Cla97C02G036070 (gene) Watermelon (97103) v2
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGAGGATGCTGCCACAAAAGATGCCATATCTAAGGACCATAGGAGTAAATATTATACTGAGGGTATGAGAGCTAGGCCTCTGCATTTTGGTGAGCCAATTGCTGCAAGGCTTGGTGTGGACTATCCATTCCCTCCTCATCTTGAGTACGGTGCTCTCTTACTAATATTTAATGTTTTCATCTTACATTATAATTTCTAATGTATTACTGTGCATGCTAGGTCTACAAATTCTTTAGGGTTGGGAGTAGTTGAAGTTGATGACTCTTTAATATATTATTTTCTTGAAAATTCAAGATGTTCTTTAAGTACTAGACTGTCGAACATTTGTATTAAAGTTTTCAGCATCTCCACAATTAGACATACAATAGTTTAAACGAGCCCCACAAAAGGTACTAAATCAACATTTTAGGTCTAGGCTTGTTCTACTCGAATCAAATATACTTCCTTGTTATATATAAATAATGTATATGAGAAAGGACATGCCAATTAGGGACATAAGTGAAAACTTAAAACTTCGTAAAAAATGAAGATAAAATTGGGGATTTACAGTGGTGGCTTAAAATTAACAAGAATGTAACATAAATAAGAGTTGGTGTGGGTTTAATGTAAGAAGCTGAATACTAGTGATGTGCTACTAAGGGAAAGCCCACATAGGGTTTTTATTTATTTATTTTTTATTTTTTTATTGAATTGATGGATTTTAATGCTACTCGACTCCAAAACTAGTAGAGGAAGGAAGCGATGATCGCTTGAGACTGTTAAGTGTAATCCTGTTAGCCAATGAAAGGACTACCTTTCTTAGACTTCAAGCAATGATACAGAGCTAATGTAATGAGACCCAAGAGGATCTTTACCTCCTCTTTTCCAGAGACTTCTATCTCGCCTCCATTTAATAAGTTCTTAGCACATTTGGTATTAGTTGGTTTTCTCCTAACATTGGTCTATCACATTTATAGCGTCTGTGTCATTATGGAAAATATGGCTTGAGAGGTATCTCTTCAACGTAGGAAATCGGATTCCAATTTCTATAAATCACTGGCCCACCAAATGGTCCGTGGGGATTCACCTACAAATTAAATTTGATCAGAGGCGATAGAATCCATTTTTGGGAGGAGGATTTGTGGATTGAAGATAGGGCGCTCAAGTTTTCTTTCCCAAGAATCCACAATATAACCTCTACAAAGAAGTTATTTTTTATTTTAATAATAAATAAGTGCTGGTCTGCTTCCTCAAATGGTTGGGTGGTGCTATTAAGAAGGAATTTTAAGAGATGTTGAGCCCTTGAATGGATGGATTTCCACAATGCTATAGAGACAATTCGAATGTCTAACAGAGAGGATTCCAAGTTGTGGATTTGATAAGATTCCAACCAAACTTTCTTATTGAATTTCATCAAAATTACAGCCCTACACTAGAACACAAGGAAACTGCCCTCAGTCTCCTTCCCCAACTGCTGTATAAGCAATTCCCGAAAACATAAAAACTGTCTTCCCCCTCTCACCTATTCCTCCCTTAACTACCTCCCTCCCCCACAATAAAACAAAGACATAAATAATTACTAATTAAATTAACTACTAATTAAGTTTGGCTAGAAGAAGCCACACTCCCACACACCATACCCTTCCCTTTATTTCTTTTTCTGCTGTAAGTTAATATTATAGGAGGTCTAACACTACTCTCCCCTTCAAGAGCCACCTTGTCCTCAAGGTGAAAATCTGGAAATTGTTGTTTGAAATCATCAAAAAGTTCCCAAGTCGCCTCATGGGTCGGCAACCCTTTCCATCCTACCAACACCTCCCAAACATTGGTTGTCGAATTCTTATGATATCCAAAAATCTCAGATGGTTCAGTTAACCGCTCATGGCTTTCCGACAATTGTTGCACCATAGGTTGAATAGTATGATGTTCTCCCAAAACCTTTTTCAACTGCGACACATGGAAAACCGGATGTATATGCCAATGATGGTAACTCTAAACGATACACGACCTCCCCAATTCTATCCAACACTTTAAAAGGCCCAAAATACTTAGGAGAAAGCTTCTCGTTCCGCCGTTGTCGCAAAGTTGACTGACGATATGGTCTAATCTTTATAAACACCCAATCTCCAACTTGATGCTCAACCTCACGCCTCCTCCTATCCGCATTTTTCTTCATCTTCTCTTGAGCCACTCGTAAATGCTCCTTCAATGCTCGTAATGCCACATCTCTCTCCTTCAATTGTTGATCTAATGTGGAATTAACAATAGTAGTATCTCCATAATATAAAAGAGGAGGTGGTAAACGACCATAAACTGCTTGAAATGGTGTAATACCGATGGAACTATGGTATGTGGTATTGTACCAATATTCAGCCCAATGTAACCACTCAACCCACTCCTTCGGCCTTTCACTACAAAAACATCTCAAATACGCCTCAACGCTACGATTCACCACTTCAGTTTGACCATCTGTTTGGGGATGATAAGCTGAACTTTGTCGTAATTTTGTACCTGCCAACTTGAATAACTCACGCCAGAAATGACTTAGAAAAACCTTATCTCTATCAGATACAATAGAACTCGGAAACCCATGTAGGCGCACGATCTCCTTTACAAATACTTCTGCTACCACCTTAGCATTGAATGGATGTTTCAGTGCAATAAAGTGACTATACTTACTCAATCTATCAACCACTACGTAAATAACATCATATTCCTTCGGTTTTGGTAATCCTTCAATGAAATCCATGGAAATATCACTCCAAATAACATCAGGAATCTCCAATGGCGTCAATAACCCAGCAGGGGATAAAGCTAGAGTCTTATTCCGTTGACACACTATACATTCTTCCACATACCGTTGAACGTCTCCTTTCATACCCTCCTAGTACAATTCATCGATCAATCTCTTATAAGTACGGAGATACCACGAATGCCCCCCAAATACAGAATCATGATAAATGTGTAACACCGTAGGAATAAGGGTAGAAGATCGAGATAATACCAGGCGTCCCTTGTATTTCAAAGTTCCCTGTTGCCACACAAAACCAAGAACACTCTCAACATCCTGCTCCAACTTTGCAATAATTTCCTGCAACTTCGGGTCATTGGAAACTTCGGTTTTAATAATCTCTACATCGATGATAGTAGGGGCTGATAAAGAAGCCAAATGGACAGTAGGTGGAATATGAGATAAAGCATCAGTAGCCTTGTTTTCCAACCCTGGTCGTAAACTACCTGGAAACCATAACCCAACAACTTTGCAATCCATTTCTGATGTTGTGGTTGTATCACTCTCTGCTCCAACAAAAACTTCAAAACCTGCTGATCAGTCTTCACAATAAACTTCCTACCCAACAAATAAGGTCTCTAACGTTGCACCGCCATCACTACGGCCATCAATTCTCTCTCATATACTGGTTTCCCCCTATCTCGTAGGGACAAAGTGTGACTATAATAAGCTATGGGCCTCCTCAATTGTGTCAAAACTGCCCCCAATCCAAAACCAGAAGCATCCGTTTCAACCTCAAAAGGTAAATCAAAATCAGGTAATGTCAAAACGGGCAATGTCATCATAGCATTTTTCAGACGTTCAAAAGCAACTTGCGCATCTGCATTCCATTCAAAGGCTCCCCCTTTCAACAACTGACTCAAAGGAGTTGCGAGGCTACCGTAATGATGAACAAAACGCCTATAATACCCAGTCAATCCCAAAAAACCATGCACCTCCCTGACGTTTGTAGGTACAGGCCATTCTAACATTGCTCGAACTTTTTCAGGATCTGCCTCTACACCTTTACCTGATATCTAATGCCCCAAATATTCCACCCTTTCCTTAGCAAACTGACATTTAGTCTTATTAGCATACAATTCATTGTCCCTCAATATCAGAAAGACTTTCTCCAAATGCTTAACATGATCCTCTACTGTTCGACTATAGACTGAAATGACATCAAAGAAAACTAGTACGAACCTACTCAAATATGGTTTAAAAATGGTATTCATAAGTGCTTGAAATGTTGATGGAGCATTAGTCAATCCAAATGGCATTACCAAAAACTCATAATGGCCCTCATGAGTCCGAAAAGCTGTTTTCTCCACATCTCTCGGGTACATTCTAATTTGATGATAACCCGACTTCAAATCGATCTTGGAAAATAATGTGGCACCATTCAATTCATCAAACAATTCTTCAATTACCGGAATGCAAAACTTATCAGGTATAGTAACATTATTCAAAGCTCGATAATCAACACAAAATCTCCAACCTCCGTCCTTCTTCTTAACCAACAAAACAGGACTCGAATACGGACTTGTGCTAGGACGAATAACTCCTGATGCTAACATTTCATCCACCAACTTCTCCATCTCCTCCTTTTGATGATAGGCGTATCTATAAGGTCTCACATTAACTGGATCCGTATCTATAAGGTCTCACATTAACTGGATCCGTGCCCTGCTTCAGATGGATGTGATGTTCAATACTCCTCCTTGGTGGTAATGTTTCCGGCCACTCAAACACATCAACAAAGGTATCTAGCACTGCTGGAATTGAATCAGAAATAGTATACACTTCATCGATACCATACCATTTAGCCAACGAAACTCCGCCCTCCATGAACCGACATTCGATGAGAAATCCCTGATCCGCTCTGTCCATGATCGTATCATACTTTTTAAACTCACCCGCGACTTTGTGAGACTAGAATCTCCCTTTAATACCACGGTCTTCCCATCCTGGTTAAATGACATTGTCAAATTCTGCCAATTAACTTTTGTCATTCCTAAAGTATGTAACCACTGCATGCCTAGTATTACATCCACTCCTCCCAATTCTAAAGGTAAGAAATTACCACAGACAATAAAATCCCCAATCACTAATTTCATCACATTACAGATACCTTTTCCTTTAATTGCGGACCCCGATCCCAAAATTACCCCATAATTGGAGGTTTCCACAATTGGTAGGCGTAGAGACGAAACTAATCTTTCAGCAATAAAATTATGTGTCGC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ATGGAGGATGCTGCCACAAAAGATGCCATATCTAAGGACCATAGGAGTAAATATTATACTGAGGGTATGAGAGCTAGGCCTCTGCATTTTGGTGAGCCAATTGCTGCAAGGCTTGGTGTGGACTATCCATTCCCTCCTCATCTTGAGTATGCTTATCCTCCACCAGATGGTAATATCCTGACCAACATTGTTAATGCCCTCATAGCTGTCCCTCGCTTCTATACTCAGGTGCTGCATTTAATGAACAAGATGAACATTCCAGCTCCATTCCGATTGCCTCTACCCACTCCACCTCTCCCACCTTGCATTCCTGCACCACCATCACCATCATTAACGCTGCCACCTCTTCCTCCTCTTGCCACTCCAAGGCCTCAAGTAACAAATATGTCCAGTGATGAGTCAGAAATGGAGTCCTCAGAAGAGGATGTGGAAGGAAAATATAATTCAAGTGGGGTTACAAAAACTGCAAAATCAGGAAACAAGCGTTCTAGGTGTGAAACGATTGTAGGCCCTGGGATAGACAAAGATGTGGCTCATGAGGCTGTTGGGGTGAAACCTTCCACATTGGTTCCGAAAGAGATTCCTATGATAAAAAAGAAAAACCCAGTGATTCAGATTAGAATTGCCCCTAAAGTGATTCACGATGGAAAAGTCAATAACATTAATAATGATGGTGAAGAGAGAGAAAAGGAAGCAAATGATCTTAAGCCCTATGCAACACTCGAAGATTTAGAGAGAGGAAAATTGCCTCCAGAAGAAATTCTTTCACTTCCAATGTTCAAGAACTATACTACTGGGAGTCCTACTTCGGTGCTGTATATCAAGAACTTAGCCAAAGATGTATTGAATGATGACCTCTACTATATTTTTGGATCATTATTTGAAGGTATTGATGAAGCCAAGTCCGCTCTAACTGTGAAGCTAATGCAGGAGGGAAGAATGAGGGGCCAAGCATTTGTAACATTTCCATCGGTTGAGCTTGCACAACATGCTTTGAATCTAGTAAATGGTTATGTGTTCAAAGGCAAGCCAATGATTATCCAGTTTGGACGCAATCCAGGAGCCGCCAAGGGGAGTTAA MEDAATKDAISKDHRSKYYTEGMRARPLHFGEPIAARLGVDYPFPPHLEYAYPPPDGNILTNIVNALIAVPRFYTQVLHLMNKMNIPAPFRLPLPTPPLPPCIPAPPSPSLTLPPLPPLATPRPQVTNMSSDESEMESSEEDVEGKYNSSGVTKTAKSGNKRSRCETIVGPGIDKDVAHEAVGVKPSTLVPKEIPMIKKKNPVIQIRIAPKVIHDGKVNNINNDGEEREKEANDLKPYATLEDLERGKLPPEEILSLPMFKNYTTGSPTSVLYIKNLAKDVLNDDLYYIFGSLFEGIDEAKSALTVKLMQEGRMRGQAFVTFPSVELAQHALNLVNGYVFKGKPMIIQFGRNPGAAKGS
BLAST of Cla97C02G036070 vs. NCBI nr
Match: XP_004139973.1 (PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_011656911.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 610.5 bits (1573), Expect = 3.6e-171 Identity = 334/359 (93.04%), Postives = 340/359 (94.71%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. NCBI nr
Match: XP_008448178.1 (PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 604.4 bits (1557), Expect = 2.6e-169 Identity = 336/359 (93.59%), Postives = 342/359 (95.26%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. NCBI nr
Match: KGN46649.1 (hypothetical protein Csa_6G118290 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 558.1 bits (1437), Expect = 2.1e-155 Identity = 309/332 (93.07%), Postives = 315/332 (94.88%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. NCBI nr
Match: XP_011656912.1 (PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 558.1 bits (1437), Expect = 2.1e-155 Identity = 309/332 (93.07%), Postives = 315/332 (94.88%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. NCBI nr
Match: XP_008448172.1 (PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis melo] >XP_008448174.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis melo] >XP_008448175.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis melo] >XP_008448176.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis melo] >XP_008448177.1 PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 550.4 bits (1417), Expect = 4.4e-153 Identity = 310/332 (93.37%), Postives = 316/332 (95.18%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3BJY8|A0A1S3BJY8_CUCME (U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490451 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 604.4 bits (1557), Expect = 1.7e-169 Identity = 336/359 (93.59%), Postives = 342/359 (95.26%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0KCT1|A0A0A0KCT1_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G118290 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 558.1 bits (1437), Expect = 1.4e-155 Identity = 309/332 (93.07%), Postives = 315/332 (94.88%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3BIH7|A0A1S3BIH7_CUCME (U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490451 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 550.4 bits (1417), Expect = 2.9e-153 Identity = 310/332 (93.37%), Postives = 316/332 (95.18%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3BJ40|A0A1S3BJ40_CUCME (U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X4 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490451 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 478.4 bits (1230), Expect = 1.4e-131 Identity = 272/292 (93.15%), Postives = 277/292 (94.86%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S4DX29|A0A1S4DX29_CUCME (U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein isoform X8 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490451 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 476.9 bits (1226), Expect = 4.1e-131 Identity = 271/291 (93.13%), Postives = 276/291 (94.85%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q8RWV8|U1165_ARATH (U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 kDa protein OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SNRNP65 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 374.4 bits (960), Expect = 1.4e-102 Identity = 206/333 (61.86%), Postives = 241/333 (72.37%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. Swiss-Prot
Match: sp|F1Q8J0|RBM40_DANRE (RNA-binding protein 40 OS=Danio rerio OX=7955 GN=rnpc3 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 134.0 bits (336), Expect = 3.2e-30 Identity = 117/360 (32.50%), Postives = 171/360 (47.50%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q5R6C7|RBM40_PONAB (RNA-binding protein 40 OS=Pongo abelii OX=9601 GN=RNPC3 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 125.6 bits (314), Expect = 1.1e-27 Identity = 131/361 (36.29%), Postives = 178/361 (49.31%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q96LT9|RBM40_HUMAN (RNA-binding protein 40 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RNPC3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 125.2 bits (313), Expect = 1.5e-27 Identity = 131/361 (36.29%), Postives = 179/361 (49.58%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q4G055|RBM40_RAT (RNA-binding protein 40 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Rnpc3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 125.2 bits (313), Expect = 1.5e-27 Identity = 125/362 (34.53%), Postives = 170/362 (46.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TAIR10
Match: AT1G09230.1 (RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein) HSP 1 Score: 374.4 bits (960), Expect = 7.9e-104 Identity = 206/333 (61.86%), Postives = 241/333 (72.37%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TAIR10
Match: AT2G30260.1 (U2 small nuclear ribonucleoprotein B) HSP 1 Score: 47.0 bits (110), Expect = 2.9e-05 Identity = 26/84 (30.95%), Postives = 44/84 (52.38%), Query Frame = 0
BLAST of Cla97C02G036070 vs. TAIR10
Match: AT1G67770.1 (terminal EAR1-like 2) HSP 1 Score: 45.4 bits (106), Expect = 8.4e-05 Identity = 36/101 (35.64%), Postives = 44/101 (43.56%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of watermelon 97103 v2
Date Performed: 2019-05-12
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene:
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