CSPI02G06440 (gene) Cucumber (PI 183967) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.GATTTGTTAAAATGTATTGAAAAAGAAAAGAGATTGTAGAGTAGGCGAGGGGAGGTTGCAAATTGCAATGGCAGTGCAATTCTTAGAGGACAAGCCACGCAAGTTCTTCATTGGAACCGCTTGACTTTCTCAATCTCAACTCTCCAAGACCAACACCTTCTCTTACTTCTTTGGCTTCGCTATGCCGGAGCCCATCAAGTTCGCTGTTCTTTCAAGTCTCTTTGATTGGATTCAGCGTAGCAAATCTTCCGCCAAGAAGCGTTCCAAGTTCCGTAAGTTTCTCGACACTTTCTGCTCTCCTTCTCACTATTTTTCCGCCATCCGCTTGATTCTTCCTAGCCTTGATCGAGAGCGCGGCACCTATGGTCTCAAGGAATCTGTACTTGCCACTTGCCTCATTGATGCTCTCGGCATGTCTAGAGACTCCGAGGACGCTCTTCGTCTTATCAACTGGCGTAAAGGTGGTGCTAAGACTGGTGCTAATGCCGGTAATTTCGCTCTTGTTGCGGCTGAGGTCAGCCTTGCTTTTCTTTTTCTTTTCCTTTTCTTCCATTGCTCAAAGTCAAATTGTTGGTGAATTCCTGTACTTTGGTGAATGTTAATGACCATGAATTATTCGGTGTCTGTGGTATGCTGAGTTTTTGTCTGTTTATTCTTTTAGTAAGGAAATGGAGAACGGTAGACTTTGAATCACGGTAGATACTTTTGAAACAATTGTCACTTCATCAGCCTCTTTAAGACCAACCATAATTTTTATTGTGGATTTGATAAGTTACAATCAGAACTCTATCGTACCTATACTCCTGTTAGAAGCTTAAATGAACGTTCTCTAGTGAGTGTTAATTTCACAAGCATTAAGTTTCAGTCCCAAAGTCTTCAAAAAGGGTAGGACTCTCCCTCCTAGCATGAACTTTAGGCCAGAATGGAACAACCACCCAAGTGGTCCTCAACAAATACACCGTGATGGAAATCAATTTTGAATGCTACAAAAAAAATAATCCAACAAGTTCACTTAGTCTTATTTCTAAACAGTGACGGTTATTCGTGGTAAGCTAAAGATAAAGTTTGAAATGGAATTGAAAGCATACAAAGCATTTTTTTTTTCTAAAATGAAAGTTGTTGACACACACAAAAAAAGCATAAAAACGTACTTCCAACATATTATAATTGTTGAAGTTTGTTGATAGCAATATAGGACAGTTTGTCAGCAAAGATTTGTTACCTTCTTTTTCTTGCTATAGGTATTGCAGCGCAGGCAAGGAATGACCCCTGGTGGTCTAACGATTAATGAGTTGAATGATTTGCTGGATCGTTTGGCTTCAGGTGAAAACAGGTTAAACCTATTGCTTGATCTTATATATATGTTAATGCTCATTGTAGATGAAGGAAGAGAAATTGCTTCTCTGTAAGTGACTTTACTAGTATGAAATGATTACAAACATAAACAATTGTCAAAGAAAAATACTTGGATGCTGGTTGGGCTACACAAAGATCAAGAAATGGGTTGAAGTATTATTGATGTAATATAGAATAAAGCTATGGTTAAACAGCTGTAGTTAGTTAGTAAAACAGTTAAAACAATTAAACTGTTTAACAGTTAAGACTGTTTCATAAACAGTTATTTCAACTACTTGTAACTACTTACAAATTCTCAATAAATACCCCTTCTCTTAGCCATTATTGGTAGAGAATTCATTTTGAGAAATAATTCTACTTTGATTTACATCAATTATTTAACCTATTATTTAGCCTTTTGTGTAGCCCACCAGTTTTAGAGCTAAAACCTAACATGCTGCAAAAAAATTTCACTTCTTAAAAAAGTTCAATTATTATTTGCTTGCCATGTGATAAATGAAGGGGTTGTAGGGAGATAGACTACATCTAATCATTGTCCATTAAAAATTACGAAGGGGTGTTTGGGGCGTTGAGTGGAGTTCTGAAGTTTGGAGTCAATATATTGGGTGTTCGGGAGTTTGTATTTGAGGTGCAGGTTGGTAAAATAGAGTTTCTCGATAAATGTGCAAAAGAGAGAAAGAGAGGAGATAGTGTTCCTCAATGAATGTGTAAATTTCAATAGTGAAGACTGAAAACTATTGAAAATGAGCTATTTAACACCAATTTATGACCAATTTATGAAGTCGGTGGGCCAAACATCCCTAAAGGGACAAGAATGTATAACACGACAGAAGCAATGAAGAAAAGGCAAAACAGGGGGAGAAGAGAAGGAGGAAAGAATCAAGATAGATAGGTGAGTTGGAAAAAAGAATTAGTAGATGGGAGAAAATAAAAGGGAAGTAAAGAGTGGGTGGATACCACTTTAGCACTCTTTCCTCTAGCTGGATTGTGCAGATCGATTAAGCACATCTTGATCTTTAGTTCCTTAAAAGAGCTTTTGTAAATTTATCTGCAGCTAGCAGAGAGCATCTTTTCTTTGAGCAACTGTTGATGTATGATGTGTCCATCAATCTCACATGCTTTCTGCAATTGTGATACTTGACCACTTCTAATTTCCGTTACTACTATTAGATAATGTGAGATTTCATCTCAAAACCAATTGAAAATGAGAGAATTAACTTATTTATTTTATAAACATTGAGAGGTCCCTTGGTTTTTGCAATATGGGATTCTCAACATGTTGCCTCGAGATGATGTCTCTTTGGGCTCACTATTCTTTAATCAGATCACTAGATTTTCATTGCTGTTCAAAATTAATGTTACACACTAATAATCTTTCCTATATGACCAAATTGTAACATTTTAAACTACTGTAAGCATTTAACCAATTTTTATTATGGCTCTAGATCACTGAAATACTAGAGTGTTCTTCATAGGAAAAAGTTTATGGTTCTAAATTGAAGTCTTGGTTGGCATCTTAATCGCCATATTTTTCTGGAACAATATGAAGCTCCTCTAATTTGTCTTTATTATTATATTTTCTCAAGTGTAAAAGATATATTTTGCTATCGAGTGTTGAGTTTTGACATAATCTTCTTAGATTGTGTCTCCATCTAAATGTACTAAAACTTCTTTGCATTTCTGTTATATGTGATGGTTTTAAAAACAGAGCAGAGAAAACGGCAGTTTTGTCTACCCTTATACAGAAGACAAATGCACAGGAAATGAAATGGATTGTCATGATAATCCTCAAAGGTTCCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTAATTCTACAAATATGACTTTTTGTGGTTTTGTATTAATTCTCATTCAAGCTGTATGTTATTTTAAATTTTGTATAGTTTCTTATCTCTTTGTTTTTTCTTTCCATATCTTGTAGATCTGAAACTGGGAGTCAGTGAAAAGAGCATTTTTCATGAGTTTCATCCAGATGCAGAAGACTTGTTCAATGTCACCTGTGACTTAAAATTGGTTTGTGAAAAACTAAGGGATCGTAGACAAAGGCATAAGCGTCAGGTCTGTCATAAACATGGATATAACTCTGTCTTGGATGGCTTTAGCATAGGTTTCCTTGGTTGTTTTACCCATACTAGTATTCTATTTTCACTCTTTCATATTGTTTCTTTTAAAGATAAAAGGCTTGTTTTCTATATTCTTGTTGTCTTACTTGTTAAATGTTGATATCTTTTATGTGACTTGTACATATTTATGTTAGAAAAAAGTGTCATTCATGCAAGCAACACCAAGTGGCTGATGTCTTTAATGTGTGAATGTGAGAAGCATGAGATACTGAGAAAAAAAAGGGATTAATAAAAAACAAGAGAGTCCGAAGGATGGACTGAAAGAGTGGGAAAGAGATTGATATCTTATTTGTTGATTGGTGAGGAAATTGAAAAGATCAGTGACATTTGTTTTACTGTGATTTTGAAGGACATTGAAGTTGGAAAAGCTGTGCGACCCCAGCTGGCTTCAAGAGTGTCCAATGCAAATGCTGCATGGAAAAAGGTTTTGTGTTTGCATTTTGAGTTCATTTGTAGCTTAAGTTGTTACTATTATTTTTGTCTTTTTTTTTTTGAATCGGTGACAAGCCTCTTTATTAATAATGATTTTTGTCTTTTGAATTCTTTATGGGCTTCCGTTCATGTAGTTATAAGTCTTTTTTCATTCTTTTGGTTTGGAGACTTTGTTGTAGTTGAGGTCTACTTGTTTCATTGTATATTATCTCAGCTTTCTCAATGGAAGTTTCGTTTCTTACTCCCCAAGAAAAGCATTTATCCTCTGAGTTTGTTACCCATTTTAATTGTTGAAGACCTCTACCAACAAGATAATGACTTAAAATCTTCAAATGTCAAGAGCTATAGATGGTCTTCTTTTTCTCTACCATGCGCATGTTGAGTTTACTTAGATGTTTTATGCTCACCTTTCTATGCCTTTCTCTATGGCTGTTTAGCTTCATGGGAAGGAAGTTGTAGCTGAATGCAAGTTTGATGGTGATCGTATTCAAATTCATAAGAATGGAACTGAAGTACACTACTTTTCAAGGTCGATGCATATGAATTTAAGTTGTTTAGTTCGATTATTTCCTATCTTCTTAATTTTCCTCTTCATTTTTGAGGAACAATTCATGAATCTCATACAAGTTATTCTTTCATTTGAACTTGTTGTGTTAGGAGATTAAAAACTGGCATCAATACTTTTTAAACATTGGTTGGTCTACCTGATTACATCTATGGTTCTTTAACTAATGTGGAACAATTGACCTTCTACTCCATTTGCATTGTACTTTTTTTATTCTTTGCATTTCATTTCTTTCTATATTGCTCATCTTCAGGAACTTTCTCGATCACTCAGAATATGGACATGGAATGTCTGATGTTATTGTTCAAAATGTTCGTTCCGCTAGGTACTTTTAATACTGCCTCTTTTTGTCCTTTGTCTGTGTGGGTGGGGGGATTTGAGACCTTACATTCACAATGATGAAAAGACAAAAGAAAGAGAGAGAATCTAGGGTAGAGGAAACCACTAGGTCCACTTTCAAAGAAAGTTATTAAATGAGGGCTTTCCAA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BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy Swiss-Prot
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BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7X7E9 (Putative DNA ligase 4 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=LIG4 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 1023.1 bits (2644), Expect = 2.0e-297 Identity = 536/1018 (52.65%), Postives = 686/1018 (67.39%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P49917 (DNA ligase 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LIG4 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 424.5 bits (1090), Expect = 3.2e-117 Identity = 298/943 (31.60%), Postives = 491/943 (52.07%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5R6L3 (DNA ligase 4 OS=Pongo abelii OX=9601 GN=DNL4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 424.1 bits (1089), Expect = 4.2e-117 Identity = 298/943 (31.60%), Postives = 490/943 (51.96%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8BTF7 (DNA ligase 4 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Lig4 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 409.8 bits (1052), Expect = 8.1e-113 Identity = 301/950 (31.68%), Postives = 491/950 (51.68%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy TrEMBL
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BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BRM3 (DNA ligase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103492544 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1819.3 bits (4711), Expect = 0.0e+00 Identity = 902/919 (98.15%), Postives = 910/919 (99.02%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BQX9 (DNA ligase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103492544 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1814.7 bits (4699), Expect = 0.0e+00 Identity = 902/920 (98.04%), Postives = 910/920 (98.91%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E0Q0 (DNA ligase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103492544 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1794.6 bits (4647), Expect = 0.0e+00 Identity = 896/920 (97.39%), Postives = 904/920 (98.26%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1ENX2 (DNA ligase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111436208 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1726.8 bits (4471), Expect = 0.0e+00 Identity = 852/919 (92.71%), Postives = 878/919 (95.54%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. NCBI nr
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BLAST of CSPI02G06440 vs. NCBI nr
Match: XP_011648960.1 (DNA ligase 4 isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1853.6 bits (4800), Expect = 0.0e+00 Identity = 916/919 (99.67%), Postives = 919/919 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. NCBI nr
Match: XP_011648959.1 (DNA ligase 4 isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1848.9 bits (4788), Expect = 0.0e+00 Identity = 916/920 (99.57%), Postives = 919/920 (99.89%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. NCBI nr
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BLAST of CSPI02G06440 vs. NCBI nr
Match: XP_008451168.1 (PREDICTED: DNA ligase 4 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1814.7 bits (4699), Expect = 0.0e+00 Identity = 902/920 (98.04%), Postives = 910/920 (98.91%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. TAIR 10
Match: AT5G57160.1 (DNA ligase IV ) HSP 1 Score: 1338.9 bits (3464), Expect = 0.0e+00 Identity = 648/912 (71.05%), Postives = 772/912 (84.65%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. TAIR 10
Match: AT1G49250.1 (ATP-dependent DNA ligase ) HSP 1 Score: 127.9 bits (320), Expect = 4.4e-29 Identity = 113/421 (26.84%), Postives = 185/421 (43.94%), Query Frame = 0
BLAST of CSPI02G06440 vs. TAIR 10
Match: AT1G66730.1 (DNA LIGASE 6 ) HSP 1 Score: 122.9 bits (307), Expect = 1.4e-27 Identity = 147/656 (22.41%), Postives = 267/656 (40.70%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (PI 183967) v1
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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