CaUC01G001160 (gene) Watermelon (USVL246-FR2) v1

Overview
NameCaUC01G001160
Typegene
OrganismCitrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCiama_Chr01: 953494 .. 959883 (-)
RNA-Seq ExpressionCaUC01G001160
SyntenyCaUC01G001160
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGCGGTAAGACCAGTGCCATCGATCCCGTCGGTAACTTCCTCGGCAGTGGAAGAAGACGAAAATCCAGAGGGTCCTTTCCTTCTGAATAACCACATTGCTTCGATTAAAGAGAGATGGAATTTGAAGACGCGATCGGGAGTTATCCGAATCTGCAAATCCGCCTGAAACTTTAAGCTTCTAATGACCAACCACCGGCGGCCAAATCATTGAATTGATATGAACCATGCATTCTGCCACCTCTTTGCACACTCGCCATTTGTGCCCAAATTCACGTTGTATTGTAACAAACTAGTGAGAAACATCAATTAGAAGCTTTAACAAGCAATAATTGCCCAATTTAACGTTGGTTACCAACAAACACCATTAATATGGAAGTGATTTTAACATCAATTTTAATATAAAATATATGCTTTAAAAGTATAAAATTATGGAAGTGATTTTAACATCAATTTTAATGTAAAATATATGCTTTAAAAGTATAAAATTAAAAGTTGAACTGGAGTGATTTTAAAATGGTTAAAATAATTTTTGTCATTTTTAAAATTAACGTAAAACATATTTTTAATTCTTTAAAACTAATTTTGATGATATAAAAATTGTATAAAAACTAAATTAGTTCCGAGGGATTAAAAATGTGTTTTCGAGTGATTTTAAAAATGACAAAAGTGATTTCTACTAATGTTATTTATGTGTGAGGGTTGGTGGCCATCATTGATTTGAACTCGTGACTTCTTAACAATTTATTGAGACTCACTCTTTTTTACCACTTGGATGGTTTATATGATTATTATTTTGTATTATATAATTTATAATACGTTACACAATACATATTGTATTTCTAAATGTTTGTATATTTATTTAATATAATTTGCATTCTAATTTCTATTGTTTGTCAAACACATATTTTAATTTCAAAATCTAGATGCAATGAGAATATAAAAATGTTGTTTTTAGAATTAGCACAATTTGGAGCACAAAATTCAAAAACAATTTTTAAAAATATAATTTTGCTATATTTATAAATATTTTAATTTCTTTTGTTATATTTAAAAAGAACGGATTTAAAGTTTTTTTTTTATATTGTTTTTAAAGTTATCTTAAATCCCTTTAATCGTGCAAATTTTCAATTGGCCTCTTTTGGAAGTAAACAGATACACTCAATCTATGACTAATAGAATAAATTAAAAGCATATAATTGCTAGAATTCAAAACAAACACACAAACATTCAAATAATCTCTCCATAGAAACCAATGGTAAAAGAAGGTGAGAAGAAAAATTGGGCTTTACATGTCCATATTTTGATCTCCTACAATTATCATGATCTCAAGCCTTGAAAATTTCTTATTTCAATTTGTTCACATAAATTTTTACTCCTTTATTCTTTTTATTGTCTATGATTAAGTTTTTGCCTTCAATCACTTTTATTTATAGTATACTTTATATTTCAAAACGAATACATAAATATTATAATTTTTGTATAGTTTTGACACTGACACAAGTATTATTTTCAATATATGTACATATTGTGCATCCATCACATTTTATGATTTAATCTTTATTTAGAAGGTAGTATGTAAATTTATATACGTATTTGTTTAAGTATTGGCTCTAATTATATAACATATAGTGTATTTGTTTCATCACGTCTCCAAACCGAAATATAGAATGTTCTTATAAAAAAAAAAAAACCAAATAAACTCTCACCCACATGATTGTGTATTTGATTAATCTCAAAATATTCTTACCGGTCTCTACAGATAATTATATTTTGCCTCCTTAGATTTAAATCTATAAATTGAGATATTTGCTCAATTTTCGGATCTTCCTCAAGTTTGAATTCACGTTAGGTTTTTTCTAAAATGTTTTCAAATTTTGATTTATCTTTTCTTGTTAAACCTTTAAATTAGATAAATCTCCCATTAGTCTTTGTATTTAGCACATATAGGGAGATATACTAGGAATAAAGAGATTTTCAAATCAGTCATAATTACGACTTATCTTTACATTGAAACTAGTGATTGGATTTGCAATGATCTAGTGACTAATAGGACAAGAGAGAGTATTGATCTTCCCGTAATCAATCACTGATCATTTTATGATTGATTTTCAAAAGGTTGTCCATCTAAGGTGGTAACTAATTGAGATAAATATATAAGAAATGAAAGTTTTGACGGTTGTTTTAATTATGATCAAATTTGACAAGTATTCATTGTGAGATATATATTATTGATTTGGCATTTTGTTACTATGATTTGGTTTGCTTAGAAACTCTTGTTCTTATTACTATCCCATCATGTGGATGCCCTAAAATCTCCACTTGTTTCGCCCCCCAATCACCCTCCCAATCTCCGCCATTCAATCCAAAAACCCCTATAGAACTACATCTTTAATTTCCCTTTTCGCTGATGATGGTTGCCAAAGCAACCACATGAATTGGTACCCACTTTGCTCTAAAGTATTTACAATCTCCTTAACTTAGTTCTTGATTAGAGCTCTCTAGTTCCCAAAATAGAGGAATACCACACCGATTCAAATGGTTGTTGATTCAACCATTTTAGAATCTCGAATCTCTAACTCGATTCACTTGACTCATCGTTGTTGTTTGAGTTCAAACTCAAAATCGACCCTACAATGTACTATGGTAAAAATTATTTTTTTAAGGGTCTTAATCATTTCCATCTAATTTACTAAACATGTTTATAGGTTAAAGATTAAAATGGTGAGTTCTCAAAATCAGATTGAATTTTCAACTTCTAGGAAGAAAAGTCATGTCAACTCGTTGACCTAAACTCACTTTGACATATTTAGGATGATTTGAACCTTAAAAAAAATCATTTGGAGTTCATTTTGCATTTTTAGAGAAAAAAAGACGTGAATCTAAACTTTTTGGATACGAAGTAAATTATTTGTTTTTACATTTTGAATGTTTATTTTTCTATTAATAATTTTCTTAATCTATAGATTATTTTGGAAGATGTTTTCAAAAATAGAAAAACGATTGAAAATAATTGCAAATATAGCAAAACTTTACTTTCTATCTCTGATAGACCGCGATAGACCCAAATAGACATTTATTACTTCAGTGATAGACGCAAATAGATGTCTATCTAGGTATATCGGGTTCTATCACAAATAGAAATAAAATTTTGTTATATCTGTAAATAGTTTGATATTTTTTCTATTTATAATAATTTTTCTTATTTTCGTTATTTGATATAATTATTAATTAATAACCCTAACATTCATTTTTTATCCAATTAACAACTTTCAGACCTCATTTGATAACCATTTGATTTTTTGTTTTTCATTTTTGAAAATTAAGCAAGACTACTTCTACCTTAAATCTCTTCACTTGTTATCTACTTTTTACTAATAGTTCAAAAAATGGACTATTTTCAAAAATAGAAAACAGTTGAAAATAATTACGAACATAGCAAAAATTTACTTTCTACCTCGATAGACCGCGATAGACCCAAATAGACATTTGTCACTTTACCAGATAGACACAAATAAATGTCTATCTAGGTCTATCGCAGTCTATCACAGATAGAGATAAAAAGTAAAATTTTGCTATATTTATAAATAGTTTTATATTGTTTCTATTTATAATAATTTTCCTTAACAGATCAAGCCAAAATTTGAAAACTAAAAAAAAAAAAACTTTGAAAAACTTGTTTTGTTTTTGAAATTTGGCTAAAAATTCAACTATTGTACTTAAAAAGATGCAAATCATTATGAAAAATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGCCCCATCTTGTAACTATTTAGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTAAAATTAAGCCTATAAACACTACTTTCATCTTCAAATTTATTATTTATTATCTATATTTTATCAATGGTTTAAAAAACCAAACCAAAATTTGAAAACTAAAAAAATAGCTTTTCAAAACTTGATTTTAATTTGCCAAATAATTCAACTATTATAATTAAGAGAGATACAAATCAATATAAGAAATAAAGTGGAGATAAATTTAATTTTAAAAAAAAAAATTACTTAACATTGCTAAAATAATTACCCATAAAATTTGGCTGTCAGCTCTATTTTCCAGCGTCGAAGGCCCACACCACGCCACGACCCCCCAGCCCACAAGATACCGGCGAAGTCAAGTCTGATGGGGTTGCTTTGTCTTCCATCCGAAACCCTAACTACCATCACGTGCGGCGGCCAGCTTCCTTGATAGAGGTCACGTGCCGAACACGAACCGCACACAAATTGTTAAGCTTAAGCGTCAGAGAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAGAAAATTTGAAAAAAAAGAAAAACAATTAATAATTAAAAAAAAAATCTGAAAGTGCAGAATATCAACAGAGGGCTGTCTGAAACCCTAGCTCCAGTCCCTCCTTCTTCCTCCAATCTTTCCTTTGCTGTGCAACATTTCCATTTTCAAGGTACCAATTTATGTTTTTCGCCCTTCTGTGTTCCATTTCCCTATGTTTCTAGCTCTATCGTGTATTACCATATTTTAATTTGTCTTTTTAGCTCCTATTGGTTGGGATTCTGGTTCATTTCAATAACGTCAAGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAACACGAGCTTTGTTTTTAGGTACGAATTGCATTTTTTGGTAGTTTTTTGTTCCCTTGGAAATGGAGTCCGTTACTTTTTAATTTGTCGTCATAGGATACGATTTCTGATTCTAATTAATTAGATTTGTTTGTTTTTATGAAAAGAAAAAAAGAGGAAATGGGTATTGAATTTTCGCTTTTGGGTGGTTTTAGTTTGTTCGTTTGTTGGCATGTAGCTGCAGTAGGCACATTTTGCCGTTTTCTCTTAATTGGAATCTGGGCAACGGAAAATTTTCGATTCCTGGACTTTTGTTGTACGTACCATGCTTTATGAAATATGACGCAATATTGAGAATTTCTGGAATGTCTCCCAGTGTTGTGGCTGAAGTGTGGTCAGAAATGGAGTTTCACTA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mRNA sequence

ATGGCGGTAAGACCAGTGCCATCGATCCCGTCGGTAACTTCCTCGGCAGTGGAAGAAGACGAAAATCCAGAGGGTCCTTTCCTTCTGAATAACCACATTGCTTCGATTAAAGAGAGATGGAATTTGAAGACGCGATCGGGAGCCCACACCACGCCACGACCCCCCAGCCCACAAGATACCGGCGAAGTCAAGTCTGATGGGGTTGCTTTGTCTTCCATCCGAAACCCTAACTACCATCACGTGCGGCGGCCAGCTTCCTTGATAGAGCTCCTATTGGTTGGGATTCTGGTTCATTTCAATAACGTCAAGAGGTTTGTTCGTTTGTTGGCATGTAGCTGCAGTAGGCACATTTTGCCGTTTTCTCTTAATTGGAATCTGGGCAACGGAAAATTTTCGATTCCTGGACTTTTGTTAAATGGAGTTTCACTAGCTACTACAATTGAAGTTGATTTATTTATGCAGAGTGCGCTTCTTGTCTTTACTGTTGAGCGTAGTGATTGCATGCTCCTTGGAAGGAAAGATGGGTCGAGGATCTTGCATGTTCCTTTGATTGTAGATGGAAAAACTGTCTTTTTTTTGGCACTTCTATTGCGAGTGAGAGGACTGAGAGATGACTGGAGTTCTTTAAAGTGGCATTTAGAGAATGGTTGGTGGCTAGCAGAATTAACTTTACAGTTATGCTTTGCAGCTGATTTAACTGTTGGCAGGTTCATTTACCTACTGTGCCACTGGTCAGGTTTCCATGTTCAGGTTTTTGGTTATTTGCTAGTCCTTGATTCTAAGTCCCTTCTGTGTAGTGCAGCTAGCTCTCTAAACTTCTATCATCAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGCGGTAAGACCAGTGCCATCGATCCCGTCGGTAACTTCCTCGGCAGTGGAAGAAGACGAAAATCCAGAGGGTCCTTTCCTTCTGAATAACCACATTGCTTCGATTAAAGAGAGATGGAATTTGAAGACGCGATCGGGAGCCCACACCACGCCACGACCCCCCAGCCCACAAGATACCGGCGAAGTCAAGTCTGATGGGGTTGCTTTGTCTTCCATCCGAAACCCTAACTACCATCACGTGCGGCGGCCAGCTTCCTTGATAGAGCTCCTATTGGTTGGGATTCTGGTTCATTTCAATAACGTCAAGAGGTTTGTTCGTTTGTTGGCATGTAGCTGCAGTAGGCACATTTTGCCGTTTTCTCTTAATTGGAATCTGGGCAACGGAAAATTTTCGATTCCTGGACTTTTGTTAAATGGAGTTTCACTAGCTACTACAATTGAAGTTGATTTATTTATGCAGAGTGCGCTTCTTGTCTTTACTGTTGAGCGTAGTGATTGCATGCTCCTTGGAAGGAAAGATGGGTCGAGGATCTTGCATGTTCCTTTGATTGTAGATGGAAAAACTGTCTTTTTTTTGGCACTTCTATTGCGAGTGAGAGGACTGAGAGATGACTGGAGTTCTTTAAAGTGGCATTTAGAGAATGGTTGGTGGCTAGCAGAATTAACTTTACAGTTATGCTTTGCAGCTGATTTAACTGTTGGCAGGTTCATTTACCTACTGTGCCACTGGTCAGGTTTCCATGTTCAGGTTTTTGGTTATTTGCTAGTCCTTGATTCTAAGTCCCTTCTGTGTAGTGCAGCTAGCTCTCTAAACTTCTATCATCAATAA

Protein sequence

MAVRPVPSIPSVTSSAVEEDENPEGPFLLNNHIASIKERWNLKTRSGAHTTPRPPSPQDTGEVKSDGVALSSIRNPNYHHVRRPASLIELLLVGILVHFNNVKRFVRLLACSCSRHILPFSLNWNLGNGKFSIPGLLLNGVSLATTIEVDLFMQSALLVFTVERSDCMLLGRKDGSRILHVPLIVDGKTVFFLALLLRVRGLRDDWSSLKWHLENGWWLAELTLQLCFAADLTVGRFIYLLCHWSGFHVQVFGYLLVLDSKSLLCSAASSLNFYHQ
Homology
[Close]
BLAST of CaUC01G001160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A7C9DPU1 (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Opuntia streptacantha OX=393608 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.1 bits (144), Expect = 1.7e-05
Identity = 31/56 (55.36%), Postives = 40/56 (71.43%), Query Frame = 0 

Query: 1  MAVRPVPSIPSVTSSAVEEDENPEGPFLLNNHIASIKERWNL---KTRSGAHTTPR 54
          +AVRP+PS PSVTSSAVE  ENP+ PFLLN+HI+   +RW +   KT+    T+ R
Sbjct: 14 IAVRPLPSTPSVTSSAVELPENPDNPFLLNHHISFHPDRWTIQPAKTKKKKTTSQR 69

[Close]
BLAST of CaUC01G001160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2P2JFZ9 (Uncharacterized protein MANES_06G150100 OS=Rhizophora mucronata OX=61149 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 57.4 bits (137), Expect = 1.1e-04
Identity = 26/36 (72.22%), Postives = 32/36 (88.89%), Query Frame = 0 

Query: 1   MAVRPVPSIPSVTSSAVEEDENPEGPFLLNNHIASI 37
           +AVRP PS P VTSSAV++DENP+GPFLLN+HI S+
Sbjct: 98  IAVRPDPSTPFVTSSAVDDDENPDGPFLLNHHILSL 133

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CaUC01G001160 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CaUC01G001160 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CaUC01G001160 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A7C9DPU11.7e-0555.36Uncharacterized protein (Fragment) OS=Opuntia streptacantha OX=393608 PE=4 SV=1[more]
A0A2P2JFZ91.1e-0472.22Uncharacterized protein MANES_06G150100 OS=Rhizophora mucronata OX=61149 PE=4 SV... [more]
BLAST of CaUC01G001160 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL246-FR2) v1
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 44..66
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..26

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CaUC01G001160.1CaUC01G001160.1mRNA