Carg27426-RA (mRNA) Silver-seed gourd
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTCCCTCTTGATTCAAAAGGAAAATGTTTCTTCCAATCTTCATCATGAACACATTCAAACTCCGCGATTATGAACTTCGATTCCTTTTCCAGCCTTGTTTTCGCCGAATGACAAATGTAGATTGAGATATGGCTTTATCATCCTATTGCTTTCTTTGCCTGTTTCATTTCAACAAATCGAACAATTGGTTTCGCCAAGAGACCAAGATTTACAAGGGATTTGCTGGCGGAAATGGAGATTTCATTGGTTCGCAGTCGAGGCAAGCGGCTGATTTTCTTATCACTCGCCACATTTCTTCGAATTGGAGACTGAATGCTATTGGCCTTGACTCGACAACCAACTCCCAAGCTCGTATCCCCACCATTCACGACAAAGCCCACAATGCCGCCGCCGTTGCCACGATTGAAATCCATGTCACTTGTTACCAGGTGATTCTCTAGCCATCTCTCCTGTCCTCTTTTTGGTTTAATGATTTCTCTGCTTATTTCACATTGATGATTTGCTAAGGTTTGTGAGCTTTATTGTGGTCTATTCCTGTTTTGCATTGATGGTGTTGTTTTGGCTGATTCCAGTGGAAGCATAACTCTGATCAAATTTTCATGCTGGTTTCCTTTATTCTTTTTACATTTTTTTTTTCTGTTTGGTTTCTGTTCGGTAATGGATTCATCCTTTGATTTTTTGTAGCTTAGCTGTAACTTAAGTTTGTAGAGCTTGTTGGATGAACAAAATTCTGTTCATGCCACTAATTTAACCTTTAATTTCAACAAACATTAAATGGCAAGGTCCTTTCCATGTAAGATAAAATGACATTAATTTGTAGATTTCTTTTAAATACTCATGATGTCATCCAAAGAAGGCTCCCTTATTATGCCCACTCCCCAAGTTAGGGCATCATGTTTAAAATGAATGCTGAAACTCGGGCATTTATTCACGAAGTGTGAATTTGTTAACAAATTCTGGAATTTTCTGAACCCATTTGGCTTGCAGATTCCGTAGAATCGTGACATTAGTTGGCTTCTTCGTTCCTTAATGGTGGAACACCCCTTCAAAACACTAAGGAGATCGGTTCGATGTAGTTAATTAGGATTTTTCTTTGGAGGGTTTGAATGAAAATGAACAACAGGGTATTCAAAACGGTTATGAGTCTTGGGAGTTTGAAGTCTCTGGTCCGGATGGTATGGACAAATAATTCTTTTAGTAAGTCTTAGAACATTGTGAAAGTTGATTTGCTAAGGGTGTTTCATGATTTTTTTTTTAAAAACGACCTGGTTATCAGAGAACAACTATAACGTAATTGTGCTTGATTCTAAAGAAGCTGAGAGCTAACTGGGTCAGAGAGTTTTGTCAACTATTTAAAAAACGCAAGCTGCGTTCGTGGAGGGGAAGCAGATTCTTGATGCAATCTTAGTAGTCTCAGAGGTGGTAGGGGATAATTTGGGATCTCTCTTGGGGGACAACACAAATCCCTTTCTTTTTGGGATCCTTTGGTGGAGAAGTTCAGAAACAAAATCACTAAGTGGAAGAATTATTTACTTTCTGAAGGATGAAGGCTGATCTTGGTTAGTTCATTTCTAAATGGGCCTATATTATTTTTCCCTCCTTAAATCGCTGGCTGAAGTTATTAATATTGTGGAGAAAATTAGGTGATTATATAATGGTAGTCATCTTGTGAATTGGGAAATGGCATCCCGGCCTTTACATCTTGGTGGTTTGGTGTTGGGTTCGTTTAAACATTGAAATGTTGCCTTCCTTACCAAATGGTTAGGTGTTTTGCTATTGAATAAAACGCCCTCTGGAAACAGGTGGTGAGTAACTATATGGCAAGGTGCCTCTGAGGTGGAGCTCCTCCCAACCTAAAGGTTGCTCTAGAAATAGATGTGGTTTGACATTGCTTGTTTGACCTCCATCTTTTTTAAGTTTGCTATTTTTAAAGTTGGGAAATGGCAGAAAATTAGATTTTGGAAAGATACTTGTTTTGGTGAAATCCCACTCCCAGAAGCTTTTCCTGAAATTTATAACATCTCCCTAAAAACAGATGCAACTATGACTGATTGTTGGGATAATGTGCATCGAAACTGGAAGTTGAGAATCAGAAGGAGAGCTTTTGGCAGAGATGTCCTTGCATTCGTTAGTCTCTTTGAGATGCTGGAGTCCTTTTGAGGAAAATGCTCATTTTGATTGAGCCATTGTTTTTCCTTCTTTGTAGGTGGACAACTGAGGACCTTGATCATATCTTTTGGAGATGTGATTTAGTCACGCTGATTGTTGCTGTTTCTTCTAGGATTTCTACTTATGCATAGCTAGACATAGTGGTTGCAGAGAGAGCTGTGGTGTGTATTGTTTTATGGGGCCTTTGGAGCGAGAGGACAAAATCATTAGAGTGCTTGATAGGTGTTTGAGTGATGTTTGAGTCCTTGTTAAGCTCGACGTCTCTCTCTGAGTTTTGGTGGCAAAGCGTTTTAGTAATCACCCTTTAAATCTTGTTTTACTTTAGTAATCACCCTCATCATAGCTTTCTTTTGAAATCTGTGAAAAGAAAGAAATCAAAGAATATTCACAAAAAAAAAAAAAACAGATTTATACGAAACTTTTCGACTATATTGTTTACCAAGTTATATCTTGGTGTAAACTATCTAATAATTTTACTTCCTATAGTTATACCTCCCTCATTGTAAATTGGGAAGATCTTTTGTAAACATCATGAATATTACATCCCTTTTGTAAATTTCAATCATCAATAAAATTCTCTTATAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTCTTTTACTTGATTGAAGTCCTTTTCTTTAGCTTGCCTCCTTTTGTGGGCTTTATTTTTTTACGCCCTTGTATTCTTTTATTTGAAATGGAAGTTTGGTTTTTTAGCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAAGAGGTTTGAAGACTTTAAACCTAACATATTTTTATTCCAGCAGCTACAAGTTTCATTAGCCTTAGCCTGACCGTGTAAGCCTTTTATGCCCAGTGTCCAAATAATTAGAAAATATTGATTCTGGCAAAAAAGTCAAATGTTAAAGAGCACTCAAAGCCTCGAAACATACTTGTAACTTCTTGGTTCTTTTCTTGTTTTTACTGAGTGGCAATCCTGTCATAACAACACTTGGGTTTAGTCTTTTATTTTACAGAAACTTATGGTTTTTACAAGGTTGGTTGTTCAGTCTATTTAAATGGCTGGTTTGCAAGCTTTGAGACATCTTTTTCATTGTTAACAAAAGTCACCCATTTTGGTTAATACCTCTTTGGAAATCTATTATTAGGGAGGGTTAAACTCAACCTACCAATAGCAGTTATGAGATCCTTGTATGTTGCCTTATCGGTAACAAGCCTAAACAATGGGACATTTCTTTGTCTCAGGCTTAATTACAACCATATGCAGAATTGGTCCACAGGGAAGTCCCCATTTGAGGTTGTATGTACTCATCTCCCTTGTCTGACTACTGACTTAGCTAATATTCCTTCTTCTATTGACCTTAGTGCTGAAGCTGAGAGTATGGCTACTGTATTCAAGAGCTGCGAACAAATGTCAAGGATCATCTGGAAAAGGCAACCACTTACTATAAATCTTTGGTAAATGCTCACCGCCGGCTTGAGGACTTTCAAGTGGGCGGTTTGGTGATGGTCCACCTTTGTAAATCTTGTCTACTGGCTGCCCATCACAATAATCTGACTAACAAGAAGATTGGGCCTATTCCTAATGTTGAGCGGCTGGGTAGCAATACATATCAGATTGGTCCTTCCTCCTTTGCGCATCAACAACACCTTCAATGTCAAATACATTTTCTCTTATCATGCGCTGGATTAGTTTCCTTTACATGACTAACTTGGGGTCAATTTTTTTTCTTCGAAGGAAGGGTTTAATGTAGGACATCCATCCTGTTCTTGGCCCATTCTTGTCCTTTCTTGTAGCTTCTTGGTTCTTCTCTTGTTTTAACCGAGTGATAATCCTGTCTTAACCACATTTGGATTTAGTCTTTTATTTTAAGGATACTTTTAGTTTTTACAGCCTTGTTAAGTTGACTGTTGCTGCAAGGTTGGCTGTAAAGCCTATTTAAATGGCTGGTTTGTTAGCCTTTAGACATCCTTTTCATTTTTTATAAAAAGTCCCTACATTGATTGCGTCATAACATCTCTCAATGTTTGGATGTGCCATTAGCCTTATTCTCAATAATTGGTTGGAACCGGTGACACGAGGATAGGATATTTTGAGTCCTCTGCTCTACTAACTAAGCTATACCCTCCATTTCTGACAGACACATTATCTTTCTTTTCATAGATGCCCTTCCATTCTTCTTCTTTTTGAAGATCCACGAAATGGCATTTCAGGGCTTGCTGGGATAAGTCTTTTTATGTTTCAGTACAGTAGACAGTATTCAGTGAATCATTCCAATTTCACCTTCCGCTATCTTATACCCTCCCCTAGAAGTACAATGGTGGGTCCCTCCGGAACTGGTAATCCCCGAAAGACTTTCAAGAGGAGCCTTGTTCAGCAGGTGCGCTGCAAGTATTCTTTCACAAGTTTGACGCAAGTCGTACTTCCCTCCCAGCCCTCTTAGCTACTTGTACTAACAAACTAGCATTCATACATATTCTTTCTGCTTAAAAAAGATGAATCTTCACTCATCGAACACGGTAGGGCTTGGCACGCTAACGCTACTACGACCGATACGAGACTGAACTCAATCACTACTGAACTGGAACAGTAAGAAAAGAAGCAACCGAAACAAGAATGAGACAATCCTTACCTTAATTCTTTCTTGTTGTTCTTGCTTGTTCATTATTCTATTCTTTAGACTCGGGGTAATGTGTAAATGGACTAGGTGTGTGGTTTCTCTTCTGTCCTTCCTTTCTTTCCTTTAAGTCTGTCTCGTCAAAATGGAATATTTGAGGAAGAGAGACAAGTCCACGAG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ATGGCTTTATCATCCTATTGCTTTCTTTGCCTGTTTCATTTCAACAAATCGAACAATTGGTTTCGCCAAGAGACCAAGATTTACAAGGGATTTGCTGGCGGAAATGGAGATTTCATTGGTTCGCAGTCGAGGCAAGCGGCTGATTTTCTTATCACTCGCCACATTTCTTCGAATTGGAGACTGAATGCTATTGGCCTTGACTCGACAACCAACTCCCAAGCTCGTATCCCCACCATTCACGACAAAGCCCACAATGCCGCCGCCGTTGCCACGATTGAAATCCATGTCACTTGTTACCAGCTTATTGGTGTCCCAGATCAAGCTGAAAAAGATGAGATTGTCAAATCAGTAATGGAATTAAGAAATGTTGAAATTGAAGAAGGTTACTCCATTGATGCTATTTCATCTCGCCAGGATCTTTTAATGGACGTGAGAGATAAACTTCTATTTGAACCACATTATGCTGGTAATATGAAGGAAAACATCCCACCTAAGTCTTCCATTCGAATTCCTTGGGCTTGGTTACCAGGTGCACTTTGTCTTCTTCAAGAGGTCGGAGAAGCAAAAAGGGTGCTTGACATTGGACAGACAGTTATTCAATGTCCAATGGCTAAGCCTCATATGCATGACATACTTCTTTCTATGGTATTAGCGGAGTGTGCAATTGCAAAAATCGGGTTTGAGAAGAACATGGTGTCTCAAGGATTTGAAGCTCTTGCACGTGCTCAATATCTACTAAGGAGTCAAACATCTCTTGCGAAACTAAGATTGTTATCTCAGATTGAAGAATCTTTGGAAGAACTTGCACCTGCTTGCACATTGGAGTTGTTGGGTATGCCTAGCTTACCCACGAATACCGAACGGAGAGCAGGAGCAATTGCAGCATTACGTGAATTGCTGAGACAAGGTCTTGATGTGGAATCATCATGCCAGGTTCAGGATTGGCCGTGCTTCTTAAGCCAAGCTCTTGGTAGGCTAATGGCGGCAGAAATAGTCGATCTTCTTCCATGGGATGAATTAGCTCTTATAAGAAAGAATAAAAAATCAATTGAGTCACAGAATCAAAGGGTTGTGATTGATTTTGATTGCTTCTTAATGGCTTTTAAAGCTCATCTTGCCCTTGGGTTTTCAACTAGGCAGACAGAGTTGATTGAAAAGGCAAAAACTATATGTGAATGTCTGATGTCATCAGAGGGTGTCGATTTGAAACTTGAGGAGGCTTTTTCCAGTTTTCTTCTTGGTCAGTGCAGTGATTCTGAGGTTTTTGAAAAGCTTCAACAGTCAACTTTGAATTCAAAACCAGCTATGCCTACCCGATTGTCAAATCAAGGAATGGAGAAAAAGAATGCAGAGAACACATACCAATCGTTGGAAATATGGTTGAAGGATACTGTACTTGATGTCTTTAAAGATACGCGGGATTGCTCCCTGACGCTGGTTAGTTTTCTCCATGGCAAGAAGAAAATGGATGCAAAGAAGAAAATTAACCATTCTCAGCAGACTATCACAAATAACAGGCCCATATCCTCTTCTTTTGTATCAGAGTGGAGGGATGTTGAGAACTCCTTTCCTAATTTGAGTTCTTCCCAAAATCTTGGGAACATTATTAGACAGTTAACGCCTACTAACTTTCCGAGTCAATTAGCAACGGAAAAAGAAAAGACTGATGCCAACTCATCATCAGTTCAATTGAAAAGGAACCTTCGCCTAAACAAATGGAAAATTTCAGAATTTTGGTTGGCCAGGGACAGTCTTGTCTGTAACATGAAAGTTCTCGTCGTAGTTGGATGTATTAGCTTTGCTTCGTTCAAGCTAATGAGTACGATGATAAAGAGGAAACTCGTTTCTCCATGGACCTCACATATAGCAAGCCTGAATGCAAGCTCTCTTTTCAGCGATGAGGGTCTGTCCACAGATAATGTTATAGGAGCTCCAAATAGGAAGAGCCGTTCAAATCTTAGTAGTAGTCTTAAAAGGCTTCTGTCGAATATAATGAGGAAGGGCAGGAACTTATCAGGCACAAGTGATACGCCACTGTTATCTGCAATTTCAGCTCTGCATCAGAAGCCGATGTCGGTTGAAGAAGCCGAAGCCCTTGTGAAGCAATGGCAAATGATTAAAGCTGAAGCTTTGGGACCTAACTATCAAATTTATAGACTTGCGGAAATTCTTGATGGAGCAATGCTTTTCCAGTGGCAAGCTCTAGCTGATGCTGCAAAAGCTAAATCATGCTATTGGAAATTTGTTTTGCTGGAATTGTCTGTCCTACGAGCTGAACTCTTGTCAGATAAACTTGGAGCAATGAGTTTAGAAATTGAGGTTCATTTAGAGGAAGCAGCTGAGCTTGTCAATGAAGCTGAACCAAAGAACCCAAGCTACTACAGCAATTATAAAGTTCGTTATTTGGCAAAGAGGCAACAGGATGGTTCTTGGAAGTTCTGTGAAGGTGAAATACAAGTACCAGCTTAG MALSSYCFLCLFHFNKSNNWFRQETKIYKGFAGGNGDFIGSQSRQAADFLITRHISSNWRLNAIGLDSTTNSQARIPTIHDKAHNAAAVATIEIHVTCYQLIGVPDQAEKDEIVKSVMELRNVEIEEGYSIDAISSRQDLLMDVRDKLLFEPHYAGNMKENIPPKSSIRIPWAWLPGALCLLQEVGEAKRVLDIGQTVIQCPMAKPHMHDILLSMVLAECAIAKIGFEKNMVSQGFEALARAQYLLRSQTSLAKLRLLSQIEESLEELAPACTLELLGMPSLPTNTERRAGAIAALRELLRQGLDVESSCQVQDWPCFLSQALGRLMAAEIVDLLPWDELALIRKNKKSIESQNQRVVIDFDCFLMAFKAHLALGFSTRQTELIEKAKTICECLMSSEGVDLKLEEAFSSFLLGQCSDSEVFEKLQQSTLNSKPAMPTRLSNQGMEKKNAENTYQSLEIWLKDTVLDVFKDTRDCSLTLVSFLHGKKKMDAKKKINHSQQTITNNRPISSSFVSEWRDVENSFPNLSSSQNLGNIIRQLTPTNFPSQLATEKEKTDANSSSVQLKRNLRLNKWKISEFWLARDSLVCNMKVLVVVGCISFASFKLMSTMIKRKLVSPWTSHIASLNASSLFSDEGLSTDNVIGAPNRKSRSNLSSSLKRLLSNIMRKGRNLSGTSDTPLLSAISALHQKPMSVEEAEALVKQWQMIKAEALGPNYQIYRLAEILDGAMLFQWQALADAAKAKSCYWKFVLLELSVLRAELLSDKLGAMSLEIEVHLEEAAELVNEAEPKNPSYYSNYKVRYLAKRQQDGSWKFCEGEIQVPA
BLAST of Carg27426-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022932817.1 (plastid division protein CDP1, chloroplastic-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1558.1 bits (4033), Expect = 0.0e+00 Identity = 803/826 (97.22%), Postives = 809/826 (97.94%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022974024.1 (plastid division protein CDP1, chloroplastic-like [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1505.7 bits (3897), Expect = 0.0e+00 Identity = 780/826 (94.43%), Postives = 791/826 (95.76%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. NCBI nr
Match: XP_023513485.1 (plastid division protein CDP1, chloroplastic-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1404.8 bits (3635), Expect = 0.0e+00 Identity = 723/731 (98.91%), Postives = 724/731 (99.04%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. NCBI nr
Match: XP_004138549.1 (PREDICTED: plastid division protein CDP1, chloroplastic [Cucumis sativus] >XP_011656451.1 PREDICTED: plastid division protein CDP1, chloroplastic [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1317.8 bits (3409), Expect = 0.0e+00 Identity = 684/832 (82.21%), Postives = 739/832 (88.82%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022932466.1 (plastid division protein CDP1, chloroplastic-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1307.0 bits (3381), Expect = 0.0e+00 Identity = 683/832 (82.09%), Postives = 734/832 (88.22%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TAIR10
Match: AT3G19180.1 (paralog of ARC6) HSP 1 Score: 734.2 bits (1894), Expect = 8.9e-212 Identity = 416/782 (53.20%), Postives = 536/782 (68.54%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TAIR10
Match: AT5G42480.1 (Chaperone DnaJ-domain superfamily protein) HSP 1 Score: 117.5 bits (293), Expect = 4.0e-26 Identity = 176/767 (22.95%), Postives = 321/767 (41.85%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q8VY16|CDP1_ARATH (Plastid division protein CDP1, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=CDP1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 734.2 bits (1894), Expect = 1.6e-210 Identity = 416/782 (53.20%), Postives = 536/782 (68.54%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q9FIG9|ARC6_ARATH (Protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=ARC6 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 117.5 bits (293), Expect = 7.1e-25 Identity = 176/767 (22.95%), Postives = 321/767 (41.85%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3CIF6|A0A1S3CIF6_CUCME (plastid division protein CDP1, chloroplastic OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103501329 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1306.6 bits (3380), Expect = 0.0e+00 Identity = 686/832 (82.45%), Postives = 736/832 (88.46%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0K7W1|A0A0A0K7W1_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G014700 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1266.1 bits (3275), Expect = 0.0e+00 Identity = 661/805 (82.11%), Postives = 714/805 (88.70%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A2P6P1G9|A0A2P6P1G9_ROSCH (Uncharacterized protein OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr7g0177091 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 828.6 bits (2139), Expect = 1.3e-236 Identity = 447/739 (60.49%), Postives = 563/739 (76.18%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TrEMBL
Match: tr|F6HVR3|F6HVR3_VITVI (Uncharacterized protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=VIT_17s0053g00090 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 818.9 bits (2114), Expect = 1.0e-233 Identity = 441/755 (58.41%), Postives = 553/755 (73.25%), Query Frame = 0
BLAST of Carg27426-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A251PGL6|A0A251PGL6_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica OX=3760 GN=PRUPE_5G243600 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 818.5 bits (2113), Expect = 1.3e-233 Identity = 445/776 (57.35%), Postives = 563/776 (72.55%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this mRNA:
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Analysis Name: InterPro Annotations of silver-seed gourd
Date Performed: 2019-03-07
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