CaUC04G076680 (gene) Watermelon (USVL246-FR2) v1

Overview
NameCaUC04G076680
Typegene
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCiama_Chr04: 25998797 .. 26013375 (+)
RNA-Seq ExpressionCaUC04G076680
SyntenyCaUC04G076680
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATGTTAGCAATCGCATACCATAATGTTAGCAATCACGCACATTTTTTGCATGTAGAATAATTTTGTTTTTGTCAATTTTTTGTTGATACAACTCAGTTTAACTAAATGACCACTTGTTTTTATATGTTTTTCTGTGTTCTTTCCAATTATGCTTATAAATTGAGCAAAATGTTGAAGCATCTTCAATTTCAAATGACATTGAATTTTCGTGCTTTGGTTGTTGAAAAGAGAGAGCAAAAGAGACGTACGAGTATTTAATATTGAGGGTAAATTAGGTATTTCACATATGCAAAAAAGTTTTTAGAAAGAGGTCAATCATATAAAAAATTTTGATTTTTGGGTCATTTTGAACGATTTTTCTTCGAAGAAGGGTAGTCTCTTATGCCTTTACAATCAAATGAATACTTTTTATTTTCCGAGAAAAAAATGCAATAGTATGGCCAATTTATGTAAAACTTTGAAGGGTTGACTCACAAGACAAAAACACATCTAATCTCAACTATTACTTATAACAGAAAACAATAGAATGTATTAAAATTATTGCAAATCATATTGCAGTGTTTATGGGGACAGCTAGAAAGCTAAGGAGAGGACCGTTGTGTTCCTTTCTCTATATTTCCATGGATTATAAAGAAGAAAAAGTCATTTGAGATACAAACACCTGAAAGGGAAAGAAAAAAGAAATGCAAGGAAGAAGAGTAGGATATATGTCCTATTGTTAGCTATGTGCATCCAAGAACAATTCAAGCAGGTGCAATGGAAACCTTATCAATCTCAACTACATACTCTAAAGTTGCAAATGGAGGAATTTGAACCCCATTACCTAAATCAGCACCCTTCTCTCCAAACCCCAAACTAGAAGGAATTATAACTCTCCTCCTACCACCTGATTTCATGGATCTCAACACATATTCCAAACCTTCACACATTCCTTTGCTGTAAGGTCTTGAGCCCATCACCAGAGCCAGTGGCTTACTTTCCTTTTCAAATGTATTTACAAATACTTCATCACTGCCTTGTACTTTTCCCTTGAGATCAATCACAACCAAGTCCCCGGTTCTTGGTGTGGCACCGCCGCCAACGCGCAGCTCGAAATACCTGTTTTGCATCATCAAAATCTCTCAGATCTTGTAGAATTTGAACATCCGCATACTGAGAAAAAGGCTAAGTTAATGTGTTAGATATGCACCTTATGCCATTGGGTAGCACTACTTCCTCTTCCTTTTCAACGTTTCTGCAGGATCCAATGCTTGGTTATGGAAGAATCTTGTTAATGGTAAAACAAATCATAATTTTGAAAAATGGGTTCATGTTCTACTGTTCTTAATTTAAATAATAAAAGTCATTCTGATGTTCAACAATTTATGTTGGGAATATAACAAACACCTAGGCGGCATTCTGTTATCCACAACAGTTCACTAGAGGAGGTCACTGGCTTCTGATGCTAAGGAAATTACGCGCTCAGAACAAGAAAAGCATGGAAATCATTGAAAAGGGAAATGGATTGAGGACCTTGTATTTGCTTCTTCTTGAGAGACTTCGAGGCGAGTTTTGATCTGTTCGGAGACTACACCAACGGCGAGAAAAGCAGCCCACGCAAGGCCAGCGCCGAGCCCGAATCGCCTTGTTAAAGTTGAAGCAATCCAATCCGTAGAGTCTACATTGGTGGTAGGCCTCTGTTGCTCCACCTTTGATGGGGCTGGTTTTAGTTGCTCCGACGAAGAATTGCTCAGAGATGGAGATGGGGAGGGAGTTTGCGGCGGTTGGGAAGGTGGGGTTGAAGGTGAAGGGGTTTGTGAGGAAGCTAAGTGATAAGTTCTGGTAAGTGAGTGGGAGAGAAATGCAGTTGATCCGAAAAGAGAAGCCATGATCACAACTACAAGAAGATAGATAGAAAGAATCTGCAGCAGCCAACAAGAACTTACAATAATAATTATAATTGAAAAACTAAGAAGAATTGGATGATTGTCCTTGTCCCTACCTTATCCCTTTTTGTGATATTTAAATGGTGGCTTCTCATCCCTTTTCTAATTTTTTTATTTATTACAAAAAAGAAAACACAACCAAAGTTCTTGCTAAGTATCGTGGACACCTAATAAGAGAGTGAGCAGCTAAATTACATGAACGATTAAAATTAACAAAAGTAATCACACCTACATGATGAGTGATCACTAAAGAAGCATCCACGATGTTCTTTGTTTTAAACATGTTTGACATCCAGCTTTTTGAGAGCACAAATAATATACGTTAAATAAGATTCTACAATTAGGAGTTCAAACAGCTCCTCTCTAAGTTGGAGAAGAGAAGGTAGTCTTGATGTGATAGTCTCGCCCTCCAAAGCCTTAATGGGCCACCCATGCACCACTTGCTTGAACCAGTATAAATCAAAAATCTCCGAGAGTCACGAACAACCCACCTAAGTCTACCAAAGTTTTTATCACAACTCCAAGAAGCATCAACATTGAGTTTCCAAAATCCATTCGAGGGAGGGTTCAATTACAACTCACACGACTCTTAAACCTCATATGAGCAAGAAATTGACTACCACCAACTGTGTTTAGGGTTTTGGGCTTGGAGCCAATAATCAAATTTTACCCTTAAAATTTTTTTTTTCCCTTCTCTCCCTTTCTTATTGACTTCAAATAATCTAAACAAAACAAATTTGTAATTTATGAAGTTTTAGTTTGAATAATTTAAATTTGTATAATTTGAGCGTGTGTAGCTTATATTAGAATGTAACGTTGAAACGAGTTTCTTAAGCATAATGTATATATAATGAATTTACACTGTTATCAAGCTTGACAAATTAGTACAACAAATGTAGAGTGTAAGTATTCAAACCTCTGGTTTCAAGAAAAGCTAGCCGTATATGCCAAAGTGGAAATTTCAAATATATAAGCTGTTAACAAAATGCTTTGTTTCTCCATTCCCATTTATCATCTTCTGTTCAAACAATCCACCTGCAACTGTAATAATGTACCCAACCCAGAAGTAAAGACATCAATTACAACATTTTCAACTTATCTTTTGACTCATTCTTTTTTTTTTTTTACAACAAATACACACCCTTAGAATGGGCATCTCTAATGGCATTGAGAAACCAGAAAATTGGAAAAGAATTACAGTCTCAAATTGAGGAAAGATTTTGCTCTTCATTCTTAAGAAATCTCTCTTTCTCAGGCTTATCCAGTACAATCAATAACCTTGCTACCCTTCTTTAGTGGCAACTAGACAAGGTTTTCAACTCGGTTTGCCCGTATACTTGATCGCCTAGCCTGATGGGTCTTCAGCAACTTGCAATAATCGAGCCTTGTCACGACTACTACCTGCAGGAGCATTTGGTCTCGGTACTTGAGAACTCGACATTGGCTTCTGCAGCGGCTTTAGCGCAGCCATAATCTCAGCAAATGAAGGTCTTAATCTTGGATCTCTACAAAGGGATCAGATATCAGGTACTCATATGTGTTACTTCACTGTGAATGCATCTAGCTTATATTTTCACACAAGAAAAGCAATTTTAACCAAAAGAACACATAAAAAGGCAGATTAACAATGAGATTTCTAGGTCCTGTTTCTTTTTGTTTGATAAGATACCAGAGTATAAGCAATCACATATAAACTTTATGTTTGGGGAGCTGTTAAGCTGTAACGACGGTTGATCCAAAATAATGTCTAATACCTCAGCAAACCCTTCCAAATGTGCCTCATCAGATCCTGATCGCACTAGAATGCAATTAGCTAACAAGAACAAATGTGATCTCATGAGTAAAAGATTTCATTGAAGAGTCACAGATAGAGTTAACAGGATCTAGGTCAGCTATACCATTAAGAAGCATGAGACTTCAAGCTGATAAGATAACCAAATGTACATTCTCTCCGAACTAATTCGGACCCACTATCAACAAAACACAACTAAGCAAGAGTTCGAGAGCTCTGATCCCTACATAATACCTCCCCAACCGACAACCTTCCTGCAGCTTTAATTTTTTTTTTTTCTCCGAACTAATCTGTAGGGATTAATGTCAACCTTACTGCCCCAACTGATAACCAAATGTACATTCTCCGAACTAATTCAGACCTACTCCAAACAATTCCGTTAAAGGCTAAGTGTTTCCCCTTTTCACTCTCTTACAACATACTTCAACTACTGGAAGCTTATCACTATCATATTGGGAAATAAATTGAAAGATGACTTCTATGTTAATAGAGACCCTTTTAACGTTCCAAACAGCTACATTGAGGGCCAACCAAAGCAAAAGCTAAAGTTCAACTATCATAAAGTTACAAAAAGAAATTGAATAATCAAGCTATGTATGTAAAATTTCTTGTTGCAGCAAAGTGGTGAAAGTTTCATAATGTTTGTATGCACCGGAGATTGAAATGGCCAAATACAAACTTAACCCTACACCCAAATGTGAAAGCTTAAAATCGGAATGAGATAGAACAAAAATCACTTTGAAAACTTACGTTTGCCAGCATTTCCTAATAATGTCAGCAATGGCAGGATCTAAATTGTCTGGGATGTCAAGACGGCGATGCTGAAAGCCAACAGCACCAACAACTTGCATTGGGTTCATTCCTCCCCATGGTTGTTGCATTGTAGACAGCTCCCATAGTATGACTCCATAACTATAAACGTCACACCTGAATATTATGTATAACCAAAATGATTAAGGTATAAGAAGAAAACATCGAAGTAGATTTCTTTTCATGTGGAACAAATTTCATAAATCTTTAATAGTAGTTCAAAAACGAAGACATGTAAAAATCTTACTTTTCATCTGAAGGTTCATTTCTCAGCACTTCTGGAGCCATCCACTCAGCCTGAAGGTTAAGAACATGAAAATTAGATCTTGTTAGAACATCTCTTTCACATTGTTGAAAAATTGTAATCAGGATTGCCTAGAGCTCAATTCCTTTATACAAGACCTCAATGAGTATATCAAAGCAAAAGAAAACTGCAACTTGCAGGAGGAAAGAATGGCCCAACAGACCAA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mRNA sequence

ATGATGCGAGTTTTGATCTGTTCGGAGACTACACCAACGGCGAGAAAAGCAGCCCACGCAAGGCCAGCGCCGAGCCCGAATCGCCTTGTTAAAGTTGAAGCAATCCAATCCGTAGAGTCTACATTGGTGGTAGGCCTCTGTTGCTCCACCTTTGATGGGGCTGGTTTTAGTTGCTCCGACGAAGAATTGCTCAGAGATGGAGATGGGGAGGGAGTTTGCGGCGGTTGGGAAGGTGGGGTTGAAGGTGAAGGGGATCTAAATTGTCTGGGATGTCAAGACGGCGATGCTGAAAGCCAACAGCACCAACAACTTGCATTGGGTTCATTCCTCCCCATGGTTCATTTCTCAGCACTTCTGGAGCCATCCACTCAGCCTGAAGAGATTCGCCAGAAATGTCCTGGTCTAGAAACCTCTTCACAGCTACCTCCTGCAAAAACAGATGGTGGTTATAAGAACATCGCAATGCATGGATTAGCAGTTAGTACCAAGCCCAATACGCTCTCCCAAGGAGATTTCTTCCCATGGGATCTCGCATTCTGCAACATCATCAAGATTGTTGCAACCACTGCAGCAGCAGTGGCAGTGGCAGCAGCTGCTACAGGAATTTCAAGATTTGCATCGGTACTCTTTGCTGCAGCTACCACCATTGATGATGCAACAACAGCTGCGGCAGCTGCTGCTGCTGCAGCAACAGGTACATTTCTCCCATACTTCACTGGTGTTACCTCAAAAGGCTATAGGTTGTCCGGCTGCTTCTCTTGGATCAAGAGAAAGGTTAAATTCCAGAGGTTTAAGGTGCAGTTGTTGGCCATGGGTAGGGCTGGCTCTAGAATGCATTCTGGGCTGAGGCAAGGGAGGCAAAAAGTTAGCTGGACGAGGATCATTCTTATCTACACTTTCACAGAGACCAGGCACCTTTCTACTTTGATCCTTGTCTTCCAAAGTGGACTGGCTGAAAAAGGGGATCCATCATACTCTACATGCGATCCAGCAACATCAGCTGGAATAAGTGCACCAGGATCTGCCATTAAATCCACAATGTACTCCCTAGAATTCAACGGATCAGAATTTCAGACACGATCTTTGACTTTGCAATCCCAAATAAATAAGACAAAAATTGGGGATTCCGTCCCCATTTTGATAGCCATCTCCAATGCTGTCTGTTCAAGTTTCAACAAGTTAGCATCAGCAGCTTTATTAATCAGAACTGCTTCCCAAGTGACACTGTCAGACATTGGTGCTCCTTGCAGATCAACTAGGGAAGGCATTCTTTCTGAGGTGGACTCAGTGAAGACTCCATATAGGAGAGACCATGGAAGTAATAACCATCTTGAACCTTTCCACCAAAACAAAGCTGATACAATGGAACCACCTTCACGCTCATTGAAGGGTCAAACATTGATTGACAGAGATTGGCTCCCACTCTACCCCTTCCAGGTGAAAAACAGGATTCATTGA

Coding sequence (CDS)

ATGATGCGAGTTTTGATCTGTTCGGAGACTACACCAACGGCGAGAAAAGCAGCCCACGCAAGGCCAGCGCCGAGCCCGAATCGCCTTGTTAAAGTTGAAGCAATCCAATCCGTAGAGTCTACATTGGTGGTAGGCCTCTGTTGCTCCACCTTTGATGGGGCTGGTTTTAGTTGCTCCGACGAAGAATTGCTCAGAGATGGAGATGGGGAGGGAGTTTGCGGCGGTTGGGAAGGTGGGGTTGAAGGTGAAGGGGATCTAAATTGTCTGGGATGTCAAGACGGCGATGCTGAAAGCCAACAGCACCAACAACTTGCATTGGGTTCATTCCTCCCCATGGTTCATTTCTCAGCACTTCTGGAGCCATCCACTCAGCCTGAAGAGATTCGCCAGAAATGTCCTGGTCTAGAAACCTCTTCACAGCTACCTCCTGCAAAAACAGATGGTGGTTATAAGAACATCGCAATGCATGGATTAGCAGTTAGTACCAAGCCCAATACGCTCTCCCAAGGAGATTTCTTCCCATGGGATCTCGCATTCTGCAACATCATCAAGATTGTTGCAACCACTGCAGCAGCAGTGGCAGTGGCAGCAGCTGCTACAGGAATTTCAAGATTTGCATCGGTACTCTTTGCTGCAGCTACCACCATTGATGATGCAACAACAGCTGCGGCAGCTGCTGCTGCTGCAGCAACAGGTACATTTCTCCCATACTTCACTGGTGTTACCTCAAAAGGCTATAGGTTGTCCGGCTGCTTCTCTTGGATCAAGAGAAAGGTTAAATTCCAGAGGTTTAAGGTGCAGTTGTTGGCCATGGGTAGGGCTGGCTCTAGAATGCATTCTGGGCTGAGGCAAGGGAGGCAAAAAGTTAGCTGGACGAGGATCATTCTTATCTACACTTTCACAGAGACCAGGCACCTTTCTACTTTGATCCTTGTCTTCCAAAGTGGACTGGCTGAAAAAGGGGATCCATCATACTCTACATGCGATCCAGCAACATCAGCTGGAATAAGTGCACCAGGATCTGCCATTAAATCCACAATGTACTCCCTAGAATTCAACGGATCAGAATTTCAGACACGATCTTTGACTTTGCAATCCCAAATAAATAAGACAAAAATTGGGGATTCCGTCCCCATTTTGATAGCCATCTCCAATGCTGTCTGTTCAAGTTTCAACAAGTTAGCATCAGCAGCTTTATTAATCAGAACTGCTTCCCAAGTGACACTGTCAGACATTGGTGCTCCTTGCAGATCAACTAGGGAAGGCATTCTTTCTGAGGTGGACTCAGTGAAGACTCCATATAGGAGAGACCATGGAAGTAATAACCATCTTGAACCTTTCCACCAAAACAAAGCTGATACAATGGAACCACCTTCACGCTCATTGAAGGGTCAAACATTGATTGACAGAGATTGGCTCCCACTCTACCCCTTCCAGGTGAAAAACAGGATTCATTGA

Protein sequence

MMRVLICSETTPTARKAAHARPAPSPNRLVKVEAIQSVESTLVVGLCCSTFDGAGFSCSDEELLRDGDGEGVCGGWEGGVEGEGDLNCLGCQDGDAESQQHQQLALGSFLPMVHFSALLEPSTQPEEIRQKCPGLETSSQLPPAKTDGGYKNIAMHGLAVSTKPNTLSQGDFFPWDLAFCNIIKIVATTAAAVAVAAAATGISRFASVLFAAATTIDDATTAAAAAAAAATGTFLPYFTGVTSKGYRLSGCFSWIKRKVKFQRFKVQLLAMGRAGSRMHSGLRQGRQKVSWTRIILIYTFTETRHLSTLILVFQSGLAEKGDPSYSTCDPATSAGISAPGSAIKSTMYSLEFNGSEFQTRSLTLQSQINKTKIGDSVPILIAISNAVCSSFNKLASAALLIRTASQVTLSDIGAPCRSTREGILSEVDSVKTPYRRDHGSNNHLEPFHQNKADTMEPPSRSLKGQTLIDRDWLPLYPFQVKNRIH
Homology
[Close]
BLAST of CaUC04G076680 vs. NCBI nr
Match: PPD99490.1 (hypothetical protein GOBAR_DD03504 [Gossypium barbadense])

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.5e-06
Identity = 42/70 (60.00%), Postives = 47/70 (67.14%), Query Frame = 0 

Query: 11 TPTARKAAHARPAPSPNRLVKVEAIQSVESTLVVGL-CCSTFDGAGFSCSDEELLRDGDG 70
          TPTARKA HARPAP P RLVK EAIQSV ST+VVGL    +    G  CSDE ++  GDG
Sbjct: 2  TPTARKADHARPAPRPKRLVKEEAIQSVVSTVVVGLGGFGSRTVTGGCCSDEVVVNLGDG 61

Query: 71 EGVCGGWEGG 80
           G+ G   GG
Sbjct: 62 GGLGGCELGG 71

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CaUC04G076680 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
PPD99490.12.5e-0660.00hypothetical protein GOBAR_DD03504 [Gossypium barbadense][more]
BLAST of CaUC04G076680 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CaUC04G076680 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
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InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL246-FR2) v1
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 434..462

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CaUC04G076680.1CaUC04G076680.1mRNA