Carg09362 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg09362
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr05: 1641615 .. 1644928 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg09362
SyntenyCarg09362
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GTAATCGTCCCTGGGACTTGGAATTTGACAGAAGAGAGTGAGCACCCAGAGGCACTTGGTATAAAGTGTATACTAATGCTTTTGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGATTCGATAGATGGATCGGGCTCCGTAATTTTTTGCCATCGGTTTGCCGTTTTAGTTTCACATTCTTTTTTGGACTTGGAATTGTATGTGTCTTTCATCCAGTGAATCGGATTTGCAGTTTTTTAGAGCGTGCCTTTTCATGTTGCTCACTGACCGGAGTTCTCGGCGCGACCATGAAAATACCGTACAACGGGACCTCTCTCAATGTAGATATAGGTTGGTCCTCTCCCTATTGGTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTATTCTTTTCCCTCTCGAGCAATAGTTTATGTTTCTCTTGTTATATTTTTTTGGCATTTGTATTATGGCCTCTTTATCATTTGATGCACTAGTTTCTTAATATGCGCATGCTTTGATTTGAATTCATGTCATCGGTTTCTGTTTTCTCCAAAAAATTTCCTAACAACGATGGGAAGTTCACACTAGATAGCTTCTGTAGGTCATTTGAAAAAACCCTATGTTACCTAGAAATTGAACGACGTTGTTATTAGTCTACCAATGGATTGTTCATAAGGCGGAGAAGGAGAACTTCTAATCTAATTTCCGGTCGTGTATTTTTTGTTTTCCTGTGATTCAAATCTGATTCTCGGTTTTCCTTTCACTGCTGTTATGGCTATTACGATCTCTCAATATATTAATTGATTGGAGAACTTGCTTTATCTATAATGTCATAATTTGCAAGATTACCAAACAATTTGCACTTAACTTCCTTGCTCTTTAGTATTTGTAGGAAATCCTATTCGTTTATGCAACTTGTGTGGTGTATTTTACTCTTTTTCAATTGAATTTTAGACCTCTGCTCGCCGTACTGCTAGAGATTGCTTCGATAGAATTAATTGCCCCATCACACTATACTTTTTCGATTTTACTTCCTCGAATATCTGATATCACCGTGTACCACTCCCCTTCCCATGTATTAGTAATTGTAAGAATTTACTTGCTAGGTTGCATGTTTTTCTACTTGCATCTTGTAGGGTTAAGATTAAAATTTTAAGAAGCAAAATGTCAATTGATTGTTCTTGAATCTTTTTCTAATGAAGTTGCGTATCCTCGTACAGGTGTGAGGATAATATAAAGACGTATGTGTTTAATTGAGCAGCTGTTCGCTTTAACAGGCTTCATTCTCTTTTTGCGAGTTAATGCTCGGGAATTTCGGGAATTTCCTTATTATCCGATGTTTACTGGGCATATGGAGGTGACGTTTTTGCGCAATAATGTTCATTTCCGTTTTTGCGCAATAATTATTGATAGGACGTTGGAGAAAATGCTACATTATAGGGGTCATAATTTTCACGCCGATCAGCGGAATTTAATGTGCTACACTTAGGTATCACAGTCTTGATTTCTTTTACCTTGCATTTGTAACTGCCGCTTCTGCTGCTGATGCTGTGAAGAATATTTCGAATTTATTGCAATGTTTTAAAGCTAGGATTATTATAAATATATGATTTCGAATAAAGCTAATCAGTACGTGCCTTTCTATTTGATCTTAAATGCAATTGTGCTTTTCAAATCTTTTCTAACCAGACCTATGTTTCCCTCCTAAGTAGTATATTAATAATTTTATGGAATTCTTCGAAATTAGTCAAGTTTCTCTCTAATTCAAGTTTATGGAGGAGAGTATCATTATTTTAATAACCAATAAGTGAAATATTTATTTTCAACCTGGGTTAGTGATAAGGGGAATCCTTTCACCTTGCTTTTTGAAGTTGATGGAAATTAATTGTGTTGATTTTTAAATAATTTTAATTTCTTTATTTTGAAATGTTCCTTCGTTATCTATGAGTGATATCTTATTTGTTTTCCATACAAAGAGTATCATTCTGTGTGTACTATAGTTTTACATTTTAGAGATTTGCCTTGTAGTTTTGTCATTCCGTGTGTGTGTAGTGTAGATATCGTTTGTACAAATATTGTGTTGTGTGCCAGCTTACACATTCTTGCATTATGCGTGCATACAAGGGTATGATATCAATTATAGGAGTCGCTTGTTAAACTTGGAACTTCTATACTAGTTTTTATTTAGTTCATGGTTACATTTTTTGTTCCTTGAATAACTACTTTTGACATTCATGCCCAGTTCATCAATTTGTGAGAACCTATCTTCTGACAATTGTTTGCCATTGTAGAGTCGAACCATGCCCATCTTTGTTCCTTTTGCATATTCAGAGTTGCACATGTTTTGACACGAAAGTAGCAATGCATGATGACACTTTTTTTTCACACTTCACACTTCACACTACCCGTCTTGATACTGTAAGGCCCTTCCATGCATTCTAAACTTTTTCCGAATGATTTAATGTTGAATAGCTATATAATATGATGTCTCCCCCCTTTGCTTTCAGCCAAAATTCTCATCTTTCTGAGGTTTAATGCCCTTCTAATTTGCTATTACGGTGGACTTGAAGATGATGGAATTGGAAACTTGAGATAAGTGGAAGGAAGACCTTGAGCAGCTTAACAGGAAGAGGGCTGTATAGCCAAAACGCAGGGTGGACCTTGAGCAGTTTTGTTGGAAATGTTCTAATTTTTTATGAATGTTTTTCTTTATTGTGGTCGGTACCAAAGATGACTGTATAGAATGTTCGATGACAATCTACTTCCTGGGTTGCTGGGTCTGTTTTGAACGCACGGCCCAGTGGATTTAGAGCTTGCTGGGTCTGTTTTTTAATGGATGGGCAGGACGAAACTTAGCCGGTTGGGTTCCCTTTTGGCGATCAGATCTCTTCAATATCTTATGGGAATTCCAAGAAAGTCTACGGTCTGTAGTAGACGCGCACAAGAAGACTAAATTCAAGTTCGTTGTATATGGACATCATTTATGGGAATGTTCAAACTTTCCATATTATTTCTACAAAATAAACATGGAATTTTGGATATCCTAACCCTGGAAGTTTAAGAATGAGTGCAGTTGTGAACCCAGTCAACATTCAACCATCCCTATTACATTATTTCAGGAATATCGGTCAACAATTATTACTTGTACAAATCTGTTGGTGATTTTTGATTATAATTCAAGTACAATTAATTTCTTAGTCTTTATTTTGTTTGTTCCAGTTTTGGGGATAATCGAGACATTGTTATGACATGCCCAGCTTCGTTCATGGTAATGACATCATCCTCTTTTTTGAACGACTCATTGGGTCTTTTTCTTGGTCTTTTTTTTTCCTTGTAGTTTGTTCTTCC

mRNA sequence

GTAATCGTCCCTGGGACTTGGAATTTGACAGAAGAGAGTGAGCACCCAGAGGCACTTGTGAATCGGATTTGCAGTTTTTTAGAGCGTGCCTTTTCATGTTGCTCACTGACCGGAGTTCTCGGCGCGACCATGAAAATACCGTACAACGGGACCTCTCTCAATGTAGATATAGCCAAAATTCTCATCTTTCTGAGGTTTAATGCCCTTCTAATTTGCTATTACGGTGGACTTGAAGATGATGGAATTGGAAACTTGAGATAAGTGGAAGGAAGACCTTGAGCAGCTTAACAGGAAGAGGGCTGTATAGCCAAAACGCAGGGTGGACCTTGAGCAGTTTTGTTGGAAATGTTCTAATTTTTTATGAATGTTTTTCTTTATTGTGGTCGGTACCAAAGATGACTGTATAGAATGTTCGATGACAATCTACTTCCTGGGTTGCTGGGTCTGTTTTGAACGCACGGCCCAGTGGATTTAGAGCTTGCTGGGTCTGTTTTTTAATGGATGGGCAGGACGAAACTTAGCCGGTTGGGTTCCCTTTTGGCGATCAGATCTCTTCAATATCTTATGGGAATTCCAAGAAAGTCTACGGTCTGTAGTAGACGCGCACAAGAAGACTAAATTCAAGTTCGTTGTATATGGACATCATTTATGGGAATGTTCAAACTTTCCATATTATTTCTACAAAATAAACATGGAATTTTGGATATCCTAACCCTGGAAGTTTAAGAATGAGTGCAGTTGTGAACCCAGTCAACATTCAACCATCCCTATTACATTATTTCAGGAATATCGGTCAACAATTATTACTTGTACAAATCTGTTGGTGATTTTTGATTATAATTCAAGTACAATTAATTTCTTAGTCTTTATTTTGTTTGTTCCAGTTTTGGGGATAATCGAGACATTGTTATGACATGCCCAGCTTCGTTCATGGTAATGACATCATCCTCTTTTTTGAACGACTCATTGGGTCTTTTTCTTGGTCTTTTTTTTTCCTTGTAGTTTGTTCTTCC

Coding sequence (CDS)

GTAATCGTCCCTGGGACTTGGAATTTGACAGAAGAGAGTGAGCACCCAGAGGCACTTGTGAATCGGATTTGCAGTTTTTTAGAGCGTGCCTTTTCATGTTGCTCACTGACCGGAGTTCTCGGCGCGACCATGAAAATACCGTACAACGGGACCTCTCTCAATGTAGATATAGCCAAAATTCTCATCTTTCTGAGGTTTAATGCCCTTCTAATTTGCTATTACGGTGGACTTGAAGATGATGGAATTGGAAACTTGAGATAA

Protein sequence

VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKIPYNGTSLNVDIAKILIFLRFNALLICYYGGLEDDGIGNLR
Homology
[Close]
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match: KAG7029480.1 (hypothetical protein SDJN02_07819, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 181.4 bits (459), Expect = 3.3e-42
Identity = 86/86 (100.00%), Postives = 86/86 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKIPYNGTSLNVDIAKI 60
          VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKIPYNGTSLNVDIAKI
Sbjct: 1  VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKIPYNGTSLNVDIAKI 60

Query: 61 LIFLRFNALLICYYGGLEDDGIGNLR 87
          LIFLRFNALLICYYGGLEDDGIGNLR
Sbjct: 61 LIFLRFNALLICYYGGLEDDGIGNLR 86

[Close]
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match: KAG6598547.1 (hypothetical protein SDJN03_08325, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 121.7 bits (304), Expect = 3.1e-24
Identity = 57/62 (91.94%), Postives = 59/62 (95.16%), Query Frame = 0 

Query: 1  VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKIPYNGTSLNVDIAKI 60
          VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMK+PYNGTSLNVDI   
Sbjct: 19 VIVPGTWNLTEESEHPEALVNRICSFLERAFSCCSLTGVLGATMKLPYNGTSLNVDIGVR 78

Query: 61 LI 63
          +I
Sbjct: 79 II 80

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7029480.13.3e-42100.00hypothetical protein SDJN02_07819, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
KAG6598547.13.1e-2491.94hypothetical protein SDJN03_08325, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg09362 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg09362-RACarg09362-RAmRNA