Lsi01G018320 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls)

Overview
NameLsi01G018320
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls))
DescriptionRibosomal protein S4
Locationchr01 : 18987076 .. 19002662 (-)
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDS
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mRNA sequence

ATGGATACCGAAGGATTTGGTTTCTTCGAGCATTCGAAGAGCTTTAGGAGGTCATTTTCTTATAAATTTGGAGGGATCAAACAAAGAAGTTTGAACGATATGTTGAAGAAAAACACGATTAAGGAACACAATATTGCTTTTGTAAAAAGTGACTTACACCATTTCAAGAACATGATTCCCACAACCCCCAACATCCCACACAGAATAATTTCAACTCCAATCTCGTCATCTCCGCAGCCCGACAACACACCCTTTGGAAAGGACAAGTTACTCTTGAAGAAAAGTGACAAGGTTGAAATCATCGGAGGCCTTTTCTTGTTCTCCATTCCGAAGGACTTGGATTGTTCTTTCCCGATTTTTGCAACAGTTGCGTTCTTCTATGTAAGAAGAAGACTTAGAAAGAACAAAGAAGTTTGGATCGGAAAAGGCAGTTCCTTCCCTGAGCATAACAGAATGAAAAGGAATTTGTATCATTTGAAATCCCTATTCTTATCAAATAGAAGGAACGAGAAAAATCGAAATCTTCCTACTCGAACAAAAAGTCCTATAGTTGACAACTCTTCTTTATATAGTAATTCGACCTATTGCTCCGCATCCCCCCATCAGTTTACTATGAAGAGAAAAATCAAAAGGATCGAACTACCTACTCATTATTCGGAGGTGAATCATAGAACACTAAAAGTTGTGGTATCTTATGGACCTAACATAGGTCACATCCCTCACGACATAAGATTGAAAGATCCAAACAAAGCTCTTCGGAGCGAAAACGGACGTGGCCAAAACATCTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGATACCGAAGGATTTGGTTTCTTCGAGCATTCGAAGAGCTTTAGGAGGTCATTTTCTTATAAATTTGGAGGGATCAAACAAAGAAGTTTGAACGATATGTTGAAGAAAAACACGATTAAGGAACACAATATTGCTTTTGTAAAAAGTGACTTACACCATTTCAAGAACATGATTCCCACAACCCCCAACATCCCACACAGAATAATTTCAACTCCAATCTCGTCATCTCCGCAGCCCGACAACACACCCTTTGGAAAGGACAAGTTACTCTTGAAGAAAAGTGACAAGGTTGAAATCATCGGAGGCCTTTTCTTGTTCTCCATTCCGAAGGACTTGGATTGTTCTTTCCCGATTTTTGCAACAGTTGCGTTCTTCTATGTAAGAAGAAGACTTAGAAAGAACAAAGAAGTTTGGATCGGAAAAGGCAGTTCCTTCCCTGAGCATAACAGAATGAAAAGGAATTTGTATCATTTGAAATCCCTATTCTTATCAAATAGAAGGAACGAGAAAAATCGAAATCTTCCTACTCGAACAAAAAGTCCTATAGTTGACAACTCTTCTTTATATAGTAATTCGACCTATTGCTCCGCATCCCCCCATCAGTTTACTATGAAGAGAAAAATCAAAAGGATCGAACTACCTACTCATTATTCGGAGGTGAATCATAGAACACTAAAAGTTGTGGTATCTTATGGACCTAACATAGGTCACATCCCTCACGACATAAGATTGAAAGATCCAAACAAAGCTCTTCGGAGCGAAAACGGACGTGGCCAAAACATCTAA

Protein sequence

MDTEGFGFFEHSKSFRRSFSYKFGGIKQRSLNDMLKKNTIKEHNIAFVKSDLHHFKNMIPTTPNIPHRIISTPISSSPQPDNTPFGKDKLLLKKSDKVEIIGGLFLFSIPKDLDCSFPIFATVAFFYVRRRLRKNKEVWIGKGSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQFTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI
Homology
[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. Swiss-Prot
Match: RT04_ARATH (Ribosomal protein S4, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=RPS4 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 176.8 bits (447), Expect = 3.1e-43
Identity = 96/122 (78.69%), Postives = 100/122 (81.97%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNS--SLYSNSTYCSASP 202
           GSSF EH RMKRNL  LKSLFLS RR +KN NLPTRT SPIV NS  SLYSNSTYC ASP
Sbjct: 243 GSSFAEHKRMKRNL--LKSLFLSKRRKDKNLNLPTRTISPIVYNSSLSLYSNSTYCFASP 302

Query: 203 HQFTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQ 262
           H+ TMKR+IKRIELPTHY EVN+RT K VV YGPNIGHIPHDIRLKD N  L S NGRGQ
Sbjct: 303 HKLTMKRRIKRIELPTHYLEVNYRTPKAVVFYGPNIGHIPHDIRLKDLNLLLWSRNGRGQ 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match: B6VJZ4_VITVI (Ribosomal protein S4 OS=Vitis vinifera GN=rps4 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 220.7 bits (561), Expect = 2.1e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 243 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 302

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 303 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSGNGRGQNI 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match: F6HRU1_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_00s0396g00050 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 220.7 bits (561), Expect = 2.1e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 112/120 (93.33%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNR+KRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 243 GSSFAEHNRIKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 302

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT KVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 303 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSGNGRGQNI 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match: I1TIB5_DAUCA (Ribosomal protein S4 OS=Daucus carota subsp. sativus GN=rps4 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 219.5 bits (558), Expect = 4.7e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 110/120 (91.67%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSA  HQ
Sbjct: 160 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSAPSHQ 219

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLK VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 220 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLLLRSGNGRGQNI 279

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match: A0A0U2N8V3_9ROSA (Ribosomal protein S4 (Fragment) OS=Malus hupehensis var. mengshanensis GN=rps4 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 218.4 bits (555), Expect = 1.0e-53
Identity = 108/120 (90.00%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLSNRRN+KNRNLPTRT+SPIV NSSLY NSTYCSASPHQ
Sbjct: 240 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSNRRNKKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYRNSTYCSASPHQ 299

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRTLK VVSYGPNIGHIPHDIRLKD N  LRS NGRGQNI
Sbjct: 300 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTLKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDLNLPLRSGNGRGQNI 359

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match: W5AS51_WHEAT (Uncharacterized protein OS=Triticum aestivum PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 217.6 bits (553), Expect = 1.8e-53
Identity = 107/120 (89.17%), Postives = 110/120 (91.67%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GS F EHNRMKRNLYH KSLFLS +RNEKNRN+PTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 153 GSYFDEHNRMKRNLYHFKSLFLSKKRNEKNRNIPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 212

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 213 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLLLRSGNGRGQNI 272

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TAIR10
Match: AT2G07734.1 (AT2G07734.1 Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein)

HSP 1 Score: 190.7 bits (483), Expect = 1.2e-48
Identity = 101/122 (82.79%), Postives = 104/122 (85.25%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNS--SLYSNSTYCSASP 202
           GSSF EH RMKRNL  LKSLFLS RR +KN NLPTRT SPIV NS  SLYSNSTYC ASP
Sbjct: 243 GSSFAEHKRMKRNL--LKSLFLSKRRKDKNLNLPTRTISPIVYNSSLSLYSNSTYCFASP 302

Query: 203 HQFTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQ 262
           H+ TMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQ
Sbjct: 303 HKLTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSRNGRGQ 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TAIR10
Match: ATMG00290.1 (ATMG00290.1 mitochondrial ribosomal protein S4)

HSP 1 Score: 190.7 bits (483), Expect = 1.2e-48
Identity = 101/122 (82.79%), Postives = 104/122 (85.25%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNS--SLYSNSTYCSASP 202
           GSSF EH RMKRNL  LKSLFLS RR +KN NLPTRT SPIV NS  SLYSNSTYC ASP
Sbjct: 243 GSSFAEHKRMKRNL--LKSLFLSKRRKDKNLNLPTRTISPIVYNSSLSLYSNSTYCFASP 302

Query: 203 HQFTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQ 262
           H+ TMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQ
Sbjct: 303 HKLTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSRNGRGQ 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: gi|224365672|ref|YP_002608399.1| (ribosomal protein S4 [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 220.7 bits (561), Expect = 3.0e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 243 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 302

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 303 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSGNGRGQNI 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: gi|731439436|ref|XP_010646951.1| (PREDICTED: ribosomal protein S4, mitochondrial [Vitis vinifera])

HSP 1 Score: 220.7 bits (561), Expect = 3.0e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 112/120 (93.33%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNR+KRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 243 GSSFAEHNRIKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 302

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRT KVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 303 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTPKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLPLRSGNGRGQNI 362

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: gi|386799250|ref|YP_006291840.1| (ribosomal protein S4 (mitochondrion) [Daucus carota subsp. sativus])

HSP 1 Score: 219.5 bits (558), Expect = 6.7e-54
Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 110/120 (91.67%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLS RRNEKNRNLPTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSA  HQ
Sbjct: 160 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSKRRNEKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSAPSHQ 219

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLK VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 220 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLLLRSGNGRGQNI 279

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: gi|939462385|gb|ALJ78540.1| (ribosomal protein S4, partial (mitochondrion) [Malus hupehensis var. mengshanensis])

HSP 1 Score: 218.4 bits (555), Expect = 1.5e-53
Identity = 108/120 (90.00%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLSNRRN+KNRNLPTRT+SPIV NSSLY NSTYCSASPHQ
Sbjct: 240 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSNRRNKKNRNLPTRTRSPIVYNSSLYRNSTYCSASPHQ 299

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKR+IKRIELPTHYSEVNHRTLK VVSYGPNIGHIPHDIRLKD N  LRS NGRGQNI
Sbjct: 300 FTMKRRIKRIELPTHYSEVNHRTLKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDLNLPLRSGNGRGQNI 359

[Close]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: gi|651729753|ref|YP_009041168.1| (ribosomal protein subunit S4 (mitochondrion) [Rhazya stricta])

HSP 1 Score: 217.2 bits (552), Expect = 3.3e-53
Identity = 107/120 (89.17%), Postives = 110/120 (91.67%), Query Frame = 1 

Query: 143 GSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQ 202
           GSSF EHNRMKRNLYH KSLFLS RRN+KN N+PTRT+SPIV NSSLYSNSTYCSASPHQ
Sbjct: 274 GSSFAEHNRMKRNLYHFKSLFLSKRRNDKNLNIPTRTRSPIVYNSSLYSNSTYCSASPHQ 333

Query: 203 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI 262
           FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRT K VVSYGPNIGHIPHDIRLKDPN  LRS NGRGQNI
Sbjct: 334 FTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTPKAVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNLLLRSGNGRGQNI 393

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi01G018320 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
RT04_ARATH3.1e-4378.69Ribosomal protein S4, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=RPS4 PE=2 SV=2[more]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
B6VJZ4_VITVI2.1e-5490.83Ribosomal protein S4 OS=Vitis vinifera GN=rps4 PE=4 SV=1[more]
F6HRU1_VITVI2.1e-5490.83Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_00s0396g00050 PE=4 SV=... [more]
I1TIB5_DAUCA4.7e-5490.83Ribosomal protein S4 OS=Daucus carota subsp. sativus GN=rps4 PE=4 SV=1[more]
A0A0U2N8V3_9ROSA1.0e-5390.00Ribosomal protein S4 (Fragment) OS=Malus hupehensis var. mengshanensis GN=rps4 P... [more]
W5AS51_WHEAT1.8e-5389.17Uncharacterized protein OS=Triticum aestivum PE=4 SV=1[more]
BLAST of Lsi01G018320 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT2G07734.11.2e-4882.79 Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein[more]
ATMG00290.11.2e-4882.79ATMG00290.1 mitochondrial ribosomal protein S4[more]
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|224365672|ref|YP_002608399.1|3.0e-5490.83ribosomal protein S4 [Vitis vinifera][more]
gi|731439436|ref|XP_010646951.1|3.0e-5490.83PREDICTED: ribosomal protein S4, mitochondrial [Vitis vinifera][more]
gi|386799250|ref|YP_006291840.1|6.7e-5490.83ribosomal protein S4 (mitochondrion) [Daucus carota subsp. sativus][more]
gi|939462385|gb|ALJ78540.1|1.5e-5390.00ribosomal protein S4, partial (mitochondrion) [Malus hupehensis var. mengshanens... [more]
gi|651729753|ref|YP_009041168.1|3.3e-5389.17ribosomal protein subunit S4 (mitochondrion) [Rhazya stricta][more]
Annotated Terms
The following terms have been associated with this gene:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR022801Ribosomal_S4/S9
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0045903 positive regulation of translational fidelity
biological_process GO:0042254 ribosome biogenesis
cellular_component GO:0009507 chloroplast
cellular_component GO:0005739 mitochondrion
cellular_component GO:0015935 small ribosomal subunit
molecular_function GO:0019843 rRNA binding
molecular_function GO:0003735 structural constituent of ribosome
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi01G018320.1Lsi01G018320.1mRNA


InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Lagenaria siceraria
Date Performed: 2017-09-18
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR022801Ribosomal protein S4/S9PANTHERPTHR1183130S 40S RIBOSOMAL PROTEINcoord: 200..262
score: 2.8
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR11831:SF12RIBOSOMAL PROTEIN S4, MITOCHONDRIALcoord: 200..262
score: 2.8

Synteny
The following gene(s) are orthologous to this gene:

None

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:
GeneOrganismBlock
Lsi01G018320Cucurbita moschata (Rifu)cmolsiB780
Lsi01G018320Cucurbita pepo (Zucchini)cpelsiB055
Lsi01G018320Cucurbita pepo (Zucchini)cpelsiB392
Lsi01G018320Watermelon (Charleston Gray)lsiwcgB143
Lsi01G018320Watermelon (97103) v1lsiwmB148
Lsi01G018320Silver-seed gourdcarlsiB428
Lsi01G018320Watermelon (97103) v2lsiwmbB142
Lsi01G018320Cucurbita maxima (Rimu)cmalsiB598
Lsi01G018320Cucurbita maxima (Rimu)cmalsiB793
Lsi01G018320Cucurbita moschata (Rifu)cmolsiB583