MELO3C008876 (gene) Melon (DHL92) v3.5.1

NameMELO3C008876
Typegene
OrganismCucumis melo (Melon (DHL92) v3.5.1)
DescriptionMediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
Locationchr8 : 23211314 .. 23219900 (+)
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDS
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AATTTTCATTTTTCCCTTTCTAAACAAAATTACTCTCACCACACCCATAATCCACCGCGGTTGCCGCTCGTTCCCTTATAGCCGTCGTCGAACATCCAGTCCAGTTACCATCAGTCCACTCGCGTCGTTTAGGTTCTTCTCGTCGTTTTTTGCTGAGGTAAGCTCAAAACATGGTTAAATCTTTTGTTTTTACTTTAACAAAGCGTGAGATGAATACTCTGTGTACAAACAACACAATAAATGAAGCTTTGAAATGTGGGTATTTCAAGCTTTGTTATGTTCATTAAGAATCTTCAATTTCACTAATTTTACTTTTAACTCTCTAATTTCAGTTTTAATTTCACTAGTTTTCTTGATCTTCTTGAAGTTTTATTTTCTTTTGCTATGTATTGATTTGGGGTTGAAGAATTTAGTGTTTGTGTATTTTTTAGTTGTCAAATGCAAATTATCTGTGTGCGTTTGTGATTGGTTCATTTTATATACATTTGGACTATTTTCAACTCTGGTAAACAATGCACTACTATTGAAAAACTTATTTGAAAATTTTTAGGTTGACACTTAGATATTTATAAGTTGATTTGAGAGGTAAACTTCCACTTATACAATCTTTAGAAACTTTTTAGGTTGTCAATCAAAGTGAATGTCATGAACCATTCACTTGTGTACTTTATAGGTTTGTTTTTAAGTTGGTTTGATAGTCAAAGAGGCACTTAGACACTTCTAGGTAGTTTTTAAGTTGGTTTGAGGGTGAAATTGTTGTTGAAGTAATTTTGAGACTTGAAATGCTACTTTCACACATTTTAAAAACCTTTTAGGTTGGCATTGAGTTTGAAAGTCAAACTTAGGAATTTTTAGGTTGGTTTTGGTTTTCACCTTGAAAGTCTCATTTAGGCATTTTAAAGATACGTTGATAGTTAAAGTAACACTTAGACACTTATTGGGTACTTTTTAGATTGATTTGAAAGTAAAATTGATATTTTGAAGTAATATTTGAGATTTGGAGTGCTACTTTCACAAAAGCCCATGGGATGTCTCGAATCCGAAGCAGCCACCAAGCAAATCCCTAACCCAAGTTGGAGTGCCCGAATCCAACCCTAGCCTGCCCGATTTCCTTCCGTTCTTTTCCTCTATGTAGATCATCCTACCGTTTCCCAGATTTCCGACCACAAACACCTTCCTATCTATTTTGAACTTTCCCATCTCGTAGCTTTCCTTACAGTTTTTGAGAGAAAAGTTAGAGAGAGAATAGGGAATCTACTTTTTTGAGGATCTATATTGTTCATCGTTAATGCCTTCACAATCTATTGGATGTGGCAGAAACCTTAAACCTGGTTTTTTGGTGAAGAGATCCTTGTAATAACGGATGAATTCAGCTTTAATTGAGATGTTGACGTTTATTACTTATTAGGACACAGGTTTGTTTACCATTTTTAAATTTTTAATTTTGTTCAAAAGATTAGTTTGTTTAAATTTCTTATTGCTATGTGATTTATCACAGCCAGCATAGCTCTTGATGGATCCGCCGGCCCAGAATACTTCATTGCAGCGCCTCCAAAATGTTGAGAAGGTTGGAATTACTTTCAATATCACAAACGTTTTGTTTCTAGTTCTTTGCATGGTCTTTATTGCAGCACGGCGTTGATATAATTTTTTGGCCAACATTTGTGTTTCATTCCTGCAGAGAATTGTGAGGGTTTTGGAGCTAGCAGGAGGAGTCATGGAAGAGCTTGCCAACCCAGCTGGTCCAAGAAAGGAATTTGTCAACAATCATTGCAGTGAGTTCATGCAATTTATCAAGGTGAGCCCTCTGTTTAGATAGGTTTATTTTGCGTTGGGAGTCTGTGTTTAATGACGTTTGTACTTATTCAGTGGGTTTCATTCTTAATCGTTTTATTTCTCAATACGTTAGGATCTGTTGGTTCCTTCTGTGCTGCCACTTTTGTATGTCGAACTTTTTCTCTGTTGCAATTGTTTATTTATTTATTTTTATTTTGGTCGACCCTACTTTCTCCCATTTCTTTTCTCTCCATGAAAGTACGGTTTCTTCAGGGAAGTCACTTTTGTATGTAAATTTGAAAGTTTGGTTCTTTGATTCAATGATCTTTCAAGTTTTTAGGTTTAAGGGCTCTAGCAAACATCCTTGAACTATTATTGCTTGAGGTTTTCCCTAGTTTTCTTTTTCTGTTTCCTTTTTTTTTACTTTTTATAAAAGGTTTTCCTTTGTTTTCTTAGTTTGTTAACTGTTTGATGGGGGATGGTGCTAACCGTTAGAATTAGTGGGCTTGGCCCTTAGAGGAGTATTTATGGAAAGATTATGGGAAGACTTACCCTATTTCCTAAATGTTTTCCTTTTTTATTCTATTGTGTATTCTATTTATTCTCCCTTAGTGTACCTATAATTTATCAGAAAATAGTAAAACAACAATATCGTGGTTTTCCTCCTAGTACTCGAGTTTCCACGTAAGTCTTGGTTTTGTGTTTATTGCTTTTAATATGGTATTAGAGCAGGTGGTCCAGGAGGCCCTGTGTTCAAGCCCCTGCATTGTTGTTTTCTCCCCAACTAAAATTGATCTCCACTTGTTGGGCCTTCCAAATATTTCAAGCCTCCAAATGAGGAAGAGTGTTAGTGATATATAATTAAATTTGCCTTCAACTACTAGCTTAAGCTTTTGGATGAACTGGTGGCTTCATACAAACAATTATATTTTGGAGGATAGTTGGGAGAAGAAAAGCCCGTTTATGCCGCTTTCCTCGGCTCTATCACTTGTTAGATAGAGAATGCACTCGATATCCTTTGTTTTGCCCTCTTTTGTTATTTTCTTCTTGTTGCCCCTTCATACCCTTACTGACCAAGAGGCAGTTGAGGTAGTTGGCCTTTGTCTTCTTTCTATTGTTCCCAAAAAAAAAAAAGGTGTTTCAACAAGTGTTCCATCATGGATGAAGGGATTCCAAATTTTGGGCTTCCAAGCCATCTAAGGGTTTCTCTTGTAACACTTTTTTTCATATGTTCTTTGCTCCTTCCTCTCAGTTTGGGTGCGTTTGCATTCTCCTCTCTTTGGCTGGCTAAAACTCTAAAATGTTGAAGTCTTTGTTTGGCAAGTTCTGGATGGGAAAGTAAACACACAAGATCATCTACAAAGACATTCATCATTCACTCTATTGCAATAGTATATTTTTTGTTGCAAGGAGGATGACCTTGAATATCTTTGAGTCTTTGTCTTCTTTTTTTTCTATTTATTTTTTTTATGAGTATCTTGTCTAGCTTACGCATGCTGAATAATCTTGTGAGACAACCTGCCTAATCCTACAGTATTTGGATAGAGGAACAATACGATTTTTAGAGGGTCTTGTGCAGTGTAGTTGGGGTATTTTTGCTACAACCCAACTAAACTCGTGGGATATTAAACCTTCAGTAGGTGAATATCATGGATTGAGCCTATGACCTCTTAGCCTTAGAAGCATCTCGCGGCATAGTTGTTTTTGTCCATTTTGTGGGAATTTAGATAGAGGAACAATAGGATTTTTAGAGGGTCTAAAAGATATGGAGATGAGCCCTGTGTGGGTGTTTGTTTGGTTTAATTCCTCATTATGGGTGTCTAATATTCAAGCTTTTTGTAATCGCCAGCATGATTTGATTCTTTTCGATTGAAATCCTTTCTTGTTGTTGAGATGAGGCTGTTTTCTTTTTTATTTGTTTTTTGTGGTATGCCCTTTACCTTCATTCTTCTCGATAAAAGCTTGGTTTCTTATATAAAAAGGAGGAAAAAAAAATGTTTTTTATGGCAAGGCCTCATTGTATAATTTCATTATTCTAACAATTCAAGAATGTAATAGATTTTCTTTTTCATGGTAACTTAACTGGAAATTATCATGGAAAGCTTACATTTAAGGAATGTTATTATAATAAATTTATTCCTCTTATAGTCTAGAATTGGGGAAATCTAACAAAGGAGGAAGAGTGGAGGAGTAAGGTAAGTATGCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTTTGCTGCCTTCTCCTTTGATTTTCTGTACCTCTTCGGTGATTTCTCTAGCATCTTCTTCAATCCTCAGCTTCACTTTTAGTCTTCTCTGGGGTTTCTTTGGCTTAGTTCTTGCTCATGGAAGTAGCAAGTTGCAAAATACTTCATACACACTTTTGCATTTGGCTGGAAAACGACCACTTTCATGTGGAGGATGTGGAAGCTCAACGATCCCTAGTTGTCTCAAAAGCCCATCTGAATTGGTTCCGTGCAGCGATAGCAAAGTTAGTCAGGCCTCGAAGGATCGGTTCTTTCTAAATTTCAAGGAGTTAGACAATGGGGGAACGGAGATCTCAAAGTTCAGATCCGACATTGGCTGGGTTTAATGTTGCTATTTCTGGCCGGTTTCAGGTGGGCGTCAAACCATCAGGGTTTCTTCAGAGGAAGACAAAAAGGGGTGGTCGTCCTTCCTCCAGATGTTGGAACAGTTCTTATCAAACTTGAAGCATAAGAAATGGTTCTCGAGGCATCGCCTTCCAACTCAAATCCCTCCATAGTTCCAAAAGATCGTTAATAGAGAGTTAAGACCTGGGTTTTTCAGCTAATGATCAGAAGTTAGGAAACCTGAGCCATAGCAAAGGAAAGCTTGAATCCTTACAGCCCTCCCCTGTTTTGAAGTTGGGGATTTAGAACCCCTCGGTCTTTGTTTGAGCACCAGCAAAACAGAGCGTTCACTCGGGTCATTTGCATTTCCACCACTTGAGTAGCTGACCTCTCCTTATTGGGTGAAATCTTGAGGAAGATTTCAGCACTCTGGATCATTTCCAAGCTCTTTGTATATAATGATTGGAAGGATATTGTCAAAACTCTGGAGGCTCACTTTCAAGACAAAATCAGCTTCAATCCTTTGTATGCTGATAAGGCATTAATCCGCCTCTCTCGAAGGAATCTGGAAGATTTGGTTGAGACTCCCGGTAAATGCCAGCGTATTGGAATCTTCCATCTTTTAGTAAAAAAATTGGA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mRNA sequence

AATTTTCATTTTTCCCTTTCTAAACAAAATTACTCTCACCACACCCATAATCCACCGCGGTTGCCGCTCGTTCCCTTATAGCCGTCGTCGAACATCCAGTCCAGTTACCATCAGTCCACTCGCGTCGTTTAGGTTCTTCTCGTCGTTTTTTGCTGAGCCAGCATAGCTCTTGATGGATCCGCCGGCCCAGAATACTTCATTGCAGCGCCTCCAAAATGTTGAGAAGAGAATTGTGAGGGTTTTGGAGCTAGCAGGAGGAGTCATGGAAGAGCTTGCCAACCCAGCTGGTCCAAGAAAGGAATTTGTCAACAATCATTGCAGTGAGTTCATGCAATTTATCAAGGATATCCAAGTTACATTGCGGGATGAAATCAAAAGTGCATGTGAATATCGTCCATTTGAGAAGTGTGATTATAGTTCAAGGATTACTAACGAACTTTGCTGCAAGAAACTGGAATATATGATTTCGAAGTTGGATGGAATGAAACAAACTATTGATGATTATCAAGTGAAAATGGAAGATTCTTGAGTCACATGTCCTAGTGAGCTTCTAATCTATCTCTGCCACTTTCCCCATTTGTAGAAACGAAAGGTTGAACGAGAACTTCAGTCATGTATGTATATAATCTATCTCTAGTTGAGCTGATAGCATCCACTTTTGAATGTTGATTCATACAAAGATTCTACTATACAGTATATCTGTTTTATTATCCTATCATCTGTGTTTTTTAGTATCAATTTCGAGAAGGTGACAAATCCAAATCCAGGTAGATCTTCTATCTCAAGGGATGTAAACTATTCCTTGTTTTTTCTTTAATCTATGGCCTTTTCTGTACTTTGGCATGGACCATATCACATTGGCTGTATACATTTTCTTCCTTTTGTTTTTGTCATAGAGACTGTCACCTTCTCAATAGTAAACGGTTGTTTTTCTGGTTTATTTGGAACTATTGGGCTGTTTGGTGAACCGTGATGGAATGAGTTTGCAATGTAATATACTCGAAAACTCTATGTTTGGATTAGGTGTATTGGGCTTGATTTGTAATACTAAACTTATTCCATTCTGACAGTTTTCAATCC

Coding sequence (CDS)

ATGGATCCGCCGGCCCAGAATACTTCATTGCAGCGCCTCCAAAATGTTGAGAAGAGAATTGTGAGGGTTTTGGAGCTAGCAGGAGGAGTCATGGAAGAGCTTGCCAACCCAGCTGGTCCAAGAAAGGAATTTGTCAACAATCATTGCAGTGAGTTCATGCAATTTATCAAGGATATCCAAGTTACATTGCGGGATGAAATCAAAAGTGCATGTGAATATCGTCCATTTGAGAAGTGTGATTATAGTTCAAGGATTACTAACGAACTTTGCTGCAAGAAACTGGAATATATGATTTCGAAGTTGGATGGAATGAAACAAACTATTGATGATTATCAAGTGAAAATGGAAGATTCTTGA
The following terms have been associated with this gene:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR019404Mediator_Med11
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0001104RNA polymerase II transcription cofactor activity
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0006357regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016592mediator complex
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006357 regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
biological_process GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated
cellular_component GO:0016592 mediator complex
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
cellular_component GO:0005667 transcription factor complex
molecular_function GO:0001104 RNA polymerase II transcription cofactor activity
molecular_function GO:0003712 transcription cofactor activity
This gene is associated with the following unigenes:
Unigene NameAnalysis NameSequence type in Unigene
MU50655melon EST collection version 4.0transcribed_cluster
MU51826melon EST collection version 4.0transcribed_cluster

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
MELO3C008876T2MELO3C008876T2mRNA
MELO3C008876T1MELO3C008876T1mRNA


The following transcribed_cluster feature(s) are associated with this gene:

Feature NameUnique NameType
MU50655MU50655transcribed_cluster
MU51826MU51826transcribed_cluster


Analysis Name: InterPro Annotations of melon
Date Performed: 2016-09-28
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR019404Mediator complex, subunit Med11PFAMPF10280Med11coord: 8..110
score: 1.1
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 101..118
scor
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR22890UNCHARACTERIZEDcoord: 1..117
score: 1.2