Cucsa.167410 (gene) Cucumber (Gy14) v1
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Legend: five_prime_UTRCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TGTCGTCGGAAGCAAGCCGCCGAAGAAAGTTGGGGTGGTTTGCAGCAACCAAAACCCACTCTTCGCACACCCCTAACTCCTTCCTCTCTTTACCAATATTCATTTCAATGCCCCTGCCGGTTTCTTCAGTCTCTACCTACCTACTATGTTATTTTTAACTCTGTAGTGTAGACTTGAAATGGTGGCCATACTCAGCTGATCACCTTAACCCTACCAATAGCCAGAATGCGTTTTCTTCATCACAATCACCGTCTCTATAACCCCTTTTCAAAACTCTCTTCATTTTCCTCACCATTTCGTCTAATGGGTTCCTTTCCTTTATGCAAATCAACCTCTCTGGTTTTCCTGTCACACCTTTCTTCTTCTTTTTCGCAGAAGTATTTCCTGTACAGAAGCATTTCTCTTCTCCATGGTTCATTTCCTGTACGACCCTTGTCCCTTGTGAAACCCTTTGCCATGAAACCAAATGGGGTTTCTTCTTTTACTTCTCATGCCAATGTTCCCAGACCTCCAGGTGCTATTATTGGAACTTTTTATGGTTGTTTAATTGTAGTTGGATTTATGATTATTTCTGCTTAATACTCATGTTGTGGGGTAACTTGATGTTTCTTGGCTGGGTGGTTACTCTTTTTTTTTCCCCTCTTTTTGGATTGGGATGAAATAGGATTTTTGAAGGCAGAAAAGTAGTTTGCAGGCAATGTATTTTGAGGATGGGACTTGGGAGAGGACTTGACGTTTATTTAGTTTTAATGTTATTCGCTTTCTTCTTTGTGCAGCCCTTTTGGGGAATCCACCAGACAAGGCTTCAATCTCCACTCGATTGAATATTCTAAGAAAAAAATTGCAGGATCTTGACATTGATATCGAAGCTTGTGTTCCTGGGCAGTTTTCCAGTTTGCTTTGTCCAATGGTATTTTGTTTCTAATATCAGTTTCTTTATGCACACTATGTTCTGTTTTGAGATATTCATCCAATTTGTAGAAGTGAAATGAAAACAGCTGCCAACTTCTATATCTTATTTTTTGTACAACGTAAACATTTAGAGGCCAATTTTAGAATTACTGTATGAACTTATAACTTCCAAGTGCAAAGAGGTTGGTATTATCATTATTATATTTATTTTAAAATTTTAATTTTTTTAACTTTACTCGATTAATTATGTATCAAATTGGTGCCAGTGTAAAGGTGGTGATACAAAGGAACGATCCTTCTCCCTAAATATCTCAGAAGATGGGTAAAGATTTTATAGCTTCTCTCTCGTCGAGTTTTTCTTAGAATCTTTTTATTTGATGTACTCATAGGCTTTGTGTGTTTGTGTTTTTCTTATATGGTTTGTTTTAAATGTTTTTGTGGAAGTTATTTAGGGTGACTTGTAATTATTAAGCTTCTTCCTCAGTTGAGTTTAAGTCATTTTACTTTTTATACTATTAGTATTTGTTATTTTTTTTGAAGAGGAAAGAAGTCTCAATATTATTAATGAATTAAATAGAGACAAATGCTCATAGTACTAGAGGGTATGGGCAAAGAAAGAGAGAGAGGCAGATCAACAAACGCACCCGGACATCTCATTTAGGTTGACACTCCTTAGCGCCCTCATCATGTCCATAGTGTGGAAAGAAATAAAAATGATCTTTTCTCTAGGTTGATAGTAGTCAATACAAAGCCAAAATACAAGCCCAAAATAAAGTAGTCAGTCCATACAGAACATTAGAAAAAAAGCATCAACGATATATTAGAAAAACATTCCTCGTCTCTGCATAGATCCATCTCCTGCCAGATAAGTGAGAATTTGTTAAAAAAGGATGTAACATCCATGGTCCCTTGCCTGCATTCATGAACTAGTTTCTGTACAGTATATTGATGAGACATTTTGATGTTTGGAATACAGTTTTTGGGCTGTGTCCTAAGTATGTTTAGGGTAAAGGTTTGCCAATCTGTGGCTCCATGCTATTAATTAATGTGGATCAAAGAAGAGAATCTTCATGCCCTTCTCCTTTACCTTCCTTGGCTTTTATCTCTTTCTTTGAACTAACTTTGGCCCACCGTGGTCCCCTATCTCCTTCCTCACTGTCTAAGTTTCCCTTCACACGTGCTTCCTCTTTCTCTTACGCATTCTACTGTATTGTAGAATAATAGGATGTCTACCATATTGTATCATAAAACAACATCAAAAAAGGAGAAGAAAAACAAAACAAAAAGACAAACTATACCATATAATATACAATCAATATCAAATCAAGTAATAATTTTAAGTCATTTAAAATTGGCAACTCAACAACCTCACGCAACTTTTCTTTTAGTCAAATAATGGTCAATTTAAAATAGGGGTCATTTATGACTATTTTCCAAAACTCAAGGACTAAGTGTTTACTTGGGAGTTAAATAGACATCAACACTAATCCTCAAGGACCAAGTATATGTTTCCCTACGTTTTGTAACAATCTTTTTGGTTATCAATTTAATTTAATTATAAATATGATTATTTTCAAATTCTTTATTTATTTTTTCTTGATATACATATAAGGCTGTGACAAGTTGATGGACTTAAACTCCATAGTTCGTTCACTACTAACCTTAGTTTGATTCTTAGCTTTTTTTTTTTTTGTTCAATGAAATTAATACTTTTTTTCTAATGAAAAGTGGTTGGATTTCCTTCCCATCCACTGGACTTTTCAATTTTTCAATTGCATTGACCTGAATGTATTCTACGGCCTTTTTCTTTTTGAGTATCACATGTTTCTAATTTCCATTTCAAATGACCAGGGAGGCTGCTGTTTGGAATTGTTTTCGTGGAAAATGTGGTTGGAAAGGCCATACTCTGGTATTTATAATAATTCAATTAGATATGCTTTCACACAAAATGTGGTTTGGGCCCTTTCACGTAGGGTTGATTTGAATAGTTCTTCAGTTATGTTTTGCTTTGTTTTTTTCTTTCTTTTTTATATATATATATTTTTATGAGATAATTTGGTTTTTGTTTCAATTTCTTGTATTTTGTTCAAATATCATAGAATGTTCCATAAAGTTTAATTGAGTGGTATCCTTACTACTTGTGGGAAGGGGTTGACGATGAAGGGTCTCATTTGGTTGATTGGAAATTAGTGGTTAAGCTAGTGGAACTAGTAGGATTAAGGATTCTTCATGGATTGCTTTGTGGTATAAAGTTATTGTGAGCAGATATGCCTCACACCCATTGATTTTTAAAGCTCAAGGCACAACAGTCTTCTGGGCACACGCACAAGTCGCAAAAGAAAAAGCTTAAGCTTTTTTGTTTAGGTGTACAGTACTACATTAAGAAGAGAGCCTAGACAAAACCCTTAGTTATTACTAGTTTTTTTTTAAAAAAATAATGAAGACCCTCCAAACGCAGGGTTTTGAGCCTTTGGGCATCACAAAAGACGCATGAATGAGACGCTTCTTGTTTTGTGAGTCTCGCCTTTTCCAGCAAGGCACCAAACTTGGGCTTTGAGCCTAGGTGCGCACCCGAGTGGGCTTTTCAAAAACCGTCCAGAAAGCAGTTGTTCTGTCTAAATACATAAGAAAAATGAAAAATCTATTGGAAGCTATCTGATAGATACCTACATTTAGATAGGGGTAAGGGTAGTTAGTTATATAAGGCAGTTAGATGGTTATAAATAGGGAGGTGGGGAGGGAAGAAGGGCATGAAGAATTTGGTGAAGAATTAGGGCTGCAACATTCCTTGAAAGAGAGGAAGGGCAGAGGGTTAGGGTTCTTTTACTTTTCTTTTGCTGCTTTTATATTGTAATTTTCTGTTTGAGATATCAATAATTTTTTTTTGAAATGGAGACGAGCTTCTTTATTAATAAAGGAAAATGAGACTAAAGCTCAAAGTACAAGAGAATTATACAAAGAGCAAAAAGTAAAGACAAACAACCAAACAAACTGCCCAAAGACAACCTCAGCGAATACAAGGAAAAAACGACTAAAACAAAACAAATGCAAAGAACAAGCTAAAAACGCGAAAACCAACAGAAAAAATGAAGATAAAACAGAACCAAAACGAAGAGAAATAAATACAAAGCATAACAAAATAACTTTCTCAAAAGGAAACCATTTGGATCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACATATCGATAAAATAGAAACACTATATCGGTGTTCTATCACTATCACATATGGATTCCCTTTATTCTCTCAATTTCTCAAATGGTTTGTTGGGCAAGGCTTGAAAAGTTTATTTTGGGAGATCGTTGGACAGGTGGGTATAAAACTTATATTATTAAAATAATAGAAAACCAGTTGGCGTGTCTATTATTTTATTTATACTTTTTTACTTTCCAACATGTTAGGACACTTCCAAGACACATCTAACTATTGTCTTTCAATATCTATCATTGGTAGGTTCTAAACTTTTTCTATATTTGTAAATATTTTAAGCAGTTTTGTCATTTATAGAATCCTTAATAACAACGACAACAATGTGTCAATGTACTGTGCCCTACTTTGCTAGGTTCTAGACCAACATATTCTTTGGGAGAGAAGGGACTCTAGAATTTGGTCTCCTGATCCTTTGCTAGGCTTCTCCTCTTGGTTCCTATTACATATTTTGTTTGTTGCTTTTCCGACCCAGATTAATTCTGCTTTTGTCGGAATTTGGAAGAGTAAAATTCCAAAGAAGTTCAGTTTTTTTCCTGTGACAGGGTTTACATGGTGATTATCATTTAACAACATAATTTTTATGTATTGAGAAAAGGACTATATCATCGGCCAGTTGTACGTGGTTTATGCTACGTGATTATTTACAGGTTCAAAACTGAGATTGATGGCAACAACTTGAGTCGAGCTACTAAGCTAAGGCAACCCACTAGGCCACTACCAAGTTTAAAAGGGAGGGAGATTTGG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BLAST of Cucsa.167410 vs. Swiss-Prot
Match: TWIH_ARATH (Twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana GN=At1g30680 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 456.4 bits (1173), Expect = 3.6e-127 Identity = 248/463 (53.56%), Postives = 313/463 (67.60%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. Swiss-Prot
Match: PRIH_ARATH (Primase homolog protein OS=Arabidopsis thaliana GN=At1g30660 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 355.5 bits (911), Expect = 8.6e-97 Identity = 182/316 (57.59%), Postives = 226/316 (71.52%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0LYM8_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_1G541890 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 874.0 bits (2257), Expect = 8.0e-251 Identity = 427/462 (92.42%), Postives = 443/462 (95.89%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TrEMBL
Match: W9RPH9_9ROSA (Uncharacterized protein OS=Morus notabilis GN=L484_026953 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 530.8 bits (1366), Expect = 1.7e-147 Identity = 264/434 (60.83%), Postives = 330/434 (76.04%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TrEMBL
Match: A0A059CFW7_EUCGR (Uncharacterized protein OS=Eucalyptus grandis GN=EUGRSUZ_D01628 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 521.2 bits (1341), Expect = 1.3e-144 Identity = 260/420 (61.90%), Postives = 313/420 (74.52%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TrEMBL
Match: A0A059CGG0_EUCGR (Uncharacterized protein OS=Eucalyptus grandis GN=EUGRSUZ_D01628 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 521.2 bits (1341), Expect = 1.3e-144 Identity = 260/420 (61.90%), Postives = 313/420 (74.52%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TrEMBL
Match: A0A061GF76_THECC (Toprim domain-containing protein isoform 2 OS=Theobroma cacao GN=TCM_027034 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 518.5 bits (1334), Expect = 8.6e-144 Identity = 253/392 (64.54%), Postives = 302/392 (77.04%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TAIR10
Match: AT1G30680.1 (AT1G30680.1 toprim domain-containing protein) HSP 1 Score: 456.4 bits (1173), Expect = 2.0e-128 Identity = 248/463 (53.56%), Postives = 313/463 (67.60%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. TAIR10
Match: AT1G30660.1 (AT1G30660.1 nucleic acid binding;nucleic acid binding) HSP 1 Score: 355.5 bits (911), Expect = 4.9e-98 Identity = 182/316 (57.59%), Postives = 226/316 (71.52%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. NCBI nr
Match: gi|778662022|ref|XP_011659237.1| (PREDICTED: twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial-like isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 940.6 bits (2430), Expect = 1.0e-270 Identity = 457/459 (99.56%), Postives = 457/459 (99.56%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. NCBI nr
Match: gi|778662024|ref|XP_011659240.1| (PREDICTED: twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial-like isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 940.6 bits (2430), Expect = 1.0e-270 Identity = 457/459 (99.56%), Postives = 457/459 (99.56%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. NCBI nr
Match: gi|778662016|ref|XP_011659233.1| (PREDICTED: twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 874.0 bits (2257), Expect = 1.2e-250 Identity = 427/462 (92.42%), Postives = 443/462 (95.89%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. NCBI nr
Match: gi|659068706|ref|XP_008445781.1| (PREDICTED: twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 814.7 bits (2103), Expect = 8.3e-233 Identity = 401/474 (84.60%), Postives = 426/474 (89.87%), Query Frame = 1
BLAST of Cucsa.167410 vs. NCBI nr
Match: gi|659068709|ref|XP_008445786.1| (PREDICTED: twinkle homolog protein, chloroplastic/mitochondrial isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 814.7 bits (2103), Expect = 8.3e-233 Identity = 401/474 (84.60%), Postives = 426/474 (89.87%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber (Gy14)
Date Performed: 2017-01-17
The following gene(s) are orthologous to this gene: None The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene:
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