Carg26285 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg26285
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr01: 5210779 .. 5213477 (+)
RNA-Seq ExpressionCarg26285
SyntenyCarg26285
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
TTTCTCTCTCTTGTTTATCCTTTACTCAAATTTATTTTTGCTTGCTTTCTGAAACTTAGGGTTAGGGTTTTGCATCTGAACTCGCAGAACAATCATGTCAGGAAGATCAAATGGTTGCACTATTTACATAGGTTTGTTCCTTGTTATCTCTCTTCTTCATCTTAATTCCTGTTTTCTCTTTCCTATTTCGTTTAATTTCTTCGTTTTCCTTTCATCAGGATTCTGTTCTTTGCGTTTTAAGCTATGTTTTTACTTCCTTCCTTTCGTGAAGTTCCGTATGTAAATTAGGCCTTTCGGTGGTGGATTTTCCTAAGAATTGTGTTTATTTCCTTCTATTATGTGCTACCAATGGATGTATAGGTCATAATGATATATTCATCGATTCTCTTACAAAGCTCTGCTTTGATTTTCTTTGGTGGTTGAACAGAAAGGATTGGATCGTGTGCTGGATTTCTTCCTCCCCAACTTTTTTGCTCTCTTTTAAATGCGTTTGATTCCTGTTTATAGCATAATTGATTTGATAAAGCTAAAAAGCATACTTGATTTGCTGCTTGTGGGGGGAAGAAGATTGGAAGTTGGCCTTATGTTGTGTTTGTTTCACTTAGATCTCTTAGTTAAATTTCATTTATGCTTAACTGGTTAAATCTCGATTTCACTTTGCCCACCATTTTTTATCTGCTTCTATGTAGATTTTCCTCTTATTTCTCTAATAACTGGATACTCTGCGCATGTATTCTTCCGGGGAAATTTTCTTCACCCCTCTTATCTTCTGATACGGTATCATACATTAAATTTTAAGGATGCAGCCATCCTCTTACGGTTTAGATGCTAGCTACATCTTCCTCTGAGTCTGATTTTGTTACTCTCCGCTTTCTTTAGGTAATTTGGATGAAAGGGTAAGTGATAGGGTTCTGTATGACATTCTAATTCAAGCTGGGCGGGTAGTGGACTTGCACATTCCTCGTGACAAGGAATCCGGCAGGCCCAGGGGTTATGCTTTTGCAGAATATGAAAATGAGGAGATTACCAACTATGCTGTTAAGCTTTTCTCTGGTCTCGTGACTCTACATAATCGTACCCTAAAGTTTGCAGTATGTTATTAATTTTTTCTTTCTCAACGCAAATTCTTCATGTTTTCTTTTATCTTGGTTTTTCTTGATCAAATTTGTTTCCTAACTTATACATGTTTTGTTTTTATATTAAAGTTTCATGTACTAAGTACATATTAATTGGTGAAGTTATCTCTGTAACAATTTAAAATAATCTAAAAATTGTATTCCTTCATATGCCTTATGTGGCATATTGCCTAACTTTTCTAAAGTTTTAGAACCACATCCCAATTATACCTATTTGTTCTAGTTATTTACAAATCATAGTTTGCATTTAGAAACAACCTTGTGTCATCATAAGTAATCAATGGGAAGAACCAAGATAATTCATGGATCAAACGTCATAGTTTATCTCACAGTGATAGACTTAATCTAGTTTAGTTTATATCACCACAAGTTTAAGTGACGAACTAAAACATTCTTGAAAAACCAAAAACAAGTTTGAACATATAATTTCATATATTAAAATGATATCTATTAGTTTTCTATAAAGTTGATGCATAATTTTTGACGTGCAAACAGGTATCTGGGCAAGACAAGCCTTCACCTAGTAGTAGTGCAATCACTTCATCATCAAATATATCTCATAAATCAAGGTTGCAGATTGTTCCAGGTTATTCTAATGAAATATCTTCATATTCCAATCGCTTGTCAAACTCGTGCAGGTTTTCTGCATACCCAGAGAACCATCTAGAAGGTGATTTTCCTGATTTTGCTTTATTTTTGTCTTTGTTTTGTTAGTTTGCTAAGAAGCTGTGTATGCTTTCACGTGCCTTTCCTACATTGGTTCAACGAATCTGTATTTCTTTTATTCAGCGCCTCCTTACCCTGGGTTAGTTAACCAATCTAATGGGTATGGATCAAATTCGGATCACCACAATAACCAATACAGTCAGAGATATTCTGGGACAAATTTGGATAGCTTTAACCATCCTAAATCACGCCGCCATGATACGAGTTATCCAGTATACTATCCTCCTTATGAACTTTTGAACTAAGGCAGCTAGCACATACCATTTTGGTTAATCTTAATGGTGTCCTAAGTCTCAGGATAAGTTGGATCTCTTAGTTGGATGCAGAAGGTTTAGTAGAAAGGACATGGTATTTGCTATGGGCATACTGGTTCAATATATTGTCATTTTGTAGGTGTATGTATTTGTATGATTTAGCTGTGTTGTTATAGTTGATGCTCTAATTAAAGTATTGTAATCTATTTTATTAAATAGTCAGATTTTCTTCAACTCCAGTTTAATGTAATGGGAGTATAAATGATATTTTTCATGGTGACTGCAAGGATAGCCTTTTGTTTTGTGTATATTGAATATTTATTTTTTCTTTGAAGTGTTTTACTTGATCCGATGTGTGAATGTTACTAATGTTTATACATATGGTGGTGGCTTTATCATGTCGCCCTTTTAGAATTGGTTAATTTTAATTAAAGACAATGGGTAAGATTGTCGACCAGACTGGTTTACTTTTCAGTGAAGTGGAAGCTAAACTACTTGTTATCCTTGGCATTTTTGTTTGTGTTTATTATCATTTCTGCCTTTGGGTATGCCAGTACTCTAATACTTGGTAGGTTAAATTGTA

mRNA sequence

TTTCTCTCTCTTGTTTATCCTTTACTCAAATTTATTTTTGCTTGCTTTCTGAAACTTAGGGTTAGGGTTTTGCATCTGAACTCGCAGAACAATCATGTCAGGAAGATCAAATGGTTGCACTATTTACATAGAAAGGATTGGATCGTGTGCTGGATTTCTTCCTCCCCAACTTTTTTGCTCTCTTTTAAATGCGTTTGATTCCTGTTTATAGCATAATTGATTTGATAAAGCTAAAAAGCATACTTGATTTGCTGCTTGTGGGGGGAAGAAGATTGGAAGTTGGCCTTATGTTGTGTTTGTTTCACTTAGATCTCTTAGTTAAATTTCATTTATGCTTAACTGGTTAAATCTCGATTTCACTTTGCCCACCATTTTTTATCTGCTTCTATGTAGATTTTCCTCTTATTTCTCTAATAACTGGATACTCTGCGCATGTATTCTTCCGGGGAAATTTTCTTCACCCCTCTTATCTTCTGATACGGTATCATACATTAAATTTTAAGGATGCAGCCATCCTCTTACGGTTTAGATGCTAGCTACATCTTCCTCTGAGTCTGATTTTGTTACTCTCCGCTTTCTTTAGGTAATTTGGATGAAAGGGTAAGTGATAGGGTTCTGTATGACATTCTAATTCAAGCTGGGCGGGTAGTGGACTTGCACATTCCTCGTGACAAGGAATCCGGCAGGCCCAGGGGTTATGCTTTTGCAGAATATGAAAATGAGGAGATTACCAACTATGCTGTTAAGCTTTTCTCTGGTCTCGTGACTCTACATAATCGTACCCTAAAGTTTGCAGTATCTGGGCAAGACAAGCCTTCACCTAGTAGTAGTGCAATCACTTCATCATCAAATATATCTCATAAATCAAGGTTGCAGATTGTTCCAGGTTATTCTAATGAAATATCTTCATATTCCAATCGCTTGTCAAACTCGTGCAGGTTTTCTGCATACCCAGAGAACCATCTAGAAGCGCCTCCTTACCCTGGGTTAGTTAACCAATCTAATGGGTATGGATCAAATTCGGATCACCACAATAACCAATACAGTCAGAGATATTCTGGGACAAATTTGGATAGCTTTAACCATCCTAAATCACGCCGCCATGATACGAGTTATCCAGTATACTATCCTCCTTATGAACTTTTGAACTAAGGCAGCTAGCACATACCATTTTGGTTAATCTTAATGGTGTCCTAAGTCTCAGGATAAGTTGGATCTCTTAGTTGGATGCAGAAGGTTTAGTAGAAAGGACATGGTATTTGCTATGGGCATACTGGTTCAATATATTGTCATTTTGTAGGTGTATGTATTTGTATGATTTAGCTGTGTTGTTATAGTTGATGCTCTAATTAAAGTATTGTAATCTATTTTATTAAATAGTCAGATTTTCTTCAACTCCAGTTTAATGTAATGGGAGTATAAATGATATTTTTCATGGTGACTGCAAGGATAGCCTTTTGTTTTGTGTATATTGAATATTTATTTTTTCTTTGAAGTGTTTTACTTGATCCGATGTGTGAATGTTACTAATGTTTATACATATGGTGGTGGCTTTATCATGTCGCCCTTTTAGAATTGGTTAATTTTAATTAAAGACAATGGGTAAGATTGTCGACCAGACTGGTTTACTTTTCAGTGAAGTGGAAGCTAAACTACTTGTTATCCTTGGCATTTTTGTTTGTGTTTATTATCATTTCTGCCTTTGGGTATGCCAGTACTCTAATACTTGGTAGGTTAAATTGTA

Coding sequence (CDS)

ATGCTTAACTGGTTAAATCTCGATTTCACTTTGCCCACCATTTTTTATCTGCTTCTATGTAGATTTTCCTCTTATTTCTCTAATAACTGGATACTCTGCGCATGTATTCTTCCGGGGAAATTTTCTTCACCCCTCTTATCTTCTGATACGGTATCATACATTAAATTTTAA

Protein sequence

MLNWLNLDFTLPTIFYLLLCRFSSYFSNNWILCACILPGKFSSPLLSSDTVSYIKF
Homology
[Close]
BLAST of Carg26285 vs. NCBI nr
Match: KAG7037173.1 (hypothetical protein SDJN02_00795 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 118.2 bits (295), Expect = 2.2e-23
Identity = 56/56 (100.00%), Postives = 56/56 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MLNWLNLDFTLPTIFYLLLCRFSSYFSNNWILCACILPGKFSSPLLSSDTVSYIKF 57
          MLNWLNLDFTLPTIFYLLLCRFSSYFSNNWILCACILPGKFSSPLLSSDTVSYIKF
Sbjct: 1  MLNWLNLDFTLPTIFYLLLCRFSSYFSNNWILCACILPGKFSSPLLSSDTVSYIKF 56

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg26285 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7037173.12.2e-23100.00hypothetical protein SDJN02_00795 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma][more]
BLAST of Carg26285 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg26285 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg26285 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg26285-RACarg26285-RAmRNA