Carg05038 (gene) Silver-seed gourd

Overview
NameCarg05038
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma (Silver-seed gourd)
DescriptionUnknown protein
LocationCucurbita_argyrosperma_scaffold_060 : 991276 .. 996127 (+)
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGTCGCATAGTCCCCCATTTTCAACTCCATCGAACCAACCTCGACGTTGGAGACTCAGTGTGACGGAAATTAGGGACAAATAGGGTTTCTCAACGATGCTTCATGGCTGACATTTGCAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTGATTATTGTGTTTCTTGTTGCTTCCCGGTTCAATTTGTGAAACCCTAGAATTTTAAATTTGGGGATTTTCCTGGGGTGCAATGATTCTGTGTTATTCTACCTTAGGGGTTTTAATGGCCGCATGATTGTGTTTCGTATGTGTCATGCATTGTTATTGTGTGCATCGAGGTTAGTGTTGCAACCTTGTTGATTCATGATTAATAGCCATGGGCACGAAAATTTATCGTGCTTTGATGCATATGAATAGAAAATTTCGTCGAGTTTGTTCGAATGGTAGGTTTATTGTTTCTGAAGCTTCATTTTATCCGTCGTGGACACGCTCGTTTGGGAATTTACAAGACAATCAGTTGCAGCTGCCATGCTGTAGCGGGCACTGTAGCTGGTTTTCATATTTCACGTAACTCATGTCTTGCCTCCTAATAATTAATTTAATCTATTTAGTTAATTCACTTATTGTCTTTTAGTTGGTTCTTCTAATTCTTGTTTCTTAGAATTCTACCTTCGCCCAAATCATTTTGTGTTTGTGCATGCTCAGTACTGATATATTTTTACTTTTAGCTATTTAAATCCATGGTGTTGCGCTTAGAACAGCTCAGTCGTGTTTTGTTCTTTTGCTATGTGTGCGTTTCCTGTTAGAGGGTAGATATCTTAAGGTTCTGCCCAAATTAGACTTGGTAAAAGGATGGGACACATTGTTTTTTTTTTTGATAAGAAGAACGAGACACATTATAAATCTTGGAACTCAAATCTAAGTTGGTTAAGTACCCTTCTCTCTTCCATGGATTGACCTAGTGATCTTTAAGGCCAATTAAAAAGTGTAAATGGTTTAGGGGATGGGTTCAAACCTTGATTGGTACCTATCTCGGATTTATATTTTTCAAGTTTCCTTGGCAACTAAATGTAGAAAGTTAGGTGGTTGTCCTTTGACATTAGTTGAAGTGTGCTTAAGTTGGCATCGACACTTGTTGATATCTAGAATAGAGAAAAGGTACCTATTGGCTCTTTGAAGTTTTTGTGAAATCTATTTGATAATTTCGAGGGTGAAGTAGATTGCCAAAAACATATAGATGTCAGAGCACTTGGTCTAACATTACGAGCTTCAGCTTTAGAATATCTTTCAGTTCATTGATTGTCTGTATAGTGGATTGGAATTGAGTTTTTGGGATCAGAAGAAACTTTTTCAAGCAGAGTTTTATGTGATGGAAAATGAAGATGTTCTTCATAAGATGGTTGAGATCTTAAGAGACTAGTTATTTGTACAAGAATACAGTTCTTCGGCACTTGAAGATTTTCTTTGAATTGTGACTCAGCCAATATACCACTATGCATATGTTGCAGTGGTTGTTGGCATTTTTGTTCTTGGGCTGTTTCTGATAACCCGAGTAAGTGAAAAAGTTGTTAGAAAAGTTGAAAGTCTTTAGAGGCTTTTCTTTTGAGGATGGACAGAGGGAAGAAAGCAATCGTTTAATCCATTCCTTGCCTTGGTTAGCTGACAGGCTTGGAGAGGTCATTGCTGGTGCTATTATTCTTCTTCCCAACAGCATGCAAGCTTTTCCTGTGTTTGAGTCAAGCAAGAAAGCCACAGGTTTTTTGTTGAATTTTTTTTGCCCAGATTCTTCCTTAAAGCTATTTTTGACGCTTAATTCTGTGATGGGAGGTACATTGGAATTTTATAGCTGTTTGTTTGGTTGTAGATTGGAGTGTGCTTCTATATTAGTGTCTGGTGGTGGGGATTTTCTCTACCTTGGACCCTAAGTTTTTATTGTTGATATTTTTCTCTTTATACATCTCTTTCTAAAAATTGTTGGTTAACTTACCATTTTGGTCCATATACTTTGAATTTCAATCTATTTCAGTTTCTGTACTTTCAAATGTCCAAATTAAGTCACGTACTTTCAATAAAGCTTAAAATTGATCCCTATTGTTTGTTATTTGTTACTTTTCTAAAAAACTAGTCTCTGTTTACCTTCTCTCTATAAATTTTGGTAGTATGTTCACATTTTTGTCTTTTCCTACATAAAAATTATTATTATTATTTAACTGATTTTGGGTAACAATTAACTTCAAACTTATGATAGAGACTAGTTTTAAGATTTAATGAAAGTACAAAGACTACCGGAAGTTCGTAGACCAAAATGGTATTTTAACCAAAAATGTTGCATTATTTTCTTTCCGTAGAAAAAGATATTGGATTCTTTATGTCAATGTTCTACCACTTGTATGGAGGGAATGATACCTATAGGTTTTCTTTGTACAAGATGTGAAGATCTTCTTTGTTGGGATATGTAGTTTTGACTTTAACCACCAGTAGCGAAAGGAGCAAGCTGCAGATTGGGTTGGCCACTCATCTAGAATTTAAAGTATATAATATTCTTCTAATTTTTAGACAGTTGTTGTGGAATGAATTAGGTGATTGTCTCATGAGAACTATTGAATGTGTGCACTCACAAAGTGGTTTGGCACTCAGTCATAAACAAAAGAGTAGCTTTGTATGTATCAAGGATTGTAGTGTTACTTTTGTTAGGTGCTAAAATATCTTATTTGTTTTGTTTTAGTATAGGACACAAATGAATATTTTAGGTTGTTTTAGATCCCTTAAAGACACATGATAGATATTTTCTAATATTGAAAGATATGGTATTAATTTAAGGTGTTATAGGTTTTTCTTTCTTAGGAGCTTTGGATAGTTTTTGTACCAGCCATACATGATGTGGGTGTATAAACTATATTCCCTAGGCTGATTATATAACTCAGTCCCTAATGCTTGTTTCATTTTTTTAGTTTTGTTGCTAATCTTTTATAATTTCAATTTGATTTTTCATATCCTTGAAAATTTTCAAGCAAGTCCTGAACATTCCTTGTTTTAGTTGCTTTATTTTCTATAACAACGAGCAATTTTGTTTTCAAGCTGGATAAGTTACTGTTCCAGGTTACAAGGAGTGAGTAGGGTTCTGATATTACGGGCAAGTATAGTAGCATTTCTTTTGAGAAAGAAATGTAATTAATTTCAGTCACCAGTGGTGGGTTACAAAAAGGATCTTTAAATAGTGATTAGAGTAGAAAGGTGCATAATACAAGGTGCATAATACAATACCATTTTAATGGGCCCATTTGCTATAACAGCATGCAATTTCATGTTAGGTAAGTTACTATGTTCCAAGTAGTATGAAATGAGTAGGTTTACATTTTGGGAGAAAGTGGTAGGCTTATTTCATCAAATTTAGATAATTTTTTAAATTCAATTAAGGCAAAATATATGCTTTAGTATAAATTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTTTAAATTAATCCCTATTGTTATTGAAGTTTCAATTTAGTATATTATGTTTTAACATTTTTCGATTCTATCCTTCCTATCAATGATTGTTAAGCTTTCATGACATGATACTTAGTGAATGGGCAAAAAGTTATACGAGTTCGGCTACTTTAGAATTCCTGCTTTAAATATATAACAAGTTGACATAATTTTGAATTAACTTCACTTTGCGGGTCTAATTCCTACTCTAAGTTTCTACCAACTCACTATGTACCATGCATGGGTTTATCATCCGCCAGTTTTAACATTCATTTATGACGAAGTTCTATGAAAAACTGTTGAACGTAAGGGACTAGATTGGAACTTTTTAGACAATGGGGACTAAATTTTAAAATATGCTTAAAACTTTGGGACTGATACAGATATTTAGCTAATTAATTCAATGTCATAAAATTAAATGTACTATGACGGCATATTTTCATTTTATCTGTGTATTTTAACGTTGTGTGTTAGTAAAAATTTGATTGAAAAAATCTATATATTGAACAATAAAATTGAATTTTTTAAAAGATTTGGTACTAAATTGAAAATAAGACCATCATAAGAGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTCTTTTATTTTATTCTTTTAGCCTACTTATTTAGCAATCCTAGAAGTGATAGTGTGTCTTTTCCTATTTTTAGATGATGCTTCTGTGGTTTTATTTGCCTATGATTCTTCTTATTTACTCAAGGGAAAACAAGGAGGAGCTGTTGCATCGATTTTTGGGACAATTTGAGTTTAGTCCGATCTACACAACAGACATCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCCCTTGAATTCTACTGGTTTACAGGCTGAGATGATGTGGTGCTAGGAATGCTTGAGTACCTATATCATGAGCTGTATTTTTCATCCCAGGCTAATTGACAATGGTTTGCTCCACTGTATGTTGTGTGCTTTCATTTATATTGGAAGTATAGTTCAAGTTACAATGTGCCTGGATTTGAATAGTTTCATATGGTGGTTGATGTTGAACTTAGGAATATAACCATTTGAAACTTTAATTAGTTTCTGATTTTTGATTGTATTCTATTATGATTTTTGAAGTTTTTGTGTTTTACTGGTTTCGATGGATAATATTGATGAGAGGAAACTATTGTAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

mRNA sequence

ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

Coding sequence (CDS)

ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

Protein sequence

MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPTISLAQNPRAHQAEGINSPGSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS
Homology
[Close]
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match: KGN44606.1 (hypothetical protein Csa_7G342000 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 4.5e-17
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 60/94 (63.83%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPT--ISLAQNPRAHQAEGINSP 60
          M+THIFKGP       + P    G    L  F S   + T   SLAQNPRAHQAEG NS 
Sbjct: 1  MNTHIFKGPLLRRLLHAQPTTRRGTCCVLGQF-SFHFNSTNFFSLAQNPRAHQAEGTNSL 60

Query: 61 GSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 93
           SPIIA   SNF TL EIQVMMQECMDAAEALLS
Sbjct: 61 SSPIIAFPASNFFTLLEIQVMMQECMDAAEALLS 93

[Close]
BLAST of Carg05038 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0K9W9|A0A0A0K9W9_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G342000 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 3.0e-17
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 60/94 (63.83%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPT--ISLAQNPRAHQAEGINSP 60
          M+THIFKGP       + P    G    L  F S   + T   SLAQNPRAHQAEG NS 
Sbjct: 1  MNTHIFKGPLLRRLLHAQPTTRRGTCCVLGQF-SFHFNSTNFFSLAQNPRAHQAEGTNSL 60

Query: 61 GSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 93
           SPIIA   SNF TL EIQVMMQECMDAAEALLS
Sbjct: 61 SSPIIAFPASNFFTLLEIQVMMQECMDAAEALLS 93

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN44606.14.5e-1760.64hypothetical protein Csa_7G342000 [Cucumis sativus][more]
BLAST of Carg05038 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg05038 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg05038 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
tr|A0A0A0K9W9|A0A0A0K9W9_CUCSA3.0e-1760.64Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G342000 PE=4 SV=1[more]
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg05038-RACarg05038-RAmRNA