Carg18790 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg18790
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr08: 3866480 .. 3872183 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg18790
SyntenyCarg18790
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGCGTGCCCTACGTCCTGCAATGGAGGAAACAGTAAGTTCTGATTGATCTTGAAAGATTTCAAACAAGTTTGGTTTACGTTTCTTTTCTGTTCTTTGTGATGCTTCTCCTACTTTTCTTGTTAAACTTGAATTGAAAAGATAATTATCGAGAGTATAGACAAGGAAGTAGCATTGTTATACCCGATTGAATTGAATTTTGCTGATATCTAGTGAAGATTGTGGGATTCCGGGAAATCGGTGCTTAAGTATTAGCAAGATGGTCTCTGCTCTCTCTTCAAATAGTTCTCTCTTTTCCAAGCTCACTGCTGAAGCCCAAGCAGATTTAACATCTTTCATCTTCCTCCTCCAAATCACTATGGAAGCTTCAATTCTGTCTTTGAGATCTAGGATTTTATGATCTGATGTTAAATCCATGCTGGAAAGAAACTGATCAGGATCAAAGAACTCAACTGTTATACTTCTGTAGATGGAATCCCCTAGGCTTGCCCTTCCATTCTGTAAATCCATGAAAACAAAACTTAGTTTCAGGTGAAGATTCATTTCGAAATCATTACTAAAACATATTCAATTTCGCTTACTTTAGGGAGAGATTCAATGTAATCTTCAGGGATCTCCATTTCTGATATGATTTGAGCATTTATAGCCATGGCTGCCTTCAGGACCTGGTTCACACAATCCTTCTGGTACTGCAGAAACTTTCTTGTCATCTCTGATAAACCATTTGGTGGAACTCTTGCTGTAGGTAGCCACCACTTATCATCTTTTCTCTTGTTATTTCCTTTCTCCGAGTCATCGGCATCTCTCGATACATAATAGAACTCGTTCTGTTCTTTAAAATTATCCAGACAACCCTGTGTTTTGTCGTGGCAAATCCAATATCACATAGGATTCATTCTGACTGAAGCAGAGAAAACAATAAACAATACAGTAAATTGTAGGCATAGTTCTTACAATTAACATGGCATCAAGCTTCCTCAAAGCTGGGATATTCAAGTGCAAGTCGTTTCGTTGCCGGGTCACCATTATCTAAGACAGCCATAAACTTCATTTGTAAGATTGAATGAGAGAGGAAGGAACATTTGAGTCAAGCACCAGGTGTTCATGAATTCCCTTACCTAAGGTTGTGAGAATCATACAAGTCGATTCTAACTACAGATTCGAAATCAAAGGTTTACCTCCATATTGGTTCCATCCTTGGATTTCTGTTGTGAAGGAACAAACTCAACAATGTAGTCTGTGACGGATAAGAGCAAATCGATTTCTTTTCTCCATCTTGTTTTTCTTTCTAATGACATTGGCTCAAGACGCCATTGTTCTCCGAACACAGAAGCTGCAACATTGACAGAATTTTAGATCCCAACAGAGATTTCTCAGTTATCATGTTAGAAAATTCTAAGTACATACCAGCAAGGTTTGTGATTGCATTAGACAATGCCAAGGCTGAGGAAACACCCTTCCCTCCCCCAGACATGTCTTCCCCCAAGAGTAACTTTGCAAACCTCTCTTTCATTTGTTCCATTTCTGAATTGTAACCCGAGATTGGAGGAGAATGTTAATGGCAGAATCAAACAAAATGCATTCCTCCTAGAATGAACAACACCCCATTTTGATACCTTAACTTCACATGGCCCGTTTCGGTCCTCGAACTTTATGTTTGTTCTATTTTAGCCTCCTTAACCCTCAATATGCCTATTTTGAATCCAAAATTTCTAAAAAAAACTAACCATTGTTATCTCTTAATTTTAATAAATCTTTAGTTATTAACTTTAACAAATGAATAATGTGGCTTGAATATGTTCCTTAGCTTTGATTGACATGTACCTTCCCTTCGAGCAAGAGGTCAAAGATTCAAGTCCCTCCAAGTTATGTATAGGTTGATTAAGGTGAGTAGTGATTAAATGAATATTAGATCTTAAAAGAATGGCTAGGAATTGAACCTAAGGCCTTCTTGTCTCTGGGTTCCTTCTCAGTGACAGCATCTTCATCCTTGGTCAACTTCAGCTTCAGAGACTTTTCAGGTCGATTGGTTGGTGTCAGCGGCTTCTCTGCAGAGTTGTTGTGAACCGGCGTCGATCCTTGGCTTCTTGATGTATCCTCGTCGACAAGAGTGTCCAACATGCTGGCACTCTCGATGCTCAAGCTCTTGGCATGTCTGCCAGAATTCTCGTGCGTTCCTTTGAAATGACATAATTTGGATTTGAAACCTTCGTGCTCCTGCTCCATAGCATGAATCATCTTCAGTTTCTTGATGAAACTTTTGACTGAAACCGCAAGGGACAACAAACCGGCAACTGGGTGATCAATTGCTTCTGGGTTTCAGACAGCATAGAGAGAAAAAGAAGGGAATTGAGAGATAAAGGAGGAAGAGAAGCAGGATTTTTAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAAAAATGGTGGTGGGATGGTTTTGTTTTGCTTCTCTTTACCTCCTTTGAACTTAGGAATAAGGAAAAGTTTTTGGTTTTGCTCTCTCTCTCCCTCCCTCCCTTCCCCTTTATTTGGATTTCTTCTTCTCTCTCTATTTCTGAGAAGCAGATCGATGCAACGTGAGGTGCATCTTAAGAGAAGGGTGGTTACAGAAAGAATGAATGAAATATTTTCAACTTGTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTGAAGGCTTCAATTGGATGGTTCTGCTGAAAATCTTGAGGTCAAACTTTGCCAAAAAGAAAAATGGACACACACCCATCCTTCATTCTTAACCATCATCTCTCCCTATAATTGATAACCCATTTTAACTGCAGCAAGAAGACCACTGATTATTCTTTTATTTTCTTTTTCAATTTTTAGTCTCAAAATAGTTCATTGCTATTTTCTTGCCTTTTCTTAGTATGTATTCATGGATGGATATATGATTAAGTAACAAGTATTTCATTAAGTTTTAATAATACATGTATTGTTTATAAAAGTTCAGAATATAGTGATTAAATGGTGTTATTAAATTAAAGTTTATATGGATGAAATTGCTAGAGAATTAAAGTTTTGAAGTAGATCTGTCATTTGTTTTTAAAATTCCTTTCATATAAATGTAAGTGGGAAGGGGGTCATGGAGTTGTTTTCAGAATCAGAGCCTACTTTCATTATTATTTCATTTCCCTTATTTGTTTATTATTGTTCTTGGTGGTTGATTTTGGCAGCTATCTACTTTCTAGGCTTTTTCCATGTCTCTGTCGGTTTATATATGCGTAATAGCCCAATGGGTATTCTTAGCCGATATTGTTTTTTTTTTAGACTTTTTCTCAAGGTTTTGGATCCTATAAATAAAGGTTTCCACACCCTTATATGTAATGTTTCGTTCTCCTCTCCAACCGACATGTGGGATCTCACAATCCACCCCCTTAGAGGTCCAACGTGCATACCTCTCAATATTTGGCTTTGATACTATTTGTAACAGCTTGATATTGTCTAGTTCGAAGCATTTTAAAAATCGTGAGGCTAACGATCCATAAGGAGTTAAAGCGGACCATATTTGCTAATAGTTCATGTTTTTTCTAATTATATTTTGGTGAGTAAATTAGATTGCTGTTTTAAATGACGTTGAATTATACAAAAATTGAATCATTCACATTCATGAGGTTACATAAATGAAATGAATTTAATAGTGTTGACTGAAAGTATAAGTTGGAATACAAAGGGGTTAGGCCTTAGCTATAGCTCTCAGCTAACAAAGCCAATCCTAGTGGGTAAGTGTAAGTTGTGCTACATTTATAATTAAATTATTTATTTCTACTCCTATGGAAAATAAAAATACCTTATTCACTTATATTTAAATATTACGAATTGAATTAGAGCCAGCTCATTGGGTATGCTAATGAGGACATTGGGCCCTCCCATATAAATCATATTAGAGCTAGGTTATTGGGTGTGCTAACGAGGACGATCTCAATAGGTAGATTGTGAGATCTCACATGGATTAGAGAGAGAAATAAAATATTATTTATAAGGGTGTGAAACCCTCTCTCTAATAGACGTGTCTTAGAATCTTGAGGGGAAATTCGAACGTAAATATAAAGACCAAATTAATTTTTTATTATTATTTAAGAAAAAATTGGGAATTTAATTCTTAAATACGAATAAATATTTTGACATCAATTAAATTATTATTATTATTATTATTTTAAAAAGTTAAGGAATTTAATTCTTAAAGTGGCGAATATATTCTATATTTTGACATTTTGTTTCTTCCTTTTTGTCCAAAGGAATAAACGACATTTGAATTTACGTCGAAATGATAGAAAGCTTCAGCAAACGTCATCGTTTCATATTTATCGGATAATCAAAAAATAGGACGTTAAATTTATTTGCAAATTAAAAAAGTAATCCTAAAATGGTATTTTCGAAAAAATGTCTTAAAAGGGTAAATTGGAAATTTAATCTACACGTCCAATTTACAAAGAATGCCTTCATAATAAACTAAATTTATAAAGATAACTCTAAAAAGTGACAAATTGCAGAAATAACCCTAAAGTTGCAATTTGGAAAATTGCTCCATAGTTAATCAAATTGGAAATTAAGTCCACAGAAGCCTTATTAATTTAAAAGCTAGCTCATAAGATGACAAATTGATATTTTGGGGCATAAATACTATTTTTTTTTTTAGATAATTACCAAGTTATTAATTAATAATTAAAAGAAGATTTAGGGATAATTACAAAAACCATCAACCATGGGATGTTTGACAAGTGGAAGACTCTCATTGGTAATTCAAATTAAAAAAGTTCCATGTTCATCTTCTACTCCAATTTATAAACTTTAAGTTACTCCGTTCATATTTGGCATATTTAGAATTAAGAGCTCACATTAGTCTTTCTTAAAAGAGTATGATATCAGCTGCATCACTAATTCGGCCGATTTTGAAAATCAACAAAGAAACCAGGTTAAAGTTAGATTATGAGTATTATTATGTTTTTTTTTTTTTCAATATTCTTCATCTATAGACTATTTCTAAACTCAATTTTGGTCTCGTAGATTCGGAGGAAGAAATTGCGAAGGAGAAGTTACCCTTTGAGCTCTAAGTTGGTAAGGAATTTAAATATGGGCTTTTTTTATGATTTAACAAAGCTTAGGACTTCTAATTTATTATAAAATAATTTAGGGATAAAATAGAAGGAAATAATTAAATCTGGAAAATTGCAGGAAAAATTAGGAAAAAATCTGGGAAAGATACGTTTTTCAGGTTTGAACACGCGCACTCTTCACGGAAAATAAAAAAATAAATAAACGCTTGTCCATCTTCTGGGGTTCGAACTGCCGCGCCGCGCGTTGAAGGAAAAATCCAAAGAAATTAACGTGAAAATCACATCGTCTGGGATTCGAAGCTCCGCTCGTGGGCGACTGGAAATGTTGGCGCGCGCGTTGGGAGCCACGAGTACGAGCGCGCGTATACGCCTCATCTAGCTGCGTGTGGAGTTACATGAGCGCGTGGGTGAGCCATTTTTCTTCCCAATTTGACTTTACTCAATAATTTAACCGGTTCACTTAGTTTTAAACCGGTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGTTGACCCGTTATCTTGTAAGGATGTTTAGGGCATGATCCCTATTCGTGAACTATCTAAAAGGGGTTAGGGCTTTCTTGATATACCGAGTTCTGTTGTCATCCGCACGGAGCTCTAGGAGTTGTAGA

mRNA sequence

ATGGCGTGCCCTACGTCCTGCAATGGAGGAAACAGCATAGTTCTTACAATTAACATGGCATCAAGCTTCCTCAAAGCTGGGATATTCAAGTGCAAGTCGTTTCGTTGCCGGACGCCATTGTTCTCCGAACACAGAAGCTGCAACATTGACAGAATTTTAGATCCCAACAGAGATTTCTCAGTTATCATGTTAGAAAATTCTAAGTACATACCAGCAAGGCTTCAATTGGATGGTTCTGCTGAAAATCTTGAGACTATTTCTAAACTCAATTTTGGTCTCGTAGATTCGGAGGAAGAAATTGCGAAGGAGAAGTTACCCTTTGAGCTCTAAGTTGGAAAAATTAGGAAAAAATCTGGGAAAGATACGTTTTTCAGGTTTGAACACGCGCACTCTTCACGGAAAATAAAAAAATAAATAAACGCTTGTCCATCTTCTGGGGTTCGAACTGCCGCGCCGCGCGTTGAAGGAAAAATCCAAAGAAATTAACGTGAAAATCACATCGTCTGGGATTCGAAGCTCCGCTCGTGGGCGACTGGAAATGTTGGCGCGCGCGTTGGGAGCCACGAGTACGAGCGCGCGTATACGCCTCATCTAGCTGCGTGTGGAGTTACATGAGCGCGTGGGTGAGCCATTTTTCTTCCCAATTTGACTTTACTCAATAATTTAACCGGTTCACTTAGTTTTAAACCGGTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGTTGACCCGTTATCTTGTAAGGATGTTTAGGGCATGATCCCTATTCGTGAACTATCTAAAAGGGGTTAGGGCTTTCTTGATATACCGAGTTCTGTTGTCATCCGCACGGAGCTCTAGGAGTTGTAGA

Coding sequence (CDS)

ATGGCGTGCCCTACGTCCTGCAATGGAGGAAACAGCATAGTTCTTACAATTAACATGGCATCAAGCTTCCTCAAAGCTGGGATATTCAAGTGCAAGTCGTTTCGTTGCCGGACGCCATTGTTCTCCGAACACAGAAGCTGCAACATTGACAGAATTTTAGATCCCAACAGAGATTTCTCAGTTATCATGTTAGAAAATTCTAAGTACATACCAGCAAGGCTTCAATTGGATGGTTCTGCTGAAAATCTTGAGACTATTTCTAAACTCAATTTTGGTCTCGTAGATTCGGAGGAAGAAATTGCGAAGGAGAAGTTACCCTTTGAGCTCTAA

Protein sequence

MACPTSCNGGNSIVLTINMASSFLKAGIFKCKSFRCRTPLFSEHRSCNIDRILDPNRDFSVIMLENSKYIPARLQLDGSAENLETISKLNFGLVDSEEEIAKEKLPFEL
Homology
[Close]
BLAST of Carg18790 vs. NCBI nr
Match: KAG7025806.1 (hypothetical protein SDJN02_12304, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 221.5 bits (563), Expect = 3.6e-54
Identity = 109/109 (100.00%), Postives = 109/109 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MACPTSCNGGNSIVLTINMASSFLKAGIFKCKSFRCRTPLFSEHRSCNIDRILDPNRDFS 60
           MACPTSCNGGNSIVLTINMASSFLKAGIFKCKSFRCRTPLFSEHRSCNIDRILDPNRDFS
Sbjct: 1   MACPTSCNGGNSIVLTINMASSFLKAGIFKCKSFRCRTPLFSEHRSCNIDRILDPNRDFS 60

Query: 61  VIMLENSKYIPARLQLDGSAENLETISKLNFGLVDSEEEIAKEKLPFEL 110
           VIMLENSKYIPARLQLDGSAENLETISKLNFGLVDSEEEIAKEKLPFEL
Sbjct: 61  VIMLENSKYIPARLQLDGSAENLETISKLNFGLVDSEEEIAKEKLPFEL 109

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg18790 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7025806.13.6e-54100.00hypothetical protein SDJN02_12304, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Carg18790 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg18790 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg18790 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg18790-RACarg18790-RAmRNA