CSPI01G04710 (gene) Wild cucumber (PI 183967)

Overview
NameCSPI01G04710
Typegene
OrganismCucumis sativus (Wild cucumber (PI 183967))
DescriptionUnknown protein
LocationChr1 : 2952965 .. 2954040 (+)
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CTAGAATTGAAATGAACAGTGAGTACAATAATCAATGGTATATGTATATACTATGTATGGAATACCTGATCGTTCTGAGCTTTTCTGAATCATCTTTGTTTCTGAGTATGAATTTAAGGGGAGAGATGAAAAGGGGTTGTGAGAAAATCAGTTTGAAAGTGGATGGAGACAAAAGCTTGTTTTATAATTTAGTCGGATTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATGA

mRNA sequence

ATGAACAGTGAGTACAATAATCAATGGTATATGTATATACTATGTATGGAATACCTGATCGTTCTGAGCTTTTCTGAATCATCTTTGTTTCTGAGTATGAATTTAAGGGGAGAGATGAAAAGGGGTTGTGAGAAAATCAGTTTGAAAGTGGATGGAGACAAAAGCTTGTTTTATAATTTAGTCGGATTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATGA

Coding sequence (CDS)

ATGAACAGTGAGTACAATAATCAATGGTATATGTATATACTATGTATGGAATACCTGATCGTTCTGAGCTTTTCTGAATCATCTTTGTTTCTGAGTATGAATTTAAGGGGAGAGATGAAAAGGGGTTGTGAGAAAATCAGTTTGAAAGTGGATGGAGACAAAAGCTTGTTTTATAATTTAGTCGGATTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATGA
Homology
[Close]
BLAST of CSPI01G04710 vs. NCBI nr
Match: gi|700208816|gb|KGN63912.1| (hypothetical protein Csa_1G025925 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 136.7 bits (343), Expect = 7.7e-29
Identity = 98/99 (98.99%), Postives = 98/99 (98.99%), Query Frame = 1 

Query: 1   MNSEYNNQWYMYILCMEYLIVLSFSESSLFLSMNLRGEMKRGCEKISLKVDGDKSLFYNL 60
           MNSEYNNQWYMYILCMEYLIVLSFSESSLFLSMNLRGEMKRGCEKISLKVDGDKSLFYNL
Sbjct: 1   MNSEYNNQWYMYILCMEYLIVLSFSESSLFLSMNLRGEMKRGCEKISLKVDGDKSLFYNL 60

Query: 61  VGFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEGEEEEEEEEEEEEEE 100
           VGFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE EEEEEEEEEEEEEE
Sbjct: 61  VGFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE 99

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CSPI01G04710 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CSPI01G04710 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CSPI01G04710 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CSPI01G04710 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|700208816|gb|KGN63912.1|7.7e-2998.99hypothetical protein Csa_1G025925 [Cucumis sativus][more]
Annotated Terms
The following terms have been associated with this gene:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CSPI01G04710.1CSPI01G04710.1mRNA


InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber (PI183967)
Date Performed: 2017-01-17
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 60..354
scor

Synteny
The following gene(s) are orthologous to this gene:
GeneOrthologueOrganismBlock
CSPI01G04710CsaV3_1G004670Cucumber (Chinese Long) v3cpicucB001
The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:
GeneOrganismBlock
CSPI01G04710Watermelon (97103) v2cpiwmbB052
CSPI01G04710Wax gourdcpiwgoB065
CSPI01G04710Cucumber (Gy14) v1cgycpiB137
CSPI01G04710Cucumber (Chinese Long) v2cpicuB000
CSPI01G04710Melon (DHL92) v3.5.1cpimeB035
CSPI01G04710Watermelon (Charleston Gray)cpiwcgB056
CSPI01G04710Watermelon (Charleston Gray)cpiwcgB084
CSPI01G04710Watermelon (97103) v1cpiwmB031
CSPI01G04710Watermelon (97103) v1cpiwmB100
CSPI01G04710Bottle gourd (USVL1VR-Ls)cpilsiB029
CSPI01G04710Cucumber (Gy14) v2cgybcpiB001