Lsi05G004200 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls)
The following sequences are available for this feature:
Legend: CDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCTGATAGGATTGCAACTTTACGCAAGGAGGTCAGAAATCACTTTACTCAAATGACAACTTCTTATAAAGGAAAAGTTGATGTCCATTGTCAATTCAAAGACATGTTTTCGTGTTGGTACTTATAACAAATTGAAACCAAGGAAGTTTGGTCCTTTTTGGGTTCTCAAGCATTATGGAGACAGTTCTTTTAAAGTGGAGCTTTCGGATGACTTGTGCATCAACCCTGTTTTCAATATTGTTGATTTGTCTAAATATTTCCTTCCACATTCCTTTTCTCTCAGTTCCTGTGACGTAGTAGGATTAGGGTAAATTAGGGTATCTTGGTCAAATTTATGATTGATTAGGATTAGAATTAGTTTCCTTGATTGATTAGGATTAGGATTATGATTGATTTTCTTAGTTTATTAGCATTAGGATTAGTTTCTTTCATTATTAAGATTAGAATTAGTCTACTTTCCAATTCTCTATAAATAAAGTACTTGTCTTTTTGTATTGATCTTCCAACAGAGACATATCAGCATCAACAAAATTCTCATACAACACTAATAAACGAGTTTATCAAATGCTTTTATCAATCATTTTCAAAAAAGGTTACTACCATCCTTGATAAACGAATTTGTTCTATTGAAGCCAATGGAAATTATTCAGTGCAGTCTCTAGTCACTCATCTTTCAAGAGCTTCTCCTTTAGAGAAAAACTTGAAGAAAGCGCTTTGGAGTTCCAAGGGTCCTCGGCGGGTTAATATCACAATTTGGATTATGTTGAATGGGCAATTGAACTGCGCCTCTGTATTGCAAAGGAAATTGCCACTGCACTGCCTCTCGCCCAGCATTTGTCCCCTCTGTTTGGCTGGAAATGAAGACCTACAGCACCTGTTTTTTTAATGTGTTTTTGCTGAAAATTGCTGTCATTGTTTAATTTCTTATTTCAACTTATGCTGGGTGTCTGGGAGTTCTTTTAGTGATAATGTTTTGCAGATTTTGGTGCGTCCTAAGCTCAAACCAGCCCCTAAATTATTGTGGTATAACGCGGTCAAAGCATTGCTAGTGGAATTATGGTTTGAAAGGAATCAGAGGGTGTTCCATGACAAGGCTACTTCGTGGTCCAACCATTTTTTGATTGCTAGGTTAAATGCCTCTTCCTAGTGCACACTTGCCAAAGAATATGCTGATTACTGCATCCAAAACTTGAGCCTTAACTGGAAAGCCTTTATCTTTCCAACACCTTAGAGATTAGTTTGTTTTTAAAGGATTTTGTGTAATTTTCCAGATTCATGGTTTTTAGTTCTTTGGTCTTTGACCCACGTATTCAGGTTTCCCCTTCTCATATTGGCTATTTATTATGTTTGCACTTAGTGTGGAATGATGAGAGTGCTAAGGGAGGTGTCAACCTAGTTGAAATGTCCGGGTGCATTCCTTGATCCTTTCCAACTTGATGTTTGTTCCCTATTTTGTATATTGAGCTTTTATCTCAATTCATTATATCAATGAAAGAGGCTCGTTTCCTTTTAAAAGAAAAAACAAAACAAAAGAAAATTCTCATACAACAAAGGTAAAGACACTAACAAACTTAAGGCAACATCCTCATCATCTACCTTAACCTCCACACTACGCAAATCTAGCAGGATTTTCTTTAACTGATTTAGATGATATTTAAGGGACCTACTTTCTTGCATACATAGATTGAACAGATGTTGCTTCAGAAGCAACTTCTTGGTTAAAGACTTCGCCATGTAAAGACTTTCCAACTTCAATCAAAGATTAGCGACAGTTTCTTCATCTGCAACCTCGATGATGATGTCATCAACCAAAAATAGCATGATAGTTGAATGGGCCTTCTCCTCCAGACTCTTCCACTCTTCGTCATCCACGACTACCTTCTTCGACTTATCAGTCAGCAGTGCCTAGAGACCCTGCTGTTTCAATAGGAATCGCATCTTGATCTGCCATAGACCGAAACTATTCCTCCCATTGAATTTATTGATTTTCACGCTCATGATAGACATCTTTGTTTGTCGATCAGATGCAGAATTTCAAGCCCTAAGGATTAAGCTCTGATACCAATTTGTTATGGAATCGACAAATAAAAAAAACATAAAATGTAAATAGTAGAGAATCGACATGAAGATTTACATGGTTCACTAACAATGTGTTAGCTACGTCCACGGGCAGAGGGAGAGAGGCGAGCAATCTATTATTAGAAAGAAAATATCATATTACAGATTCAGAGAGGCATCTCTAGTGAAACCTTGCGGATTTGACCAAACCAACAACCTCCACATAACTTGAATAAATTTCCTTCTCAATATTTCAGGAGAAAAGTTAGAGGGTTCTTTGTCTCAAGGACTCGTAAGGGAAGTATAGGGAGTGTAGTCTTACAAAGGAATCAAACACGTTGTAATGGACTCCATATCTGTCTTTGGTGTGGTTCATTTGGTAAGCTTCTAGGAATTTACTATTTCAATTTGATGCAAGTGTGTAACCAACTTCTGAAGACTGCCTTACCTTACAACCTTGTAATGGACTCCATATCTCTCATTTGTGGGTTTCGATGTTGTAAACTTAGGCATTGTTTGTTATGTCCCAAAAGTTTAAGCAAGTAAATTAGAAATAGATTTATTTATTTTTGCATTTTCCTGTTTGAATATGTAATTAAAACCATGTTTGTTTTTGTGTCTTTCTAAACTAGATATTTAGACAACTGTTTTTCTAACTTTTGTTCTTTTTAGTCAAAATTTTGGTTTTCTATGAACTTAGTATTCTTTTCAATCGATAACCCTTTACATGTTGCAATTATTGTATGATATTAAGGCAACTTATCATTTTCTTTGTGATTGATAGGTGGTTGAATCTGCTTTCAACGATGAAAGAGGAATGATAGACCTACCTGATGGTCTTATCCATTTTAGAATGAATATCGTTGAGCTTCTGGTGGATATTTGTCAAATTTTAAGGTCTTCCAGATTTATGGAAAAGGTATGCTCGTTTGTGGATGTGCTTTATCAATGGTAAACAAGTATGAAGTAAATTTGGTTTAGGCACTATGTTCATATCTGTTATATGCAAAGCACATTCACACTTCTTAATTTTCTGTCTAAAAAAATTGAATTGAAGATTTTGGCGCTTGGAGCTGATAATAAATGTCAGAGAAGAATGACGAGGGCAAAACAATATACTTATGAAGAGAAATCCTAGCGGAATTAAAGAAAGAATTCTCACATTGTTTCCTCTACCTGGTTAATATTTTCATGGATGATAAAGTTCTCATGAGATTTGAAGATGAAAGAATGTTCAGAAGCCTTGGTAAATGGAGATAATTTGGCAGCTATCATTTGAAAGTAGAGAAATGGAATCTTGTGAAGCATAAGAAACAAGAAGTGAAAATGGGGATTGGAGGTTGGATGGAACTTCAGAATTTTCCTTTTAAGTATTGGAATAATGGCAATTCCTTGAAGCCCTAGCCAGTCACTTGGGGGGATTCTTAAGATGCTCTACCAATATGACAATACCTTGAATTTATTTGATATCAATTTGAATTGATCATCTTTCATTGTTCCTTTGTATTTATCGTTACTTTCACTCTTATTGGAGTTTGTATCTTTTGTGCATTAGTCTATTTTCATTTCTCGAATGAAAAATGTCTTCTTTTGTTTAAAAAAAGAGATTGTTCTCCCCTTTTGTGTACTTTTTTTATCAATGAACTTTTTGTTTCTTATAAAGTAAAATAAATAAATAAAAACAAGGGAGGTGTAGATGAGACTGAGTTTTGTAGTTATCGTTTGATAAATTACCCCTAAACCTAAAAGTTTAAGAAAATAAGAAAGTCTTTTTCCATTTGATGTTAGAAAGAATTTGGTCTGGAAATAGGACTTCTTACTTTGATACCATGTTAAATCACAAAAGTTTAAGCTTCATTTTGGCAGCCGGTAATTGATAAGATTCGTAGAAATTGGATAGGTGGAAACGCTTAAACTTTCTTGAGGCGGAAGATTAACTTTTTGTAAGGCAGTGTAATTAAATCTTCCAAATTATTATATGTCTTCTTTCTTAAACTAAGAAGTTTAAGCTTGTAAGTTATGGTAAATTAAATCTTTTATCATTACTTCCTGACCGGTATCTCATCCAAATTTGTGTAGTTGATATTTGTTGAGGGTAATATAGGATTATTGCTTTGTTAGAAACAGTACCCTCACGTGGAAGCTAAAGAGTTTAATTTTGGTTTTGGTTTCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGACTTGGAAATAATTGCATTCCTGCTGCCTCTCAGTTTTCGCCTATTTTCTTTTGCATTGTTTTTTTAATAACCATCTGTAATCTTAATTTCCTTTCTATAATTTTATTTTTTTTTGTAGCTCTTCTTCAGTGGTTGGACCAATGGTAATGTACCAATTCCTTGGAAGGAAGTGGAGAGCAAATTATTTGCTCTTAATGTGGTGAGGCAACATACCTTCTGTTTTGTTTTGTTTCTTATATTAGTAGATGTGGCCAACTGGGGATCATGTAGCTCCCAGGTCCTTGGTACCTTTCAGTATCTTAATGGAAAGTGCTTGTTTCTTATGAAAAGAAAAGAAAAGAAGAGTAAAGAAAATCACCATGTAGCACTACAATATTCATGAAGATATAATAATTCCTTCAGCAAGTACTTCCTTTCTATACCATTATTATTATTATTATTTCGAAAAGGAAACAGATCTTTTCATTGAAGAAATGAAAAGAGACTAATGCTCAAAATACAATAAAACCAAAAGAAAAACTTGGAATGAGAGTGCTGGGAATAGCAAGTTCAAAATGATCCATCCAAGGTAGTGATCTATCATGAAAAACTCTTTGATTCCTTTCAAACCAAATTTCAGCAAGAATTGCTTCAACAGCATTTGACCAAATCAATTGAGATTTAGGCTTCAAATCTGGACCGACCAAAATCTGAACCACGTTGTCCTTTCTATACCATTA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ATGGCTGATAGGATTGCAACTTTACGCAAGGAGGTGGTTGAATCTGCTTTCAACGATGAAAGAGGAATGATAGACCTACCTGATGGTCTTATCCATTTTAGAATGAATATCGTTGAGCTTCTGGTGGATATTTGTCAAATTTTAAGGTCTTCCAGATTTATGGAAAAGCTCTTCTTCAGTGGTTGGACCAATGGTAATGTACCAATTCCTTGGAAGGAAGTGGAGAGCAAATTATTTGCTCTTAATGTGGTGAGGCAACATACCTTCTGTTTTGTTTTGTTTCTTATATTAGTAGATGTGGCCAACTGGGGATCATGTAGCTCCCAGGTCCTTGGTCCATTGCTGAGCTATCCCTATGATACTCTGCCGATTTCTACTCTTAGAATGCTTTATCTATCAACTGAGGATGAGAGTAATCACCAGTGGCCAAAGCAATTTTGCAGTGATGGACAATATGTTGCTGAGGTAGTCCTACAGGAGGGTCAAAGCTTTGATTTCTCCGTTATCACGCAACTGGTGACCATGCTATCAGCTAGACCTTCAAATGAGATTAAAGGCGTAATGTGCCTTGTTTATAGATCCTTGGCAGAAGTTGTTGGATCTTACTTTAGGTCAATATCTGCTTTTCACACTGATGCCAGACCCTTGCTATTATTTCTTGCTACTGGGATCACAGAATCTGTCTCTTCACATGCTTGTGCCTTCGCCCTCCGTAAAATTTGTGAAGATGCAACTGCTGTAATCTTTGAACTGCCAAATTTGGAAATTTTGATTTGGATCGGAGAGGTAATATTCTGTCTGATTACTAGTCTGGAGAAGTTGCATTTACCTTTGGAGGACGAGGAAGAAGTAGTGAGTGCTGTAAGTTTGATTCTTGGTTCGGTTCCTAATAAAGAACTGAAGAGCAACTTGTTGGCTAGACTACTTTCATCAAGTTATGAAGCAATTGAGAAACTAGTTGATGAAGATAACGCACTATCTCTGAGACAAAATCCTGCTGCTTACACGAAAATCTTAACCTCTGCTGTGAGGGGCCTGTATAGGATGGGAACTGTATTTAGCCATCTAGCTACGTCTTTGTCCACTGAGCCTACTCTGGATGATCCTATGTTTTCTTTGTTGATAGTTTTCTGGCCAATGCTAGAGAAACTTCTAAGATGTGAACATATGGAGAATGGTAATCTCTCTGCAGCAGCTTGTCGTGCTCTATCTCTAGCCATTCAGTCTTCAGCTTCAGTTATTGTTGAAGAATATGGCCATCAAGAAAAATTTGGGCATTTGTTTATCACCACTTTTGAAAGGTTTACTTATGCAGCATCCGTAAGTGCTATTAATTCCTCGTACATATGTGACCAAGAACCTGATCTAGTGGAGGCTTACACAAATTTTGCATCAATTTTTCTCCGATGCTCTCATAAGGAAATATTAGCTGCATCTGGTTCTCTTTTGGAGGTTTCATTCCAGAAGGCTGCTATATGTTGCACAGCCATGCATCGTGGGGCAGCGTTATCTGCAATGTCATACCTATCTTGTAGTAAGATTTTCACTTCAAAGACATGTGGAGTCATTTGTGGAGCAATTTCTTCTTGGGCTTTAAAGGATATGGACACAGGTGTCTTCCAAACCCTAGCCGTCCGTCTCTCAAGTTTCTTGGATGTTAGTCTAGCATCAATGTTAGAATTTGCAAGTAACAATTCTGAGGGATCATTCAATTCTATGGTTATTCGCGTCCTATCCCACAGCGGCGAGGGACTTGTATCCAACATTCTGTATGCTTTGCTTGGTGTTTCAGCAATGTCACGGGTTCACAAGTGTGCAACAATTCTGCAACAGTTGGCAGCAATTTGCAGTGTCAGTGAAAGAACGGACTTGAAACCTGTCCTGCGCTGGGAATCTTTGCATGGCTGGCTACTATCAGCGGTGCAGGCTCTCCCACTTGAGTATTTAAAACCAGGGGAAGTAGAAACTCTTGTGCCACTATGGTTAAAGGCTTTTGGAGATGCAGCCTGTGACTACCTTGAAAGTAAAAGTTGTGATGAAGACAATACTAATTATGGACATATGCAAGGGAAGGGTGGAAGAGTCCTGAAGCGTCTAGTTCGTGAATTTGCTGATGGTCACCGCAATATTCCAAATGTGACTTAA MADRIATLRKEVVESAFNDERGMIDLPDGLIHFRMNIVELLVDICQILRSSRFMEKLFFSGWTNGNVPIPWKEVESKLFALNVVRQHTFCFVLFLILVDVANWGSCSSQVLGPLLSYPYDTLPISTLRMLYLSTEDESNHQWPKQFCSDGQYVAEVVLQEGQSFDFSVITQLVTMLSARPSNEIKGVMCLVYRSLAEVVGSYFRSISAFHTDARPLLLFLATGITESVSSHACAFALRKICEDATAVIFELPNLEILIWIGEVIFCLITSLEKLHLPLEDEEEVVSAVSLILGSVPNKELKSNLLARLLSSSYEAIEKLVDEDNALSLRQNPAAYTKILTSAVRGLYRMGTVFSHLATSLSTEPTLDDPMFSLLIVFWPMLEKLLRCEHMENGNLSAAACRALSLAIQSSASVIVEEYGHQEKFGHLFITTFERFTYAASVSAINSSYICDQEPDLVEAYTNFASIFLRCSHKEILAASGSLLEVSFQKAAICCTAMHRGAALSAMSYLSCSKIFTSKTCGVICGAISSWALKDMDTGVFQTLAVRLSSFLDVSLASMLEFASNNSEGSFNSMVIRVLSHSGEGLVSNILYALLGVSAMSRVHKCATILQQLAAICSVSERTDLKPVLRWESLHGWLLSAVQALPLEYLKPGEVETLVPLWLKAFGDAACDYLESKSCDEDNTNYGHMQGKGGRVLKRLVREFADGHRNIPNVT
BLAST of Lsi05G004200 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0L6T7_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_3G253520 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 686.8 bits (1771), Expect = 2.8e-194 Identity = 382/450 (84.89%), Postives = 387/450 (86.00%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. TrEMBL
Match: W9QX28_9ROSA (Uncharacterized protein OS=Morus notabilis GN=L484_007573 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 661.8 bits (1706), Expect = 9.7e-187 Identity = 369/599 (61.60%), Postives = 423/599 (70.62%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. TrEMBL
Match: B9IA38_POPTR (Importin-related family protein OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0014s13730g PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 637.1 bits (1642), Expect = 2.6e-179 Identity = 354/593 (59.70%), Postives = 420/593 (70.83%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. TrEMBL
Match: A0A0S3RWC0_PHAAN (Uncharacterized protein OS=Vigna angularis var. angularis GN=Vigan.04G235100 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 636.7 bits (1641), Expect = 3.3e-179 Identity = 354/594 (59.60%), Postives = 430/594 (72.39%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. TrEMBL
Match: A0A0R0FX12_SOYBN (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Glycine max GN=GLYMA_16G0444001 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 634.8 bits (1636), Expect = 1.3e-178 Identity = 349/594 (58.75%), Postives = 429/594 (72.22%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. TAIR10
Match: AT1G12930.1 (AT1G12930.1 ARM repeat superfamily protein) HSP 1 Score: 594.0 bits (1530), Expect = 1.3e-169 Identity = 335/595 (56.30%), Postives = 414/595 (69.58%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. NCBI nr
Match: gi|778680546|ref|XP_011651341.1| (PREDICTED: transportin-3 isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 756.9 bits (1953), Expect = 3.2e-215 Identity = 435/604 (72.02%), Postives = 453/604 (75.00%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. NCBI nr
Match: gi|778680555|ref|XP_011651344.1| (PREDICTED: transportin-3 isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 756.9 bits (1953), Expect = 3.2e-215 Identity = 435/604 (72.02%), Postives = 453/604 (75.00%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. NCBI nr
Match: gi|659098064|ref|XP_008449960.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103491690 isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 752.7 bits (1942), Expect = 6.0e-214 Identity = 433/582 (74.40%), Postives = 453/582 (77.84%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. NCBI nr
Match: gi|659098062|ref|XP_008449959.1| (PREDICTED: transportin-3 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 752.7 bits (1942), Expect = 6.0e-214 Identity = 433/582 (74.40%), Postives = 453/582 (77.84%), Query Frame = 1
BLAST of Lsi05G004200 vs. NCBI nr
Match: gi|700202562|gb|KGN57695.1| (hypothetical protein Csa_3G253520 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 686.8 bits (1771), Expect = 4.0e-194 Identity = 382/450 (84.89%), Postives = 387/450 (86.00%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of Lagenaria siceraria
Date Performed: 2017-09-18
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene:
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