Carg27558 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg27558
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr12: 6979289 .. 6985430 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg27558
SyntenyCarg27558
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGGCTCACCAGTCAGTTTGCACATCGTTGGGCCACCTTACTTATCGAGCGAGCATACATTGGGACGCTACCTAGGTCGGACACCCGTTAGAACTAGTAACCGTCACGACAGTGCTATGCAAAGCATAACGATCGTTGTCCTGCCATTGGATGTACGCGTTCGTACCCTCGTGATGGAATAGGGGTATCCCCCCCATGCATGAATACACATAATGCATGAGGTCTCCATTACTTCTACCTTATCATTAATGAATATAACCCCGCTATTATCTTTCATGCTTAACGTGTCATTTCTCCTTTTCAGTCTACGTATCATACATAATCCTAACGGGGTTATATTTCAAGCAATTTACTGTATTTCATGTCATACATTTCATGTTGTTTACATTCAAATATTTCGTACAATCATGCCATAATCATTTAGGGACATCATAAACGTCATAAGAACTACATATCACATCATACTAAACAGCATACATTCACGTTCACAAGATTACGTACTTAAGCACGACAGTCTAGCATACAATTTAATGACACGTGCAAATCCACGGGCACGTGCCAACATACAACAGACAACACGTAGCCTAAAATATAAACGTAAGCTCCTAGCTCCTCGTAGACGTCCTACGCTTCTGTCGGTGGTTGGTTCATATTGGATCATTCGACACCTTCGTTAGTATTTCACAAACACAATTAATTTTCAACTTGAATTTGTGAAACATAGCCTTAAAATGATCTATTTTACCTTAAACAGGGTCGAAATCAAGTCCAGGAGGGTCGGAATGGTGCCAAACAGGTCGGAAACAGGTTTCCCGAGCCGAATAAGCTGCTAGAGCTGAGAAGCCGCCGCCGAGCAGATCAAGTCGCTAGAGCCGAGGGGGTGTCGCGCTGCAGACGTGCCACGTGGCACAACCAGAGGGCGACGCGTGTGCAGCGGTCTCGAGTCGAGGCTCGGGTCGTAGGGTTAAGTGCGCGGGCTGTCGGACGGGTCGGATTCTGGACACGAGTTGTGGTTGCGGTGGGTTGGGCTGGACTCTACCGTTGGGCCGCATTTTGTTTCGACGGGCCGAGAGTTTATTCGTTGCGTCGGGCAGGTTTTGGGTCGCGGGTCAGAGGTCGGGTCGAACTTCGTCTTCTGCACTCGATTTCCAGCGAATTTTTCGGCGACGCTCTCTCTCTCTCTTCGATCACGGCATTTCGACGTCCTTTTTTCCTCCTCCTTCCTCTGTTTCTGAGTCTCCTTCTCCCCCTAATTTCGCTTATGGTATTTGTTTAGTTCGTAAAGGCCTAACACTGCCTGATCTGAGAGGGTTCGGAAATTCGACGTTATGTCTCCCTTACCCGACGGTGTACCACGTGTAGGAATCGTCTAAATCTACCCCTGGTGTGTGTAAAAGTCTCTGGGATTATTTTCGTTGCGTAAATCAAAGGTTTCGACATTGATTTTGTAGGGTTTGGCTTCGTCGGAGCTTCGTCGGCTTTTCCCACTATCTTTCCCGTTTTCTCACTATTTTTCTTCCCTGTAGGTGTCTTGGAGGTGGCTGAAGGTTAGGTTTGGTTTCCGTGGTGGCCCCGGCGTCGGGCGCTCTTTGTGGGTCGTGTGCGAACGAAAACTCCAGCGTTTATCGGAGTTTTCAGTCCTGCCAGCGAATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATCTGATCCGTTACAGTTAAGGTTAGGTTACATACCAGAGTGCTACGGATAGGAGAGATTGATGAAAGAATATGGTTAGGATATGGGTAGAAAGGGATAGGTTTGTGATAGATTGATAGAACGATAGCGTTAGGATACGTTCCTGTGATGATATGACTAAGGTACATTCACGTAATGATATGACTGTGATAGGTATAAGAACGTTATGGCTATGATAAGTTAAGGAATGATATAACCACAAAGTGTTTACGATATGACATGTTTATGATACGATATTATTGTGATGTGATATGCTGTTTTTAGATTGTTTTGTGTGATCATTGAGGTAATTGTTGTATGAATTGCACGTTGTGAAACGACATGTTAAAAGCATGGAGCATTATGTTATGTTTTCTAAATTGTATGTTTACAGCATGTTATGAATGACATGATATCACGATAAATGAAATGAAATGAAATGTAACCCTGTTAGGAATATGTATGATACGTTTACTAAAAAATGAGAAATGACATGTTAAGCATGAAAGATGATAGCGGGGTTATATTCATTAATGATAAAAGTAGAAATGTTGGGGACCTCATGCATTATGTGTGCTCATGCATATTGGGGGATTCCCCTATTCCATCACAAGGGTACGGATGCATACATCCAATGGTAGGACAACAATCGTTATGTTTTGCATAGCGATGTCATGACGGTTACTAATTCTAACGGGTGCCCGGCCTAGGGAGTGTTCCAGTGTATGCTCGCCCGACAAGTAAGGTGGCCCAGCAGTGTGCGAACTGACTGGTGAGCCCATACCCGCACGTATGGGCTATGTGTAGAGTATATGGTACATGTCCAAATTACCCGTTATGACAGTACCGTAGGAAAATAGATTGAAAGGATAGGTCTCGTCATTGCAATCGCATGTTCTTGCATTTAACCCCCAATAGTGAGTCAATTACTAAGTATTTCTTTAAATACTCAAGCCATCTGCTACTACATTTTTCAGGTTAAGGCAAGACATTTATGTACGGCTGATGACTGCATCGCAACTCGAGACCATGGCACATGCATAGGATAATGATATTTATTTTCTTAGACTTAGGCTAGAATAAGATGTTTTTAACCTAAATGCTTATTTATTTTATTTAGTCTTTTGTTGTGTCGTTTCTAAAGGTTATGTTTGTGTTTTAAGAAACACGCAAGTCCATGACTGTATTTTAAGATAAAGGTTATGTTTTATGGAATTTAAATGAAGTCTTCCGCATTCAATGTTTATGGTACGTAATCTTAAATTAAGTAGAAAATTTTGGATTGTTACAGTATTATAATTATTATCATACAATTCACATATTATAACATAATATAAGCATATCGATTCATAGATAATTCACACATATCAGTATATATGACACGTGCAGAACCACATACATATGTCAACATTAAATATAACCATGTCGATAGTAAGGTCACTTACGTGGTTAGTTAAGTTGTTGTCACGAATAATCTTAATAAGAGTTTGATTCTGTCCGAAATTCAAGTCAACTGATGTAATCCCATGACATCAGTTTCAAGTTTGAACTTTATAAAATTATTTCTCTAATTTACCTTGGTCTAGTGTCAAAAGTTTAAAAGGTTATATATCTATTGGTCTAGTGTTAAAAGTCTTGAAAGGTTATATATCTATAATTATATTTTTATTAAAAATCTTATTTTTCATGGTTTAAGAAAAAGCAAATAGAGTTCTTTCAAGTTATTCTGCTCTTTGTTGCTCTAGAGTTATTTCTATTCTTTATTGCTCTCTGTATTTACTTTTCTCTCTATATTTAGTTTATAGTTTTTAATTTCTGAATCTTCATTTTTTATACGTATTTAATTTTATTCTCATGTATTCCAAATTTCTAGGGGAACCCTGTTTCCAAATCTTTCCTCAGTGTTTCCTGTTCACAAATTTTCTTGGTCATTTTATTTTTAATTTATTTATTTGGCTATTGCTATAAATTTAATCTAATATTATTAATCTGATGATTGACATTTAGTTTTTGACTCAGCTAAATCATTATAATAATTTAATGAAAATATAATTATAATTGGCTGTTAATGAAGATTTAACTATAATTTGTTGTGATTTCTAAAAAGATAGGATAAAAGAAAATGAATTTAATATATATCTTATTTATCAGATCTATCTTCATTAAATCTCCTGTGAATTTCAATTGTTTGTTTTTCTGTTGGTAAGAGGTTGAAGGGAGATAATTGTGAGAAAGGATGAGAGGTTAGTGGGGGAGAGGTGGGAAAATGTTATTTCTTTTCTTTATTTATTTATTTATTATTATTATTATTATTATTTTAATTTTTTTTTTATAATTATTTTTATTATTATTATTATTATTTCTATTAAAATTGGGTTGGGCTGGGTTACCAGTCCAACCAACCCGAACTTTTGTAAAAAAAAAAATCTCACAACTCAACCCGGCCCTAATTTTTATAATAAAATGAAAACGAGGTGAAAAATGATTAAAAATTTTGGGCACAAAATGATTTTTTTATTTTTTATTATTCAATTAAAAGAAATGTGGTCCCCACCACCAAGGAAACATAACTGATAAGAATCCGGACACGAGGGAATGACGGGCGACGTCCTCAACAAATTTTAATTAATTAATTCGAAAATTCTAATTCCACTTTTTGACGGTTAGAAAAAAAAAATAAATAAATAAAAACTTTCCCCAGAGGAGGGTAATATGGTAATTGAGACCGAAGTGAAATTAAGTGCGTGACACGTGGTTCACATGCAATGCATAGACTTTGTGAAAATTTTGTAACGTTTTTTCTTATCATTGGGAATTGGAAACTTGGAAAATGCCAAACTAAAATCCACTTTCTTCCAATGCCTCGATAACCCAATATATTTTAATCAAATATATTATTTATTAAGATTTTATCAAATTATTAAAAAAAACCAAAAAAAAACAAAAAACAAAATTTTAATTAAAATTTTAAAATATAACTCATGTTCGAAAACAAATAATAAAATAATAAATAAATAAAATTAGAGAACAACTCAAAAGAATAGCTTCCACTGCGTGATTGTTTGTGTTGGCTATCGTTGATTTTGGTGTCGATCGTATTAATTCTTTGTCGAATTACTGCGACTCTTCATAATAATTTTTTCTTATTTTTTTCTAATTTGTTCTTGATTTTGAATGAGTTTGAGTGTGTTAAAAAGTTTCGAATTAGAAATTTTCTTATTGTCGTCATGATTGTCATCGTGCTACTTGTAGGTAACAAAGGGGAGTGTTCACTACCATCAGGTACACACACAATAAAACACGAGACAAGATAAATATGGGTGATTTCACAACTGCTCGTTTGATTCTTGGAGCATGATTGAAGTAGACTATTTTGATCAAGTTCAATTGGACCAACTTGATTCCGTTCAGTTTTCAAGGCTAGTGAACTTCAGAATCCTCGTTTCTAAGCTAGAATTTTAATAATTAAGGCTGATTTAGGATATTTTGTGAGGAACTCTTTCTAAACTATTTTGAACTATTAGATACGTGTGCATATGGTTACTGTATGATGTTTGTGTTTGATATGCATCATGTAAATGTTAATGTGTATGAGACCTCTTGCATGCTTTGAATGACGAGTATTTTGGGTTGAAATCAATTCTCAAGTATATGGGTTAATCGTACCTCCAAGGGCACAATTTGATTGTTCCATGTTATGGTTCCTAGTCATAGGCTAGTTGGCCACGGTTTCAATTTTACAGACCACAAGCTAGTTGGTCATGATTCGAGTTTGAGCACGAGATGATTGATCAATGTTTGCAAGTCAGATAAAAGTACAAGTTAGTTGTTCTATCTCGAACAGGGTCACAAATTGGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAATTTTAATTCTTTCGATTTATTTTATATATTCGTTGGGTGCGCACGTCTAATCCTAACACGGTCATCTTATTCTCAAACAAAATTTTAATACTATATATATATATATAATATTTATTATTTGAAAGTTGCAATATTACTAATTTTTTCGGTTTAAATATTATTATTATTATTATTTTTTATGGAAAAAGTAGTTTTGAAATAATAATTTATAATTTTTTATTTTGTTTTTGTTTTTTAAGGGATAAAGATGAAAGAATATATATATATATATTAATAATAATTATAGGCTTCTAAGGAAGGTAATAATAGTAATTTACGATTTTACCCCTCAGAACAATCCCGTCTCTCGCTTTCTCAGGTAGTCTTTAAACGTCCTTTTGGTGTTGACCTGTGTCTCTATATATACTCAATATTTTAAGGCTTTAAGTTTTACTGATGAAATCATTCCAAATTCTCTGAATCAGACGTTGAAAAAGGAAGGTGTTGAGTTGTTGGGCAGAGAGATTAATCCTCCCCCTTTGTTTCCGGCGGAGGAGGAGGGGCCGGAGATAATCTAG

mRNA sequence

ATGGGCTCACCAGTCAGTTTGCACATCGTTGGGCCACCTTACTTATCGAGCGAGCATACATTGGGACGCTACCTAGGTCGGACACCCGTTAGAACTAGTAACCGTCACGACAGTGCTATGCAAAGCATAACGATCGTTGTCCTGCCATTGGATGGTCGAAATCAAGTCCAGGAGGGTCGGAATGGTGCCAAACAGGTCGGAAACAGGTTTCCCGAGCCGAATAAGCTGCTAGAGCTGAGAAGCCGCCGCCGAGCAGATCAAGTCGCTAGAGCCGAGGGGGTGTCGCGCTGCAGACGTGCCACGTGGCACAACCAGAGGGCGACGCGTGTGCAGCGGTCTCGAGTCGAGGCTCGGGTCGTAGGGTTAAGTGCGCGGGCTGTCGGACGGGTCGGATTCTGGACACGAGTTGTGGTTGCGGTGGGTTGGGCTGGACTCTACCGTTGGGCCGCATTTTGTTTCGACGGGCCGAGAGTTTATTCGTTGCGTCGGGCAGGTTTTGGGTCGCGGGTCAGAGGTCGGGTCGAACTTCGTCTTCTGCACTCGATTTCCAGCGAATTTTTCGGCGACGCTCTCTCTCTCTCTTCGATCACGGCATTTCGACGTCCTTTTTTCCTCCTCCTTCCTCTGTTTCTGAGTCTCCTTCTCCCCCTAATTTCGCTTATGGAATCGTCTAAATCTACCCCTGGTGTGTGTAAAAGTCTCTGGGATTATTTTCGTTGCGTGTCTTGGAGGTGGCTGAAGGTTAGGTTTGGTTTCCGTGGTGGCCCCGGCGTCGGGCGCTCTTTGTGGGTCGTGTGCGAACGAAAACTCCAGCGTTTATCGGAGTTTTCAGTCCTGCCAGCGAATGCTTCTAAGGAAGGTAATAATAGTAATTTACGATTTTACCCCTCAGAACAATCCCGTCTCTCGCTTTCTCAGACGTTGAAAAAGGAAGGTGTTGAGTTGTTGGGCAGAGAGATTAATCCTCCCCCTTTGTTTCCGGCGGAGGAGGAGGGGCCGGAGATAATCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGGCTCACCAGTCAGTTTGCACATCGTTGGGCCACCTTACTTATCGAGCGAGCATACATTGGGACGCTACCTAGGTCGGACACCCGTTAGAACTAGTAACCGTCACGACAGTGCTATGCAAAGCATAACGATCGTTGTCCTGCCATTGGATGGTCGAAATCAAGTCCAGGAGGGTCGGAATGGTGCCAAACAGGTCGGAAACAGGTTTCCCGAGCCGAATAAGCTGCTAGAGCTGAGAAGCCGCCGCCGAGCAGATCAAGTCGCTAGAGCCGAGGGGGTGTCGCGCTGCAGACGTGCCACGTGGCACAACCAGAGGGCGACGCGTGTGCAGCGGTCTCGAGTCGAGGCTCGGGTCGTAGGGTTAAGTGCGCGGGCTGTCGGACGGGTCGGATTCTGGACACGAGTTGTGGTTGCGGTGGGTTGGGCTGGACTCTACCGTTGGGCCGCATTTTGTTTCGACGGGCCGAGAGTTTATTCGTTGCGTCGGGCAGGTTTTGGGTCGCGGGTCAGAGGTCGGGTCGAACTTCGTCTTCTGCACTCGATTTCCAGCGAATTTTTCGGCGACGCTCTCTCTCTCTCTTCGATCACGGCATTTCGACGTCCTTTTTTCCTCCTCCTTCCTCTGTTTCTGAGTCTCCTTCTCCCCCTAATTTCGCTTATGGAATCGTCTAAATCTACCCCTGGTGTGTGTAAAAGTCTCTGGGATTATTTTCGTTGCGTGTCTTGGAGGTGGCTGAAGGTTAGGTTTGGTTTCCGTGGTGGCCCCGGCGTCGGGCGCTCTTTGTGGGTCGTGTGCGAACGAAAACTCCAGCGTTTATCGGAGTTTTCAGTCCTGCCAGCGAATGCTTCTAAGGAAGGTAATAATAGTAATTTACGATTTTACCCCTCAGAACAATCCCGTCTCTCGCTTTCTCAGACGTTGAAAAAGGAAGGTGTTGAGTTGTTGGGCAGAGAGATTAATCCTCCCCCTTTGTTTCCGGCGGAGGAGGAGGGGCCGGAGATAATCTAG

Protein sequence

MGSPVSLHIVGPPYLSSEHTLGRYLGRTPVRTSNRHDSAMQSITIVVLPLDGRNQVQEGRNGAKQVGNRFPEPNKLLELRSRRRADQVARAEGVSRCRRATWHNQRATRVQRSRVEARVVGLSARAVGRVGFWTRVVVAVGWAGLYRWAAFCFDGPRVYSLRRAGFGSRVRGRVELRLLHSISSEFFGDALSLSSITAFRRPFFLLLPLFLSLLLPLISLMESSKSTPGVCKSLWDYFRCVSWRWLKVRFGFRGGPGVGRSLWVVCERKLQRLSEFSVLPANASKEGNNSNLRFYPSEQSRLSLSQTLKKEGVELLGREINPPPLFPAEEEGPEII
Homology
[Close]
BLAST of Carg27558 vs. NCBI nr
Match: KAG7020801.1 (hypothetical protein SDJN02_17489, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 666.8 bits (1719), Expect = 1.0e-187
Identity = 336/336 (100.00%), Postives = 336/336 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MGSPVSLHIVGPPYLSSEHTLGRYLGRTPVRTSNRHDSAMQSITIVVLPLDGRNQVQEGR 60
           MGSPVSLHIVGPPYLSSEHTLGRYLGRTPVRTSNRHDSAMQSITIVVLPLDGRNQVQEGR
Sbjct: 1   MGSPVSLHIVGPPYLSSEHTLGRYLGRTPVRTSNRHDSAMQSITIVVLPLDGRNQVQEGR 60

Query: 61  NGAKQVGNRFPEPNKLLELRSRRRADQVARAEGVSRCRRATWHNQRATRVQRSRVEARVV 120
           NGAKQVGNRFPEPNKLLELRSRRRADQVARAEGVSRCRRATWHNQRATRVQRSRVEARVV
Sbjct: 61  NGAKQVGNRFPEPNKLLELRSRRRADQVARAEGVSRCRRATWHNQRATRVQRSRVEARVV 120

Query: 121 GLSARAVGRVGFWTRVVVAVGWAGLYRWAAFCFDGPRVYSLRRAGFGSRVRGRVELRLLH 180
           GLSARAVGRVGFWTRVVVAVGWAGLYRWAAFCFDGPRVYSLRRAGFGSRVRGRVELRLLH
Sbjct: 121 GLSARAVGRVGFWTRVVVAVGWAGLYRWAAFCFDGPRVYSLRRAGFGSRVRGRVELRLLH 180

Query: 181 SISSEFFGDALSLSSITAFRRPFFLLLPLFLSLLLPLISLMESSKSTPGVCKSLWDYFRC 240
           SISSEFFGDALSLSSITAFRRPFFLLLPLFLSLLLPLISLMESSKSTPGVCKSLWDYFRC
Sbjct: 181 SISSEFFGDALSLSSITAFRRPFFLLLPLFLSLLLPLISLMESSKSTPGVCKSLWDYFRC 240

Query: 241 VSWRWLKVRFGFRGGPGVGRSLWVVCERKLQRLSEFSVLPANASKEGNNSNLRFYPSEQS 300
           VSWRWLKVRFGFRGGPGVGRSLWVVCERKLQRLSEFSVLPANASKEGNNSNLRFYPSEQS
Sbjct: 241 VSWRWLKVRFGFRGGPGVGRSLWVVCERKLQRLSEFSVLPANASKEGNNSNLRFYPSEQS 300

Query: 301 RLSLSQTLKKEGVELLGREINPPPLFPAEEEGPEII 337
           RLSLSQTLKKEGVELLGREINPPPLFPAEEEGPEII
Sbjct: 301 RLSLSQTLKKEGVELLGREINPPPLFPAEEEGPEII 336

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg27558 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7020801.11.0e-187100.00hypothetical protein SDJN02_17489, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Carg27558 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg27558 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg27558 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg27558-RACarg27558-RAmRNA