Cp4.1LG03g09240 (gene) Cucurbita pepo (Zucchini)
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAAAGGCATCGCGCCGAGTCTTTTATGTCTTCTCAATTGATCATTTTCCTCCCAACCGATGCCCGTACATATGAAACAAGAGAGACCCAGCAGGGATTGAGCCAATCTCATTCTTCCTTCGCCCTTCCTTAACAATCCTCCACCTTCCTGTTTTCCATAATTTATTCCTGAAATCTTCATCTCTGGTTCCGCCATGGGTGCGAGTCGGAAGCTCCAAGGGGAAATTGACCGAGTTCTTAAGAAGGTACAAGAAGGGGTTGACGTCTTTGACAGCATTTGGAACAAGGTTCGTTTTCACCACCCTTGCCAGCTTTGCGTGTGCATTTGGAGCTTGCCCTTACTTTTTCTCGTCTCTCTCGCTTCTAGGTTTATGATACCGACAATTCCAACCAGAAGGAGAAATTTGAGGCGGACTTGAAGAAGGAAATAAAGAAGCTTCAGAGGTACAGGGACCAAATCAAGACCTGGATTCAGTCCAGTGAGATTAAGGATAAGAAGGTTTCTCTTCTCTGTTGTATCTTTATGTTCTCAACGTTACTGTGATATCTGTCCACTTTCAATGGCAAATTCATTCCTAGGACCGCGATTTTTTTTCCTTTTCTTTTTGCGCTCATCCAATCGGTTCTTAGTAGTTAGTACATACCAAAGTTGATCACTCGCACGACCATTTTATAGTTGAGAATTGAAGTCCGTTTACCTTTTAAAGATCCAGAAGTTGTAGCTCGTAACATCTAAACACAGCTTACCTACGATGGACCAAATGGGGAGATCCATCCTACCTTGGACTCTATACCCCATGTTGAGATCATCTAGCGCGTTTCCTACTAGAAACCTCGAGCTCTCTTGGATATTTGGTCTTCCATATGGCTTTGGTCAAGCTCTTTATTAACAAAAGTAGACTGTAGACCTTGAGGTTGATTGGTTGGTTGATAAAAGGGAGCCTAGAATATTCACCTCATCTGTCCAGCATCCATTGCATCTTATACTTACCCAATATTTGGCCACACTGTATTTTTAATGCATTACCTGAGGAATCAATCTAATACTTTTTGCCCATTCCATGAGGAATTTGAAAAAAAAAATATAATGGCCTCTCCCACAACTCTTAATGGATATGCTACATATTATCAACTTGAAGGTCGATGATTTGATTCCCCACCCCCGATGGTTGAACTCAAGACAAATTTCCTCCCATAGCCAAACTTTTGTTCAAATCTTGATGTTTAAAATTTTTTCTTCTATTGTTCACAAAATAGAGGTAGAAACTTGAATCCTGATCCTCTTCTAAGACTAAAACTCTCGCTTCCTCTGTGAGGTGTATTTCTTTGACTCCATTAGCCAAGTATTTCTTGAAGAAATTTAAGGTTGCCAAGCGTTTTCTTCTTCCAGATTATAATATTCTCCTTTGCTGATTTAAGCTAATGATCAAACGCAAAGCCTGGCCACTTCTCAACTAATTTGCTTCCACCATTTTTCCAGAGAAAGACATAACCGACTAATGCTGCAGTTAACAGTTCCAAATTTGAGAGGGCTTTGGACCCCCCCTGAAAGAGAGCCAGTCTTCAAGAGTATCTGCTTATGATCTTAAGTACTCCTCACTTTTCTTGAGAGCCTCTAGTTCTGAAATGTAAAGAACCAACCTTCCTAATTCTAAGATTCGTGAAAAGTTATATCTAATTTATCTATCTGTCTTATTATGATACATCGTCTTGCTTAAATATTCTAATTACTACTTAAAATATCTGTTTTGTATTCCCTATCTGGAAAAATTAGAATACACAAGTTGTAGCAATTTATTTGATTGATTTTTGTGAACCAAGAGATATATCCAATAAACTTTGAGAAATCTTATTTTTATTATAATTCTTGTCTATAGAGACTAATTATTTTCTATTTTGAAATTTGTTGACACAGGTCAGTGCCTCTTATGAGCAGGCTTTGTTGGATGCTCGTAAACTTATTGAGCGTGAAATGGAAAGATTTAAGATTTGTGAAAAGGAGACAAAAACTAAAGCCTTCTCGAAAGAAGGTTTGGGTCAGCAACCTAAAACTGTATGCTCTTTAACTCTATTCTGTCTCCTCTTTGAGCTTAAATCAATGATAACCTGCTAAACATGCTTATAAAAAATTGCTTCCATCCTTATAAAATATTGCTTCCATGCTATGTGATCAGGTGCTTGTCCCATTATTTTTTAGCAATTATCCTTTTGGAGATCTGGTTTAAAAAAAACCAAAGATTTTTTGAAGATAAGTTTCTTGATTTTGCTTGATCATTGATTAATCAAGATCAAAGCTTCTTGGTGGTCTTCCGTGTCTAAAGGTTTTGTTGGCTATTCTCTTAATGATATCTGTAATATGTTGGGGCTTTAATTTGGTGCATGCCTCAGTCTATAGAGGAATGGATGGTGGATTCCCTAAATGGATGAGGATTGAAAGATAAGGGTAAGGTGCTATGGAGTGACATTTCGTAGGCAGTTTTGTGGTTTCTTTGGAAGGAGAGAAATGCAAAAATCTTTTCAGAAAATCTCATTCCTAAATGAAGGAAGATTAAAAGATAAGGCTAAGGTGCTACAGAGCTACGTTTCAAAGGTTGTTTTGTGGTTGCTTTGGAAGGAAAGGAATTCAAGAATCTTTTCAGAAAAGTTCACTGTTGATTATTTTTGTAACCTTGTACACTTCATGGCCTCTAATTGGAGTAGCCAACACAAGCTCTTGTAGAATTACGCCACTTATTTTTTCAACTTAGACTGGAAGGTTTTATTGTAACTTCTCTTTGTTAGGGAAGGGGACACCTTGTCACATTGCCTGTTAGGTTGTAAGAGTTGGTTTTTTTGGAATGAAGTGGTTATCATTACGTATTTAAAAAAAAAAGTTAAAGATGATTGTTCTTAGTCAGGTGATCCCACTGTAAGGTTTCTGTCCTTCCTAACTTGCTATAAAAACTCATGAATACAGTTACGGACAACTCAAAACTGAAACTGATTTCATTTGGCTTCTCTGAACTATTATTGGTTTTTATTTAGGATCAGATTAGTAAACTCTTCCTTGCTTGGTGCTGACTCCCAACTGTCCACCCCACGCCCACCTCCCTTTTCTGGGAAAAGTAATTTTTTGAAGAGCTAAATTTCATGGGGGAATGGATGCAATATGCAGAAATACAACTGCCAATAAAAAAAGCCTATATAAAATGTAGGGTATGCCTATGAGGCCTCCTAAAGTATAACTAAGACACAGTTGCATCTACTAGAATGACGCTATATCTCTATAACAAAGATTTCTTTTTAACTAGTGTTGTAATTATTATATTTTTGGTTAAATTTTTAAGTTTGGTCTGTTAGCTTCCTTGTTTTNCTCTGTTTTTGGATTCATCAAGCCTAATTTTACACATTTTTTTTCTGTCATGGGCTATATATTTGTAGTTCTATCTAAAACCTTATTGGTTTTTGACTTCCTTTCCTTGTCAATAATGAAATATGTCCTCTTGTCAATCATTTTAGTCATTTTCAATTTCAATTTTGTTTCAAGTGGCTCTCAAGGAAAATTCTAATTGTTTTGTCAGTTAATGTACAAATAACTTGTAAATACTTGCTTTGCCTACACGTAAAATTTGTTTACTATTTTTATTGTTGGTTATAATGAAGCTTCTCTTTGGTTTTTAAACATAGGATCCAAAGGAGAAGGCTAAATCAGAGACACGGGATTGGTTGAACAATGTGGTATGAAAATCTACTTGTACAGAACCTCCATAGATTTTACTTCTGTATTGGAGAACAATGCATTTGATTCAAGAATCAGCATGTTGTTCTTAGTTGCAGTGTTTGAGCCTCCAGATGTCTGGAAAAAATAATATATATTTTTTTATAAGAAAGCGAAACTTATGATGTAACTATGGCTTCTTTTTGGTGTTCCATTTTCAAAGATTATCGTAGTCAGGCATGGTGCAAATTTTTGGCAATTGGGAAATGTTTTTGTAGTCCGGTCTCCTCGTTTTGTATTTAAAAAAGAAAAACGAAAGTTTGTTTCTTAAGAAGGTATGGGCAACCGACATATGCTGGAAGAGATGCATGGTAAAGTAATTGTGTAGGATAGTTTGTTATGGAGGAGAATGTTTTGTATGGCAAACTTTGAGTTGTGGGTCCCCTGCTAGTTACATGGGTAAATGATGTTTTTGTGGATAGACCAGACTTTTCAAAACTTTAGAACCTTGTATAAACCTTTTCTTTTGTTGTTTATGGTTAGTAGGAAAATGAAAAACTCTGTCCAATTGCTTAACACAGGCACTCAATATTTTTATCCTGGTCAGGTTAGTGAGTTGGAATCTCAGATAGATAACTTTGAAGCTGAGGTCGAGGGTCTGTCTGTGAAGAAGGGGAAACAAAGGCCACCTAGGTTGGTAAGTAGTATTGTACTCTGAATTTTCTAAAATGATGTATTGTTCTTTCTTATAACTTTGGGTTTTCAATTATCTGTCCATGTTGCTGTTACAGGTTCATCTTGAAACATCCATTACCCGGCACAAGGCTCATATAATGAAGCTGGAACTAATCTTGAGACTGCTTGATAACGATGAATTGAGTCCTGAGCAAGTCAATGATGTCAAGGACTTCTTAGAAGATTATGTGGAAAGGAATCAGGTTGTTATATACCTTCCATTTCTTTTTGCTTTCATATTGTGTTGTACAGGTACTTTGTACTCTCTCCTTTTGGTAAGAAGTAAGTAACGTTCATTAAGATAATGCATAAAAAGCGACCCAAACAACAAAGCAAACAAAAATAAAGCCGGAGAGAAATTCCTCTCGTTGATAAGAACTAGAAATAAAGGACCATTTCAAAATTCTAATGATATGAAGCATAGAGGGAGGCAATGGAATGCCCTTCATTGGAAACTTCCTTCTAGACTTCTCAGAATTTATTTATTTATGATAAGAAACAGTGATTTCAGTATCAAAGAGGGAAGATACATAAGAGGAGACAAGAGGTCCCACCAAGTCTAG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MGASRKLQGEIDRVLKKVQEGVDVFDSIWNKVYDTDNSNQKEKFEADLKKEIKKLQRYRDQIKTWIQSSEIKDKKVSASYEQALLDARKLIEREMERFKICEKETKTKAFSKEGLGQQPKTDPKEKAKSETRDWLNNVVSELESQIDNFEAEVEGLSVKKGKQRPPRLVHLETSITRHKAHIMKLELILRLLDNDELSPEQVNDVKDFLEDYVERNQGTPALNLKTSVATLATQVPVTGAPNLQQNTVIPDQVDDSTLPDGNTDTLLKNPPPKNSVLGSSAATSPTGNHATSASLNGAGHGSALSATSAILTGSSAVRAVLETTGASNSSPVNMPTSAKDEEIASFPGRKLSPSFSDSGLVRGGMGRAVITNQPPSTSSHTSGIVVPSTIILGSVPSTSEVTMRNIMGAEERAGNSGMVQSMVSPLSNRIVLPTAAKVSDGTTTVDPSNVSDAAAIGGRVFSPSVVPSMQWRPGSSFQNPNEGGQFRGRAEIAPDQREKFLQRLQQVQQQGHSTLLGMTLGGGNHKQFSSQQQSSLLQQFNSQNSSVTSQAGLGIGVQAPGVNAVTSGSLQQQPTSFQQSNQQALMTTGAKDSDVAHSKVEEEQQQQQQQQSLPEDTTDSASASASASASVLGKNLMNDDDLKGSYAVDTPAGVPASLTETASVSREDDLSPGQPLQPGQPSGSLGVIGRRSVSDLGAIGDSLGGSSMATGGMHDQFYNLQMLEAAYYKLPQPKDSERPRSYTPRHPAITPPSYPQVQAPIINNPAFWDRLGLETYGTDTLFFAFYYQPNTYQQYLAARELKKQSWRYHRKYQTWFQRHEEPKVATDEYEQGTYVYFDFHVNNDDLQHGWFIIRQSCSQLKVDLAFLFPFLF
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. Swiss-Prot
Match: CNOT3_MOUSE (CCR4-NOT transcription complex subunit 3 OS=Mus musculus GN=Cnot3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 305.4 bits (781), Expect = 1.9e-81 Identity = 287/862 (33.29%), Postives = 396/862 (45.94%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. Swiss-Prot
Match: CNOT3_HUMAN (CCR4-NOT transcription complex subunit 3 OS=Homo sapiens GN=CNOT3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 209.5 bits (532), Expect = 1.4e-52 Identity = 156/437 (35.70%), Postives = 230/437 (52.63%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. Swiss-Prot
Match: NOT3_SCHPO (General negative regulator of transcription subunit 3 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=not3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 191.8 bits (486), Expect = 3.1e-47 Identity = 112/220 (50.91%), Postives = 151/220 (68.64%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. Swiss-Prot
Match: NOT5_YEAST (General negative regulator of transcription subunit 5 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=NOT5 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 139.4 bits (350), Expect = 1.8e-31 Identity = 111/338 (32.84%), Postives = 172/338 (50.89%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. Swiss-Prot
Match: NOT3_YEAST (General negative regulator of transcription subunit 3 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=NOT3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 138.7 bits (348), Expect = 3.1e-31 Identity = 143/501 (28.54%), Postives = 232/501 (46.31%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TrEMBL
Match: D7TI48_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_08s0007g07570 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1144.8 bits (2960), Expect = 0.0e+00 Identity = 623/908 (68.61%), Postives = 724/908 (79.74%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TrEMBL
Match: M5WQI7_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa001148mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1124.0 bits (2906), Expect = 0.0e+00 Identity = 626/911 (68.72%), Postives = 708/911 (77.72%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TrEMBL
Match: A0A061F2E9_THECC (Transcription regulator NOT2/NOT3/NOT5 family protein OS=Theobroma cacao GN=TCM_026449 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1097.8 bits (2838), Expect = 0.0e+00 Identity = 610/912 (66.89%), Postives = 707/912 (77.52%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TrEMBL
Match: V4U3C2_9ROSI (Uncharacterized protein OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10018788mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1088.9 bits (2815), Expect = 0.0e+00 Identity = 610/892 (68.39%), Postives = 707/892 (79.26%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TrEMBL
Match: V4VTX9_9ROSI (Uncharacterized protein OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10018788mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1069.3 bits (2764), Expect = 2.5e-309 Identity = 603/892 (67.60%), Postives = 700/892 (78.48%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TAIR10
Match: AT5G18230.2 (AT5G18230.2 transcription regulator NOT2/NOT3/NOT5 family protein) HSP 1 Score: 775.8 bits (2002), Expect = 2.8e-224 Identity = 508/919 (55.28%), Postives = 598/919 (65.07%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. TAIR10
Match: AT5G59710.1 (AT5G59710.1 VIRE2 interacting protein 2) HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 5.7e-07 Identity = 32/97 (32.99%), Postives = 46/97 (47.42%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. NCBI nr
Match: gi|731400054|ref|XP_010653834.1| (PREDICTED: CCR4-NOT transcription complex subunit 3 isoform X1 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1144.8 bits (2960), Expect = 0.0e+00 Identity = 623/908 (68.61%), Postives = 724/908 (79.74%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. NCBI nr
Match: gi|645270229|ref|XP_008240363.1| (PREDICTED: CCR4-NOT transcription complex subunit 3 isoform X3 [Prunus mume]) HSP 1 Score: 1137.9 bits (2942), Expect = 0.0e+00 Identity = 627/892 (70.29%), Postives = 709/892 (79.48%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. NCBI nr
Match: gi|645270225|ref|XP_008240361.1| (PREDICTED: CCR4-NOT transcription complex subunit 3 isoform X1 [Prunus mume]) HSP 1 Score: 1137.5 bits (2941), Expect = 0.0e+00 Identity = 629/911 (69.05%), Postives = 713/911 (78.27%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. NCBI nr
Match: gi|731400064|ref|XP_010653838.1| (PREDICTED: CCR4-NOT transcription complex subunit 3 isoform X2 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1125.2 bits (2909), Expect = 0.0e+00 Identity = 616/908 (67.84%), Postives = 717/908 (78.96%), Query Frame = 1
BLAST of Cp4.1LG03g09240 vs. NCBI nr
Match: gi|595852814|ref|XP_007210379.1| (hypothetical protein PRUPE_ppa001148mg [Prunus persica]) HSP 1 Score: 1124.0 bits (2906), Expect = 0.0e+00 Identity = 626/911 (68.72%), Postives = 708/911 (77.72%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita pepo
Date Performed: 2017-12-02
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene:
The following block(s) are covering this gene:
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