Carg18394-RA (mRNA) Silver-seed gourd
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAATGCAACATTAGATTATCACAATGGTACAGCAACATAGCAGACTGATTAGTCATTCTCCAGTAATTCCTTTTAAGTTTCTATCATCTTCCACAAAAGTCCGATCAATGTAGAGGGACTTCAGTTTACCCGAAGCATACCAAAAAACTGAGAACAATATGTCCCCCTAAGAGCAGTCAGGAACACTGATGAAACCTTCTCCTCTTTTTCCAACACATTTGTGGAGAAAAACATTAAAGGAATCTTTTCCTGCAACGTATCTTGAGTAACAATCTTTTTGTGAGCAATGCTCAAGGAGAAGTTGAACTTATTTGGGCACTTTGACCTTCTAATCAACCTTTTGGGAGCAAAATCGTTTGGAATCTAAAGAATATGAAGAAGAAACTACAAGAAAAATTCCTTTCGTTAAAAGTCATTCCCTCATGATTGGATGAGAGGCCTGTCAATCCCTTTCAGTTCATTTTGCTCATTGACTTTTTAATGCAAAGCATATGGTTGTTATCTTTCTTATTTCTGTTAAAACTTGGTTGTGTGTGCTTATGTCATTGTTCTCATGAAATTTTCAGGGTACGAATGCTCAAAAAGTTTACTTTATGATTTGTGAGAGAGGTCCAAGGGCCTTTTTTAGTGGAACAGCGCAGTTAATGCGCCAAAATTTTAGGGATGGTTTTTCCTTGCAACATGTTGCTCGTGAGGCATCTCTTTACATAGCTGACCGAATAACTATACTGAGCAACTTAAGATGTCATCTTGCAGTTTTTGTGGCTCAGGTTTGGTTGGCCTTTTCGGCACTCATTTTTCAAAAGAAATTTTATCATTTTTGTGGTTTTATTTTATCCTTGAAAAGATAGTTGCTCCCTCTGAGTCTGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACTCAAATTTTTGACTTGGACATGTGATACTTTAGTTGGAGATCAGATTTGGAAAGCTCTCGACTTTTTTATAGTCTTCTGAGACAATGTTAGAATGATGTTGTCTCTTAGCTCTCTCTCATTTTCTTGTTGGCTTATTTTGATTTTGTTCTTTTCTGGTTCTTGTAGGTCTTTATGGAAATTGACAAAATTGGGGCGGAGGCAGTGAATGATCAACAAAATTCCTTACCGTCATTGTTGGTTACATTGAATGGCTTATTTCTCGATTTAGAGGCATCAATTTGTCAACTGCATGCAGCACATCAAGTAACATTGAGATTATTTGTTAACTTTATTGCTAAAAATGCTGAAGCAGAAATTATTCTAATTTCACGTTTCAGTTCCTAATGTTTACTTTGTATATGACTATGCAGATGGATTTAGTCGATGGCAGCTTTTCATTTCCTCTATTTGAAAAATTACCAGATGTGAACAAGGAAGGATCTCAGTGGACAAGTTGTGAAATTGGCGATGCTATCAACTTGCTTTATCAGAACCTTCACAAGTTGGACTCTTTCATATATATTCTTGTAAGATGTCATTTTCCATGCTTCTATTATTACTAATTTGATTTTTTACCCCTGAACTATTTTGTAGCCAAGAAAAATACTTTGATCATAACCTGCACTGTCAACCCAAATGAAAGCTAGGAATAGTAATATTCTTACTACCAGTTTAGTAAAAATTTGACTCAACGGTGCCCACATTTCTATATAGATGCGTAATCACCGAAGATTCAAGAGAATCAGTATATTCTGTTCCAGTCACTTCAGCATTCAGATACTATAGACACATGTACAAGGATCGCCTAAAGTAATTAATTTGAAAAGACAATAAAGAACATAATTTGTAAGATATTAACAGTAATACAAATTGTTAAATCCCCACTGAATTTTTGGTAAATTTGATTTTATAGTCGTACTATCACACTATCTTCACTTTTGGGCTTGAAATTTACATGAAAACCTATGTGTGGTTATCAATATTAATTGAGAAGAAATGACAATTTAGTAGTCTGAGAATATAAACTCTTGTTTTGATACCATGTTAAATCTATCACTCGATGCTTTAAGCTAACGGGTTATAGTAAATATAGTTTTTATTCTTAGTGTAGCACAAATATACTAATATAAATACTGTAACCTCCCCCCTCAGGTTGGTATTGAAAACGAAGTTTTGGAGCACCTTAGAGCTATTTCCTACAGTGATGTATTAATTTTTGATAGTTTATGAATACTCTTCACTAAGCTATGTTAATTTATGTGTGTTTTCCTCATACTTTGATTCATCTTTTTGTATTATGCCTTTCCATATTAAGAGGTATTGATGTGCACCTGTCTTTCTTTCTTAGGTTTCTAAACATCGAAAGCCAAGGAAACTAACTCAACACTGGCTTAGATATACTTGTGGTGCAGTTGGTCTTTCAGTCTGCTCTGTTTGGCTAATCCAACATAGTAGCTTAATGGGGAGCAATGACATTGAGAATTGGTTTAACGAAGCACATAATTCAGCAGTCAGTTTTTTCAAGGATCATGTAGAACAACCGGTATTACTTTTACTATTTTTATTTGTTTTCCCGTAATTGGCTATTTGGAGCTTAGTTGTTTATTTTCTTTTACCATTGTATTTTATTTTTCTTGAGTTTGGTCTTCAGTTATGGTTGATTATTATGCTAAATAACTTTGAAGCCTCTCTTCATGTCACGTTGGATCTTTTTTGTTTATTAATTGTGAGAACGGATGCTTTATTTCTCAATATGAGTGTTTGAGTGTTTGCTGGCCGAGGAAGTGATTGAGGGTGCTTTTTTCTCTCCTTACTGAATTTTCTAGGCATAACGATCCCTCTTGCTGGTGGTATGTGTCCATTATAAAGGATCCATAGGTAGAGCTTAAGATCTTTTTGGGTATGATGATAATCATTATTGGCTTCTTGGAACGGTCAGGGTTCTTTAATGTTGCTTGTTGAGTTGAGAAGTCTGATGAGGGTTGAAGAACTAGAAACATTGAGTGCTTGGGAGGTTTATTGATGCTTGTGGCTTCGTTGGTTTTATTCGATAAATGTTTGTCACGTGCATTGAATCTTAGGGACTGTAGAATTAGTTTGAGGATTACTTTGCTGGAGAGTGTCCTAGAGTAGGTTCATGAGGCTTGTAGGAGTGTATTCAATCTTTCCAAGAAGTGAACTTTGTTGAAGGAATGCTCTTCATGAGTTAGTATCTAAGCTGAGAATGAATGATATCTATTACTCACTCTATTACTCAGCTTGAGTATCCAAGCTGAGGTTGAATCTATTACTTACTCTATTACTCGGCTTGAGGGAGTTTGAGGGGAAGTGTTGAAGAAATGACCTTGATATAAGAAATATTTGTGTAATCCCATTAAACGAGGGAAGTAGTTGACCTCTCTAATTTAATCTGTAGATTTATTTAGACGTCTTGTTACCCATTTATTTAGATTCATGATTAAGATTTATTTAGATCAGATTTATTGTTACCTAGTATTTGGGGATTTAGGTAGCCTTCATGTATTATAAAAGTCACATGTACCTCTTTGAAATTTAACATGAAAAGCAAGCAAGATAATTTAGACTTGCAACAAACTCTTATATTGGGGCCCACCCTTTTTAGATTAAAAAGTATGTGGACCAGGGACTAGGAATTGACAGGCGTTTTTGCTTTTTGTTTATTTCATTGCTTCAATGAAATCTGTTTCTCATTTTTTTAAAAAATGTTCGGCAGGTTTTTTCTTGTTGGAAACTAGAGGTTTTTATCTGCGCTCATATCTCAATGGCATAGCCTTTTGTGATCATCTCTTGATAGAACCTTTTGTTACGTTTCACTACATCAATGAAATTGTTTGGTTTCCTAGAAAAAAAATAAAAAAAAATATATAAAATTAATCAAAAGTATAAAATTATATAATAAAGAAAAGAGTATTATATAGGATATATTATATATATAAATATATTTAAAAAATATATATATAATTAATATATATATAAGAATAAGTAATACATTAATAATATATAAAAATCAAACAGAATTACATAATTAATTATAATTCATAAAAATATAATAATCCTTTAATAATATAATAACAATACTATAATGTGTATAAAATCTAATATAAATTTATTAAAATTAAATAGAAAAAAATCTAATAAATATAAAACATAAAATTTAATAATAAAAATATAAAAATATAATAAGTATTATATTAAAAAATAATAATAAGTCGATAATTAAAATAAACCAAATAATATCCTATCAGATAGTAAATCTATATAAATTAATAATAATAAAAATAATAAATATAATAAAATTAATAATATCAAAATATATTAAAATTATAATAATAAGCTAAATTAAATATCTAAGTAATACTCCCCAAATCTAAAAATAATCAAAAAATAATTCGTATATTAAATAATTAACTAAAAAAATAATATAATAAAATAAATTCTCCCTCACCGGGGCTTGAGAAATGGTAAAAATAATTGATAGACCAGAAGAAGAGTAATAGTAAAGTGTCTGATAATGAAATTATAATAAAATACAGAGTTAGAAATATGATATCTTAAATATATATTAACTAAAATTAATACGTACATCATGCTAAGAACTCGTTATATGAGAATGTGAGGCACTCACGATGTAACCGAGGTTGAGGAGGCGGGATGAGAAAAATATAGATTGTGAGATGGGGAGGGATTGTTCCGAATTGGGAGTCGGCGTACGGAGGATACTGAGATGGGTTGTATTAAGTAAGACATGGTAATTGTAGGATACGCGAACTGGTTAATTATTACGTAATAATAAAAGTTTCACATGGATTTTAATGTGGTTATTAAAATATATAATTAATAAATAACATATAATATTATAAAACAAATATTAAAAAATATATAATTAATGAATATTAACTATAAATAAATATCATTAACAAAACTATCAAATCAATTAAGATATAAATAAAAATTTTATAAATTAAAAGATATAATTAAATAATATTATCATAATATTAAAAATAAATATCATATATAAT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MICERGPRAFFSGTAQLMRQNFRDGFSLQHVAREASLYIADRITILSNLRCHLAVFVAQVFMEIDKIGAEAVNDQQNSLPSLLVTLNGLFLDLEASICQLHAAHQMDLVDGSFSFPLFEKLPDVNKEGSQWTSCEIGDAINLLYQNLHKLDSFIYILVSKHRKPRKLTQHWLRYTCGAVGLSVCSVWLIQHSSLMGSNDIENWFNEAHNSAVSFFKDHVEQPLISIRDELFDTFRKRHKGVMEVQEVQLTVNSLHRMLLAFSEHTKGQKFPDDASDQEMLAIVMARYEKELMHPIQNLLSGELARALLIQVQKLKLDIETAMLELDQILKANEINFAVLAALPAFFLSLLLLMLLRAWYKQDTRAEGKGRAARLQRRLLVVEVEKAIMQYQSFVDQGRVKDAECRFGLLLYSLGRLYHASEKHAKATGEWLYLRQDILDLGKPGLPTRDKLRITWRMERVYDCLLPTLKRS
BLAST of Carg18394-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022943967.1 (protein DGS1, mitochondrial-like isoform X3 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 937.2 bits (2421), Expect = 2.2e-269 Identity = 471/471 (100.00%), Postives = 471/471 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022943966.1 (protein DGS1, mitochondrial-like isoform X2 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 937.2 bits (2421), Expect = 2.2e-269 Identity = 471/471 (100.00%), Postives = 471/471 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. NCBI nr
Match: XP_022943965.1 (protein DGS1, mitochondrial-like isoform X1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 937.2 bits (2421), Expect = 2.2e-269 Identity = 471/471 (100.00%), Postives = 471/471 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. NCBI nr
Match: XP_023512782.1 (protein DGS1, mitochondrial-like isoform X3 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 932.2 bits (2408), Expect = 7.1e-268 Identity = 467/471 (99.15%), Postives = 471/471 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. NCBI nr
Match: XP_023512781.1 (protein DGS1, mitochondrial-like isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 932.2 bits (2408), Expect = 7.1e-268 Identity = 467/471 (99.15%), Postives = 471/471 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TAIR10
Match: AT5G12290.1 (dgd1 suppressor 1) HSP 1 Score: 592.0 bits (1525), Expect = 3.1e-169 Identity = 290/472 (61.44%), Postives = 377/472 (79.87%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q8GUK1|DGS1_ARATH (Protein DGS1, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=DGS1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 592.0 bits (1525), Expect = 5.7e-168 Identity = 290/472 (61.44%), Postives = 377/472 (79.87%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|O74963|NCA2_SCHPO (Nuclear control of ATPase protein 2 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=nca2 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 7.5e-19 Identity = 77/330 (23.33%), Postives = 153/330 (46.36%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q55GJ3|NCA2_DICDI (Nuclear control of ATPase protein 2 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=nca2 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 85.5 bits (210), Expect = 1.7e-15 Identity = 48/165 (29.09%), Postives = 103/165 (62.42%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q753J1|NCA2_ASHGO (Nuclear control of ATPase protein 2 OS=Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) OX=284811 GN=NCA2 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 6.3e-10 Identity = 64/229 (27.95%), Postives = 106/229 (46.29%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q12374|NCA2_YEAST (Nuclear control of ATPase protein 2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) OX=559292 GN=NCA2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 56.2 bits (134), Expect = 1.1e-06 Identity = 44/135 (32.59%), Postives = 73/135 (54.07%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3BN30|A0A1S3BN30_CUCME (protein DGS1, mitochondrial OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103491445 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 859.8 bits (2220), Expect = 2.9e-246 Identity = 432/471 (91.72%), Postives = 445/471 (94.48%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TrEMBL
Match: tr|F6HAF6|F6HAF6_VITVI (Uncharacterized protein OS=Vitis vinifera OX=29760 GN=VIT_06s0009g02170 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 685.3 bits (1767), Expect = 1.0e-193 Identity = 343/472 (72.67%), Postives = 406/472 (86.02%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TrEMBL
Match: tr|M5WJP9|M5WJP9_PRUPE (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Prunus persica OX=3760 GN=PRUPE_ppa020652mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 684.1 bits (1764), Expect = 2.2e-193 Identity = 335/472 (70.97%), Postives = 403/472 (85.38%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A251PRS1|A0A251PRS1_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica OX=3760 GN=PRUPE_4G269200 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 684.1 bits (1764), Expect = 2.2e-193 Identity = 335/472 (70.97%), Postives = 403/472 (85.38%), Query Frame = 0
BLAST of Carg18394-RA vs. TrEMBL
Match: tr|A0A2P4JQS6|A0A2P4JQS6_QUESU (Protein dgs1, mitochondrial OS=Quercus suber OX=58331 GN=CFP56_42727 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 682.6 bits (1760), Expect = 6.5e-193 Identity = 337/472 (71.40%), Postives = 404/472 (85.59%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this mRNA:
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Analysis Name: InterPro Annotations of silver-seed gourd
Date Performed: 2019-03-07
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