CsaV3_4G024190 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3 | Cucurbit Genomics Database (CuGenDB)

Overview


Name	CsaV3_4G024190
Type	gene
Organism	Cucumis sativus (Cucumber (Chinese Long) v3)
Description	extensin-2-like
Location	chr4 : 14132320 .. 14135585 (+)

Genome Viewer

Gene Expression

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

TGTGATACTCTTCTCTACGTGGAATAAATAATCATAATGTTTGTCAATCAAGAAGGCGTTGGTGAGTAATATATAAAGGATTGAAAGCATACCTTGTAATGCAATGCAAACTCAACAACAATTTAGTGTTGTGTGTTAGAAGAAAATAGCTATCCGGCAAGAAGTGCCCATCGCCGGAAGATGGGGACTATGAAACCTTTGAGGCATTGGCCTCAGTTGCTCTCAGCGGTGGCAATGTGCCTCATTACTGCCTCCGTCGTTGCTGCTCAATTCAACGATGCTTTGCTACCTATCAAAAAACCTGAACTCGGTTTTGATTTACCGAAGCATCAACATCACTCAAAATTTCCTCCAAAGTATCATCACCGCCACACACCTCCCCCGCCGGTAAAATATCACCACCACAAGCCACCTCCACCAAAATACAAGCATCACAAATCTCCGCCATCATATGTTTATAAGTCTCCACCACCACCTTCTCCTTACATTTATAAATCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCGCCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCATTTCCATCACCACCCCCTCCCTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCTCCATACGTTTATAGCTCTCCTCCACCGCCATCTCCATCCCCACCACCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCATCGCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCATCTCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCTTCGCCACCTCCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCTTCGCCACCTCCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCCCCTTCACCTCCACCACCTTATGTCTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCACCTTATGTCTATAAATCTCCTCCACCGCCGTCTCCATCTCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCACCCCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCATATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCGTCTCCCTCTCCACCACCTCCTTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTATATCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATTTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCCCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCACCATCTCCATCACCACCACCCCCCTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCACCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCGATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCTCCTCCTCCACCATCCCCATCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCTCCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCACCTTATGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATCTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCTCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCCTATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCCCCATCTCCATCTCCACCACCCCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCGTCACCGTCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCTCCATATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTACGTCTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCATATATCTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCACCATCCCCGTCTCCTCCTCCTCCTTATATCTATAAATCGCCACCTCCACCATCTCCATCACCACCTCCGCCGTATATTTACAAATCTCCACCTCCACCATCCCCATCACCTCCTCCACCTTATTATTATAAGTCACCTCCACCCCCCTCCCCATCACCGCCACCTCCTTACTTTTACAAGTCCCCTCCTCCTCCCTTGAAATCTCCACCACCTACTTATTACTACAAATCACCCCCTCCACCGTACAAGCGTAACCCATACTAG

mRNA sequence

ATGGGGACTATGAAACCTTTGAGGCATTGGCCTCAGTTGCTCTCAGCGGTGGCAATGTGCCTCATTACTGCCTCCGTCGTTGCTGCTCAATTCAACGATGCTTTGCTACCTATCAAAAAACCTGAACTCGGTTTTGATTTACCGAAGCATCAACATCACTCAAAATTTCCTCCAAAGTATCATCACCGCCACACACCTCCCCCGCCGGTAAAATATCACCACCACAAGCCACCTCCACCAAAATACAAGCATCACAAATCTCCGCCATCATATGTTTATAAGTCTCCACCACCACCTTCTCCTTACATTTATAAATCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCGCCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCATTTCCATCACCACCCCCTCCCTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCTCCATACGTTTATAGCTCTCCTCCACCGCCATCTCCATCCCCACCACCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCATCGCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCATCTCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCACCCCCTCCTTACCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCTTCGCCACCTCCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCCCCTTCACCTCCACCACCTTATGTCTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCACCTTATGTCTATAAATCTCCTCCACCGCCGTCTCCATCTCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCACCCCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCATATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCGTCTCCCTCTCCACCACCTCCTTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTATATCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATTTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCCCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCACCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCGATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCTCCTCCTCCACCATCCCCATCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCTCCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCACCTTATGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATCTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCTCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCCTATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCCCCATCTCCATCTCCACCACCCCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCGTCACCGTCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCTCCATATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTACGTCTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCATATATCTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCACCATCCCCGTCTCCTCCTCCTCCTTATATCTATAAATCGCCACCTCCACCATCTCCATCACCACCTCCGCCGTATATTTACAAATCTCCACCTCCACCATCCCCATCACCTCCTCCACCTTATTATTATAAGTCACCTCCACCCCCCTCCCCATCACCGCCACCTCCTTACTTTTACAAGTCCCCTCCTCCTCCCTTGAAATCTCCACCACCTACTTATTACTACAAATCACCCCCTCCACCGTACAAGCGTAACCCATACTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGGGACTATGAAACCTTTGAGGCATTGGCCTCAGTTGCTCTCAGCGGTGGCAATGTGCCTCATTACTGCCTCCGTCGTTGCTGCTCAATTCAACGATGCTTTGCTACCTATCAAAAAACCTGAACTCGGTTTTGATTTACCGAAGCATCAACATCACTCAAAATTTCCTCCAAAGTATCATCACCGCCACACACCTCCCCCGCCGGTAAAATATCACCACCACAAGCCACCTCCACCAAAATACAAGCATCACAAATCTCCGCCATCATATGTTTATAAGTCTCCACCACCACCTTCTCCTTACATTTATAAATCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCGCCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCCCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCGCCGCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCCCCACCACCACCATTTCCATCACCACCCCCTCCCTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCTCCATACGTTTATAGCTCTCCTCCACCGCCATCTCCATCCCCACCACCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCATCGCCACCGCCTCCTTATGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCATCTCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCACCCCCTCCTTACCTCTCCTCCACCACCATCTCCTTCCCCACCCCCTCCTTACGTCTATAGCTCTCCACCACCACCATCTCCTTCGCCACCTCCTCCATATGTCTATAGCTCTCCTCCACCACCATCCCCTTCACCTCCACCACCTTATGTCTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCATCACCACCCCCACCTTATGTCTATAAATCTCCTCCACCGCCGTCTCCATCTCCACCACCTCCTTACGTCTACAAGTCACCCCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCATATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCGTCTCCCTCTCCACCACCTCCTTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTATATCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATTTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCCCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCACCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCGATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCTCCTCCTCCACCATCCCCATCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCTCCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCACCTTATGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTACATCTACAAGTCTCCCCCACCTCCATCTCCATCTCCACCACCTCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCTCCTTCACCATCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCATCACCACCACCTCCCTATGTTTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCACCATCTCCTTCACCACCTCCTCCTTATGTCTATAAGTCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCTTACGTGTACAAGTCTCCCCCACCCCCATCTCCATCTCCACCACCCCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCTCCGTCACCGTCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCTCCGCCACCATCTCCATCACCACCACCTCCTTATGTTTACAAATCACCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCACCTCCATATGTCTATAAATCACCACCACCTCCATCACCATCACCACCTCCACCTTACGTCTACAAGTCTCCTCCACCACCATCTCCCTCTCCACCGCCACCATATATCTACAAATCACCTCCTCCACCATCCCCCTCTCCACCACCTCCCTATGTCTATAAATCACCACCACCACCATCCCCGTCTCCTCCTCCTCCTTATATCTATAAATCGCCACCTCCACCATCTCCATCACCACCTCCGCCGTATATTTACAAATCTCCACCTCCACCATCCCCATCACCTCCTCCACCTTATTATTATAAGTCACCTCCACCCCCCTCCCCATCACCGCCACCTCCTTACTTTTACAAGTCCCCTCCTCCTCCCTTGAAATCTCCACCACCTACTTATTACTACAAATCACCCCCTCCACCGTACAAGCGTAACCCATACTAG

Protein sequence

MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSKFPPKYHHRHTPPPPVKYHHHKPPPPKYKHHKSPPSYVYKSPPPPSPYIYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPFPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSHPLLTSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYSSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSRSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYVYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYIYKSPPPPSPSPPPPYYYKSPPPPSPSPPPPYFYKSPPPPLKSPPPTYYYKSPPPPYKRNPY

Homology

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr
Match: KGN54172.1 (hypothetical protein Csa_4G291360 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 117.1 bits (292), Expect = 3.4e-22
Identity = 55/55 (100.00%), Postives = 55/55 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 56
          MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK
Sbjct: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 55

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr
Match: XP_011654367.1 (PREDICTED: extensin-2-like [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 117.1 bits (292), Expect = 3.4e-22
Identity = 55/55 (100.00%), Postives = 55/55 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 56
          MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK
Sbjct: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 55

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr
Match: XP_008449724.1 (PREDICTED: extensin-2-like [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 113.6 bits (283), Expect = 3.8e-21
Identity = 52/57 (91.23%), Postives = 55/57 (96.49%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSKFP 58
          MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLI A+VVAAQF+DALLPIKKPELGFDLPKHQHH+ FP
Sbjct: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLIAATVVAAQFDDALLPIKKPELGFDLPKHQHHTNFP 57

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr
Match: XP_022995021.1 (extensin-2-like isoform X2 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 7.6e-14
Identity = 42/58 (72.41%), Postives = 47/58 (81.03%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQF-NDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSKFP 58
          MG MKPLRHWPQLLS VA+CLI  +VV AQ  +D LLPIK PELG DLPKHQHH+ +P
Sbjct: 1  MGAMKPLRHWPQLLSVVAICLIATTVVTAQVDDDLLLPIKNPELGGDLPKHQHHNTYP 58

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr
Match: XP_022995020.1 (extensin-2-like isoform X1 [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 7.6e-14
Identity = 42/58 (72.41%), Postives = 47/58 (81.03%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQF-NDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSKFP 58
          MG MKPLRHWPQLLS VA+CLI  +VV AQ  +D LLPIK PELG DLPKHQHH+ +P
Sbjct: 1  MGAMKPLRHWPQLLSVVAICLIATTVVTAQVDDDLLLPIKNPELGGDLPKHQHHNTYP 58

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0L0P1|A0A0A0L0P1_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G291360 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 117.1 bits (292), Expect = 2.2e-22
Identity = 55/55 (100.00%), Postives = 55/55 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 56
          MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK
Sbjct: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSK 55

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3BMN6|A0A1S3BMN6_CUCME (extensin-2-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103491519 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 113.6 bits (283), Expect = 2.5e-21
Identity = 52/57 (91.23%), Postives = 55/57 (96.49%), Query Frame = 0


Query: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLITASVVAAQFNDALLPIKKPELGFDLPKHQHHSKFP 58
          MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLI A+VVAAQF+DALLPIKKPELGFDLPKHQHH+ FP
Sbjct: 1  MGTMKPLRHWPQLLSAVAMCLIAATVVAAQFDDALLPIKKPELGFDLPKHQHHTNFP 57

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KGN54172.1	3.4e-22	100.00	hypothetical protein Csa_4G291360 [Cucumis sativus]	[more]
XP_011654367.1	3.4e-22	100.00	PREDICTED: extensin-2-like [Cucumis sativus]	[more]
XP_008449724.1	3.8e-21	91.23	PREDICTED: extensin-2-like [Cucumis melo]	[more]
XP_022995021.1	7.6e-14	72.41	extensin-2-like isoform X2 [Cucurbita maxima]	[more]
XP_022995020.1	7.6e-14	72.41	extensin-2-like isoform X1 [Cucurbita maxima]	[more]

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. TAIR10


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_4G024190 vs. TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
tr\|A0A0A0L0P1\|A0A0A0L0P1_CUCSA	2.2e-22	100.00	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G291360 PE=4 SV=1	[more]
tr\|A0A1S3BMN6\|A0A1S3BMN6_CUCME	2.5e-21	91.23	extensin-2-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103491519 PE=4 SV=1	[more]

Annotated Terms

The following terms have been associated with this gene:

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0009664	plant-type cell wall organization

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005199	structural constituent of cell wall

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR006706	Extensin_dom

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0042546	cell wall biogenesis
biological_process	GO:0009664	plant-type cell wall organization
cellular_component	GO:0005618	cell wall
molecular_function	GO:0005199	structural constituent of cell wall

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G024190.1	CsaV3_4G024190.1	mRNA

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber chineselong genome (v3)
Date Performed: 2019-03-04


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	PRINTS	PR01217	PRICHEXTENSN	coord: 137..162 score: 29.23 coord: 116..133 score: 35.56 coord: 68..89 score: 40.91 coord: 55..67 score: 38.46 coord: 95..111 score: 38.82
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 744..896
None	No IPR available	PANTHER	PTHR36586	FAMILY NOT NAMED	coord: 499..673 coord: 732..908 coord: 878..976
IPR006706	Extensin domain	PFAM	PF04554	Extensin_2	coord: 128..170 e-value: 2.6E-5 score: 24.1 coord: 479..529 e-value: 2.7E-4 score: 20.8 coord: 86..130 e-value: 3.4E-6 score: 26.9 coord: 713..763 e-value: 1.2E-4 score: 22.0 coord: 158..200 e-value: 3.1E-5 score: 23.9 coord: 208..250 e-value: 6.0E-5 score: 22.9 coord: 168..210 e-value: 3.3E-5 score: 23.8 coord: 188..230 e-value: 3.7E-5 score: 23.6

Synteny

The following gene(s) are orthologous to this gene:


Gene	Orthologue	Organism	Block
CsaV3_4G024190	CSPI04G13840	Wild cucumber (PI 183967)	cpicucB212
CsaV3_4G024190	CmaCh20G000780	Cucurbita maxima (Rimu)	cmacucB0660
CsaV3_4G024190	CmaCh02G012440	Cucurbita maxima (Rimu)	cmacucB0726
CsaV3_4G024190	CmoCh02G012820	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0713
CsaV3_4G024190	Cp4.1LG05g05110	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0908
CsaV3_4G024190	Carg02716	Silver-seed gourd	carcucB0960
CsaV3_4G024190	MELO3C014602	Melon (DHL92) v3.5.1	cucmeB294
CsaV3_4G024190	ClCG02G023310	Watermelon (Charleston Gray)	cucwcgB305
CsaV3_4G024190	MELO3C014602.2	Melon (DHL92) v3.6.1	cucmedB286

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:


Gene	Organism	Block
CsaV3_4G024190	Wax gourd	cucwgoB396
CsaV3_4G024190	Wax gourd	cucwgoB425
CsaV3_4G024190	Cucumber (Chinese Long) v3	cuccucB191
CsaV3_4G024190	Silver-seed gourd	carcucB0559
CsaV3_4G024190	Cucumber (Gy14) v2	cgybcucB171
CsaV3_4G024190	Cucumber (Gy14) v2	cgybcucB342
CsaV3_4G024190	Cucumber (Gy14) v1	cgycucB057
CsaV3_4G024190	Cucurbita maxima (Rimu)	cmacucB0435
CsaV3_4G024190	Cucurbita maxima (Rimu)	cmacucB0850
CsaV3_4G024190	Cucurbita maxima (Rimu)	cmacucB0853
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0080
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0430
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0645
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0840
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB0837
CsaV3_4G024190	Cucurbita moschata (Rifu)	cmocucB1045
CsaV3_4G024190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0161
CsaV3_4G024190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0346
CsaV3_4G024190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0392
CsaV3_4G024190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0508
CsaV3_4G024190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cpecucB0510
CsaV3_4G024190	Wild cucumber (PI 183967)	cpicucB408
CsaV3_4G024190	Bottle gourd (USVL1VR-Ls)	cuclsiB269
CsaV3_4G024190	Bottle gourd (USVL1VR-Ls)	cuclsiB292
CsaV3_4G024190	Melon (DHL92) v3.5.1	cucmeB281
CsaV3_4G024190	Melon (DHL92) v3.6.1	cucmedB274
CsaV3_4G024190	Watermelon (97103) v1	cucwmB299
CsaV3_4G024190	Watermelon (97103) v1	cucwmB364
CsaV3_4G024190	Watermelon (97103) v2	cucwmbB293