e-15
Identity = 54/93 (58.06%), Postives = 64/93 (68.82%), Query Frame = 0


Query: 1  MFKTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPP 60
          +  TLRSKLR  G L L+P+TLAL AVQRQTAASRS +P  ++QHGVTGG+P V S    
Sbjct: 10 LLHTLRSKLRLMGRLRLMPRTLALRAVQRQTAASRSTKPFMRLQHGVTGGVPRVTSFNKF 69

Query: 61 RSLAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGL 94
          R+L QTP  +VSLG  P     +G VGG GL L
Sbjct: 70 RALTQTPSFKVSLGQVPVV---VGVVGGLGLCL 99

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr
Match: MBA0768798.1 (hypothetical protein [Gossypium trilobum])

HSP 1 Score: 91.7 bits (226), Expect = 1.2e-14
Identity = 56/98 (57.14%), Postives = 70/98 (71.43%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PK LAL+AVQRQ AASRS RP  + QHG+TGG P+V ++    +
Sbjct: 45  QTLRSKLRETGMLRLMPKMLALIAVQRQAAASRSTRPLRREQHGITGGEPMV-TLTMLST 104

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGLDIKEQTE 101
           LA TP LR SLGH P  D G+G   G GLGL+ +E+ +
Sbjct: 105 LAHTPNLRASLGHLPRAD-GVGV--GVGLGLEPEEEQD 138

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KP81 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G161320 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 101.7 bits (252), Expect = 5.7e-18
Identity = 52/83 (62.65%), Postives = 59/83 (71.08%), Query Frame = 0


Query: 88  GHGLGLDIKEQTEVERDVKLVAQNASLDGSAKADCSFKISKAFNQGAAWGHWGLADRKVD 147
           G  L  ++KEQ +VE D  LV QNAS +GSAKAD  FKISK  NQGAAWGHWGLAD +VD
Sbjct: 16  GKILVANVKEQAKVEWDFNLVPQNASFNGSAKADSGFKISKTMNQGAAWGHWGLADGEVD 75

Query: 148 EAAEKLGTDADFKDIKEQAEVER 171
           EAA+KLG D DFK I     + R
Sbjct: 76  EAAKKLGADTDFKGILRTLSIVR 98

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5B6W3Q8 (Transmembrane protein OS=Gossypium australe OX=47621 GN=EPI10_025979 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 1.8e-16
Identity = 61/105 (58.10%), Postives = 72/105 (68.57%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PKTLAL+AVQRQTAASRS RPS + QHG+TGG P+   +  P +
Sbjct: 17  QTLRSKLRETGMLRLMPKTLALIAVQRQTAASRSTRPSRREQHGITGGEPMT-GLTKPST 76

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPDE--GLGFVGGHGLGLDIKEQTEVERDV 106
           LA TP LR SLGH P  D   GLGF G     L ++ + EV  DV
Sbjct: 77  LAHTPNLRASLGHLPCEDGVLGLGF-GFVACFLRLELKVEVFGDV 119

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5B6W432 (Transmembrane protein OS=Gossypium australe OX=47621 GN=EPI10_025978 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 94.0 bits (232), Expect = 1.2e-15
Identity = 58/100 (58.00%), Postives = 68/100 (68.00%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PK LAL+AVQR  AASRS RP  + QHG+TGG P V   R   +
Sbjct: 107 QTLRSKLRETGMLRLMPKMLALIAVQRHAAASRSTRPLRREQHGITGGEPTVTLTR-LST 166

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPD-EGLGFVG-GHGLGLDIKEQTE 101
           LA TP LR SLGH P  D  G+G +G G GLGL + E+ E
Sbjct: 167 LAHTPNLRASLGHLPRADGVGVGVLGFGFGLGLGVGEEQE 205

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A7J9E7L5 (Uncharacterized protein OS=Gossypium trilobum OX=34281 GN=Gotri_017578 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 91.7 bits (226), Expect = 5.9e-15
Identity = 56/98 (57.14%), Postives = 70/98 (71.43%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PK LAL+AVQRQ AASRS RP  + QHG+TGG P+V ++    +
Sbjct: 45  QTLRSKLRETGMLRLMPKMLALIAVQRQAAASRSTRPLRREQHGITGGEPMV-TLTMLST 104

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGLDIKEQTE 101
           LA TP LR SLGH P  D G+G   G GLGL+ +E+ +
Sbjct: 105 LAHTPNLRASLGHLPRAD-GVGV--GVGLGLEPEEEQD 138

[Close]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A7J8UPC6 (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Gossypium klotzschianum OX=34286 GN=Goklo_019375 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 90.9 bits (224), Expect = 1.0e-14
Identity = 65/150 (43.33%), Postives = 85/150 (56.67%), Query Frame = 0


Query: 3   KTLRSKLRWRGMLSLLPKTLALMAVQRQTAASRSARPSTKVQHGVTGGLPIVMSMRPPRS 62
           +TLRSKLR  GML L+PK LAL+AVQRQ AASRS RP  + QHG+TGG P V ++    +
Sbjct: 25  QTLRSKLREIGMLRLMPKMLALIAVQRQAAASRSTRPLRREQHGITGGEPTV-TLTKLST 84

Query: 63  LAQTPILRVSLGHFPYPDEGLGFVGGHGLGLDIKEQTEV------ERDVKLVAQNASLDG 122
           LA TP LR SLGH P  D G+G   G GLGL+ +E+ +       E+   L+ +      
Sbjct: 85  LAHTPNLRASLGHLPRAD-GVGV--GVGLGLEPEEEQDPQLALTREKKRMLMKEEGFYSA 144

Query: 123 SAKADCSFKISKAFNQ-------GAAWGHW 140
           S+KA   F   +  +Q          W +W
Sbjct: 145 SSKASGLFFNVRLIDQIKWRIVGAKCWRYW 170

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAF3492506.1	8.2e-19	62.37	hypothetical protein DY000_02054766, partial [Brassica cretica]	[more]
KAA3475848.1	3.8e-16	58.10	transmembrane protein [Gossypium australe]	[more]
KAA3475847.1	2.5e-15	58.00	transmembrane protein [Gossypium australe]	[more]
CAG7887306.1	9.4e-15	58.06	unnamed protein product, partial [Brassica rapa]	[more]
MBA0768798.1	1.2e-14	57.14	hypothetical protein [Gossypium trilobum]	[more]

BLAST of CcUC01G004130 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0A0KP81	5.7e-18	62.65	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G161320 PE=4 SV=1	[more]
A0A5B6W3Q8	1.8e-16	58.10	Transmembrane protein OS=Gossypium australe OX=47621 GN=EPI10_025979 PE=4 SV=1	[more]
A0A5B6W432	1.2e-15	58.00	Transmembrane protein OS=Gossypium australe OX=47621 GN=EPI10_025978 PE=4 SV=1	[more]
A0A7J9E7L5	5.9e-15	57.14	Uncharacterized protein OS=Gossypium trilobum OX=34281 GN=Gotri_017578 PE=4 SV=1	[more]
A0A7J8UPC6	1.0e-14	43.33	Uncharacterized protein (Fragment) OS=Gossypium klotzschianum OX=34286 GN=Goklo_...	[more]

BLAST of CcUC01G004130 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC01G004130.1	CcUC01G004130.1	mRNA