Carg23689 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAACAGCAGATAAGACAACAAATTAACAGAAAAATTTACACCATCTTCCTCCCTTGCACTTCTCGAACCTTGTTGGATCGACTAACACATACGAAGCAGATACATTGCAGCCCGATCTCTGTAGATTCAACAGATCGGATTTCGGGGGAGTGTTGTCGCATCAAATGTGCGACACAAGGCGGCATGAACTTATGAGCCTGATGTGAAATGCAGCCAAATCTGTTTCCATTTGGCAGTGTTCTCGGAAACCCTTTGGCGTTCGATGGTGATTTGAGCGAAGGATTCGAGACTTCCAGGTTTCTCTTCTTTGTTCCGTTTTTTCTGCTGCAAGGAGGTGGAATGGACTTGTCCAAGGTTGGGGAGAAGATTTTGAGCTCGGTGAGGTCGGCTAGATCGCTTGGACTTCTTCATACCACTTCGGATCGTCCGGAGGTAACTCATGGCACTATTGGCGTTGTTTTGGATGATTTTAGCTAGCTGTTGTGTAGTTGTATTAGTATAAGTTGATGGTTACTAGTTCTGAGGAGTGCTTTTAAATTCAATTGAAGTATCCTTTAGCTACACAGTATTCTAACTTGACTAATCAATGGCATTGGATTGGTTGCGGGGATAATCAATAGTTTATCTATGAACTTTGATGAATTGGGTTGCAGAGTACGTAGGCTTTTAGACTTAAAATAGGAAGCATAATTGAGATGTGTACTTTTTGGGATTAGAGACAGATAATTTCACGAATCCAGAAGAGCTGGGTACAAAAGGGAGGGTAAGAGATGGGGTACCTCCCTCTCAAACCCCTGGCCGAAGGGGATTGAAAAATACATTCCCAATTTGGAATAATTAGTTTCGAATAGAAGTTATAGAATCACTATGAAAAGCTATTTAAGAGGAAGTAGTTTGTTTTGTAACATTTTTTTTAAAAAAATTGTGAGCCTAAAGAGAACTTCATTTGCTTGATTGAAAAGACGGAAGAGGTGGTGCAGGTCAAGGATTTTAGAGCTATTACCTTGGTGAATGAGACTTGAAATTACTGCAAAATTTGTTGAGGGAAGTACAAAAGACTGGGGGAAAGGACAATGTTTAGAGTATGTTGCTTTCAAAATCCTTTACCGGAGTTTGACAAATTGTGGATTATCTTCGTATTGCAAATGAAGTTTTGGAAGACTGGGGGAAGAAAAAGGCAAAAGGGTGGGGGTTTTGAAACAGATCTTGAGAAAGCAGATAATCTGGTGAGACTTTCTCAAGGTTGTTTGCGCATCAAATGGTTTTGGTAGTTGGTGGATAAGTTCTGTTTACTCTTTTCCTTGGCGGTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTGGTCTACATCATGACATCTTAGGGCCAATAATGTGAGGGTGTACAATTATCATTGAACAAAAAATGATCAGGAAAATACGTGGGGTTATGCCTTGTTTTCCTGATCTTATACCTTCAACGGTGCGTTTTATGTAAAAAGAATGAGGAATCTTGAGAATATACATTCTCTGCTTAAGAAGCGGAAGGCACACTTATGGATGCATTGGATCTATGCGGATGGAGGGTACCAAAGGTTTTCTGGAGACAGAGAATAAGAATACAATGCTTTGTCGGCTCTTACTACTTTTTACTAGCTTGGAGTCGCTTTGATGAGGTGTTCGGTTTTTGTTTTACTAGCTTTCAGAGTTGCAGAGAGATGATTGATGATCTCCTTCTCCATTCACCTTTTTGCGAGAAACGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTAGTTTGGGGTGTGTGCTATTTTGTGGAGTTTTTAAGAGCAAGAGAAATTGTAGAATCGTTAGGGGTCGGGAGAGGCCTTCAGGCGATGTTCGGTCTTTGGTCATATTCTATATTCTCTTTGGGCTTTAGTGTTAAAACCTTTTTGTAATTGCACTCTTAGTCTTATTGTACTTGATTGGAGCCCTTTTGAGCAGGTTAGCTCCTTTTTGTGAGCTTTATTTTTGTATGCCTCACTAAAAAAAAGGTTCTATTTGGAAAAGTGAAATTCTTCTCTTTTCTAAATAAATGTGAGCTTGAAGTATATGAAATCTTGCCACATTAGAAGCTTCAAATGCATACTCGGTTGGCTGATAAGGAAGCTTGGATTTTGAAAGAATGTAGAAAATTTTGGGAAGATGAAAGGTCTTCAAGGCATTGCATTTATGAAGTAGGTAAAGAGTTTGGAGAGCCTTTCATGTAAGAATCTGGTTATTAATTCGCCTTTTCGGTAATAAGAATTTTCTTTCCCATACTATTTGATGAGGTTAGGTTAGAAGCAGTTGTTCAATCAGTCAATGGCAGCATAAAAGTCTTGGCTTCAAATCTATTTTGTTAAATCCTATTTCCTCCCTTGCTTTTGGTGTGTTTCTCATTAAAAGAGAAGCAAATATCTTTTTGCATTTTTGTTTGTCTGAAAGAAATGATTGGCTGGGAGTTCAATCATTTGTTTGTCACCTTATTGACAGGTTCCGGCACGTGCTGTGGCTGCGGCAGCTGTGGCCCGTGCACTTGCAGCATTGCCTCCTCACCAGAGATTTGGTCTCTCATCTAGCTCGGAAGAACTGAGCTCAATATATGGCAGTAGAATTCATGGTCAAGAAGTAGATGAACTAGAGGATGTTTTCTATGAAGAGGTGCTACTTGCTATTGTTACTATCATTTACTTGGATCATTCATTTACAGGCTCGATTCTTGTAATACCGTGTTACATTTTTTAAATCCTAAAGCCTCTTATTAATTCACCTTACATATTTTATATTAAACTATAAATTAGTCCATGAACTTTAAGATATTCCAGAAAATGTCTAATAGGTCCTTGTACTTTCAATTATCTGTCAATAGGGACCTGAACTCAAAATTTGTCAAATGGGACCCTATACGTACAATTTTGTGTTCTTTATCTTTTTTTATGTCCATTGTGACTGAAATTTCATTTTGTGTCAGTAGGTCTGTATCATTTTTAAAAATTCATTGGCCTGTTAAACCCGATATTAAAAAGCTTAGAATGTTATTGGACATAAAATTTAAATTTATATCTAATAGATCAAAATGTCCCATATATAACAGACCTATTAGACACATAGTTGAAAGTTTATGGACACATTAGAACCGAACTTCAAAGTTCAAGGACTAAACTTGTAATTTAAATGTGAAATTCTCTTGTTTTATACATGAATCAAAATTTAAATATATGTTATTCTTTGACTTTCTATCTTTTGCTGCATTCTGATTTGCACTTGGAGCTTTGTAAGATTCTTTTGTCTACTTGTGTCGCTTATATTTTAACGGGCGGTAAAGAGTGTTGAATTAATTCTTAATTCTTAATTCTTAATTCTTACTGCAGGACTTTGATCCAGTTAGGCATATATTAGAGCATGTTCCCTCAGAAGAAAGTGATCTGGAATATTTGGAGAAACAGGTAGTTTTTTAGTTACTCAATATAACCCTACAAGTGTACGTGGTATCTGCCTCATTTCATATAAGCCATATATCATTTGTTCTAATTGAACCTGCAACTAGGTTTCTTCGTTCTAGATATATGAGTAATTCACTAATAAAGCTGTGGTGGTACTGTCACAGCTTAATTTTATGAGGGATTATGATATAAATGCTACTTCAGTACTCCAAAAAATTCAACCACCTAGCTGGTAATTAATTTAGGGTGAGAATGCTTTTCTCTAGACAAAATTTGGTCTTCAAATAAAAATTACGTATAAATCTCCATTTTCCATTATAGATTTATGTAGAAAGCCGTTCATCCATGTCCAACACGCCTTATCATGCATCAAGGGTTGATGGAGAGATTAGTATGAAAATGAGTCTTTTAAGTGCTACAAATGTCCTTCCATGAATTCTGAGTAAAAAGAATCTTTGACACTACCAAGAGCTTATTGTTGCAATAAGGTATCTTGCTCGTATTTTCTCATCTACATTAGTGAAGTACATAAACCTTTTAAAATAGAGAACTAACTACTTCTCTAGAGAATAGGTAATAATAAAAAATATAGAAAAGTTGATAACCTATTTAATGACATTATAAGGCTATTTCTTCAACACTCCCCTAGGGAAATAATATCCTCCATTCTCAGATACTATATCATGAAACATTGTCCGGTGAAGTTCTTTTGTTAGCACATCTTTTTGTTGAAGCCATAAGGGCACAGACCTCATGCATACTATCCCAGCTTCTCCTTAATAATATGTGGATTGATGTCTACCTACTTTGTCCTATCATGTTCGATAGGATTATGAACAATTTGGATTACTGATTTGTTGTCGCAGCACAACTTTATCAGGTCTTCTCTCTTAATCGGTAAGTTATTAAGGATTATCTTCAATCAAAGAGCTTACACAACGTTTGTGCAATAGCTCCAAACTTTGATTCATCAAATGATCAAGCTACCACTTTTTGCTTATGTTACCACATTACCTCTGATAAAAGTACAATACCCCTTGGTAGATCTTCTGTCCACTATTGGTCTAGCATAGTCAACGTTGATGTAAGCTTCCATTACAAGGAAATTATTCCGTTTGAACAAAATTCCTTTTCTTGAAGTCCCTTTCAGGTAATGTAACATCTTATAGGTTGCTTGAAGGTGAGATTCCTGTGGATCATGCATAAATTAGCTAGTTACACTTATTGAGTATGCTATGTCTGGTCAAATGTTAGTTAGATAGATAAGCAAGCCTCCCCACTAGTCTATGATACATCTCTTTGTTCACAGTAGGTTATTCTTTTGACTCTCCCAAGTTTTGATGTGAATCCATTGGCATTGTTGCAAGTTTACATCTGCTTGTCCATATTTCCATCAATAAATCCATTAAATATTTCTTTTATGATATGAAAATGTCTTGAGGTGAGTACGTTACTTCAATGCCGAAAAAGTACTATTGAAGGAATGATCTTAATTGAAGGAATTTTTGTGTAATTCCTGTCCTTAATTTAAGAAATATTTGTGTATTCCCACGTG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BLAST of Carg23689 vs. NCBI nr
Match: KAG7019305.1 (Syndetin [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 1579.7 bits (4089), Expect = 0.0e+00 Identity = 812/812 (100.00%), Postives = 812/812 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. NCBI nr
Match: KAG6583602.1 (Syndetin, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 1488.4 bits (3852), Expect = 0.0e+00 Identity = 787/857 (91.83%), Postives = 790/857 (92.18%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. NCBI nr
Match: XP_022964722.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1486.1 bits (3846), Expect = 0.0e+00 Identity = 786/857 (91.72%), Postives = 789/857 (92.07%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. NCBI nr
Match: XP_022970284.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1446.8 bits (3744), Expect = 0.0e+00 Identity = 772/866 (89.15%), Postives = 781/866 (90.18%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. NCBI nr
Match: XP_023519395.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1431.0 bits (3703), Expect = 0.0e+00 Identity = 765/863 (88.64%), Postives = 773/863 (89.57%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8CI71 (Syndetin OS=Mus musculus OX=10090 GN=Vps50 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 132.5 bits (332), Expect = 2.2e-29 Identity = 156/685 (22.77%), Postives = 292/685 (42.63%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96JG6 (Syndetin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS50 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 129.8 bits (325), Expect = 1.4e-28 Identity = 162/732 (22.13%), Postives = 308/732 (42.08%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F1LSG8 (Syndetin OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Vps50 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 128.6 bits (322), Expect = 3.1e-28 Identity = 154/685 (22.48%), Postives = 293/685 (42.77%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5ZKV9 (Syndetin OS=Gallus gallus OX=9031 GN=VPS50 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 117.9 bits (294), Expect = 5.5e-25 Identity = 155/698 (22.21%), Postives = 289/698 (41.40%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HII5 (syndetin-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111464715 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1486.1 bits (3846), Expect = 0.0e+00 Identity = 786/857 (91.72%), Postives = 789/857 (92.07%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I532 (syndetin-like isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111469296 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1446.8 bits (3744), Expect = 0.0e+00 Identity = 772/866 (89.15%), Postives = 781/866 (90.18%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CG39 (syndetin OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500532 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1312.4 bits (3395), Expect = 0.0e+00 Identity = 705/866 (81.41%), Postives = 743/866 (85.80%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DJ46 (syndetin isoform X2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020518 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1287.3 bits (3330), Expect = 0.0e+00 Identity = 694/865 (80.23%), Postives = 729/865 (84.28%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DF95 (syndetin isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020518 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1287.3 bits (3330), Expect = 0.0e+00 Identity = 694/865 (80.23%), Postives = 729/865 (84.28%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. TAIR 10
Match: AT2G27900.1 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 316 Blast hits to 252 proteins in 92 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 200; Fungi - 2; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 865.9 bits (2236), Expect = 2.5e-251 Identity = 519/895 (57.99%), Postives = 614/895 (68.60%), Query Frame = 0
BLAST of Carg23689 vs. TAIR 10
Match: AT2G27900.2 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 865.9 bits (2236), Expect = 2.5e-251 Identity = 519/895 (57.99%), Postives = 614/895 (68.60%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2
Date Performed: 2021-10-25 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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