Carg13217 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg13217
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr07: 5564261 .. 5575062 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg13217
SyntenyCarg13217
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGGATTCGCCAAAAGACGCATTTCACGAATCTCACCCCTATACCCAGTCAGAATGTGGAAATTGGGAGGTTAAGTGGGAAGCACTTGAAAGGTTTCTACCCTTGGGCTAGAATTGTAATTTCCTTAGGTTGGTTGTAAATGGGTTATCTTTAGTGAAGGAATCAGATCAATATTATTGTTGCATGAAGCTAATAAATTTTCAAGCTAATAAAAGTTTGTAGGTGCCCTCTTTTGGAGATCAATTGAAATGAGGAAAAGAAGATGACCAGATGGTTGCTATTGCTGATTCATTACTGTCTCATAACCTCCTTCAAACGTATGAGCGTGGGTATGTTTCATATTGTCTTTGTTTGCTTTACTATATAATTCTGAATCACTTGATGGTATCATAAAATTTGATTATTGAATAACTGTAACTGAAGTAAAGCTCTTTAGGCAAGTGTCTTAGTTCATTTGAGGTTGGTGCGGTGGGAACTTCAAAAAATTGTTGTATCTTGCAAGTTACAAAAAGGTGTGGCCAAGCCATCAAAGGAACGCATAGGAAAAATCATACTAAGATTTGAATTCTTGCTTAACCTGATGAGTTTATTGCTGGTAGAGAATCTATTGCTTAGGTAGGAAAAGATTTATATCTTTAAATGAACTAGATCTTGTACTAGTCACATGAAATATGAGACCATATGGTAAGGTTTTTTGAGTCTAAGAGAGAAAGAAAGATGTGTAGAATGGTTTGGTCTGAGTTTGTCCCAAGTATGAACATATAGTTGTTGCTAAAGTGTCACAATCATGTTTGTCCAAGATGTGCGACTATGACACTATGCAACACGAATAGTTTTGTCTTGTAAGGTAATCGAAAGTCGAACGTTTCAATAATTTTGCTAAGCAACACAAATAGTTGTCTTGTAAAGTAATCTAGAGTCAACACCTTTCAATAATTTAAGTAGGTCTCTTAACCCGAACATATTGTATAATTAGTAGAGTTAAAAAGAGGAATTTATCTCGAACTCATCTAAATGAGTAAAGTAACACTGAAAACAATCTTTCACATGTTTGTTAAGCTACCCAACCATTAATCAAAGATTAGTCTGTTTTCTACTGGTCCATGAAAGACAAAACAAAGTGAGCTTATAACTATAGATAGTGAAGGAGTAAATGAGCAGTAGAACTTTGATCATAGAAGTCTTAAAAGAAATGAGTTCGAGTCACCCTTTCGTAGGGTCAAATTATCGTCTCTGGAATAATTGTGGTGGTTCAAAGTTAGCCTAAAAATTTATGCATATTAAAATTTTTTTTACCAAAAATATGATCACAAACTAAGCAATTGAGCTGACGAGGTTTGTTAAGTGTTGAGCCCATGGGTTAAATTAGGTTTGTTTACTTCAGAGCTATGTGGTTGAGACTAAAGATGTGATTTACCTTTTATTCCAAGTTACAACTTTGTTAGGCTTTGATCAAATCATCTAAACAGCATACTGTTGTGCTTGAAACCCATCTTTATGTACAAATCATTTACAAATTATTGACATTCATATATGTTTATTGTTGAAATGGAAAATCGTGCAATGGAAATTTAGATGCTTGTTTGGGTTAAATCTAAAAAAATAATTTTAAGTCATATCGACTTTTCGTCTAACAATGCAGCCATTTTTTTATTATAAATATATATATTTGAAACATTCAGAGCTAGATTGTGGTATTTGGGGTATTGTGAAAGTTTTGACCTCATCGACCACTAGACGTGCTCACAATCGTGCTTATTTTCTTGAAAATCAATTTTCAAAAATTGTGTTTTTTAGTTACATCCAGATTAATTATTGCAAATGGCAGAATCATTTGAAATTAAATCAAGGCGTGAATCGAGATTTTTGAGTTCTAATATCGAAGTAGAGAAATTTGATGGAATCAATAATTTTGGTGTTTGGCGAGGCGAAGTTAGCGATTTACTGGTCATGCAAGATCTTGATGCTTCTCTCTAAGAGGAGATGCCTAAAGACATGATAGACGCCGAATGGACGAAATTAAATCAACAAGCTTGTGGAATTATTCGATCTTGTCTTGGCAAGGATTAGAAATATCCATTTATGAAGGTTACTATGGCGAAAGAACTATGGGACAAGCTTGAGGCGAAATATATGAAAAAGAGTGGAAAATAAACTCTATTTGAAGAAGAAACTCTTCCGTTTTGACTACAAGAAAGGTATCTCAATGGCTGAACATTTGGATGATTTTAACAAAATTCACTAATTTGCTCAATCTAGATGATGAAGACAAGGCGTGTTGCTGTTGAATTCTTTGTCGGAATCCTACAAGTTTTTAGTAACCACCCTACTACATGGACTCACTGATCTTGTTTTTGAAGATGTTTCAAATGCCTTCATGAATAATGAGATGCAAAAGAAGGAAAAAGAGGCATATCAAGACTCTAGCACAAATGTGCTCATTGCTCGTGGAAGGACTTCTACTTGGAAAAAGAGCGAACGTGGAAAGTCCCGATCAGAGTCGAGAGGTAGATCTGATAATTGGAGAAAATTTGATAAAAATAAGTGTGCATATTGTCGACAGAAAGGTCATTGGAAGAAAGATTGCCCCATCTTAAAAGAGAAGGGGTCGAAGTCCAATGTGGTTAGAGATGACGAAACTGATACAGATAATGCTTTGACGATCTCTTTATCAGTCAGCCAAACCAGTGAATGGATTCTTGATTCTGGGTGCTCCTATCATATCTGTCCCAACAGAGAGATGTTTTTGGACTTCAAAGAGTTCAATGGTGGAGTTGTCTATATGGGCAATGATAGTACTTGCAAGATGATGGGAATCGGCTCAGTACAAATTAAGATGTTTGATGGGGTTATACGAAAACTCAATGATGTGAGATATGTCCCTGACTTGAAGAAAAATTTGATTTCCCTTGGCGTTTTGGATGCGAGTGGTTATCGCATTATTTTGGAAGGAGAGAATTTGAAAGTAGCTCGTGAAGCTTTGGTGGCAATTAAAGGAACTAGAAGAGGTAGCATATACTACCTCAACGGAACCACAATAATTGGGCATGCTGCTGTGGCAAGTTCGAAAGAACAAGACATATCGAAATTATGGCACATGAAACTTGAGCATGCTGGTGAGAAGGCGCTTCAGACATTAGTGAACCAAGGAGTCCTTAAGGGTGCCACAACTGGTAAAATTGATTTCTGTGAACATTGTATATTTGATAAACAAAAAAAATGTGAAGTTTGGTACAGCTATACACCAAACAAAGAGCATTTTGGATTATGCTCACACTAATGTATGGGGTCCCACGAAGACTACTCGAGGAGAGTTTGGATCCTGTTAGTAATTATGATAAATTGCATGTGTTTGGGTGTCCTGCTTATTATCACGACAGACTCAAAGCTGGATCTTAGAGCAAAAAAAACCAAGTTTATGGGCTTTAGCAAAGGCGTAAAGGGCTATAGGTTATGGTGTCTAGAAACAAGTAAAATTGTTAATAGTCGAGATGTGACATTCGATGAGTCTGGAATGTTTTTGCAGAAATTTGAAAATAATGACGAGGCATTGAAGCAGGTGGTGTTCTCTCCTGATATGGTTGCTCCTACTGAAGAACCTATTGATAAGGTAGATAATAACTCTGATGTCTTAGAACAGGAGGAGCAAAGCCTTGTAAATAAAAGAGTGGAGGAATCTGAGTCCATCGCCAGGAATAGACCACGAAGGGAAATTCGAAAACCTACAAGGTTTGATGATACGATAGCATATGCTTTCCCTTTGATTGATGGAGTTCCCAACAACTACAAAGATTCTATCAAGAGCTTGGATAGATTGCACTGGCAAGAAGCTGTGAATCAGGAGATAGCATCATTGGAGATAGCATCATTGGAGATAAATCAAACTTGGGATTTGGTACAATTTCCAAAAGGTAAGAAGGAAATTGGTTGTAAATAGGTTTTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAAGATTCTTCTAGTATACGTTATAAGGCTCGACTTGTGGCTAAAGGCTATGCACAAAAAGAAGTATTGATTACAATAAAATTTTTTCACTTGTGGTAAAATATTTTTCATTCGAATTTTGTTGGCTTTGGTTGCTCAATTTAATCTTGAGCTTGTACAACTTGATGTAAAAACTGTTTTTTTGCATGGAGATTTGGAAGAAGAAATATATGTGGCGCAACCGGTTGGTTTTCGAGTAGTTAGACAGTAGCATTTGGTATGCAGATTGAAGAAATTTTTGTATGGGCTGAAGCATCTCCTCGCCAATGGTATAAAAAGTTTGATCATTTCATGGTAGAGCATATGTATACTCATAGTCAATTTGATCATTGTGTGCATTATCGGTGTCTTGATGATGAATCGTTTATCTATTTGCTCATATATGTTGATGATATGTTAATTGCTTCAAAGAGATAGGTGGAGATTGATAAGCTCAAATAGAGCGAGATCGGAAAAAAGGTACAGTTTGGTTGACTCAGTCTCAATATCTACGCAAGGTATTGACAAGATTTAGTTTGAATAATTCAACCAAACCTGTTGGTACTCCACTTGCTCCTCATTTCAAACTTAGTGCTTCCATGTGTCCAAGTTCTGACGATGACAAACGGTATATGGAGAATATTCCTTATACAAATGTTGTTGGTATTTTGATGTATGCTATGGTATGTACTCGACCTGATCTTTCACATGCAGTAAGCATAGTGAGTCGTTATATGCATAATCCTGCTAAAGAGCATTGACATGCTGTCAAATGGATTCTTAGGTACATTCTTGGTACTATTGATGTTGGTATTAAGTTCCAAAAACAAGAAATGTTTAATCTTGACAACCTTGTAGTTGGTTATGTGGATTCTGATTATGCTGGTGATTTGGATAAGCGACGATCTACTACGAGTTATTTATTTACTATGGCTGGTGGACCTGTTTGTTGACGTTCAACATTGCAGTTTACTGTTGCATTGTCTACCACTGAAGCA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GGCTTTTATTCTTGGTAGTTATGTCTACTTTGGCCATGAGATGGTAAGGGAAGAAAATGAAAAGCATAATATTTTAGATGTTTTTGAAGTTTTTTTTTTAAAAAAAAATTCCATTAATAAAAATTTTTAAAATTCAAAAATATTTTTTAAACACTCCTTAAAAATTAAAGGATACTTTTGAAATCTTTCTAAAAGTCGTCAAAAGTGTATTTCTTTTCAAAAAAAAAGTATTACCAATTTGTATTTTTTAAAATTTTAAAACTTTTTTAAAAATTTAAAGGTGATTTTAAAACTTTTGAAAGTTTTAAAAATATTTTTTTTTAAGACAAAATGTAAAATTTTAAAATATTTTCTATATTTAACCTTTAATCATATTTAGCCTCAATATCTTTTATTAGCTTATTGACAACTAAGCCTAATAGCCCTATGTTTTTTTTAATTAAATGTGGTTGAAAATATAAAATAATTAAAAATCTTATTCTAAAATTATTGCAGTATTGAATATTGAAATTGTTTTTTTTCAGTGTTAAATTTTTTAAAAAGACAGTTTTAACCTTTAAATATAATTCCTCCTAGACCTATTTCTTCTTCATTCTAAAATAAAACTACAATATCCTTTCATTTTTTTTTTTAATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGCAGATAGCGGTATGGCAGAGAAAATTTTGTCGTATTGTGAGAAAATTTCTGATCCAATCACCTTGCCCCACCCCTCACATGTTTTTTTTTTTTCTAATTATTAATATTTTTTTAGAAAAATAATTAA

mRNA sequence

ATGAGGATTCGCCAAAAGACGCATTTCACGAATCTCACCCCTATACCCAGTCAGAATGTGGAAATTGGGAGGTTAAGTGGGAAGCACTTGAAAGATAGCGGTATGGCAGAGAAAATTTTGTCGTATTGTGAGAAAATTTCTGATCCAATCACCTTGCCCCACCCCTCACATAAAAATAATTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAGGATTCGCCAAAAGACGCATTTCACGAATCTCACCCCTATACCCAGTCAGAATGTGGAAATTGGGAGGTTAAGTGGGAAGCACTTGAAAGATAGCGGTATGGCAGAGAAAATTTTGTCGTATTGTGAGAAAATTTCTGATCCAATCACCTTGCCCCACCCCTCACATAAAAATAATTAA

Protein sequence

MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLKDSGMAEKILSYCEKISDPITLPHPSHKNN
Homology
[Close]
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match: KAG7027337.1 (hypothetical protein SDJN02_11349, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 128.6 bits (322), Expect = 1.8e-26
Identity = 60/60 (100.00%), Postives = 60/60 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLKDSGMAEKILSYCEKISDPITLPHPSHKNN 60
          MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLKDSGMAEKILSYCEKISDPITLPHPSHKNN
Sbjct: 1  MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLKDSGMAEKILSYCEKISDPITLPHPSHKNN 60

[Close]
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match: KAG6595328.1 (Ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 6.3e-08
Identity = 31/31 (100.00%), Postives = 31/31 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLK 32
           MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLK
Sbjct: 773 MRIRQKTHFTNLTPIPSQNVEIGRLSGKHLK 803

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7027337.11.8e-26100.00hypothetical protein SDJN02_11349, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
KAG6595328.16.3e-08100.00Ribonuclease II, chloroplastic/mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma su... [more]
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg13217 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg13217-RACarg13217-RAmRNA