CmaCh17G002340 (gene) Cucurbita maxima (Rimu)
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.GTGGGGTGGCTGAACACGGTTACTTTCCCAAATCCCAATTCGCTCTGTACCAAGAGATTGACGCGAAGCCGCTCTCTGCATATCCACAAGTAAGAACTCGAGGTTCATTTCCATACCCCAATTCATCCTCTTTCAATTCATTTGTAACATTTTTCTTCCCCCGATTCTTCTCTGGTTCGTAACTTCGTACAATGCCGGCACAAAGTTAAGGATTAGGTATGAACTAACACGCCAGCTTCTTCTCCGTTTGCTTATGCAACACACTCCATTTACGCACGGCTTCAGGTCGATGGATGCCTCAGTTCTGTTTAATTTCTGGTTGAATTCACGATGGTTGTTTGTTTCCATCGCAAATTCGGCATTCAATTGACGAATACAATCTACAGCAAGCACTTCGCGTCGTAGATTGTAATGGGAAGCTTTGTTTCATGATTAACCTAAGATTAAATAGAATAATGCGTTGTTTCCTGCAGGGGAATTGCTGGGGATGAAGCAGGTGTATAGCGGCTCAACTTGGCTGGAGTAATAATCAAGAACGAAGATGACTGCATTTATTCAAGCGAAGATCTGCCCTGCAACTATTTCAACATTTGATAGAATCTCAAGTGAAAATGGGCGTAAGTAACATTACCTGTAGCCATAAGTTAAGCTCCTGTGTCGGATCTGCAGCGTTGTCAAATATAATTGCACTTCCATTTTCCCAGTTAACACATCTCATGCTGGGAAACAACTAACATTGGGTAATAATTTTATCCTGATAAATTGATTAGGGGTCAAATTTGTTTATAAACTATAGAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTAAATTAAGTTGTAATTGTTAAGCACTGTCATAAGCCCTATTCTATTGTGGGTTGTTAGTTTATATTTGGGTGACCTATTCTCAAGGTCTTGCTAGTCTTGTTAGCTTATATTTAGATGACCTATTCTAGGCTTGTTAGTTTATATTTAGGTTTAGCAGAAGGCTATATAATGCCATTCTTTCTGCTGTTGAAATCATTTAAGTTTTCTGTGCAAATTGTATGCCTTGAGTAAATTTAGTGTTGTGAGTACATTTGTTCCGCTTTCGGCGCACAACAGTAATTGTTACATGCTAAAACTTAAGGGCTAAATCGTTACTTGTAGGAAAGTTTAGGGACTGAATAATAAGCATACTTGCTTGAACCTGAATGCATCCAAACACAAATTTGTTCTTGACTGTCTTTTATGCAACATAACAGATAAACTGCGATCCTGGTCTCAAGTTGTGCTACCATCTCAAGAACTTTGTAGGCGTAGTTTATTGTGTAATGGCATGTCATTGGTTGCCTTTCTCACATTCAACAATGCATTGACACCATGGTTGGCTCGGGCTGAAGAAACGCCAAATCACAAGGAGGAAGAGGAAAATGGAGTCATCGGGACGATCAAATCAATATTTGATCCAAATGAGAGAACCAAATCTGGGAAAGTATTGCCGAAGGCTTACCTGAAGTCAGCAAGGGAGGTGGTGAAGACGCTGCGTGAGTCATTACAGGAAGACTCCAAGGATGGTGCTAAATTTAGACGAACTGCAGATGCTGCAAAAGAATCCATTAGAGACTATTTAGGCAATTGGTTGGGGCAACAGGCAGTTATTCAAGAGGTATATTATCAAGTGAAAAATAGACATTGTAGTTCATGATGATCGTAATGAATCTATAATAACATTTTCACTTACTCACATGCAGGAATCTTATGCTGTGCTAGAGAAGGCAATAAGGTCATTGGCAGGTTTTTATGCAAAGGCTGGGCCATCTGCACCATTGCCGGAAGATGTTAAATCTGATATACTGAATGATTTGGATAAGGCTGAAGAATTCTTGTAATTGATGAGCATTTGAGCTCTAGAATAATATTTTTGTTTTAACATAACATTTTGTAGGTATGTAGCTTCACGACTGATCTCCACAATGGTATGATATTGTCCCCTTTAAATAGTTTCCATGGATTTGCTTTTGATTTCTCCTAAAGGCCTTATATTGATAAAAGGCCTTATATTGATGGCCTTATATTGATAGAAATGTATTCCTTACTTTTAAATCTATGATCACCC GTGGGGTGGCTGAACACGGTTACTTTCCCAAATCCCAATTCGCTCTGTACCAAGAGATTGACGCGAAGCCGCTCTCTGCATATCCACAAGTAAGAACTCGAGGTTCATTTCCATACCCCAATTCATCCTCTTTCAATTCATTTGTAACATTTTTCTTCCCCCGATTCTTCTCTGGTTCGTAACTTCGTACAATGCCGGCACAAAGTTAAGGATTAGGGGAATTGCTGGGGATGAAGCAGGTGTATAGCGGCTCAACTTGGCTGGAGTAATAATCAAGAACGAAGATGACTGCATTTATTCAAGCGAAGATCTGCCCTGCAACTATTTCAACATTTGATAGAATCTCAAGTGAAAATGGGCATAAACTGCGATCCTGGTCTCAAGTTGTGCTACCATCTCAAGAACTTTGTAGGCGTAGTTTATTGTGTAATGGCATGTCATTGGTTGCCTTTCTCACATTCAACAATGCATTGACACCATGGTTGGCTCGGGCTGAAGAAACGCCAAATCACAAGGAGGAAGAGGAAAATGGAGTCATCGGGACGATCAAATCAATATTTGATCCAAATGAGAGAACCAAATCTGGGAAAGTATTGCCGAAGGCTTACCTGAAGTCAGCAAGGGAGGTGGTGAAGACGCTGCGTGAGTCATTACAGGAAGACTCCAAGGATGGTGCTAAATTTAGACGAACTGCAGATGCTGCAAAAGAATCCATTAGAGACTATTTAGGCAATTGGTTGGGGCAACAGGCAGTTATTCAAGAGGAATCTTATGCTGTGCTAGAGAAGGCAATAAGGTCATTGGCAGGTTTTTATGCAAAGGCTGGGCCATCTGCACCATTGCCGGAAGATGTTAAATCTGATATACTGAATGATTTGGATAAGGCTGAAGAATTCTTGTAATTGATGAGCATTTGAGCTCTAGAATAATATTTTTGTTTTAACATAACATTTTGTAGGTATGTAGCTTCACGACTGATCTCCACAATGGTATGATATTGTCCCCTTTAAATAGTTTCCATGGATTTGCTTTTGATTTCTCCTAAAGGCCTTATATTGATAAAAGGCCTTATATTGATGGCCTTATATTGATAGAAATGTATTCCTTACTTTTAAATCTATGATCACCC ATGACTGCATTTATTCAAGCGAAGATCTGCCCTGCAACTATTTCAACATTTGATAGAATCTCAAGTGAAAATGGGCATAAACTGCGATCCTGGTCTCAAGTTGTGCTACCATCTCAAGAACTTTGTAGGCGTAGTTTATTGTGTAATGGCATGTCATTGGTTGCCTTTCTCACATTCAACAATGCATTGACACCATGGTTGGCTCGGGCTGAAGAAACGCCAAATCACAAGGAGGAAGAGGAAAATGGAGTCATCGGGACGATCAAATCAATATTTGATCCAAATGAGAGAACCAAATCTGGGAAAGTATTGCCGAAGGCTTACCTGAAGTCAGCAAGGGAGGTGGTGAAGACGCTGCGTGAGTCATTACAGGAAGACTCCAAGGATGGTGCTAAATTTAGACGAACTGCAGATGCTGCAAAAGAATCCATTAGAGACTATTTAGGCAATTGGTTGGGGCAACAGGCAGTTATTCAAGAGGAATCTTATGCTGTGCTAGAGAAGGCAATAAGGTCATTGGCAGGTTTTTATGCAAAGGCTGGGCCATCTGCACCATTGCCGGAAGATGTTAAATCTGATATACTGAATGATTTGGATAAGGCTGAAGAATTCTTGTAA MTAFIQAKICPATISTFDRISSENGHKLRSWSQVVLPSQELCRRSLLCNGMSLVAFLTFNNALTPWLARAEETPNHKEEEENGVIGTIKSIFDPNERTKSGKVLPKAYLKSAREVVKTLRESLQEDSKDGAKFRRTADAAKESIRDYLGNWLGQQAVIQEESYAVLEKAIRSLAGFYAKAGPSAPLPEDVKSDILNDLDKAEEFL
BLAST of CmaCh17G002340 vs. Swiss-Prot
Match: PB27B_ARATH (Photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=PSB27-2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 189.1 bits (479), Expect = 4.7e-47 Identity = 94/134 (70.15%), Postives = 112/134 (83.58%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0K400_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_7G234690 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 321.6 bits (823), Expect = 6.8e-85 Identity = 168/206 (81.55%), Postives = 180/206 (87.38%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TrEMBL
Match: D7T6Y0_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_05s0020g03440 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 238.0 bits (606), Expect = 9.9e-60 Identity = 130/209 (62.20%), Postives = 157/209 (75.12%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TrEMBL
Match: A0A058ZUT2_EUCGR (Uncharacterized protein OS=Eucalyptus grandis GN=EUGRSUZ_L01273 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 232.3 bits (591), Expect = 5.4e-58 Identity = 126/206 (61.17%), Postives = 156/206 (75.73%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TrEMBL
Match: A0A067G7K8_CITSI (Uncharacterized protein OS=Citrus sinensis GN=CISIN_1g0266911mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 230.3 bits (586), Expect = 2.1e-57 Identity = 126/212 (59.43%), Postives = 150/212 (70.75%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TrEMBL
Match: A5B749_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VITISV_022066 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 228.4 bits (581), Expect = 7.9e-57 Identity = 131/230 (56.96%), Postives = 158/230 (68.70%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. TAIR10
Match: AT1G05385.1 (AT1G05385.1 photosystem II 11 kDa protein-related) HSP 1 Score: 189.1 bits (479), Expect = 2.7e-48 Identity = 94/134 (70.15%), Postives = 112/134 (83.58%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. NCBI nr
Match: gi|659092617|ref|XP_008447146.1| (PREDICTED: photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 328.2 bits (840), Expect = 1.0e-86 Identity = 172/206 (83.50%), Postives = 181/206 (87.86%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. NCBI nr
Match: gi|778725910|ref|XP_011659022.1| (PREDICTED: photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 321.6 bits (823), Expect = 9.8e-85 Identity = 168/206 (81.55%), Postives = 180/206 (87.38%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. NCBI nr
Match: gi|778725913|ref|XP_011659023.1| (PREDICTED: photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 317.0 bits (811), Expect = 2.4e-83 Identity = 165/205 (80.49%), Postives = 176/205 (85.85%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. NCBI nr
Match: gi|225432660|ref|XP_002282406.1| (PREDICTED: photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic isoform X2 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 238.0 bits (606), Expect = 1.4e-59 Identity = 130/209 (62.20%), Postives = 157/209 (75.12%), Query Frame = 1
BLAST of CmaCh17G002340 vs. NCBI nr
Match: gi|802581272|ref|XP_012069625.1| (PREDICTED: photosystem II D1 precursor processing protein PSB27-H2, chloroplastic isoform X1 [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 234.6 bits (597), Expect = 1.6e-58 Identity = 130/209 (62.20%), Postives = 155/209 (74.16%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita maxima
Date Performed: 2017-05-20
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene: |