Cp4.1LG01g11710.1 (mRNA) Cucurbita pepo (Zucchini)

NameCp4.1LG01g11710.1
TypemRNA
OrganismCucurbita pepo (Cucurbita pepo (Zucchini))
DescriptionUnknown protein
LocationCp4.1LG01 : 5938150 .. 5948170 (+)
Sequence length4001
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTCGCCTGTTTTAATCTGGTTATGAACTAAAACCTTGTATTGGGCTTTGTAAGCCCTTTAACTTAGGGGTATTTCGTTGGCCCTTTTTTACATTAATTAGGCCCATTCCATTCTTTTTTAAATTAAAATTATATAATTTTATTATTTTATTTTAGTTATTTATTAGCTTCTTCTTCACGCAAGTTTCTTTAACGGCTATATTTGACCGCGTCTTTCTGGTTTCTTCATAAATAGTGTTGCCTTCGTTTGCGCTCTCCAATCCCCATTATGAGTTCTCTTGTTTTTCCCTCTTCTCTCTGCAAAATCTCCCGCTTCTTCTGATTTTTCTTAGGGTTTAGATCTTCAACCTTTGTAGAAACATCGAGTTTCTAATGAAATTGCTGAGGTTTGTGCCTTTTTCCCCTTCTCTCTGTGCTACAACATCCAGATTTTTCTGAAATAAATTAGGGTTTTGGTTTTTTCAAGTTTAGGTTTGATTTTCTTAGGATGCGTAGATTTGTAACAATCGGGAGTTGAGTTCTTCGTACTCTCGAATCGCCACTCTTGACTTCGATTTCCCTCTTTCTCTTTGAAAAATCGTCTTCGGAAATCTGATTACGTTTTGGTTTTTCTTTCTTCTCTTTTAGCAAAACCATCCTGTTCTTCAGAGTTGGATTCCGTTCTGATTTTTCAATCATCTCCTTACAAAATCGTCCAGGTTTTTCTAAAGTCGATTAGGTCTTGGTTTTACCCTCTTCTTGCGATTGGGTTTTGATATGAGTTTTTCAGAATTGATCAATTTCAAACAATTTGGAGTCTAGGTCGCAAGCCCACTTTTAGTAACTGTAAAGCCGTCCTTCTACTCGAGTCCAATCGTGGTTCGAATGCCAAGGAAGTGGGATGCTTTTGGAGCATTATCTTGAACGGAAGGAATGTGGTAAATTAGTATGATTTTATCTTATTCCCAGGTATGATTATCCTCTTATATGCCTCTGTGCTGTATGGTGTTATACCAGTTTTCGGTTAATGCATTTGATATTCTTTGTTTTGGTGTTTATCACTTGGAGTCGTATTGGTCGGTTACTTATAAGAAGTTGGTTTTTCCATTTGGAGAAGATTTGATTGATTCTCTAGCTAATTATTAGAGTATCCTGTATTGAATCAGTTTTCTTAAGAGGAGACGAGGAGTGATTTAATGCGGTGCATCTCCGATCAAATGCCACAGATTTGCTGGCTTATAAATCCCTTTGGTTTTTCGTGTTTGTCATGTAATTTCTTGATTGATTGAATGCGTTTATACTTATCAAGCTGGTTTTTAAAAACAAGTTATCTTTGGAGAACAATGCTCTGGTGAAAAACACGTTTATGATTTTATTTTCTTAATTTGTTTCTTCTTCTTTTTCCTTTATTTTCATTTTTTTTAATCCCTTCATTTTACTTTAAACACAATTTATGTTTGGAGAACAATGCTCTGGTGAAAAACACGTTTATGATTTTATTTTCTTAATTTGTTTCTTCCTTCTTTTTCCTTTATTTTTCATTATTTTTTAATCCCTTCATTTTACTTTAAAAATTAAGGCTTTTAATAATATATTTTTATTTTTATTCATTTATTTATGTAGGATGTATATAAAAACAGTGGAATTAGTATATATACAAACAATAATTTTAAAAACAACCAAATGCTGTTTTTTTTTTTTTAAATTTGATACTGATCTATTGTACTCAGTATCATAAATATTTTACCTTTATGATCTTGTTATAATTTATGACTTAAATATGACCTCTGATTGTTGGATTAAAATTCGGTTGTCTTTGTCCAAACATGATTGTTTTGTCTTCGTGGAATCCAAAACAGCGGCTGTCTCGAAATAATGGTTGCAGTGGGTGCCTTGACGAAATCCAAGATAATGGTTGCTTCAAATATTGGTTATAACAAAATGATAATTGCTGCCAATTGTTTCGTTACAATAATTGTGTAGACACAAGGGTTGCTTTTGTATGCTATGATTATTGTTGCAAAATATAGCTACTAACTTGTTAAAATAATTGTCTAAACATAATGGTTGCGTTGATAGAATCCAAGATAATGGTGGCTCTAAATAGTGGTTATCTCCAAATGATAATGGTTGCTTTGGTACAGTAATTATCCAAATATAATAGTTGTATGCTATTTTAAGATATATCATGAAATGTTAATTGTTTCGAAAGATTAGTTGCCTCGGTACAATAATTGTCCATATATATGGTTGCTTTGATATGTTAATTGTTTCGATTCTATCATGGCAACCAATATAGCTATCTCGAAATGATGATTGTTATATCATGGTTGCTATGATTAGAATCCAAAATAGTATGCTATTTTGAAATATGGTTATCTTGAAATGATAATTGTTGCGAAAAAAATCGGTTGCCTTGTTAAAATAATTGTTCAGACTTATTGGTTGCCATGATAGAATCGAAATTAATGGTTGCTCGAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCAAAGCATAATGGTTGTTCGAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTTAGTAGCTAATGGTTGGTTGCCTTGATGGAATCCAAAATAATGGTTGCTCTTAATATTAGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCTAGACATGATGGTTTCTTTGATATGTTGTTTCGAAATATGGCTACTATCTCGAAATGTTAATCGTCCAAACATGATGGTTGGACATGATAAAATAGAAAATAATGTTTGCTCAAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAAACACGATGGTTGGTTGCTTTGATATATTTTCTGAAATATGGTTGTTTCGAAATGATAATTGTCTAGACATAATGGTTGGTTGCCTCGATGGAATCGAAAATAATGGTTGCTCGAAATAATGGTTGTCTTGGTATAATAATTGTCTAGACATGATGGTTTCTTTGATATGTTGTTCCGAAATATGGCTGTTTCAAAATGTTAATCGTCCAAACTTGATGGTTGGTTGCCATGATAAATAATGTTGCGGTCCAGACATGATGGTTTCTTTGATATGTTGTCTCGAAATATGGCTTGTTGTCTCGAAATATGGCTGTCTCGAAATGTTAATCGTCCAAACATGATGGTTGGTTGCTATGATAGAATCGAAAATAATGTTGGTAAAATAATTGTCCAAACATGATGGTTGGTTGGTTTGATATGTTTTTCGATATTTGGCTATTTCGAAATGATAATTGTCCAAACATAATTGTTGGTTGCCTCGATGAAATCGAAATTAATGGTTGCTCGAAATATTTGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGATATGATGGTTGGTTGCCCCGATGGAATCCAAAATATTGGTTGCTCGTAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACATGATGGTTGGTTGCCCCGATGGGATCCAAAATATTGGTTGATCGTAATATTGGTTATCTTGGTTTCAATAATTGTCCAGACATGATGGTTGGTTGCCCCGATAGAAATCCAAAATATTGGTTGCTCGAAATATTGGTTATCTTGGTTTCAATAATTGTCCAGACATGATGGTTGGTTGCCCCGATGGAAATCCAAAATATTGGTTGCTCGAAATATTGGTTATCTTGGTACAATAATTGTCCAGACATGATGGTTGATTGCCCCGATAGAATCCAAAATTTTGGTTGCTCGAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGCTCGTACAATAATTGTCCAGACAAATATTGGTTGCTCGTAATATTGGTTGTTCGTAATATTGGTTGTTTTTGTACAATAATTGTCCAGACATGACGGTTGGTTGGCCCGATGGAATCCAAAATATTGGTTGCTCGAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGTCTAGACATGATGGTTGGTTGCCCCGATGGGATCCAAAATATTGGTTGCTCGAAATATTAGTTGTCTTGGTACAATAATTGTTTTAGATAAGAAGGTTGCTTTTTGATATGTTGTTTCGAAATATGGTTGTCTCGAAATGAAAATTGTTGCGAAATATTGATTGCCTTGTTACCCTAATTGTTCTAATATAATGGTTGCTTAAAATATTGTTATATTGATGGTTGGTTGTTGCAAAATTCCTGTCTTGGTTGCCTCATAATGATAATGGTTGTTAAAGATTATATTCCTTGGTATATTAAATGTTTGGACGTGTTGGTTGCCTTGATCTATAATTGTCTTGAAATATATATTGCCTCAATTGTAATTATATCATGGTTGCTTTAATTTGATAGTTGTCTTGAAATGTCAGTCGTTGCCATTATAATATTTTTGTCCAAATATAATTAATCCTTATGGTCTAATGGAGATGAAGAATTTTCAATAACATTTCAATTATTTTCATTTTTAAGTGGACTTATTGAATATTGAATATTGATTTATTGCATTTGAATTATAGTTATTGCAAAATGTTGATTTTCTTGTAGTAATAATTGTCCAATAGTTGTCATCTTGATTAATTTAATATGATAATTGTCTCAACATATCGAATATATCAATTGTATGTATCATATGATGGTTGTCTTAGAGATTGGTTGTTATGTTATGATAGTTGTGTAAGGGCTGGAGTACCTTGGAGTTTGGAA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mRNA sequence

ATGTCGCCTTTATTTATTAGCTTCTTCTTCACGCAAGTTTCTTTAACGGCTATATTTGACCGCGTCTTTCTGATCTTCAACCTTTGTAGAAACATCGAGTTTCTAATGAAATTGCTGAGCAAAACCATCCTGTTCTTCAGAGTTGGATTCCGTTCTGATTTTTCAATCATCTCCTTACAAAATCGTCCAGGTCGCAAGCCCACTTTTAGTAACTGTAAAGCCGTCCTTCTACTCGAGTCCAATCGTGGTTCGAATGCCAAGGAAGTGGGATGCTTTTGGAGCATTATCTTGAACGGAAGGAATGTGGGCTGGAGTACCTTGGAGTTTGGAAATAAACGCAAGTATAAGGACTGGTCAAGGCAGGTGTCTCCTATGCAACCTCAATTTCAACTATTCGGATTTGTTCATAGATATACAATGCGGTTAGCAGTTTCTTAATGATCATTGTCACTACTTTACTTAATCTCTCTAAGTTTATAGAGTTTTTTGAGTTCTAAGTATTCTTTAATTCTAGATGCAGTTCATTAGACATTGAATGAGTAGTGTACTGTCGCATGAAGTATGCTATTAGATCTCTTTTCTTTATTGAACTGCATAATAATACCAATTGTCTCGTTGAATGTTCCTTGATTTTCTTGTCTACTTGTAAGCTATTTTAAACGTCTAAAGTTATAAATCAATCTTCGAATTTCATGGGGTGTTGTCATATGATCTCTTGTGTCATTCAGTATTTTCTTGTGGGAAAATTATTGAATGTGCCGACACATTGTGACTACCACTATCTAAACTCTTTGGATGCATGGCTAAAACTTAAATTTGTTCGACTCCTTGGAAAATCTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTATTATGTCTTTTATATGCCTTTGTGCTTTGTATGGTATTAAACAAGTTGTCGGCTAATGCATTTGTTGTTCTGTACTGTTACTCTATCCAAGTATTGAGCATCATGTATTGGATCAGTTTGCTTAAGAAGAGGGGAAATTTAATGTGGTGGATCTCTAATCAAGTGCCTCAGGTTTGCTGGCTTGAATTTCTTTATGATTTTTTGTGTTTGTCATGTAATTTCTTGATTATTGAATAGGTTTATATTTATTTTGATGCTTCTCATTAATTCTTGAGATTATTCCGAGCGGGTTTTTACAAACATTTTATGTTTTGAGAACAATGTTTATGAATTTATTTTTTTTAATTTGTTTCTTCTTTTTTCTCCTTCATTTTACATTATTTTTGAACCCCTTCATTTTACTTCAAACAGTAATTTTAAAAAACAACCAGCGGCTGTTTTTCTTTTAAATCGAATAGTGGTCTCTTGTACTAAGTATCATAAATATTTTACTTTTTCTTTTGGCCATATTTATGATCTTGGTATTATTTATGACTTAAACATGTCTTTAGGTACTATTCTTGGCTTGTCGGTTATCTTTGTCCAAACATGATTGTGTTGCCTTGATTAGCTATTTTTAAATTTAGTAGTCTTTAAATGATAATGGTGGAGAAATATCAGTTGCTTAGATACGTTATTTTGAGATATAGCAGTATATATTTCTACAATTGTCTTGGGTGCCTTGGTAAAATCCAAAATAATGGTTGTTTGAAATATTGGTTATCTCGGAAGGATAATTGTTACGGAATATCAATTGCCTTGGTTTTAATCGTGGCTTTGATATACTCTAGGTATCTTGAAATGATAATGGTTGCGAAATATAGGTTGCCTTGTTATATAGCCTTGATCTTGAAATGATATTGGTTGTCTTGGTACAATATCTGTCCAGATATAATGGCTGCATGTTATTTTATAATATTGCTACTGAAATGATAATCGGTGCGAAAGATCGGTTACCTTGTTACAATGATTGTTTAGACATATTGGTAACCTTGATGGGATATAAAATATGGTTGATTGAAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTGGTCGGACATGACAGTTGTCTTGATATGTTTAGAAATATTGTTGTCTCGAAATGATAATTGTTGTGAAATATCGGTTGCCTTTTGTCCAGACATAATATGGCTTGATAGAATTCAAAATAATGGTACATGAAATATTGGTTGCCTCATAATGACAATGGTTGCGAAATATCAGTTGTCTTGGTATAACAATTGTCCAAACATAATGGTTGCCTTGATATGTGAAGTATCGGTTCCTTTGTTACAATAATTGTTGAAATATATTGGTTCCTTGATAGAATTCAAAATAAGGGCCGTTCAAAGTATGGTTGTCTTGGTACAATATTTGTCTCGACACAATGGATGCCTTGATCTGCTTTCTTGAAATAGCTATATCTAGCTATATCTCCCAATGATGGTTACAATCATTTCCTAGATGTCATGGTTGTGTTGATATATTCTTGAAATAGCTATATCTTCCATTCTTAGATGTCATGGTTGCCTTGATAGAATCTAAAATAATGGTTCAATATGCTATTTTGAAATATGGCTATCTTGAAAAGATAATTGTTGTGAAAAATCGGTTGCTTTGTTACAATAATTGTTCAAACTTATTGGTTGTATTGATAGAATCCAAAATAATGGTTACTCGAAACCTTGGTTGTTTTGTAACAATAATTATGATCTTGATATGTTGTTAAATGGATGTATTGAAATGATAATTGTTGCAAAATGTTTTATCTAGAAATAATGGGTGCCTGGTGATTTGAAATGTTATTTTGAAATATGACTATCTGAAATGTTATTTTGAAATATGGCTATCTTGAAAAGATAATTGTTGTAAAAAATTGGTTGCTTTGTTACCATGATTGTTTAAACTGATTGGTTGTACTGATAGAATCCAAAATAATGGCTCGAAACATTGGTTGTCTTGTAACAATAATTATCCAGATATGGTAATTGTCATGATATGTTGTAATGGGTGCCTTGATAGAATTCAAAATAATGGTAGCTTGAAATATTTGTTCTTTGGGATGATATCGATAATTGCCTTGATACAATAATTGTCCGGTTAAAACAGTTGGCTTAATATGCTATTTTGAAATATGGATGTTCAAAATGTGATTAATGCAAAATATTGGTTTCCTTGTTACCATCATTCCTGGATGGAATTATTAAAATAATGATGCTTCAAAATAATATTGGTTGTCTTGGTACAATAATTTTGAAATGATAATTGTTGCGATAATCAATACTTTGGTACAATAATTGTACCGATATATATAATCGTGTATGTTATTATTGTAAAGTTGATAATCGTGTATGTTATTATTGTAAAGTTGATTTGAAAATTTTAATTAAAAAATATTTGTGTCGTTTGTTTTTTACAATTCTATTTGGTTTGTATTACATATTTAAATCATTCAAGATTTATCTTGTTTGTAATTCAATTCTTAAACAATTGTTTTTGTCTTGAGATATTTTATGAACAGGTAATTTTGTATCAATATGATCATTTTTGCTCCTATATCAAATGTGATAATAAAATAGTTCAAGTAAAAGTGAGATTCAAATCACTTCACAACAAGATTTTAAACTTTTTATAAATATTGTAAATTATTTGAATGCATCCACCTCGTTTAATGTTTATGACTAATTTGAAAGATGCAAATTTGAGAGGTATTAATCTTGTCATTTTTTCTGATGGTAATGTTAGTATATCCAGCTTAGTTTGTGCTATATTTTTCACGTGTACCCTGTGTCATGATCCTACTTTTTCAACCTCGCAATGTCATGATCTTGACTTGCTCACGAAGTTTTGAGGTTTTTCTTTCATCTTTATGGCTTCATCGAACCTTAGTCATCTAGCTTGACTTTACCTCTATTCGGACCATCTCATGTGTATTGTCGCATCTCATTTTGGTTCCCAATTGACATGGCCATCATGTTTTTATGTCATCTTAAGTCCCAGGATGTCATCAATCAACTTAGCTTGCTTTGTCATATTCATGAGAACGCGTCCAAGTGTCGTTCATAACATTAAGACATCCTAAACATCCATCCAAGTTCTATG

Coding sequence (CDS)

ATGTCGCCTTTATTTATTAGCTTCTTCTTCACGCAAGTTTCTTTAACGGCTATATTTGACCGCGTCTTTCTGATCTTCAACCTTTGTAGAAACATCGAGTTTCTAATGAAATTGCTGAGCAAAACCATCCTGTTCTTCAGAGTTGGATTCCGTTCTGATTTTTCAATCATCTCCTTACAAAATCGTCCAGGTCGCAAGCCCACTTTTAGTAACTGTAAAGCCGTCCTTCTACTCGAGTCCAATCGTGGTTCGAATGCCAAGGAAGTGGGATGCTTTTGGAGCATTATCTTGAACGGAAGGAATGTGGGCTGGAGTACCTTGGAGTTTGGAAATAAACGCAAGTATAAGGACTGGTCAAGGCAGGTGTCTCCTATGCAACCTCAATTTCAACTATTCGGATTTGTTCATAGATATACAATGCGGTTAGCAGTTTCTTAA

Protein sequence

MSPLFISFFFTQVSLTAIFDRVFLIFNLCRNIEFLMKLLSKTILFFRVGFRSDFSIISLQNRPGRKPTFSNCKAVLLLESNRGSNAKEVGCFWSIILNGRNVGWSTLEFGNKRKYKDWSRQVSPMQPQFQLFGFVHRYTMRLAVS
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
The following terms have been associated with this mRNA:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g11710Cp4.1LG01g11710gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g11710.1Cp4.1LG01g11710.1-proteinpolypeptide


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g11710.1:cds:007Cp4.1LG01g11710.1:cds:007CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:006Cp4.1LG01g11710.1:cds:006CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:005Cp4.1LG01g11710.1:cds:005CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:004Cp4.1LG01g11710.1:cds:004CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:003Cp4.1LG01g11710.1:cds:003CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:002Cp4.1LG01g11710.1:cds:002CDS
Cp4.1LG01g11710.1:cds:001Cp4.1LG01g11710.1:cds:001CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g11710.1:three_prime_utr:001Cp4.1LG01g11710.1:three_prime_utr:001three_prime_UTR


Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita pepo
Date Performed: 2017-12-02
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 145..145
scor