Cla97C09G163500.1 (mRNA) Watermelon (97103) v2

Overview
NameCla97C09G163500.1
TypemRNA
OrganismCitrullus lanatus (Watermelon (97103) v2)
Description4-alpha-glucanotransferase DPE2
LocationCla97Chr09 : 1235314 .. 1248828 (+)
Sequence length441
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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TATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAGGAGGTTAAGAGATTTGGAAAGAATGGTGGTCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACAAAATTAGCTCAAATTCCATATATTCATTTGTGATTTTGAGGTTTGCTAAATTTTGGACAAGTTGAGGTAAACTTCATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACAAGGGTATTTGAAGCTCTAGGAAGTGTTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTCTGGACGGTGATTTTTATACAAAGAATATACAGATTTGGATGAAGGAGGCTAATAGATTTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCATTGTTACGAGTTTTTCTCTGACACAAGATTAGCTGAAATTCCATACATTCATATGTGATCTTGAGGTTTGCTAGATTTGGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCTAGCCACAATAATTTAAGGAACAATATGTGGGAAGCATGAGCGTATTGAAGCCCTAGGAAGTGCCAGTGTAAATGATATTTGGGTTGTTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTAAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTAGACTCTTTAAGTTTTGGACGGTGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAGGAGGCTAATAGATTTGGAAAGAAATTGAAGGTGGTGGTCATAGTTATGAGTTTTTCTTTGACACAAGATTAGCTGAAATTCCATCCATTTCTGTGTGATCTTGAGGTTTGCACGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTCATAACTTTAAGTAGAGCAATTTAAGGAACAATAGGAGAAGAATGAGGGTATTTTAAACCTGAGGAAGTGCTAGTGTATATGATATTTTGGTCGTTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTTTTGACGGTGATTTTTATACAAGGAATATAAATATTTGGATGAATGAGGTTAAGAGATTTGGAAAGAAATTTAAAGTGGTGGTCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACAAGATTAGCTCAAATTCCATACATTCATTAGTGATTTTGAGATTTGTTAGATTTTGGACAAGTGTAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAAGTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGACGGTATTTGGAGCCCTAACAAATGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCACAAAAAGTTGAATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTTTAGATTAGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAAGAGGCTAAAAGATTTGGAAAGCAATTTAAAGTGGTGGTCATAGTTACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGACGCAAGATTAGCTGAAATTCCATACATTTATTTGCCATCTTGAGGTTTGCAAGATTTTGGACAACTAAAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAATTGAAGGAACAATAAAGGAAGCACGACATATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCAGAAGAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGCACTCTTCAAGTTTTGGACGGTGATTTTTATACAAAGAATATAACGATTTGGATGAATGAGGCTAATAGAATTGGAAAGAAATCGAAGATGGTGGCCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACATGATTAGCTGAAATTCCATCCATTCCTTTGTGATCTTGAGGTATGCACGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTCATAACTCTAGGTAGAGCAATTTAAGGAACAATAAAGGATGAATGAGGGTATTTTAAGCCCGAGGAAGTACTAGTGTATATGATATTTTGGTCATTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACACTTTAAGTTTTAGACAGTGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATCAAGGAGGTTAAGAAATTTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCTTAGTTATGAGTTTTTCTTTGACACAAAATTGACTCAAATTCCATACATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTTATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTAGTTGAAGCCCTAGGAAGTGTTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTTGTGTTCACAAAAAGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACACTTTAAGTTTTGGACGGTGATTTTCATACAAAGAATAGAAAGATTTGGGTGAAGGAGGTTAAAAGATTTGAAAAGATCTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCATAGTTATGAATTTTTATTTGACACAAGAATAGCTCAAAGTCCATGCATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACAAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAAGTGACAATGTTTTGCACTCTTTAAGTTTTGGACAGTGATTTTTATACTAAGAATATAAAGATTTGGATGAATGAGGCTAATAGATTTGGAACGTACTTAAAGGTGGTGGTCACAGCTATGAGTTTTTTCCTTGACACAAGATTAGCTGACACGCCATCCATTCCTTTGTGGTTTTGAGGCTTGCACCATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTTGCAACTCTAGGTAGCAATTTAAGGAACAATAAGGGAAGAATGAGGGTATTTTAAGCCTGAGGAAGTGCTAGTGTGTATGATATTTTGGTCGTTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGATAATGTTTTGGACTTTTTAAGTTTTGGATGGTGATTTTTATACAAAGAATAGAAAGATTTGGATGAAGGAGGTTAAAAGATTTGGAAAGATTTGAAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTAATAGTTATGAATTTTTATTTGACACAAGAATAGCTCAAAGTCCATACATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAA

mRNA sequence

ATGGGAGTAGAAGTAGGTCAGCCGTCGGGTATGGACAACGGTCAAAATAGGTTTCGACCACGGTCTCAAACGTTGAGCGCCGGTGATCTTCTACCACCGCCTCCGTCGCCGGAGAATTCGACTTTTTTGGAGTTCGAAAACATAGTTCTTATCAGAGTCCCAGAGAATCCAACAAGTTTCTATCCACGTTTCATTCTTGAAGATACTTGTAACCTTACTGATTTGGAGTTGGATGGCCACAGGTTGCATTTTTTCTTCCCTGTAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGGAGTAGAAGTAGGTCAGCCGTCGGGTATGGACAACGGTCAAAATAGGTTTCGACCACGGTCTCAAACGTTGAGCGCCGGTGATCTTCTACCACCGCCTCCGTCGCCGGAGAATTCGACTTTTTTGGAGTTCGAAAACATAGTTCTTATCAGAGTCCCAGAGAATCCAACAAGTTTCTATCCACGTTTCATTCTTGAAGATACTTGTAACCTTACTGATTTGGAGTTGGATGGCCACAGGTTGCATTTTTTCTTCCCTGTAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAA

Protein sequence

MGVEVGQPSGMDNGQNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTDLELDGHRLHFFFPVGLLEFGQVEVNLITPRYNNLRNNKGSTRVFEPLGSAGVNDIWVIGAHNKLHYIGQEYG
Homology
[Close]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022950333.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 650 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 709

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 710 --LDGH 713

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022950334.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match: XP_023543435.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022967704.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 9.0e-04
Identity = 29/66 (43.94%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF +EDT +  D
Sbjct: 650 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFND 709

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 710 --LDGH 713

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022967705.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 9.0e-04
Identity = 29/66 (43.94%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF +EDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022950333.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata][more]
XP_022950334.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata][more]
XP_023543435.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo][more]
XP_022967704.19.0e-0443.944-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita maxima][more]
XP_022967705.19.0e-0443.944-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita maxima][more]
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cla97C09G163500.1 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0005975 carbohydrate metabolic process
biological_process GO:0005977 glycogen metabolic process
molecular_function GO:0004134 4-alpha-glucanotransferase activity
molecular_function GO:0030246 carbohydrate binding
molecular_function GO:2001070 starch binding
molecular_function GO:0016740 transferase activity
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G163500Cla97C09G163500gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G163500.1Cla97C09G163500.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G163500.1.exon.1Cla97C09G163500.1.exon.1exon
Cla97C09G163500.1.exon.2Cla97C09G163500.1.exon.2exon
Cla97C09G163500.1.exon.3Cla97C09G163500.1.exon.3exon
Cla97C09G163500.1.exon.4Cla97C09G163500.1.exon.4exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G163500.1.CDS.1Cla97C09G163500.1.CDS.1CDS
Cla97C09G163500.1.CDS.2Cla97C09G163500.1.CDS.2CDS
Cla97C09G163500.1.CDS.3Cla97C09G163500.1.CDS.3CDS
Cla97C09G163500.1.CDS.4Cla97C09G163500.1.CDS.4CDS


InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of watermelon 97103 v2
Date Performed: 2019-05-12
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..37
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 9..23