CmaCh01G002610.1 (mRNA) Cucurbita maxima (Rimu)

Overview
NameCmaCh01G002610.1
TypemRNA
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu))
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr01 : 1234964 .. 1239606 (+)
Sequence length327
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGGTACGTCTTGGCTTTCTTATGTAACGTTGAGATGCTCTTCTATAATGCCTCAATGCTACTCTCGTGGGTAGAATAGCTCGAGTGTTACAAAGTCAAACATCTAGTTGTTCTAGGAGCATTGAGAAGCTCTCCTATTTTTTGTCTCGAGCTCCACTAAAGACGTCACAACTTGTATGGTATCATCAAGCCATAAATTATAGCCTACTCATCATAAAGTTTGTAAGTAATAGACATGTGCAAGAAAAGCGTATCAACGAAGGCTCAAAGATAAAATTTATAATCTTTTTATACCTTTTCAAGGGTCGTTTTCAAAGCTATCGTGTAATTGGTTTCTTCACACGAAAAAATGACTTTAGGTACCTTTCACAAATAAGACGATATAATTGATTTAAGTAAAACATGCATAACCATGAATTTCCAATAATTGGTATATGCAGTAACTTTCATTTCTAAGTCTTTCTTAGTCATCATATCATCATATCACTCTTAGTTGAATGTGGTCCCAGTTCTCACCGAAAAATAAAGGTGCACCTTATTGATCTAGGTAGTAAATATTTTTTTATTAAATAAATAGCACTTTTTTTGTGATTTTTTAAATTAAATTACAATTTTAAATTTTTTTAGTGACTAGACTTATTCCTATCAATAAAACTTATATATTAAATATATATATATATATTAAAAAAATTTAAAGACTAATGTATCAAATTAAAAAAAAAAAAAATCAAACTCAAAATTTAGAAGAGAAAATATAATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTAAAAATATCGTTATTTAGTGTGAGCATTGCTTTAATGATATTGAAACAATATTGACAAATAAATATATAAAAAATCTATTAATTTTAAAATTTATGTGAAATAAAATTAATTAATTTTAGAAAATTATGAAAAAATTAGACACAAATATAAAAGTTAGGGACTAGATATGTAATTTCACTTTTTTTTTTAAACCTTTTTGTCCAATACGACAATATTTTACCTTAATTAATTAGAATAAAAATTTCTTAATTGCCATATATTTGTTAAACGACGTCGTTCTGTCTAACAAGTAGATTTATAGGTAGCAAACATAAAAATGACGTTCTATTTCTTTGAAGAATTTTCAAAGCAATATAATAATTCTTTTTTATTTTTACAAAACATATATAAATATTAAAATTTTCACTGTGTAAATTCTCCACAATTTTATTTTAAATCTTTAATTTAAGTACTTTTTCATCTATACTTAATTTTTATATCTTTAATAAATCTTAAAAATAAAAAATATATCTTTATTAGTGTTTACTATAATTTTTTTATTTAATTAATTTTCAAAATTATTAAAAATACGAGAACAAAATATAGACATTAAAAAGTACAAAGATTAAAATACAAAAAAAAAAAAAAACTAAGAGTCGATGATTTTTCTTTTCTATTTCAAACTTTTTTTAATTAAAAAAACGTTCGAGTAAGTAGCCATACAGTGTCACATGGCCACTAACTAGCCTGGTACTTGAGAAGATGGAAAAAAAAATATAAAAAATAAATAAAATTAATATTAATAAGCCATGAATTAAAGGAAATTTAATTTTGAAGTTATAATATGTTTTGATGGTACAGATTTAAAATTGATTATCCACATGGGAGATCAAGAGAACCATTTTAATAATTTTATATTTTAGTATATATTATATACTTTTAAAAATTAATTAATATTCGGTATATTTTGAAAATTTGAAGACCAAAAGTGAAAATATCAATTAACAATTGTCACTGTTTCAATTTGGATGACATCATTCTTAACTGTTGTTGTATAATAATGACACTCTAGACTGACTTTGTAATTAACGGTTGTCGTATATAGTCTAAGATGATGGTAAAAGAGTCCTGAAATACGTTTAAATTATGTGAGTTTGATCATATGTGAAGTACTGGAAAATAATGTTAATGTTCGTTTTTTGTGTAATGATTACGTTATTGAATAAGAAAGTCGTTCATTAATGAATTTATTAAATGAGAAAATAGTTTACCGACAGTAGAATTATTTAATCGTTGAGTAAATCAGTTAAAGGCACTCAAATTTATTTTTTATTATTTATTTTTATTATTATTATTATTATTGTCTTGGCTCAATCTTAAGTCACGTTCTTAAGTGAAAAATAAATAAAATTAATTTTAATTTCCATATTATTTTTTACCCGAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTATTTATTCAATTATTGATTTTGGGTAAGTGGGGCAAGTGGGGCTGCCCGAATTAAATCGGCTGCCGCCCACCAACAGTAAATCCGACAGTAAAAACACTCCACATCAACCCAGCTAGGAATTCCGACATATTTTCCTTAATTTTTTTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTAAATGATAATGGTTATTATTTATTATTATTAGTTCAATGACGGTGCATTCAACCTACATTATGCTCTATTTAACTCTACCTTTAACTTTAATTTCCTCCTAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATTATATAATAGCTTTGGCCCATTATGAATTCACCTCTAAAAAATGTTAGATTCTAATATTTTATTTTTTTAAAACATTTTTAACTTAATAAAAAAATTCAATTCAATTTGAATAGATCCACTTAGTAAAAGAAATATTAACATTAAAATATGGTTTTGATTTACTTATGTGAACATGTGGGCGCATGCCACTCGGAATACATAGATATTGTTGATGAGTTGTATTTTATATGTCAAGCCGTATTCAAGTGGCTCTATATATGATAATAATAATAATAATAATTAAATAATATACAATGTTTAAGTTAAACAATTTCAATTTTTTTTTATTTTTTTTGTGAAATGTTCTTATTAATAGACACGATAAATTTTTGCTTAATTTTATTAATTATTTAATTTTAAAATAACTAATATATCATTGTTTTCTTTAGAAAAAAATGGCACAAATCACTCTTAATTTAAATATAAAATCTAAATTGAATAAAATATTAGAAATTTGTAATGTTTCATGACTAAAAATAAAGTATATATTTAAAATATAATAAAAATGAAAATATTATATTGAATAAATTGCAAACAAATGTTTATGATAAAATACGATAATTTGATTGGTTGTTGAAGACGTTTAGAAAAGTAACGGTCCATTTATTTTATTATTTTTCTTCAAATAATTGAGTCATCATTAATCGAATAAAAATTCTTTACTAAGTCCAATGTTTTGAGTCGGTCCACTTTCATTGATATGAAACATTATTATTTATTTTTTATATTTTTTCTTTTTAAATTTTAATTTTGGTGAGAATTTACGGATCTAATTCAACGTAATTATAATTTTTTTTGGATGGTTTGGTTAAGTCATTTATTCATAATTTTATTTTCAATAAAAATAAAACGTTAATTCATAAAACATTTATTTATTTATTTTTAACGATGTATTTTAGGTTTATTTTTCTAGAAAAATCTTCTTAAAGGAGTAATTAAAAAATAACTAATAAAAAATTATTATAAAATTAAATAAAAATATGTATATATATTTGCGCAAATATGTAAAAATTAACCATAAATTTAGGTTAATTCGATTTAATTTAATTTAGTTTTAATAGAATCTACGAACTCAGCCCAATTCGTATGATCGAGTTGATTAATTTTTTCGCATGCTATTGCTTAAATTTTTCATTCAATATATTTTAAATAAAATAAATAAAAACAGCAATTTTAATATTTTATTTGATTGTAACGCGCATTTTATTTTCTAATTAAGTTTAAACAAAAAATAATTATATATTAATCTGAAAAATTAAAAAAAGGGAAGGAAATTAAACAGGGAAATATAGGTTTTAGAAAAAGAAGTAAATAAATAAAGAAAAGCGCGAAGCAGAGGATAACTACCCTCCCTCCGGTACAAGCAACGCAAAGGGCATCTTTTGAGGCATTGGGAGAGGGAGGGTCACGCGGTGTTGCTGTGCTGGGCCCCACCATTTTGCTTCTCTCTCTTCATTCCTTTTCTTTTATTAAAAATAAATAAATATCAATAATAATTCAATTAATTTGTTTTTTTCTTGTATAAAGATTTGAAATTTGACTTTGATTCTAAAATTTTTAAGATTATTATTATTATTATTATTTAAAAAAATTTGTAACAGACTCGAACTTAATTTTTTTTAAAAAAAATTAATTTTTAGTTTTACGGTGGATAGATTATGTGAGTGATGGAAAGAAGTAGCTCATAGTTTAATCTTTCATGTGATGAATTAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

mRNA sequence

ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

Protein sequence

MMHVFHSVELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSPLIFPFSPISPTDFWRPISVDSTRYSLTLFNFAFFLISRFLGLHISVFFTWVSVFWAIQSLHPIAF
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0L9D4_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_3G664540 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 3.8e-10
Identity = 40/54 (74.07%), Postives = 41/54 (75.93%), Query Frame = 1 

Query: 8  VELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSP-----LIFPFSPISPTDF 57
          V L+QLPNLYHHYSH QHPIRIKAHTL HSFISSS      LIF    ISPTDF
Sbjct: 5  VPLIQLPNLYHHYSHSQHPIRIKAHTLLHSFISSSSLSSSLLIFLTFLISPTDF 58

[Close]
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. NCBI nr
Match: gi|700203397|gb|KGN58530.1| (hypothetical protein Csa_3G664540 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 5.4e-10
Identity = 40/54 (74.07%), Postives = 41/54 (75.93%), Query Frame = 1 

Query: 8  VELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSP-----LIFPFSPISPTDF 57
          V L+QLPNLYHHYSH QHPIRIKAHTL HSFISSS      LIF    ISPTDF
Sbjct: 5  VPLIQLPNLYHHYSHSQHPIRIKAHTLLHSFISSSSLSSSLLIFLTFLISPTDF 58

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0L9D4_CUCSA3.8e-1074.07Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_3G664540 PE=4 SV=1[more]
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G002610.1 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|700203397|gb|KGN58530.1|5.4e-1074.07hypothetical protein Csa_3G664540 [Cucumis sativus][more]
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G002610CmaCh01G002610gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G002610.1CmaCh01G002610.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G002610.1.exon.1CmaCh01G002610.1.exon.1exon
CmaCh01G002610.1.exon.2CmaCh01G002610.1.exon.2exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G002610.1.CDS.1CmaCh01G002610.1.CDS.1CDS
CmaCh01G002610.1.CDS.2CmaCh01G002610.1.CDS.2CDS