Cla97C09G163500 (gene) Watermelon (97103) v2

Overview
NameCla97C09G163500
Typegene
OrganismCitrullus lanatus (Watermelon (97103) v2)
Description4-alpha-glucanotransferase DPE2
LocationCla97Chr09 : 1235314 .. 1248828 (+)
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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TATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAGGAGGTTAAGAGATTTGGAAAGAATGGTGGTCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACAAAATTAGCTCAAATTCCATATATTCATTTGTGATTTTGAGGTTTGCTAAATTTTGGACAAGTTGAGGTAAACTTCATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACAAGGGTATTTGAAGCTCTAGGAAGTGTTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTCTGGACGGTGATTTTTATACAAAGAATATACAGATTTGGATGAAGGAGGCTAATAGATTTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCATTGTTACGAGTTTTTCTCTGACACAAGATTAGCTGAAATTCCATACATTCATATGTGATCTTGAGGTTTGCTAGATTTGGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCTAGCCACAATAATTTAAGGAACAATATGTGGGAAGCATGAGCGTATTGAAGCCCTAGGAAGTGCCAGTGTAAATGATATTTGGGTTGTTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTAAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTAGACTCTTTAAGTTTTGGACGGTGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAGGAGGCTAATAGATTTGGAAAGAAATTGAAGGTGGTGGTCATAGTTATGAGTTTTTCTTTGACACAAGATTAGCTGAAATTCCATCCATTTCTGTGTGATCTTGAGGTTTGCACGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTCATAACTTTAAGTAGAGCAATTTAAGGAACAATAGGAGAAGAATGAGGGTATTTTAAACCTGAGGAAGTGCTAGTGTATATGATATTTTGGTCGTTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTTTTGACGGTGATTTTTATACAAGGAATATAAATATTTGGATGAATGAGGTTAAGAGATTTGGAAAGAAATTTAAAGTGGTGGTCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACAAGATTAGCTCAAATTCCATACATTCATTAGTGATTTTGAGATTTGTTAGATTTTGGACAAGTGTAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAAGTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGACGGTATTTGGAGCCCTAACAAATGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCACAAAAAGTTGAATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACTCTTTAAGTTTTAGATTAGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATGAAAGAGGCTAAAAGATTTGGAAAGCAATTTAAAGTGGTGGTCATAGTTACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGACGCAAGATTAGCTGAAATTCCATACATTTATTTGCCATCTTGAGGTTTGCAAGATTTTGGACAACTAAAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAATTGAAGGAACAATAAAGGAAGCACGACATATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTGGTGCTCAGAAGAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGCACTCTTCAAGTTTTGGACGGTGATTTTTATACAAAGAATATAACGATTTGGATGAATGAGGCTAATAGAATTGGAAAGAAATCGAAGATGGTGGCCATAGTTACGAGTTTTTCTTTGACACATGATTAGCTGAAATTCCATCCATTCCTTTGTGATCTTGAGGTATGCACGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTCATAACTCTAGGTAGAGCAATTTAAGGAACAATAAAGGATGAATGAGGGTATTTTAAGCCCGAGGAAGTACTAGTGTATATGATATTTTGGTCATTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACACTTTAAGTTTTAGACAGTGATTTTTATACAAGGAATATAAAGATTTGGATCAAGGAGGTTAAGAAATTTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCTTAGTTATGAGTTTTTCTTTGACACAAAATTGACTCAAATTCCATACATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGATTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTTATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTAGTTGAAGCCCTAGGAAGTGTTGGTGTAAATGATATTTGGGTCGTTTGTGTTCACAAAAAGCATTATATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGACAATGTTTTGGACACTTTAAGTTTTGGACGGTGATTTTCATACAAAGAATAGAAAGATTTGGGTGAAGGAGGTTAAAAGATTTGAAAAGATCTGGAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTCATAGTTATGAATTTTTATTTGACACAAGAATAGCTCAAAGTCCATGCATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACAAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAAGTGACAATGTTTTGCACTCTTTAAGTTTTGGACAGTGATTTTTATACTAAGAATATAAAGATTTGGATGAATGAGGCTAATAGATTTGGAACGTACTTAAAGGTGGTGGTCACAGCTATGAGTTTTTTCCTTGACACAAGATTAGCTGACACGCCATCCATTCCTTTGTGGTTTTGAGGCTTGCACCATTTTGGACAAGTGGAGGTAAAACTTGCAACTCTAGGTAGCAATTTAAGGAACAATAAGGGAAGAATGAGGGTATTTTAAGCCTGAGGAAGTGCTAGTGTGTATGATATTTTGGTCGTTGGTCCTCACAAAAAGTTGGATTTTATTGGTCAAGAATATGGATAAGTGATAATGTTTTGGACTTTTTAAGTTTTGGATGGTGATTTTTATACAAAGAATAGAAAGATTTGGATGAAGGAGGTTAAAAGATTTGGAAAGATTTGAAAAGAAATTTAAGGTGGTGGTAATAGTTATGAATTTTTATTTGACACAAGAATAGCTCAAAGTCCATACATTCATTTGTGATCTTGAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAA

mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGGGAGTAGAAGTAGGTCAGCCGTCGGGTATGGACAACGGTCAAAATAGGTTTCGACCACGGTCTCAAACGTTGAGCGCCGGTGATCTTCTACCACCGCCTCCGTCGCCGGAGAATTCGACTTTTTTGGAGTTCGAAAACATAGTTCTTATCAGAGTCCCAGAGAATCCAACAAGTTTCTATCCACGTTTCATTCTTGAAGATACTTGTAACCTTACTGATTTGGAGTTGGATGGCCACAGGTTGCATTTTTTCTTCCCTGTAGGTTTGCTAGAGTTTGGACAAGTGGAGGTAAACCTCATAACTCCTAGGTACAACAATTTAAGGAACAATAAAGGAAGCACGAGGGTATTTGAACCCCTAGGAAGTGCTGGTGTAAATGATATTTGGGTCATTGGTGCTCACAACAAGTTGCATTATATTGGTCAAGAATATGGTTAA

Protein sequence

MGVEVGQPSGMDNGQNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTDLELDGHRLHFFFPVGLLEFGQVEVNLITPRYNNLRNNKGSTRVFEPLGSAGVNDIWVIGAHNKLHYIGQEYG
Homology
[Close]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match: XP_022950333.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 650 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 709

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 710 --LDGH 713

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match: XP_022950334.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match: XP_023543435.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.3e-04
Identity = 30/66 (45.45%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF LEDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match: XP_022967704.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 9.0e-04
Identity = 29/66 (43.94%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF +EDT +  D
Sbjct: 650 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFND 709

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 710 --LDGH 713

[Close]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match: XP_022967705.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 9.0e-04
Identity = 29/66 (43.94%), Postives = 37/66 (56.06%), Query Frame = 0 

Query: 15  QNRFRPRSQTLSAGDLLPPPPSPENSTFLEFENIVLIRVPENPTSFYPRFILEDTCNLTD 74
           + +   + ++L     L  P     S F   +NIVLIR PENP SFYPRF +EDT +  D
Sbjct: 649 EKKIASKLKSLVEESQLQNPDQIRRSLFELVQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFND 708

Query: 75  LELDGH 81
             LDGH
Sbjct: 709 --LDGH 712

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cla97C09G163500 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022950333.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata][more]
XP_022950334.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata][more]
XP_023543435.15.3e-0445.454-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo][more]
XP_022967704.19.0e-0443.944-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita maxima][more]
XP_022967705.19.0e-0443.944-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita maxima][more]
BLAST of Cla97C09G163500 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cla97C09G163500 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cla97C09G163500 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0005975 carbohydrate metabolic process
biological_process GO:0005977 glycogen metabolic process
biological_process GO:0000025 maltose catabolic process
biological_process GO:0005982 starch metabolic process
biological_process GO:0005985 sucrose metabolic process
cellular_component GO:0005829 cytosol
molecular_function GO:0004134 4-alpha-glucanotransferase activity
molecular_function GO:0030246 carbohydrate binding
molecular_function GO:2001070 starch binding
molecular_function GO:0016740 transferase activity
molecular_function GO:0010297 heteropolysaccharide binding
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G163500.1Cla97C09G163500.1mRNA


InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of watermelon 97103 v2
Date Performed: 2019-05-12
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..37
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 9..23

Synteny
The following gene(s) are orthologous to this gene:
GeneOrthologueOrganismBlock
Cla97C09G163500Lsi02G028540Bottle gourd (USVL1VR-Ls)lsiwmbB213
The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:
GeneOrganismBlock
Cla97C09G163500Watermelon (97103) v2wmbwmbB168
Cla97C09G163500Silver-seed gourdcarwmbB0128
Cla97C09G163500Silver-seed gourdcarwmbB0630
Cla97C09G163500Silver-seed gourdcarwmbB0802
Cla97C09G163500Cucumber (Gy14) v2cgybwmbB245
Cla97C09G163500Cucumber (Gy14) v2cgybwmbB541
Cla97C09G163500Cucumber (Gy14) v1cgywmbB256
Cla97C09G163500Cucumber (Gy14) v1cgywmbB619
Cla97C09G163500Cucurbita maxima (Rimu)cmawmbB279
Cla97C09G163500Cucurbita maxima (Rimu)cmawmbB389
Cla97C09G163500Cucurbita maxima (Rimu)cmawmbB933
Cla97C09G163500Cucurbita moschata (Rifu)cmowmbB262
Cla97C09G163500Cucurbita moschata (Rifu)cmowmbB372
Cla97C09G163500Cucurbita moschata (Rifu)cmowmbB496
Cla97C09G163500Cucurbita moschata (Rifu)cmowmbB910
Cla97C09G163500Wild cucumber (PI 183967)cpiwmbB264
Cla97C09G163500Wild cucumber (PI 183967)cpiwmbB596
Cla97C09G163500Cucumber (Chinese Long) v3cucwmbB257
Cla97C09G163500Cucumber (Chinese Long) v3cucwmbB592
Cla97C09G163500Cucumber (Chinese Long) v2cuwmbB256
Cla97C09G163500Cucumber (Chinese Long) v2cuwmbB570
Cla97C09G163500Bottle gourd (USVL1VR-Ls)lsiwmbB421
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Cla97C09G163500Watermelon (Charleston Gray)wcgwmbB035
Cla97C09G163500Watermelon (Charleston Gray)wcgwmbB311
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Cla97C09G163500Watermelon (97103) v1wmwmbB184
Cla97C09G163500Wax gourdwgowmbB232
Cla97C09G163500Wax gourdwgowmbB614